2008年河南省?？虏《?5型基因特征分析的開(kāi)題報(bào)告

2008年河南省?？虏《?5型基因特征分析的開(kāi)題報(bào)告開(kāi)題報(bào)告題目：2008年河南省埃柯病毒25型基因特征分析一、選題背景和意義?？虏《荆‥nterovirus）是RNA病毒，可引起發(fā)熱、嘔吐、腹瀉、手足口病等多種疾病，常見(jiàn)于人體腸道和呼吸道。根據(jù)病毒表面抗原和病毒基因組序列的不同，可將埃柯病毒分為不同的血清型和基因型。近年來(lái)，中國(guó)多地出現(xiàn)了多種血清型?？虏《镜囊咔?，其中以25型最為常見(jiàn)。2008年，河南省發(fā)生了25型?？虏《疽l(fā)的人群流行病，給當(dāng)?shù)厣鐣?huì)帶來(lái)了很大的衛(wèi)生和經(jīng)濟(jì)壓力。因此，了解該病毒的基因特征及流行病學(xué)特征，對(duì)于制定防控措施和疫苗研發(fā)具有重要意義。二、研究?jī)?nèi)容和目的本研究將對(duì)2008年河南省?？虏《?5型流行病學(xué)特征和基因特征進(jìn)行分析。具體包括以下幾個(gè)方面：1.對(duì)發(fā)病人群的流行病學(xué)特征和病程進(jìn)行回顧性研究，了解其病程演變和傳播途徑。2.對(duì)河南省病原學(xué)實(shí)驗(yàn)室保存的25型病毒株進(jìn)行全基因組測(cè)序。3.對(duì)全基因組序列進(jìn)行序列比對(duì)和測(cè)序質(zhì)量控制，分析其相似性和差異性。4.基于基因組序列數(shù)據(jù)，進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)，比較其與其他?？虏《净蚪M序列的關(guān)系。5.對(duì)比分析25型病毒株與其他血清型病毒的差異，探討其與病毒毒力和傳染力的關(guān)系。6.基于基因特征，探討病毒與宿主相互作用、抗病毒藥物研發(fā)等方面的應(yīng)用和發(fā)展前景。本研究旨在深入了解25型埃柯病毒的基因特征，并為制定更加有效的防控策略和疫苗研發(fā)提供參考。同時(shí)，為推進(jìn)基因組學(xué)和生物信息學(xué)應(yīng)用于病毒研究提供實(shí)踐基礎(chǔ)。三、研究方法與技術(shù)路線1.取河南省疾病預(yù)防控制中心保存的2008年25型?？虏《静≡?，提取RNA并進(jìn)行全基因組測(cè)序。采用Illumina測(cè)序技術(shù)，建立200bppaired-end文庫(kù)，測(cè)序深度控制在2000x以上。2.對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和去除污染序列。利用SOAPaligner比對(duì)軟件把測(cè)序得到的reads回帶回到參考序列，實(shí)現(xiàn)序列比對(duì)和序列的組裝。3.對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行序列分析，包括序列相似性比對(duì)、序列編輯和序列統(tǒng)計(jì)分析。4.序列進(jìn)化分析：利用MEGA軟件對(duì)全基因組序列進(jìn)行進(jìn)化分析，包括同源性樹(shù)構(gòu)建、進(jìn)化距離計(jì)算、進(jìn)化樹(shù)可視化等。利用Positively-selected-sites程序預(yù)測(cè)基因中的正選擇位點(diǎn)。四、預(yù)期成果本研究預(yù)期可獲得以下成果：1.全面了解2008年河南省?？虏《?5型的發(fā)病情況、傳播途徑和病程特征，為防控該病毒提供可靠的流行病學(xué)數(shù)據(jù)。2.獲得25型病毒株的全基因組序列并進(jìn)行分析，探討不同基因型和血清型病毒之間的差異和相似性。3.基于序列比對(duì)和進(jìn)化樹(shù)分析，探討病毒抗原性和毒力的關(guān)系，為研發(fā)疫苗提供設(shè)計(jì)基礎(chǔ)。4.分析病毒基因特征并探討其與宿主相互作用、抗病毒藥物研發(fā)等方面的應(yīng)用前景。五、進(jìn)度安排本研究擬于2021年9月開(kāi)始，2022年9月完成。具體安排如下：1.2021年9月-10月：病毒病原株提取和文庫(kù)建立2.2021年10月-2022年5月：測(cè)序和數(shù)據(jù)處理3.2022年5月-6月：序列分析和進(jìn)化分析4.2022年7月-8月：結(jié)果總結(jié)和論文撰寫(xiě)5.2022年9月：學(xué)位論文提交和答辯六、參考文獻(xiàn)1.RaoD,etal.2017.Circulatingserotypesofenterovirusassociatedwithhand,footandmouthdiseaseindengue-suspectedpediatricpatients:Amatchedcase-controlstudyinSouthernVietnam.PLoSNeglTropDis11(1):e0005264.2.QianY,etal.2016.Genome-wideanalysisofmutationsinliverubellavaccinestrains.HumVaccinImmunother12(2):484-93.3.ZhuY,etal.2021.Thecompletegenomesequence