sars冠狀病毒的基因組變異與進(jìn)化分析

1/1sars冠狀病毒的基因組變異與進(jìn)化分析SARS冠狀病毒摹因組的變異和進(jìn)化研究致謝首先我要感謝我的導(dǎo)師馮明光教授和沃森基因組研究院的于軍教授能夠提供我這個學(xué)習(xí)機(jī)會，使我對科學(xué)研究有了更進(jìn)一步的認(rèn)識。

感謝他們在我學(xué)習(xí)期間對我的指導(dǎo)，鼓勵和幫助。

他們淵博的專業(yè)知識，嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)態(tài)度，活躍的科研思維以及崇高的敬業(yè)精神給我留下了深刻的印象。

他們讓我知道了如何成為一個優(yōu)秀的科研工作者：

勤奮、毅力和奉獻(xiàn)。

所有的這些都將使我受益一生。

本篇論文完成離不開眾多老師、同學(xué)和朋友的熱心幫助與大力支持。

在此要感謝杭州華大中心的包其郁教授和田薇老師，在研究中給予了熱心的指導(dǎo)和幫助并提供了諸多方便。

感謝生產(chǎn)部的徐建成在準(zhǔn)備試驗材料、定購藥品和實驗測序等諸多方面提供的幫助。

感謝沃森基因組研究院的各位亦師亦友的同學(xué)和朋友們，他們是王建斌、張忠華、張兵、蘇志熙、葉杰華、田相軍、劉貴明、楊亮、黃志華、黃瓊、方永軍、曾曉薇、賈佳、陳歡等其它在實驗室工作學(xué)習(xí)的同學(xué)。

他們都在工作、生活和學(xué)習(xí)中提供了無私幫助。

我尤其感謝包其郁教授幫助我共同完成實驗以及發(fā)表論文撰寫。

同時，也感謝我的父母、朋友，感謝他們對我生活上和學(xué)習(xí)上的關(guān)心、鼓勵和支持。

有你們的關(guān)心支持，才使得我順利地完成三年的學(xué)業(yè)。

商磊2005年5月于杭州SARS冠狀病毒基因組的變異和進(jìn)化研究摘要2003年3月，一種新的冠狀病毒(CoV)--SARS冠狀病毒被確認(rèn)為引起SARS(scvereacuterespiratorysyndrome)的病原。

在本研究中，我們獲取了lO株直接來源SARS病人糞便或咽拭予樣本及其細(xì)胞傳代培養(yǎng)物的SARS．CoV全基因組序列，并會同公共數(shù)據(jù)庫中的115株SARSCoV基因組序列進(jìn)行了系統(tǒng)地比較分析。

以GZ02序列為參照，發(fā)現(xiàn)266個在2個以上基因組中同時存在的單核營酸多態(tài)(SNP)位點。

這些多態(tài)位點在SARSCoV基因組中呈偏態(tài)分布。

同時發(fā)現(xiàn)了18種主要的缺失類型和2種主要的插入類型，定義了2種與發(fā)病時期及致死率相關(guān)的基因型。

s蛋白在發(fā)病早期受到最大的正向選擇壓力，然后逐步穩(wěn)定下來。

我們應(yīng)用鄰位連接法(ncighbor-joining)構(gòu)建了125株SARSCoV的親緣樹。

通過來源于同一病人的直接取樣樣本及其細(xì)胞傳代培養(yǎng)物的SARS．CoV基因組序列對比分析發(fā)現(xiàn)，在細(xì)胞培養(yǎng)過程中SARSCoV基因組序列幾乎不會產(chǎn)生突變，但取樣時間策略將會影響這一過程。

推測這種現(xiàn)象有可能是由于細(xì)胞傳代