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CH03
胺基酸、勝肽與蛋白質(zhì)
生物化學(xué)
【第5版】3.1胺基酸3.2勝肽與蛋白質(zhì)3.3蛋白質(zhì)的操作與分析3.4蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu):一級(jí)結(jié)構(gòu)p.73p.73數(shù)以千計(jì)不同蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)是由相當(dāng)簡(jiǎn)單的單體次單元所決定。所有蛋白質(zhì),不論是來自最古老的細(xì)菌品系或最複雜的生命型態(tài),皆由同樣20種廣泛存在的胺基酸所組成,共價(jià)聯(lián)結(jié)為線性序列。由於這20種胺基酸均具有特殊化學(xué)性質(zhì)之支鏈官能基,我們可將之視為編寫蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的語言所使用之字母。最令人嘆為觀止的是細(xì)胞能將這20種胺基酸以各種不同的組合與序列編排製造出性質(zhì)差異甚鉅的蛋白質(zhì)。Peptide(約小於50個(gè)胺基酸聚合成的分子)Protein(較長(zhǎng)的polypeptide)蛋白質(zhì)是胺基酸聚合成的複雜巨分子之總稱。這些巨分子是由20種不同的胺基酸聚合組成,蛋白質(zhì)的特性會(huì)依胺基酸聚合排列不同而變化。蛋白質(zhì):生理功能的執(zhí)行者p.74圖3-1一些蛋白質(zhì)的功能。(a)螢火蟲所發(fā)出的光是由螢光素(luciferase)催化螢光素(luciferin)與腺苷三磷酸(ATP)參與的化學(xué)反應(yīng)所產(chǎn)生的(詳見Box13-1)。(b)紅血球中含有一種大量的氧氣運(yùn)輸?shù)鞍祝t蛋白。(c)角質(zhì)素在所有脊椎動(dòng)物均有表現(xiàn),是組成毛髮、鱗片、角、羊毛、指甲和羽毛等之重要結(jié)構(gòu)成分;圖中的黑犀牛已瀕臨絕種,因?yàn)槟承┑貐^(qū)一直以來認(rèn)為犀牛角製成粉後可作為有效的壯陽藥物,但事實(shí)上,犀牛角的化學(xué)性質(zhì)與牛角或人類的指甲並無任何差異。圖3-13.1胺基酸p.73蛋白質(zhì)是胺基酸的聚合物,由每一個(gè)彼此相鄰的胺基酸殘基(aminoacidresidue)以一種特殊的共價(jià)性鍵結(jié)作聯(lián)結(jié)。胺基酸具有共同之結(jié)構(gòu)特徵常見的20種胺基酸都是α-胺基酸,它們的羧基與胺基都是鍵結(jié)到同一個(gè)碳原子(即α碳)(見圖3-2)。這些胺基酸彼此之間的差異就在其支鏈R基團(tuán)(Rgroups)上,其結(jié)構(gòu)、大小與帶電性的差異也影響到各種胺基酸在水中的溶解度。p.74圖3-2胺基酸的一般結(jié)構(gòu)。除了脯胺酸這個(gè)環(huán)狀胺基酸之外,此結(jié)構(gòu)適用於其他所有α-胺基酸。每個(gè)胺基酸的差異在於連接到α碳(藍(lán)色)上的R基團(tuán)或支鏈(紅色)不同。圖3-220種常見胺基酸已被賦予由三個(gè)英文字母組成的縮寫及以一個(gè)英文字母代表的符號(hào)(表3-1),通常在表示蛋白質(zhì)的胺基酸序列及組成時(shí)使用。除了甘胺酸外,所有常見胺基酸的α碳原子上均鍵結(jié)了四種不同基團(tuán):羧基、胺基、R基團(tuán)與一個(gè)氫原子(圖3-2;在甘胺酸中R基團(tuán)為另一個(gè)氫原子);因此α碳原子是一個(gè)對(duì)掌中心(chiralcenter)。由於α碳原子附近之鍵結(jié)軌域呈現(xiàn)正四面體排列,因此這四個(gè)相異基團(tuán)具有兩種獨(dú)特的空間排列,也因此胺基酸具有兩種可能之立體異構(gòu)物;由於兩者互為不能重疊的鏡像(圖3-3),因此這兩種立體異構(gòu)物稱為對(duì)映體(enantiomers)(見圖1-19)。p.74p.75表3
-
1p.76圖3-3
α-胺基酸的立體異構(gòu)化現(xiàn)象。(a)L-與D-丙胺酸互為不能重疊的鏡像異構(gòu)物(即對(duì)映體)。(b)、(c)則為兩種呈現(xiàn)立體異構(gòu)物空間組態(tài)的表示法。(b)結(jié)構(gòu)透視式(perspectiveformulas):實(shí)心三角柱形表示此鍵結(jié)會(huì)突出紙面向外,而虛線則表示該鍵結(jié)穿入紙面向內(nèi)。(c)投影分子式(projectionformulas):水平鍵結(jié)表示突出紙面向外,垂直者則表示穿入紙面向內(nèi)。其中,以後者較為常用,且多半並不用於描繪特定的立體化學(xué)組態(tài)。圖3-3所有具有對(duì)掌中心的分子都具有光學(xué)活性(opticallyactive),也就是它們都能轉(zhuǎn)動(dòng)平面偏極光(參見Box1-2)。為了明確定義這非對(duì)稱碳原子上的四個(gè)取代基之絕對(duì)組態(tài)(absoluteconfiguration),我們使用了另一套特殊的命名法;單醣與胺基酸的絕對(duì)組態(tài)都是用D,L系統(tǒng)(D,Lsystem)(見圖3-4)加以命名的。在Fischer的命名系統(tǒng)中,L與D僅用以表示對(duì)掌性碳原子周圍四個(gè)取代基的絕對(duì)組態(tài),與整個(gè)胺基酸分子的光學(xué)性質(zhì)無關(guān)。p.74p.76圖3-4丙胺酸立體異構(gòu)物與L-和D-甘油醛之絕對(duì)組態(tài)間之立體關(guān)係。在這些結(jié)構(gòu)透視式中,將碳原子作垂直排列,光學(xué)對(duì)稱原子則置於中央;碳原子從最接近末端醛基或羧基者(紅色)開始以1至3從上至下編號(hào)。以此方式表示時(shí),胺基酸之R基團(tuán)(在此為丙胺酸中之甲基)將固定出現(xiàn)在α碳的下方,L-胺基酸之α-胺基位於左方,D-胺基酸之α-胺基則位於右方。圖3-4■重要慣例:胺基酸的三字母代碼很明顯地是由胺基酸名稱的前三個(gè)字母所組成?!鲋匾獞T例:胺基酸中碳原子之編號(hào)排序有兩種命名系統(tǒng),可能造成些許混淆。第一種編號(hào)方式是將R基團(tuán)中的碳原子,從連接在α碳原子上起新增的每個(gè)碳原子依序以β,γ,δ,ε編號(hào);然而對(duì)大多數(shù)其他有機(jī)分子而言,碳原子的編號(hào)都是將一端取代基原子序最大的碳原子定作C-1。若沿用此系統(tǒng),則胺基酸的羧基碳原子將被定作C-1,而α碳原子將為C-2,以此類推。p.74■重要慣例:有些情況下,如胺基酸R基團(tuán)為雜環(huán)者,若以希臘字母系統(tǒng)編號(hào)將造成混亂,因此將沿用傳統(tǒng)C-1,C-2之編號(hào)方式。對(duì)於分支的胺基酸側(cè)鏈具有同一位置碳原子時(shí),則給予希臘字母加上數(shù)字編號(hào)。因此白胺酸具有δ1與δ2碳原子(參見圖3-5)。p.76蛋白質(zhì)中之胺基酸殘基均為L(zhǎng)-型立體異構(gòu)物幾乎所有具對(duì)掌中心的生物化合物都僅以一種立體異構(gòu)物的狀態(tài)天然存在,非D即L。蛋白質(zhì)分子中的胺基酸殘基就都是L型異構(gòu)物。但對(duì)生物體而言,D,L型異構(gòu)物的差異就像右手與左手一般,要形成蛋白質(zhì)中穩(wěn)定而具重複性的序列(第4章),一般而言它的組成分胺基酸確實(shí)必須是屬於同一種立體化學(xué)系列的。p.76胺基酸可由其R基團(tuán)加以分類了解這20種常見胺基酸化學(xué)性質(zhì)有助於我們對(duì)生物化學(xué)的理解。胺基酸可由其R基團(tuán)(表3-1)的性質(zhì)分為五大類,特別是其極性(polarity)或在生物體pH值7.0環(huán)境下與水發(fā)生交互作用的傾向;R基團(tuán)的極性差異很大,從非極性與疏水性(非水溶性)到高度極性與親水性(水溶性)。常見20種胺基酸的結(jié)構(gòu)如圖3-5所示,其部分性質(zhì)則列於表3-1。p.77FIGURE1-5p.47圖3-5FIGURE1-5p.77圖3-5蛋白質(zhì)中常見的20種胺基酸。圖中結(jié)構(gòu)式表示在pH7.0時(shí)各種胺基酸之主要離子化狀態(tài);未上色者為各種胺基酸結(jié)構(gòu)相同的部分,紅色區(qū)塊則表示R基團(tuán)。雖然組胺酸的R基團(tuán)是以不帶電的狀態(tài)呈現(xiàn),但由其pKa值(詳見表3-1)可推算在pH7.0時(shí)此基團(tuán)是部分帶電的。組胺酸的質(zhì)子化形式如圖3-12b所描述。圖3-5(續(xù))非極性、脂肪族R基團(tuán)此類胺基酸的R基團(tuán)是非極性與疏水性的。丙胺酸(alanine)、纈胺酸(valine)、白胺酸(leucine)與異白胺酸(isoleucine)的支鏈在蛋白質(zhì)中會(huì)藉由疏水性作用力群集在一起以穩(wěn)定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。甘胺酸(glycine)為構(gòu)造最簡(jiǎn)單的胺基酸,雖然被劃分為非極性胺基酸,但其支鏈氫原子太小了以至於無法對(duì)疏水性作用有任何貢獻(xiàn)。甲硫胺酸(methionine)是胺基酸中兩個(gè)具有硫者之一,其支鏈為非極性的硫醚基團(tuán)。p.77脯胺酸(proline)的脂肪族支鏈為特殊的環(huán)狀構(gòu)造,其二級(jí)胺(亞胺)基團(tuán)被固定在一個(gè)極為緊緻的構(gòu)形中,因此含有脯胺酸的多肽區(qū)域其結(jié)構(gòu)彈性會(huì)大幅降低。p.78芳香族R基團(tuán)此類胺基酸包含苯丙胺酸(phenylalanine)、酪胺酸(tyrosine)與色胺酸(tryptophan)三種,其芳香族支鏈?zhǔn)窍鄬?duì)較非極性的(疏水性的),三者均能參與疏水性交互作用。酪胺酸與色胺酸之極性遠(yuǎn)較苯丙胺酸大,這是因?yàn)槔野匪峋哂辛u基而色胺酸之環(huán)中具有氮的緣故。色胺酸與酪胺酸(苯丙胺酸則較差)會(huì)吸收紫外光(見圖3-6與Box3-1),這也是蛋白質(zhì)在波長(zhǎng)280nm附近會(huì)有強(qiáng)吸光之成因;此特性也被科學(xué)家用來定量蛋白質(zhì)。p.78FIGURE1-5p.78圖3-6芳香族胺基酸可吸收紫外光。比較芳香族胺基酸色胺酸與酪胺酸在pH6.0時(shí)之吸收光譜,發(fā)現(xiàn)兩者在相等莫耳濃度之下(10-3M),色胺酸之吸光值為酪胺酸的四倍;兩者之最大吸收波長(zhǎng)則均接近280nm。另一種圖中未標(biāo)示的芳香族胺基酸苯丙胺酸吸光值甚低,通常對(duì)蛋白質(zhì)的光譜性質(zhì)無貢獻(xiàn)。圖3-6極性、不帶電R基團(tuán)此類胺基酸遠(yuǎn)較非極性胺基酸易溶於水,即其親水性較強(qiáng);因?yàn)槠銻基團(tuán)可以與水形成氫鍵。此類胺基酸包含絲胺酸(serine)、酥胺酸(threonine)、半胱胺酸(cysteine)、天冬醯胺(asparagine)與麩胺醯胺(glutamine)五種。兩分子半胱胺酸很容易經(jīng)由氧化作用形成具有雙硫鍵結(jié)之產(chǎn)物胱胺酸(cystine)(圖3-7),此經(jīng)由雙硫鍵聯(lián)結(jié)之殘基則變得極為疏水性(非極性)。雙硫鍵在許多蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中扮演非常特別的角色,它可能將蛋白質(zhì)分子的不同區(qū)域或是將兩條多肽作共價(jià)鍵結(jié)。p.78FIGURE1-5p.78圖3-7
兩分子半胱胺酸可氧化形成具雙硫鍵的胱胺酸,亦能進(jìn)行可逆還原反應(yīng)。雙硫鍵之形成有助於穩(wěn)定許多蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。圖3-7帶正電(鹼性)R基團(tuán)親水性最強(qiáng)之R基團(tuán)就是帶正電或負(fù)電之支鏈官能基。在pH7.0時(shí)R基團(tuán)帶最強(qiáng)正電之胺基酸是離胺酸(lysine),它在其脂肪族支鏈末端ε位置帶有第二個(gè)一級(jí)胺基。精胺酸(arginine)具有一個(gè)帶正電的胍基團(tuán);另外則是帶有咪唑基團(tuán)之組胺酸(histidine)。組胺酸是唯一具有pKa
值接近中性之離子化支鏈的胺基酸,在許多酵素催化反應(yīng)中,組胺酸扮演質(zhì)子提供者與接受者之角色來促進(jìn)反應(yīng)之進(jìn)行。p.78帶負(fù)電(酸性)R基團(tuán)在pH7.0時(shí)R基團(tuán)帶有淨(jìng)負(fù)電的兩個(gè)胺基酸為天冬胺酸(aspartate)與麩胺酸(glutamate),兩者均具有第二個(gè)羧基。p.79特殊胺基酸也具有重要功能除了20種常見胺基酸之外,蛋白質(zhì)序列中也可能含有由常見胺基酸殘基經(jīng)化學(xué)修飾作用產(chǎn)生的特殊胺基酸殘基(圖3-8a)。4-烴基脯胺酸(4-hydroxyproline;脯胺酸的衍生物)與5-烴基離胺酸(5-hydroxylysine;離胺酸的衍生物),前者出現(xiàn)於植物細(xì)胞壁蛋白質(zhì)中,兩者也都存在於膠原蛋白中。6-N-甲基離胺酸(6-N-Methyllysine)是肌球蛋白的組成分之一。p.79γ-羧麩胺酸(γ-carboxyglutamate)也是一種相當(dāng)重要的特殊胺基酸,存在於凝血蛋白凝血原及其他會(huì)與鈣離子結(jié)合的蛋白質(zhì)中。鎖鏈離胺素(desmosine)則是一種較為複雜的特殊胺基酸,它是由四個(gè)Lys殘基所組成的衍生物,存在於一種纖維狀蛋白質(zhì)-彈性蛋白中。硒半胱胺酸(selenocysteine)則是一種特殊的類型,這種特殊胺基酸殘基是在蛋白質(zhì)生合成過程中即加入,而非經(jīng)由合成後修飾作用產(chǎn)生的。鳥胺酸(ornithine)與瓜胺酸(citrulline;圖3-8c)是精胺酸生合成與尿素循環(huán)重要的中間代謝產(chǎn)物。p.79圖3-8(a)
p.80圖3-8特殊胺基酸。(a)蛋白質(zhì)中有時(shí)也能發(fā)現(xiàn)特殊的胺基酸,它們?nèi)怯沙R姷囊话惆坊嵫苌玫模尚揎椬饔眉由系奶厥夤倌芑约t色表示。鎖鏈離胺素則是由4個(gè)離胺酸組成(4個(gè)碳原子骨架以黃色表示),數(shù)字或希臘字母則用以標(biāo)示這些碳原子。圖3-8(b)
p.80圖3-8特殊胺基酸。(b)可逆的胺基酸修飾涉及了蛋白質(zhì)活性的調(diào)控。磷酸化是最普遍的調(diào)控修飾之一。BOX1-2FIGURE1p.79BOX3-1分子吸收光:比爾定律當(dāng)結(jié)晶物質(zhì)溶解使得熵增加許多生物分子會(huì)在特定波長(zhǎng)吸收光,如色胺酸會(huì)在波長(zhǎng)280nm吸收光(圖3-6)。在特定波長(zhǎng)下,入射光被溶液吸收的比例會(huì)與吸收層的厚度(即光徑長(zhǎng))與吸光物種之濃度有關(guān)(圖1)。這兩種關(guān)係可組合為比爾定律:log(I0/I)所表示的即為吸光率(absorbance),命名為A。莫耳消光係數(shù)會(huì)因吸光化合物之本質(zhì)、溶劑、波長(zhǎng),甚至pH值(若吸光物種與吸光性質(zhì)不同的另一種游離態(tài)達(dá)平衡時(shí))而異。BOX1-2FIGURE1p.79BOX3-1分子吸收光:比爾定律(續(xù))圖1分光光度計(jì)之主要構(gòu)成要素。光源發(fā)出涵蓋廣泛光譜之光,單色儀選擇並傳導(dǎo)特定波長(zhǎng)之光。單色光通過光徑長(zhǎng)為l之比色管中的樣品溶液,並以與吸光物種濃度成比例之方式被樣品吸收。穿透光之強(qiáng)度則可由偵測(cè)器測(cè)得。胺基酸可作為酸亦能作為鹼當(dāng)胺基酸的胺基和羧基與某些胺基酸的可解離R基團(tuán)在一起時(shí),可作為弱酸或弱鹼。當(dāng)沒有可解離R基團(tuán)的胺基酸溶於水時(shí),會(huì)以雙質(zhì)子離子或兩性離子狀態(tài)存在(圖3-9)。具有兩性(amphoteric)特性的物質(zhì)通稱為兩性電解質(zhì)(ampholytes)。一個(gè)簡(jiǎn)單的單胺基單羧基α-胺基酸,如丙胺酸,當(dāng)它完全質(zhì)子化時(shí)將成為一雙質(zhì)子酸,它的兩個(gè)基團(tuán):─COOH基與─NH3
+基均能釋出質(zhì)子:p.81p.81圖3-9p.81圖3-9胺基酸之非離子化與兩性離子狀態(tài)。水溶液中未離子化的胺基酸所占比例很低,在中性pH值時(shí)胺基酸主要以雙性分子狀態(tài)存在。而雙性分子可以是酸(質(zhì)子提供者)或是鹼(質(zhì)子接受者)。胺基酸具特有之滴定曲線酸鹼滴定是指一個(gè)逐步添加或移除質(zhì)子的過程。圖3-10為雙質(zhì)子態(tài)甘胺酸的滴定曲線,此圖形具有兩個(gè)特別顯著的階段,對(duì)應(yīng)於甘胺酸上兩個(gè)不同基團(tuán)的去質(zhì)子化過程。滴定之第二階段對(duì)應(yīng)於自─NH3+
基團(tuán)移除質(zhì)子之過程。由甘胺酸之滴定曲線可獲得一些重要資訊。第一點(diǎn),此滴定曲線可協(xié)助我們測(cè)得甘胺酸上兩個(gè)離子化基團(tuán)之pKa
值:即─COOH基為2.34、─NH3+
基為9.60。p.81
圖3-10p.81圖3-10胺基酸之滴定。本圖為0.1M甘胺酸在25℃時(shí)之滴定曲線。滴定過程中各階段重要之離子化物種如圖上方所示。陰影區(qū)以pK1=2.34與pK2
=9.60為中心,顯示這些區(qū)域之pH值具有最大的緩衝能力。注意!1個(gè)當(dāng)量的OH-=加入0.1MNaOH。甘胺酸之羧基pKa
值之所以有如此大的差異應(yīng)來自於α-碳原子上待脫離質(zhì)子與鄰近正價(jià)胺基之間的排斥作用,如圖3-11所示,此兩性離子上相反電荷基團(tuán)間產(chǎn)生的穩(wěn)定效應(yīng)將使平衡反應(yīng)大幅趨向右方。第二點(diǎn)資訊是,此胺基酸在兩個(gè)pH範(fàn)圍中具有緩衝力。p.82
圖3-11p.82圖3-11化學(xué)環(huán)境對(duì)pKa值之作用效應(yīng)。甘胺酸中可離子化基團(tuán)之pKa
值比一般較簡(jiǎn)單、甲基取代的胺基或羧基者為低。這些造成pKa值降低的因素來自於分子內(nèi)交互作用。鄰近胺基酸殘基的化學(xué)基團(tuán)會(huì)產(chǎn)生相似的效應(yīng),例如:酵素的活性部位。滴定曲線可估算胺基酸帶電情形胺基酸淨(jìng)電荷為0的特定pH值稱為等電點(diǎn)(isoelectricpoint)或等電pH值(isoelectricpH),簡(jiǎn)稱為pI。以甘胺酸為例,由於不具支鏈官能基,它的等電點(diǎn)可從兩pKa值之算數(shù)平均值求得:p.82胺基酸彼此之間酸鹼性質(zhì)各異各種胺基酸彼此之間共有之性質(zhì)可讓我們將其酸鹼性質(zhì)簡(jiǎn)化歸納出幾個(gè)通則。第一、所有只具一個(gè)α-胺基、一個(gè)α-羧基與一個(gè)非離子化R基之胺基酸其滴定曲線幾乎與甘胺酸相同(圖3-10)。第二、具有可離子化R基之胺基酸其滴定曲線較為複雜,其有三個(gè)滴定階段,分別對(duì)應(yīng)於三個(gè)離子化步驟,因此它們具有三個(gè)pKa
值。由離子化R基所產(chǎn)生的額外一個(gè)滴定階段會(huì)與另兩個(gè)階段有某些程度的混合現(xiàn)象,在此以兩種屬於此類型之胺基酸的滴定曲線為例,它們分別是麩胺酸與組胺酸(圖3-12)。p.83圖3-12
p.83圖3-12
(a)麩胺酸與(b)組胺酸的滴定曲線。R基團(tuán)之pKa
值在此以pKR表示??偨Y(jié)3.1常見20種胺基酸以殘基方式存在於蛋白質(zhì)中,包含一個(gè)α-羧基、一個(gè)α-胺基與一個(gè)特定的R基取代於α-碳原子上。除了甘胺酸之外,所有胺基酸之α-碳原子均為非對(duì)稱性的,因此胺基酸至少可以兩種立體異構(gòu)物狀態(tài)存在?,F(xiàn)有蛋白質(zhì)中僅發(fā)現(xiàn)L-型胺基酸之存在。另有其他較不常見的胺基酸存在,它們可作為蛋白質(zhì)的組成物(蛋白質(zhì)合成完成後藉由修飾一般正常胺基酸殘基而產(chǎn)生)或是作為游離態(tài)的代謝物。胺基酸可以其R基團(tuán)之極性或帶電性(在pH7時(shí))區(qū)分成五大類。p.84胺基酸之酸鹼性質(zhì)差異很大並具有特定的滴定曲線。具單一胺基與單一羧基之胺基酸(R基團(tuán)不能離子化者)在低pH值時(shí)為雙質(zhì)子酸(+H3NCH(R)COOH),而隨著環(huán)境pH值升高會(huì)形成多種不同之離子化形式。具有可離子化R基團(tuán)之胺基酸則具有額外的離子化物種,隨環(huán)境pH值與R基團(tuán)之pKa值而異。p.843.2勝肽與蛋白質(zhì)勝肽為胺基酸結(jié)合成之鏈狀體兩個(gè)胺基酸可藉由一取代之醯胺鍵結(jié),即肽鍵(peptidebond)作共價(jià)性聯(lián)結(jié)形成所謂雙肽。此鍵結(jié)是由一個(gè)胺基酸之羧基及另一胺基酸之胺基共同脫去一個(gè)水分子而形成(圖3-13)。當(dāng)只有幾個(gè)胺基酸連結(jié)時(shí),其結(jié)構(gòu)稱為寡肽(oligopeptide)。而當(dāng)許多胺基酸連結(jié)時(shí),其產(chǎn)物則稱為多肽(polypeptide)。圖3-14描繪的是一個(gè)五肽的結(jié)構(gòu)。如前文已提到的,未形成勝肽的胺基酸通常稱為殘基。p.84勝肽中位於左端具有游離胺基的胺基酸殘基稱為胺基端(amino-terminal)或N-端殘基,而位於右端具有游離羧基的則稱為羧基端(carboxyl-terminal)或C-端殘基。p.85圖3-13
p.84圖3-13縮合反應(yīng)形成肽鍵。官能基標(biāo)示為R2之胺基酸中之α-胺基可作為親核性反應(yīng)基團(tuán),取代另一個(gè)標(biāo)示為R1之胺基酸中的─OH基,以形成肽鍵(黃色)。胺基是一種絕佳的親核性反應(yīng)基團(tuán),然而─OH基卻是一種很差的離去基且不容易被取代。在生理?xiàng)l件的pH值下,此反應(yīng)不容易直接發(fā)生。圖3-14
p.84圖3-14五肽(Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu)。勝肽的命名是由胺基端殘基開始,一般位於左端。肽鍵以黃色表示,R基團(tuán)則為紅色?!鲋匾獞T例:當(dāng)要展示一個(gè)勝肽、多肽或是蛋白序列時(shí),胺基端會(huì)被放在左手邊而羧基端則是放在右手邊。因此,序列是從胺基端開始由左向右讀取。p.85勝肽可由其離子化行為加以區(qū)分勝肽僅具一個(gè)游離胺基與一個(gè)游離羧基,分別位於鏈狀結(jié)構(gòu)兩端(圖3-15)。具生物活性的勝肽與多肽之大小及組成差異甚鉅具有生物活性之勝肽與蛋白質(zhì)之功能與分子量大小間之關(guān)係並無一通則可加以規(guī)範(fàn)。商品化合成的雙肽:如天冬胺酸-苯丙胺酸甲酯(俗稱為阿斯巴甜)就是一種為人熟知並廣泛使用之代糖。p.85圖
3-15
p.85圖3-15四肽。此四肽具有一個(gè)游離α-胺基、一個(gè)游離α-羧基與兩個(gè)離子化R基團(tuán)。在pH7.0時(shí)可離子化基團(tuán)以紅色表示。Peptide:
有許多peptide具有生理活性
例如:三個(gè)胺基酸組成的Tripeptide:glutathione(γ-glutamyl-L-cysteinylglycine)。幾乎存於各種生物體,參與許多重要的生理功能。
DNA與一些生物分子的合成藥物與環(huán)境毒物的代謝胺基酸的輸送。充當(dāng)有效的還原劑(被氧化)5.2勝肽催產(chǎn)素(Oxytocin):在分娩時(shí)會(huì)剌激子宮肌肉的收縮,哺乳時(shí)能促進(jìn)乳汁的分泌。血管增壓素(vasopressin):是抗利尿激素(antidiuretichormone),在血壓低與高血鈉濃度被分泌出來,可助腎臟留住水分。Met-enkephalin與leu-enkephalin:屬於鴉片peptide(opioidpeptides),能緩解痛產(chǎn)生興奮的感覺。心房利鈉因子:剌激稀尿的產(chǎn)生,與血管加壓素具相反效果。NPY與galanin:抑制食慾的peptides。物質(zhì)P與緩動(dòng)素:剌激痛覺,與鴉片類peptides具相反的作用。表3-2
p.86表3-3p.86部分蛋白質(zhì)含有胺基酸以外之化學(xué)基團(tuán)有些蛋白質(zhì)除了胺基酸之外還具有永久結(jié)合之化學(xué)組成分,這些蛋白質(zhì)稱為共軛蛋白質(zhì)(conjugatedproteins),其中非胺基酸的部分稱為輔基(prostheticgroup)。共軛蛋白質(zhì)可就其所含輔基的化學(xué)性質(zhì)為基礎(chǔ)加以分類(表3-4),例如:脂蛋白(lipoproteins)含有脂質(zhì);醣蛋白(glycoproteins)含有糖基;而金屬蛋白(metalloproteins)則含有特定金屬原子。p.87總結(jié)3.2胺基酸可經(jīng)由肽鍵共價(jià)聯(lián)結(jié)成勝肽與蛋白質(zhì)。細(xì)胞中含有數(shù)以千計(jì)不同種類的蛋白質(zhì),每一種蛋白質(zhì)都具有不同的生物功能。蛋白質(zhì)可以是由長(zhǎng)達(dá)一百至數(shù)千個(gè)胺基酸殘基所組成的長(zhǎng)多勝肽,然而也有少數(shù)天然存在的勝肽是僅由幾個(gè)胺基酸殘基所構(gòu)成的。有些蛋白質(zhì)是由數(shù)個(gè)非共價(jià)性聯(lián)結(jié)的多肽鏈(稱為次單元)所組成。簡(jiǎn)單的蛋白質(zhì)水解後僅會(huì)得到胺基酸,共軛蛋白質(zhì)則含有額外的組成成分如金屬或有機(jī)輔基。p.87表3-4p.873.3蛋白質(zhì)的操作與分析p.87蛋白質(zhì)可分離與純化在一種蛋白質(zhì)的性質(zhì)與活性能明確決定前,製備出高純度的蛋白質(zhì)是絕對(duì)必須的。蛋白質(zhì)的來源一般是組織或微生物細(xì)胞。蛋白質(zhì)純化的第一步驟就是將這些細(xì)胞打破,使其蛋白質(zhì)釋出至溶液中,此部分即稱為粗萃取物(crudeextract)。一般粗萃取物會(huì)先以基於蛋白質(zhì)大小或電荷差異為基礎(chǔ)的處理方法加以分離,稱為分劃(fractions)或分部分離(fractionation)。透析(dialysis)就是一種利用蛋白質(zhì)大分子性質(zhì)而將之交換溶劑的方法。功能最強(qiáng)大的分劃方法是管柱層析法(columnchromatography)。它是利用蛋白質(zhì)之大小、電荷、結(jié)合能力與其他性質(zhì)之差異加以分離(圖3-16)。離子交換層析法(ion-exchangechromatography)是利用在特定的pH值下,蛋白質(zhì)淨(jìng)電荷之正負(fù)與帶電量的差異來進(jìn)行純化。管柱基質(zhì)是一個(gè)具有帶電基團(tuán)的合成聚合物(樹酯);帶陰離子的基團(tuán)稱為陽離子交換劑(cationexchangers),而帶陽離子的基團(tuán)稱陰離子交換劑(anionexchangers)。p.88圖
3-16
p.88圖
3-16(續(xù))
p.88圖3-16管柱層析法。標(biāo)準(zhǔn)的層析管柱元件包含底部的一個(gè)固相多孔狀墊片(基質(zhì)),材質(zhì)大多為塑膠或玻璃,讓溶液(為移動(dòng)相)可以流通過基質(zhì)(為固定相)。管柱底部之流出液會(huì)不斷被上方儲(chǔ)液槽中加入的緩衝溶液取代。待分離的蛋白質(zhì)樣品混合溶液亦由上方置入管柱中,待其完全沒入固定相後再繼續(xù)補(bǔ)充緩衝液。隨著蛋白質(zhì)混合液在管柱中移動(dòng),各種不同蛋白質(zhì)會(huì)與固定相基質(zhì)間產(chǎn)生程度不同的交互作用。隨著蛋白質(zhì)樣品往管柱底部移動(dòng),各種蛋白質(zhì)色帶(如圖蛋白質(zhì)A為藍(lán)色、B為紅色、C為綠色)會(huì)逐漸加寬,進(jìn)而達(dá)到分離之目的。增加管柱長(zhǎng)度將提高分離效果(即解析度增加);但相對(duì)地隨著層析時(shí)間的增加,蛋白質(zhì)色帶隨擴(kuò)散作用也會(huì)持續(xù)加寬,此現(xiàn)象則會(huì)降低解析度。以圖中為例,蛋白質(zhì)A可完全與B和C分離,但B與C之間則因擴(kuò)散現(xiàn)象而無法達(dá)到完全分離的效果。在陽離子交換管柱層析法(cation-exchangechromatography)中(圖3-17a),固相基質(zhì)是帶負(fù)電荷基團(tuán)。大小-排除層析法(size-exclusionchromatography),也稱為膠體過濾法(gelfiltration,圖3-17b),是利用蛋白質(zhì)大小之差異進(jìn)行分離。親和性層析法(affinitychromatography)則利用蛋白質(zhì)結(jié)合親和力之差異加以分離(圖3-17c)。p.90圖
3-17(a)
p.89圖3-17蛋白質(zhì)純化常用的三種管柱層析方法。(a)離子交換層析法是利用蛋白質(zhì)在特定pH值時(shí)之靜電荷差異進(jìn)行分離。圖
3-17(b)
p.89圖3-17蛋白質(zhì)純化常用的三種管柱層析方法。。(b)大小-排除層析法(也稱為膠體過濾法或是分子篩過濾法)是利用蛋白質(zhì)大小之差異進(jìn)行分離。圖
3-17(c)
p.89圖3-17蛋白質(zhì)純化常用的三種管柱層析方法。
(c)親和性層析法是利用蛋白質(zhì)與固定相基質(zhì)上連接之特殊配位基間結(jié)合專一性能力之差異進(jìn)行分離。在內(nèi)文中將對(duì)此方法做進(jìn)一步詳細(xì)介紹。最新改良的層析法是高效能液相層析法(highperformanceliquidchromatography;HPLC)。此方法利用高壓幫浦,搭配填充可抵抗高壓流動(dòng)下造成之碎裂力的高品質(zhì)層析介質(zhì),以提高蛋白質(zhì)分子在管柱中移動(dòng)的速度。隨著每個(gè)純化步驟的完成,蛋白質(zhì)樣品含量與體積通常會(huì)隨之減少(表3-5),此時(shí)較適合以更複雜(且較昂貴)的管柱層析法加以分離。p.90表3-5
p.91範(fàn)例3-1勝肽的離子交換一位生物化學(xué)家想要利用離子交換管柱層析法分離兩條勝肽。在這支管柱移動(dòng)相的pH值下,勝肽(A)的淨(jìng)電荷為-3,這是因?yàn)槠浜械腉lu與Asp殘基比ArgLys及His殘基多;而另一條勝肽(B)的淨(jìng)電荷則為+1。請(qǐng)問哪一條勝肽在陽離子基質(zhì)中先被沖提下來;而哪一條勝肽則是在陰離子基質(zhì)中先被沖提下來?p.90範(fàn)例3-1(續(xù))解:在陽離子基質(zhì)中帶有負(fù)電荷會(huì)與陽離子分子結(jié)合,進(jìn)而阻滯陽離子分子在管柱中的行進(jìn)。而帶有正淨(jìng)電荷的勝肽(B)和勝肽(A)相比會(huì)與陽離子基質(zhì)有較強(qiáng)的作用,因此,在陽離子交換管柱中勝肽(A)將會(huì)先被沖提下來。相對(duì)的,在陰離子交換管柱中勝肽(B)會(huì)先被沖提下來,因?yàn)閹в胸?fù)淨(jìng)電荷的勝肽(A)會(huì)與帶正電荷的基質(zhì)作用而被滯留。p.90蛋白質(zhì)可利用電泳分離與鑑定另一種用以分離蛋白質(zhì)的重要技術(shù)是基於帶電蛋白質(zhì)分子在電場(chǎng)中之移動(dòng),此過程稱之為電泳(electrophoresis)。蛋白質(zhì)電泳最常使用之膠體介質(zhì)為聚丙烯醯胺之共價(jià)聯(lián)結(jié)聚合物(圖3-18)。電泳中負(fù)責(zé)移動(dòng)大分子蛋白質(zhì)的是電位能E,泳動(dòng)率μ是該粒狀分子之速度V與電位能之比值。泳動(dòng)率也等於該分子之靜電荷
Z與摩擦係數(shù)f(此值部分反應(yīng)出蛋白質(zhì)之形狀)之比值。可以下式表示:p.91FIGURE1-13
p.91圖3-18電泳。(a)將不同樣品注入聚丙烯醯胺膠體上方之樣品槽中,通以電流後蛋白質(zhì)樣品將進(jìn)入膠體中。膠體不但將輕微的溫度梯度引起之對(duì)流流動(dòng)降至最小,而且可以確保蛋白質(zhì)的移動(dòng)完全是由電場(chǎng)所驅(qū)動(dòng)。圖3-18(a)
FIGURE1-13
p.91圖3-18(b)
FIGURE1-13
p.91圖3-18電泳。(b)電泳完成後,可利用如Coomassieblue等呈色劑(與蛋白質(zhì)結(jié)合但不與膠體結(jié)合)加以處理,使蛋白質(zhì)色帶呈色而能以肉眼觀察。每一個(gè)色帶均代表一種不同的蛋白質(zhì)(或蛋白質(zhì)次單元);小分子蛋白質(zhì)在膠體中泳動(dòng)之速度較大分子快,因此會(huì)出現(xiàn)於較接近膠體底部處。圖中所示為大腸桿菌RecA蛋白(將在第25章介紹)的純化。由於RecA蛋白的基因已經(jīng)被選殖於質(zhì)體中(見第9章),因此它的蛋白表現(xiàn)(即蛋白質(zhì)的合成)是可以被控制的。第一行顯示的為一組標(biāo)準(zhǔn)樣品蛋白(已知分子量)作為分子量標(biāo)識(shí)。下兩行顯示在大腸桿菌誘導(dǎo)合成RecA蛋白的前後結(jié)果。第四行顯示出在粗細(xì)胞萃取物中含有的蛋白。接下來幾行(從左至右)表示蛋白質(zhì)經(jīng)過各種純化步驟後的結(jié)果,從最右行可以看到最終純化出的蛋白為單一條多肽鏈(分子量約38,000)。圖3-18(b)(續(xù))
一般用來概估蛋白質(zhì)分子量與純度之電泳法會(huì)使用到清潔劑十二烷基硫酸鈉(sodiumdodecylsulfate;SDS)。在與經(jīng)同一電泳膠體分離之已知分子量蛋白質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)品比較後,任一未知蛋白質(zhì)均可由其在膠體上所在之位置計(jì)算出其概估之分子量(圖3-19)。p.92FIGURE1-13
p.92圖3-19
FIGURE1-13
p.92圖3-19估算待測(cè)蛋白質(zhì)之分子量。蛋白質(zhì)在SDS聚丙烯醯胺膠體電泳中之泳動(dòng)率與其分子量大小有關(guān)。(a)已知分子量之蛋白質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)品經(jīng)電泳分離如第一行所示,這些樣品蛋白質(zhì)可用來估算未知蛋白質(zhì)之分子量(第二行)。(b)以分子量之對(duì)數(shù)值對(duì)相對(duì)電泳泳動(dòng)率作圖可得到一線性關(guān)係,如此即可在圖中讀取未知蛋白質(zhì)之分子量。圖3-19(續(xù))
等電焦集法(isoelectricfocusing)是一種用以計(jì)算蛋白質(zhì)等電點(diǎn)(pI)的電泳方法(圖3-20)。當(dāng)置入蛋白質(zhì)混合物進(jìn)行電泳分析時(shí),每一種蛋白質(zhì)均會(huì)泳動(dòng)到恰等於本身等電點(diǎn)之pH值所在(表3-6)。將等電焦集法與SDS電泳組合而成之實(shí)驗(yàn)流程稱為二維電泳(two-dimensionalelectrophoresis)。此方法用於分析複雜蛋白質(zhì)混合物時(shí)可大幅提高其解析度(圖3-21)。p.92FIGURE1-13
p.93圖3-20
FIGURE1-13
p.93圖3-20等電焦集法。利用蛋白質(zhì)之等電點(diǎn)差異進(jìn)行分離。先添加適當(dāng)兩性電解質(zhì)以製備穩(wěn)定的pH梯度之膠體,待測(cè)蛋白質(zhì)混合樣品則置入膠體中之樣品槽,通以電流後各種蛋白質(zhì)則進(jìn)入膠體並開始緩慢移動(dòng);當(dāng)移動(dòng)到與其pI值相同之pH值才停止。記得!當(dāng)pH=pI時(shí),蛋白質(zhì)的淨(jìng)電荷為零。圖3-20
表3-6
p.93FIGURE1-13
p.93圖3-21
圖3-21二維電泳。(a)蛋白質(zhì)樣品先以柱狀之等電焦集法進(jìn)行第一次分離,爾後將此柱狀膠體水平置於平板狀膠體上進(jìn)行SDS聚丙烯醯胺膠體電泳分析。完成後所得到之膠體,水平方向是依蛋白質(zhì)之不同等電點(diǎn)進(jìn)行分離,垂直方向則依蛋白質(zhì)分子量大小差異進(jìn)行分離。(b)以二維電泳技術(shù)可以解析出超過1,000種大腸桿菌中之蛋白質(zhì)。未經(jīng)分離之蛋白質(zhì)亦可被定量進(jìn)行蛋白質(zhì)純化必須有合適的方法,可針對(duì)各步驟中存在於許多雜蛋白中之某種特定蛋白質(zhì)進(jìn)行偵測(cè)與定量。我們必須知道(1)催化全反應(yīng)之方程式、(2)定量基質(zhì)消失或產(chǎn)物生成之分析方法、(3)酵素作用時(shí)是否需要輔因子如金屬離子或輔酶的參與、(4)酵素活性與受質(zhì)濃度之關(guān)係、(5)最適pH值與(6)酵素保持穩(wěn)定與最高活性的溫度範(fàn)圍。p.93一般國(guó)際單位中認(rèn)定,1.0單位之酵素活性定義為:在最適分析條件與25℃下,每分鐘催化1.0μmol基質(zhì)轉(zhuǎn)換之速率?;钚裕╝ctivity)是指溶液中的總酵素單位數(shù),比活性(specificactivity)則是每毫克總蛋白之酵素單位數(shù)(圖3-22)。比活性可用以評(píng)估酵素純度,隨著純化步驟逐步提升,酵素完全純化後會(huì)達(dá)到最大恆定值(表3-5)。運(yùn)輸?shù)鞍卓煞治銎渑c被運(yùn)輸物質(zhì)間之結(jié)合能力;激素與毒素則可測(cè)定其產(chǎn)生之生物效應(yīng),如生長(zhǎng)激素會(huì)刺激特定培養(yǎng)細(xì)胞之生長(zhǎng)。p.94總結(jié)3.3蛋白質(zhì)可利用其性質(zhì)之差異加以分離與純化。蛋白質(zhì)可藉由添加特定鹽類作選擇性的沉澱;各種層析方法是利用蛋白質(zhì)的大小、親和力、帶電性與其他性質(zhì)加以純化,包含離子交換層析法、大小-排除層析法、親和性層析法與高效能液相層析法等。電泳是利用蛋白質(zhì)之質(zhì)量與帶電荷大小將之分離,SDS膠體電泳與等電焦集法可分別使用,或組合使用(二維電泳)以達(dá)到更高之解析度。所有純化步驟都需要一個(gè)蛋白質(zhì)分析與定量方法來偵測(cè)蛋白質(zhì)混合物中特定蛋白質(zhì)之存在。酵素純化的過程可用比活性分析監(jiān)測(cè)。p.943.4蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu):一級(jí)結(jié)構(gòu)p.95蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)一般被定義成四個(gè)層級(jí)(如圖3-23)。以所有連結(jié)胺基酸殘基的共價(jià)鍵(主要為勝肽鍵與雙硫鍵)來表示一條多肽鏈的方式稱為一級(jí)結(jié)構(gòu)(primarystructure)。一級(jí)結(jié)構(gòu)最重要的組成元件就是胺基酸殘基的序列。二級(jí)結(jié)構(gòu)(secondarystructure)指部分穩(wěn)定排列的胺基酸殘基被提高層級(jí)成為重複使用的結(jié)構(gòu)模型。三級(jí)結(jié)構(gòu)(tertiarystructure)則是描述一條多肽鏈在三度空間中的摺疊方式。當(dāng)一個(gè)蛋白質(zhì)具有兩個(gè)以上的多肽次單元時(shí)(即含有兩條以上的多肽鏈),這些次單元在空間中的排列方式即稱為四級(jí)結(jié)構(gòu)(quaternarystructure)。FIGURE1-13
p.95圖3-23
圖3-23在蛋白質(zhì)中結(jié)構(gòu)的層級(jí)。一級(jí)結(jié)構(gòu)是由藉由勝肽鍵與雙硫鍵連結(jié)在一起的胺基酸序列所組成,而所形成的多肽可以再被編排成二級(jí)結(jié)構(gòu)的單元。例如:α螺旋。此螺旋則是多肽摺疊成三級(jí)結(jié)構(gòu)中的一部分,而三級(jí)結(jié)構(gòu)則為多次單元蛋白形成四級(jí)結(jié)構(gòu)中的一個(gè)次單元。此圖例為血紅蛋白。蛋白質(zhì)之功能決定於其胺基酸序列大腸桿菌可製造超過3,000種不同蛋白質(zhì),人類則能製造約25,000種不同蛋白質(zhì)。在細(xì)菌及人類的例子裡,每一個(gè)蛋白質(zhì)均具有一個(gè)獨(dú)特的立體構(gòu)造,而此結(jié)構(gòu)也決定了獨(dú)特的功能。每一種蛋白質(zhì)也都具有獨(dú)特的胺基酸序列。推測(cè)人類蛋白質(zhì)中約有20%至30%之蛋白質(zhì)是具有多形性的(polymorphic),亦即在不同人類族群中,其胺基酸序列會(huì)有差異存在。p.95數(shù)以百萬計(jì)之蛋白質(zhì)其胺基酸序列已訂定FrederickSanger訂出胰島素多肽鏈之胺基酸序列(圖3-24)。DNA中的核苷酸序列與蛋白質(zhì)中的胺基酸序列是有些許關(guān)聯(lián)性的。目前有非常多蛋白質(zhì)序列是由快速增加的基因體資料庫中之DNA序列間接推衍而得,但仍有許多是以傳統(tǒng)定序方法得到的,這樣的方法可以發(fā)現(xiàn)這個(gè)基因序列的細(xì)節(jié),像是在蛋白質(zhì)合成後所發(fā)生的修飾現(xiàn)象。p.96FIGURE1-13
p.96圖3-24牛胰島素之胺基酸序列。兩條多肽鏈以雙硫鍵加以聯(lián)結(jié)。A鏈之序列在人類、豬、狗、兔及抹香鯨中是完全相同的;B鏈則在牛、豬、狗、山羊與馬中完全相同。圖3-24
短多肽可利用自動(dòng)儀器進(jìn)行定序目前有許多方法可用來分析蛋白質(zhì)之一級(jí)構(gòu)造,也有許多方法可標(biāo)定或辨識(shí)胺基端胺基酸殘基(圖3-25a)。p.96若欲定序整條多肽,最常被使用的化學(xué)性方法,是由PehrEdman所開發(fā)出來的。艾德曼降解法(Edmandegradation)只會(huì)對(duì)勝肽之胺基端殘基加以標(biāo)定並移除之,其餘所有肽鍵仍均保持完整(圖3-25b)。目前艾德曼降解法可在一種稱為蛋白質(zhì)定序儀(sequenator)上進(jìn)行,機(jī)器會(huì)將各步驟所需試劑以正確比例確實(shí)混勻、分離且決定產(chǎn)物,並記錄結(jié)果。利用艾德曼降解法準(zhǔn)確定序之多肽長(zhǎng)度是由每個(gè)個(gè)別化學(xué)步驟的效率決定的。p.97p.97圖3-25
大分子蛋白質(zhì)須先經(jīng)片段化後始能完成定序胺基酸定序之效率通常隨著多肽長(zhǎng)度增加而遞減。蛋白質(zhì)中非常長(zhǎng)的多肽必須先打斷成小片段後才能有效地進(jìn)行定序。蛋白質(zhì)會(huì)先以化學(xué)或酵素方法切割成數(shù)個(gè)特定的片段。如果有雙硫鍵存在,必須先將其打開。每個(gè)片段都需分別純化後再以艾德曼降解法進(jìn)行定序。最後,各片段出現(xiàn)在原始蛋白質(zhì)中之順序?qū)⑴帕泻?,並決定出雙硫鍵所在之位置。p.98打斷雙硫鍵雙硫鍵的存在會(huì)干擾定序的進(jìn)行。雙硫鍵也會(huì)干擾多肽以化學(xué)或酵素方法切割的過程。兩種將雙硫鍵不可逆打斷的方法如圖3-26所示。p.98FIGURE1-13
p.98圖3-26
FIGURE1-13
p.98圖3-26打斷蛋白質(zhì)中之雙硫鍵。圖中所示為兩種常用的方法:以過氧甲酸處理可將胱胺酸氧化成兩個(gè)磺基丙胺酸殘基;以二硫蘇糖醇處理則可將胱胺酸還原成兩個(gè)半胱胺酸殘基,再進(jìn)一步以碘乙酸將反應(yīng)性強(qiáng)的游離硫醇基進(jìn)行乙基化反應(yīng),以避免其再次氧化回復(fù)形成雙硫鍵構(gòu)造。圖3-26
切割多肽鏈有幾種方法可用來片段化一條多肽鏈。蛋白酶(proteases)可催化肽鍵之水解切割,有些蛋白酶只切割連接在
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