TaxonGap操作說(shuō)明課件

分析軟件TaxonGap

BioEditDNASTARJAVA(TaxonGap運(yùn)行環(huán)境)GSview(查看結(jié)果)Ghostscript(輸出PDF結(jié)果)種內(nèi)種間序列差異－TaxonGapTaxonBioMarker灰色柱和黑色柱分別標(biāo)示種內(nèi)和種間差異，黑色細(xì)線標(biāo)示最小種間差異，左側(cè)的名稱表示參試種，黑色柱右側(cè)的名稱表示親緣關(guān)系最近和種，灰色柱表示參試種的種內(nèi)差異。BioEdit－序列比對(duì)File—open?？梢暂斎攵喾N格式的文件，如.fas,.aln,.bio,.txt等AccessoryApplicationClustalWMultiplealignment彈出下面對(duì)畫(huà)框點(diǎn)擊該鍵進(jìn)行多重比對(duì)種內(nèi)種間序列差異－MegAlignDNASTAR的MegAlign軟件種內(nèi)種間序列差異－MegAlign種內(nèi)種間序列差異－Excel

處理數(shù)據(jù)

粘貼到新建的Excel標(biāo)格中粘貼—選擇性粘貼—轉(zhuǎn)置—選出下三角數(shù)據(jù)（見(jiàn)下頁(yè)）種內(nèi)種間序列差異－相似性矩陣復(fù)制，粘貼到.txt文件中把上頁(yè)中***替換為100種內(nèi)種間序列差異－Taxonfile參試種名稱清單，Taxonfile.txt（參試種數(shù)量應(yīng)與參生矩陣種的數(shù)據(jù)相同）重要提示運(yùn)行Taxongap軟件前必須正確安裝對(duì)應(yīng)版本的以下三個(gè)軟件。1.Java操作環(huán)境/zh_CN/

2.GSviewsoftware/~ghost/gsview/

3.Ghostscriptsoftware/~ghost/

詳見(jiàn)“TaxonGap_Tutorial.pdf”文件中“3.1Softwaredependencies”。若不正確安裝以上3個(gè)軟件或者“環(huán)境變量”沒(méi)有修改，Taxongap軟件不能運(yùn)行或不生成PDF文件。如何修改“環(huán)境變量”WindowsXP開(kāi)始->控制面板->系統(tǒng)->高級(jí)單擊“環(huán)境變量”，然后在“系統(tǒng)變量”下找到

PATH

并單擊。在“編輯”窗口中，通過(guò)將類的位置添加到

PATH

的值來(lái)修改

PATH。如果沒(méi)有項(xiàng)

PATH，可以選擇添加新變量，然后添加

PATH

作為名稱，添加類位置作為值。PATH路徑間用分號(hào)”;”分開(kāi)。關(guān)閉窗口。再次打開(kāi)命令提示符窗口，然后運(yùn)行Java代碼。種內(nèi)種間序列差異－TaxonGap去掉“√”種內(nèi)種間序列差異－TaxonGapTaxonFile：導(dǎo)入?yún)⒃嚪N的.txt文件OutputFile：設(shè)置輸出路徑和輸出文件名種內(nèi)種間序列差異－TaxonGapAdd：增加BioMarker的信息Name：輸入基因的名稱Filesimiliartytable：

load對(duì)應(yīng)基因的txt格式的下三角矩陣文件。（見(jiàn)第9張PPT）然后點(diǎn)Run—Execute,程序運(yùn)行，即可輸出結(jié)果。設(shè)置以下參數(shù)，輸出合適的大小、布局的結(jié)果頁(yè)面高度頁(yè)面寬度左空白，左端右空白，左端上邊距下邊距生物標(biāo)記位移比例尺字體大小比例尺字體大小刻度