甘藍型油菜種質(zhì)資源遺傳多樣性SSR分析及蕓薹屬核心SSR引物篩選的開題報告

甘藍型油菜種質(zhì)資源遺傳多樣性SSR分析及蕓薹屬核心SSR引物篩選的開題報告開題報告一、研究背景與意義甘藍型油菜（BrassicanapusL.var.oleifera)是十字花科油菜屬（Brassica）的一種，其種子中所含的油脂含量高達40-50%，是世界上主要的糧油作物之一。在全球范圍內(nèi)，油菜籽產(chǎn)量已超過其他油料作物，成為最重要的植物油來源。目前，中國已成為全球油菜籽最大的生產(chǎn)國之一，油菜種植面積和產(chǎn)量占全球總量的1/3左右。但是，與此同時，由于過度開發(fā)、土地污染和氣候變化等因素的影響，油菜籽產(chǎn)量的穩(wěn)定性和可持續(xù)性也面臨較大的挑戰(zhàn)。因此，為提高油菜品種的適應(yīng)性和生產(chǎn)力，必須對其種質(zhì)資源進行深入研究。種質(zhì)資源是指在種群中所囊括的全部遺傳變異，包括物種內(nèi)和物種間的遺傳多樣性。油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性對于選擇新品種和改良現(xiàn)有品種具有至關(guān)重要的作用?；诤怂嵝蛄泻偷鞍踪|(zhì)性狀的分析方法是確定油菜種質(zhì)資源遺傳多樣性的理想選擇。但是，由于油菜的基因組結(jié)構(gòu)復(fù)雜，其基因組大小與人類的基因組大小相似，導(dǎo)致直接利用全基因組測序研究油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性的成本和模式極其困難。因此，引物擴增長度多態(tài)性分析（SSR）是一種有效的工具，可以用來研究油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性。與此同時，采用SSR的分子標(biāo)記技術(shù)還可以篩選出蕓薹屬（Brassica）核心SSR引物，這些引物是多種油菜物種之間的通用性基因組標(biāo)記，可用于油菜種間的遺傳關(guān)系和多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建、基因組草圖構(gòu)建和基因組位置顯示等方面。為了更好地進行油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性研究和蕓薹屬核心SSR引物篩選，本研究選擇甘藍型油菜作為研究對象，開展相關(guān)研究。二、研究內(nèi)容及方法2.1.研究內(nèi)容（1）利用SSR標(biāo)記分析甘藍型油菜種質(zhì)資源的遺傳結(jié)構(gòu)和多樣性；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，用于后續(xù)的油菜物種遺傳關(guān)系和進化關(guān)系分析。2.2.研究方法（1）提取甘藍型油菜種質(zhì)資源的DNA，并進行PCR擴增；（2）利用已有的SSR引物，對甘藍型油菜種質(zhì)資源進行遺傳結(jié)構(gòu)和多樣性分析；（3）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，包括測序和基因組分析；（4）利用所篩選的核心SSR引物，對甘藍型油菜種質(zhì)資源進行遺傳關(guān)系和多樣性分析。三、預(yù)期研究結(jié)果及意義3.1.預(yù)期研究結(jié)果（1）對油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性進行系統(tǒng)研究，得到其基因型和表型的多樣性結(jié)構(gòu)信息；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，為油菜物種的遺傳關(guān)系和進化關(guān)系分析提供便利；（3）研究結(jié)果可為甘藍型油菜的育種、種質(zhì)資源保護和利用等方面提供理論基礎(chǔ)和實驗支持。3.2.預(yù)期研究意義（1）深入了解甘藍型油菜種質(zhì)資源的遺傳多樣性，為育種和基因資源的保護提供科學(xué)依據(jù)；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，有助于油菜物種的遺傳關(guān)系和進化關(guān)系分析，同時也可以為油菜的基因組研究提供便利。四、進度安排時間（月）進度安排任務(wù)1-2文獻查閱、選題方案調(diào)整詳細了解研究領(lǐng)域知識，調(diào)整研究方案與方法3-4甘藍型油菜樣品采集和DNA提取甘藍型油菜樣品的采集和DNA提取5-6參考現(xiàn)有SSR引物設(shè)計新引物參考現(xiàn)有SSR引物設(shè)計新引物7-9SSR擴增、分離和篩選利用SSR技術(shù)對甘藍型油菜種質(zhì)資源進行擴增、分離和篩選10-12蕓薹屬核心SSR引物篩選篩選出蕓薹屬核心SSR引物13-15框架圖構(gòu)建和多樣性分析在參考基因組上構(gòu)建框架圖并進行多樣性分析16-18結(jié)論撰寫和論文發(fā)表撰寫研究結(jié)論并發(fā)表論文。五、參考文獻1.SuwabeK,TsukazakiH,IketaniH,etal.Simplesequencerepeat-basedcomparativegenomicsbetweenBrassicarapaandArabidopsisthaliana:thegeneticoriginofclubrootresistance.Genetics,2006,173(1):309-319.2.BayerPE,EdwardsD,BatleyJ.Biasinresistancegenepredictionduetorepeatmasking[J].NatureCommunications,2019,10(1):1-7.3.MandákováT,LysakMA.Basicchromosomenumberandpolyploidy-dependenttranscriptomedivergenceinthegenusBrachypodium.BMCGenomics.2019,20(1):102.4.ChengF,XiaoX,ChenW,etal.DecipheringthediploidancestralgenomeoftheMesohexaploidBrassicarapa[J].NatureCommunications,2013,4(1):1-10.5.GeXH,YuQY,BhattaraiK,etal.Constructionofahigh-densityDArTseqSNP-basedg