生物信息學(xué)Bioinformatics專題培訓(xùn)市公開課一等獎(jiǎng)百校聯(lián)賽特等獎(jiǎng)?wù)n件

生物信息學(xué)Bioinformatics1第1頁選擇“UndertakenCourses”點(diǎn)擊“Bioinformatics（spring）”下載“參考ppt”2第2頁bioinformation@163.com密碼:bioinformation進(jìn)入以上公用郵箱下載幻燈片“ppt10-上機(jī)2”到電腦桌面3第3頁第四章DNA與蛋白質(zhì)序列分析4第4頁第一節(jié)序列比對(duì)第二節(jié)Blast應(yīng)用第三節(jié)序列功效分析5第5頁Question1:1.我剛才分離一個(gè)水稻基因片段序列，大約250bp，我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以及是否已經(jīng)被他人克隆，應(yīng)該采取什么工具和數(shù)據(jù)庫？BlastnB.BlastpC.tblastn,D.tblastx,E.blastxF.nrG.ESTH.nr/nt6第6頁Question2:

什么是HMM？怎樣進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)？Promoter位置在哪里?什么是TSS,為何要預(yù)測(cè)TSS?預(yù)測(cè)TSS有哪些方法?7第7頁第2節(jié)Blast應(yīng)用8第8頁主要blast程序程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中核酸序列翻譯后蛋白質(zhì)序列逐一比對(duì)。TBlastx核酸核酸核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對(duì)。9第9頁/Blast.cgi10第10頁詳細(xì)步驟1.登陸blast主頁

/BLAST/2.依據(jù)數(shù)據(jù)類型，選擇適當(dāng)程序3.填寫表單信息4.提交任務(wù)5.查看和分析結(jié)果11第11頁序列組成/分子量/等電點(diǎn)---初級(jí)分析酶切位點(diǎn)分析(載體構(gòu)建)基因結(jié)構(gòu)分析/開啟子序列分析第3節(jié)序列功效分析內(nèi)容

12第12頁P(yáng)art1.初級(jí)序列分析序列組成/分子量/等電點(diǎn)分析13第13頁/點(diǎn)擊“BioXMversion2.6”點(diǎn)擊“運(yùn)行”進(jìn)行安裝14第14頁15第15頁序列組成份析16第16頁序列組成份析17第17頁序列組成份析18第18頁A/G/C/T組成，尤其是G+C含量預(yù)測(cè)（進(jìn)化？探針設(shè)計(jì)？）19第19頁蛋白分子量和等電點(diǎn)20第20頁蛋白分子量和等電點(diǎn)21第21頁蛋白分子量和等電點(diǎn)22第22頁蛋白質(zhì)分子量/等電點(diǎn)預(yù)測(cè)onlineComputepI/MW/tools/pi_tool.html23第23頁P(yáng)art2.

酶切位點(diǎn)分析

只要進(jìn)行基因工程利用必須用到各種限制性內(nèi)切酶如GGATCCBamHI24第24頁25第25頁26第26頁P(yáng)art3.基因結(jié)構(gòu)分析/開啟子序列分析27第27頁1）基因結(jié)構(gòu)分析:GenomicDNAcDNA28第28頁29第29頁用softberry預(yù)測(cè)基因結(jié)構(gòu)30第30頁一個(gè)例子:用softberry預(yù)測(cè)基因結(jié)構(gòu)31第31頁2)開啟子序列分析:

什么是開啟子?開啟子序列，普通在TSS之前bp，了解哪個(gè)位點(diǎn)是TSS，哪個(gè)是起始ATG?TSSATGTATApromoter32第32頁2)開啟子序列分析:

所以，我們必須得到TSS位置.怎樣經(jīng)過生物信息學(xué)方法確定TSS?

首先截取包含ATG之前3000bp和基因序列采取以下兩種方法1)軟件預(yù)測(cè),如Softberry;2)搜索EST數(shù)據(jù)庫;33第33頁分析目標(biāo):2)首先找到ATG前面約3000:怎樣經(jīng)過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.首先要找到包含AF486280基因組序列.34第34頁2)首先截取ATG之前3000bp序列以AF486280為例.首先要找到包含AF486280基因組序列.35第35頁36第36頁37第37頁38第38頁39第39頁40第40頁41第41頁方法一:用softberry預(yù)測(cè).42第42頁方法二:用Fruitfly網(wǎng)站promoter預(yù)測(cè)程序預(yù)測(cè).43第43頁44第44頁練習(xí):(1)查找序列:AY900120(2)請(qǐng)用兩種方法分析該基因可能TSS?給出從TSS開始10bp序列.(提醒：首先搜索基因組數(shù)據(jù)庫，取得包含該基因第一個(gè)外顯子之前3000bp和該基因基因組序列；然后進(jìn)行預(yù)測(cè)：方法1：搜索dbEST數(shù)據(jù)庫；方法2：用softberryFGENESH進(jìn)行預(yù)測(cè)TSS；)(3)依據(jù)（2）結(jié)果請(qǐng)列出該基因開啟子序列;(4)依據(jù)（2）結(jié)果請(qǐng)畫出該基因基因結(jié)構(gòu)圖（包含外顯子和內(nèi)含子排列和長(zhǎng)度）;(5)請(qǐng)預(yù)測(cè)AF486280基因編碼產(chǎn)物分子量和等電點(diǎn)(能夠采取BioXM軟件);(6)請(qǐng)對(duì)AF486280基因序列進(jìn)行限制性酶切位點(diǎn)分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位點(diǎn)?(能夠采取BioXM軟件)(7)請(qǐng)分析AF486280基因編碼產(chǎn)物亞細(xì)胞定位情況;(8)請(qǐng)分析AF486280基因編碼產(chǎn)物功效域(domain);(9)請(qǐng)分析AF486280基因編碼產(chǎn)物序列中有哪些主要motif?45第45頁練習(xí):(5)請(qǐng)預(yù)測(cè)AY900120基因編碼產(chǎn)物分子量和