研究生開題報告

苜?；ㄈ~病毒自然群體分子遺傳結(jié)構(gòu)分析開題報告01選題依據(jù)

文獻綜述0203技術(shù)路線04預(yù)期結(jié)果05

進度安排目錄CONTENTS06已開展的研究工作選題依據(jù)選題依據(jù)苜蓿是全世界最重要的豆科牧草,被譽為“牧草之王〞。具有產(chǎn)草量高、草質(zhì)優(yōu)良、營養(yǎng)豐富，而且種植規(guī)模大。目前，我國苜蓿種植面積居各種牧草之首，達7000多萬畝，居世界第2位。我國苜蓿種植面積的不斷擴大，為病害大面積發(fā)生和流行創(chuàng)造了有利條件。其中苜蓿花葉病毒引起的苜?；ㄈ~病害在苜蓿病毒病中為主流種。選題依據(jù)AMV的基因組結(jié)構(gòu)AMV病毒侵染的苜蓿病癥電鏡下ＡＭＶ病毒粒子的形態(tài)2023年河北滄州苜?；ㄈ~病危害嚴重文獻綜述文獻綜述植物病毒分子群體遺傳結(jié)構(gòu)分析遺傳變異是在基因組復(fù)制過程中出現(xiàn)錯誤而產(chǎn)生的。理論上講，所有病毒都具有產(chǎn)生大量具多樣性的種群的潛能。病毒在所有生物中具有最快的變異速度，尤其是RNA病毒和反轉(zhuǎn)錄病毒，因為其基因組的一個特點是在它們的復(fù)制及反轉(zhuǎn)錄過程中存在易于發(fā)生錯誤的復(fù)制過程。遺傳多樣性作為一個復(fù)雜的過程至少有兩個階段組成:1)在寄主細胞內(nèi)復(fù)制過程中的變異產(chǎn)生。2)突變體在寄主細胞內(nèi)、在整個生物體中以及在侵染擴散過程中的命運。這兩個過程的發(fā)生和驅(qū)動機制是完全不同的。突變的產(chǎn)生從本質(zhì)上說是一個隨機事件，而單個變異體的命運那么取決于它們在群體中的適合度〔或者產(chǎn)生侵染性后代的能力〕(Domingo，1996)。

文獻綜述

植物RNA病毒變異的來源有突變、同源或非同源重組、多分體病毒間基因組片段的重排。植物DNA病毒群體的遺傳變異和進化的研究報道目前是相當少的。但是關(guān)于植物DNA病毒的突變率還是得到了證實—每循環(huán)一次是10-3個核苷酸(Drake，1998)。在病毒群體遺傳結(jié)構(gòu)分析法中，同源性序列分析，基因組排列順序、基因組的基因組成、外界環(huán)境對基因的影響以及系統(tǒng)進化樹等的分析是研究的主要方面。主要利用MEGA、DNAsp、RDP和BEAST等。最早被描述的植物病毒種群遺傳結(jié)構(gòu)是煙草輕型綠花葉病毒(TMGMV)(Rodrygueze等，1998)。Vivesm等(2002)報道柑橘皰葉病毒(CLBV)的西班牙種群遺傳多樣性在已報道的植物病毒中最低，這可能因為CLBV在西班牙屬于單一起源，并且剛引進。

文獻綜述2023年-至今，本實驗室的吳蓓蕾老師利用生物信息學對麥類病毒群體的分子進行了大量的研究，取得了很大的進展〔Parizipouretal.,2023virusgenes；Wuetal.,2023ScientificReport；Wuetal.,2023PLosone；Wuetal.,2023BMCbiologyevolution〕。利用MEGA、RDP、DNAsp和BEAST等軟件，發(fā)現(xiàn)WDV和BYDV群體存在豐富的多樣性；兩個群體重組現(xiàn)象普遍〔Wuetal.,2023ScientificReport；Wuetal.,2023PLosone〕，其中WDV群體的重組子類型主要有三種，重組主要集中在Rep、cp和mp的邊界以及Rep、cp和SIR的內(nèi)部〔Wuetal.,2023〕。Wuetal.,2023BMCbiologyevolution文獻綜述在共分化的條件下，計算出進化速度為10-8替代/點/年，發(fā)現(xiàn)玉米線條病毒屬病毒與其相應(yīng)的寄主共分化超過5千萬年，但該推論適合于小麥矮縮病毒，并不適合于玉米線條病毒及其它非洲的條紋病毒〔Wuetal.,2023〕，利用CAPS軟件對WDV病毒各個蛋白內(nèi)的共進化位點與蛋白間結(jié)合位點進行了分析，以及這些位點所處的選擇壓力狀態(tài)、群體的重組位點與共進化位點的是否重合等的解析，獲得了兩個群體的分化差異特點以及各個蛋白的進化特點。利用I-TASSER軟件，預(yù)測WDV-W、WDV-B和ODV群體內(nèi)各個蛋白與其他蛋白的氨基酸結(jié)合位點(Wuetal.,2023ScientificReport〕。這為通過酵母雙雜實驗來研究蛋白間互作奠定了根底。Wuetal.,2023ScientificReport自1949年AMV第一次在三葉草上報道以來，國外許多研究者已較早對其電鏡下病毒粒子形態(tài)及理化性質(zhì)、寄主范圍、病毒的別離及提純等做了深入研究。1987年我國的魏寧生、李毅從西北農(nóng)業(yè)大學校園內(nèi)的白三葉草上別離得到了AMV，并進行了進一步研究；1994年陳集雙等在白三葉草上也別離到了AMV，并且他們別離到的AMV與Kreitlow等報道的黃色塊斑株系相類似。Parrella等〔2000〕和Xu等〔2006〕研究指出AMV的分子群體可以依據(jù)地域劃分為不同的類群，說明在進化過程中受到地域的限制影響，但研究中使用的別離物的數(shù)據(jù)量少，缺乏以深刻說明AMV的分子進化特點。Bergua〔2023〕集合60個別離物進行了系統(tǒng)進化研究，指出AMV的分子群體遺傳結(jié)構(gòu)存在多樣性，依據(jù)RNA1的核苷酸序列可以劃分為兩大類群，同時RNA3也可依據(jù)核苷酸序列劃分為兩大類群，法國、意大利、西班牙、美國、加拿大和贊比亞等國都有這兩大類群的分布；序列分析發(fā)現(xiàn)該病毒的三分體基因組間存在豐富的重組現(xiàn)象。但是這個重組現(xiàn)象到底是什么樣的？我國AMV群體的分子進化具有什么樣的特點？。苜?；ㄈ~病毒研究進展：文獻綜述

本研究擬連續(xù)2年在我國不同地域的苜蓿生態(tài)區(qū)采集AMV樣本，進行基因組測序與分子群體遺傳結(jié)構(gòu)分析，獲得自然群體的多樣性和變異特點；從而解析AMV自然群體分子進化的特點與機制。同時為我國苜?；ㄈ~病毒病害的預(yù)警和防治提供理論和技術(shù)支撐。技術(shù)路線技術(shù)路線苜?；ㄈ~病毒自然群體分子遺傳結(jié)構(gòu)分析自然群體的采集與分析我國不同生態(tài)區(qū)連續(xù)兩年采集AMV樣本基因組序列測定，利用MEGA、DNAsp、RDP和BEAST等軟件進行核苷酸與氨基酸變異動態(tài)統(tǒng)計分析AMV變異位點，變異區(qū)段以及蛋白結(jié)構(gòu)的變化解析AMV自然群體遺傳結(jié)構(gòu)的變異特點預(yù)期結(jié)果

1首次在全國范圍內(nèi)對各個苜蓿產(chǎn)區(qū)進行苜?；ㄈ~病毒病害的調(diào)查，得到苜蓿花葉病毒在我國不同種植區(qū)的發(fā)病情況。2獲得大量的AMV基因組全序列。

3從分子結(jié)構(gòu)上解析得到析該病毒的進化特點與進化機制。預(yù)期結(jié)果進度安排計劃進度2017年3月—4月做準備工作，準備試驗材料和試劑等用品并進行預(yù)試驗。查閱文獻資料，撰寫實驗設(shè)計2017年5月—8月在黑龍江、內(nèi)蒙、新疆、云南、河北、四川，西藏等地區(qū)采集樣品并對陽性樣品進行基因組序列測定。2017年9月—12月繼續(xù)對陽性樣品進行基因組序列測定。2018年1月—2月整理數(shù)據(jù)，對實驗數(shù)據(jù)進行分析。2018年3月撰寫論文，準備答辯已開展的研究工作已開展的研究工作圖注：圖中省份后寫的數(shù)字代表2023年采集疑似AMV的樣品數(shù)，箭頭所指的省份〔紫色〕代表我們方案中將要采集樣品的生態(tài)區(qū)。2023-2023年間苜蓿病毒病害樣品采集方案表采樣地類型河北滄州寧夏吳忠錫林浩特安徽新疆樣品數(shù)2648122127AMV26431287陽性率100%90%100%38%30%我國5個省市自治區(qū)苜?；ㄈ~病毒的陽性樣品檢測情況表已開展的研究工作已開展的研究工作基于AMV-mp基因的32個別離物構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹圖注：在系統(tǒng)進化樹中，AMV群體明顯分為2大類群I和II，I類群全部來自中國別離物，II類群主要來自國外〔西班牙、意大利和新西蘭〕別離物。中國類群中的地域劃分非常明顯，河北滄州、新疆、安徽、內(nèi)蒙古都存在多樣性，其中河北滄州AMV多樣性最好，別離物HBCZ2023-1、3和5分布在安徽類群與新疆類群中，這為我們的研究奠定了根底。AMV的RNA1