病原微生物測序平臺需求說明

病原微生物測序平臺需求說明一、貨物需求明細(xì)序號貨物名稱數(shù)量單位備注1.1基因測序儀主機1臺1.2測序儀內(nèi)置操作分析軟件1套1.3獨立的病原微生物數(shù)據(jù)分析軟件及服務(wù)器一臺（提供≥5年使用權(quán)）1臺1.4全自動樣本體系制備系統(tǒng)（含定量模塊）1套1.5磁力架1套1.6渦旋振蕩器1臺1.7掌上離心機1臺1.8恒溫電子冰盒1個1.9報告打印終端1臺1.10文庫構(gòu)建試劑盒4套1.11測序試劑盒及芯片4套二、技術(shù)要求序號貨物名稱招標(biāo)技術(shù)要求1病原微生物測序平臺1.1功能要求：1.1.1該系統(tǒng)將用于未知物種基因組測序、已知物種再測序、全基因組小RNA分析、微生物宏基因組分析、病毒基因組變異研究、甲基化研究、轉(zhuǎn)錄組分析等；1.1.2可用于不明原因感染、高熱等疫情的快速應(yīng)對；1.1.3可用于對病原微生物（如冠狀病毒）的進(jìn)化變異研究、毒力基因研究、耐藥基因研究；1.2質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)：符合國家相關(guān)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，要求儀器具有良好的準(zhǔn)確度與精確度；并且技術(shù)成熟；1.3招標(biāo)技術(shù)要求：1.3.1.高數(shù)據(jù)通量：每次反應(yīng)可生成≥75億(7.5G)堿基數(shù)據(jù)；1.3.2.每次運行至少可生成可讀2500萬個片段標(biāo)簽序列；1.3.3.數(shù)據(jù)讀長：單端讀取序列，讀長不低于150個堿基；雙端讀取序列：讀長不低于2x150個堿基；1.3.4.提供≥3種不同Reads數(shù)的測序試劑盒，適合不同通量需求的應(yīng)用；1.3.5.測序文庫直接用于測序儀上機，文庫克隆擴增在測序儀上自動化完成，整個測序過程只需操作一臺設(shè)備，有效降低操作復(fù)雜性，減少實驗誤差；1.3.6.讀長2x150bp時，整個測序運行完成時間：≤24小時；1.3.7.在快速測序模式讀長為100bp時，整個測序運行完成時間：≤5小時；1.3.8.設(shè)備需支持讀長包括:75bp、100bp、150bp、300bp多種模式的讀長檢測；1.3.9.測序原理：采用光學(xué)原理的基于可逆終止子邊合成邊測序技術(shù)，使用熒光信號確認(rèn)堿基種類，每次只讀取一個堿基，不接受多個堿基同時測定，保證最終的核酸序列讀取準(zhǔn)確性；1.3.10.數(shù)據(jù)準(zhǔn)確率：2x150bp讀長時，Q30>80%；1.3.11.測序系統(tǒng)主機內(nèi)置服務(wù)器，主機同時具備樣本文庫克隆擴增、測序和數(shù)據(jù)分析功能，無需再額外配置樣本文庫克隆擴增設(shè)備；1.3.12.全封閉檢測室，集成式測序卡盒，卡盒內(nèi)預(yù)裝所有測序需要的生物酶和試劑，無論單端和雙端測序，都無需手工配制，減少生物污染；1.3.13.測序試劑盒帶有無線射頻識別（RFID）條碼，自動追蹤試劑，確保所有測序試劑的兼容性；1.3.14.測序儀主機機載的生物信息學(xué)支持軟件，可完成16S宏基因組測序、新物種拼接、小RNA分析、擴增子分析、靶向DNA測序等分析流程；1.3.15.基因測序儀主機具有醫(yī)療器械注冊證；1.3.16.檢測靈敏度需為單個堿基序列；檢測準(zhǔn)確度及重復(fù)性可精確讀取≥12個的連續(xù)單個重復(fù)堿基（如AAAAAAAAAAAAAAA）；1.3.17.測序儀下機數(shù)據(jù)為壓縮好的FastQ文件格式，無須經(jīng)過文件格式轉(zhuǎn)化，即可直接用于主流生信分析軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析；2文庫2庫構(gòu)建部分2.1通量：內(nèi)置高精度獨立機械臂，單次運行樣本最高通量≥24；2.2艙室：封閉式艙室設(shè)計，可容納≥24個多功能標(biāo)準(zhǔn)板位；2.3功能板塊：≥6個功能模塊，分別為移液系統(tǒng)、制冷模塊、加熱模塊、磁力模塊和PCR擴增模塊、定量模塊，無需機外配套設(shè)備，即可完成核酸提取、文庫制備、文庫擴增、均一化及稀釋混合、定量等全流程自動化，無需人工干預(yù)，制備好的文庫可直接上機測序；2.4濃度測定：內(nèi)部配置1-96樣本通量濃度測定系統(tǒng)，定量范圍：0.2-100ng/μL，通過光吸收法和熒光法的技術(shù)原理檢測核酸濃度，自動記錄結(jié)果并可追溯，無需額外配置或外掛濃度測定工具；2.5潔凈度：內(nèi)置紫外消毒系統(tǒng)和高效空氣過濾系統(tǒng)，可殺滅細(xì)菌芽胞、病毒和細(xì)菌繁殖體等；對于0.3μm顆粒系，過濾效率高于≥99.95%；2.6應(yīng)用流程：內(nèi)置≥30項項目程序，可用于病原宏基因組、新冠全基因組、單菌全基因組、擴增子和自主開發(fā)的建庫流程；系統(tǒng)兼容市面上主流的商品化試劑盒，支持用戶自定義流程；2.7儀器配置冷藏模塊，加熱振蕩模塊；2.8內(nèi)置紫外消毒系統(tǒng)和高效空氣過濾系統(tǒng)；2.9具有圖形化中文操作界面，運行后實時顯示臺面布局；2.10具有運行狀態(tài)監(jiān)測、實時告警、用戶權(quán)限設(shè)置、實驗記錄和溯源功能；2.11儀器配有安全門，具備開機自檢、緊急停機按鈕，確保儀器運行安全；3分析系統(tǒng)3.分析系統(tǒng)3.1基于本地電腦安裝，支持windows、Mac和linux操作系統(tǒng)；3.2可視化操作窗口，無需命令行編程經(jīng)驗，不需要編寫linux命令；3.3支持不同測序平臺的數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和分析，包括一代測序數(shù)據(jù)Sanger平臺；幾乎所有二代測序平臺數(shù)據(jù)，如SOLID、LifeIonTorrent、CompleteGenomics、Roche454、IlluminaGenomeAnalyzer；三代測序數(shù)據(jù)，如PacBio平臺；3.4提供下載Hg19或Hg38及其他生物的參考序列及注釋信息的接口；3.5支持創(chuàng)建和修改workflow，實現(xiàn)拓展或自定義分析流程；3.6可以進(jìn)行DNA-seq、RNA-seq、Chip-Seq、Bisulfite、miRNA、Microarray、16S/宏基因組序列拼接組裝、SNP檢測、多樣本分析、數(shù)字基因表達(dá)、小RNA分析、標(biāo)簽表達(dá)譜、表觀基因組學(xué)分析、EST文庫構(gòu)建、系統(tǒng)發(fā)育分析、聚類分析等數(shù)據(jù)分析以及服務(wù)器整合和定制化服務(wù)；3.7可以創(chuàng)建GenomeBrowserTrack，可視化查看分析結(jié)果；3.8可以監(jiān)控、暫停和終止分析過程、記錄分析日志；3.9可兼容微生物MicrobialGenomicsModule插件，實現(xiàn)宏基因組、微生物組靶標(biāo)序列和全基因組的多樣性、功能及分型研究；3.10可進(jìn)行MLST，無參最接近匹配分析，K-mertree和SNPtree制作及可視化，耐藥性分析；可進(jìn)行樣本的中央管理及比較分析；3.11可支持系統(tǒng)發(fā)育樹所有分支的基因組組裝，可進(jìn)行CDS分析及注釋；3.12可進(jìn)行PCR引物和TaqMan探針設(shè)計，克隆載體設(shè)計，sanger序列分析；3.13可支持DNA