遺傳異質(zhì)性相關(guān)的術(shù)語(yǔ)

RS是NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中SNP編號(hào)，該數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)一般都有兩個(gè)身份標(biāo)識(shí)(ID)：ss編號(hào)和rs編號(hào)，前者是為所有研究者提交的SNP都生成的編號(hào)，稱為NCBI分析編號(hào)(NCBIAssayID),而后者是在對(duì)所有已有數(shù)據(jù)比較后，為獨(dú)特SNP生成的編號(hào)，稱為參考SNP編號(hào)(refereneeSNPID)。理論上一個(gè)rsSNP可能對(duì)應(yīng)多個(gè)不同的ssSNP,rsSNP應(yīng)是唯一的。從理論上說(shuō)一個(gè)SNP位點(diǎn)應(yīng)該有4種等位基因型，即A.T.C,G,但是在現(xiàn)實(shí)情況中，往往只有2種,說(shuō)以說(shuō)是兩種等位基因型.一個(gè)位點(diǎn)兩種基因型AG,不是一條鏈為A,另外一條鏈為G.這個(gè)意思是說(shuō)，比如人有兩套染色體，一套來(lái)源母本，一套來(lái)源父本,所說(shuō)的A和G的等位基因型說(shuō)的是這兩套上的不同基因型.在PCR擴(kuò)增的條帶上，如何看出哪個(gè)位點(diǎn)是多態(tài)位點(diǎn)?多態(tài)位點(diǎn)和等位基因是什么關(guān)系？一般微衛(wèi)星的話是兩條帶的居多，表示在這個(gè)位點(diǎn)存在多態(tài)性,也有可能會(huì)出現(xiàn)3條帶的，暗示著遺傳背景是遠(yuǎn)系雜合的.應(yīng)該說(shuō)等位基因只是一個(gè)標(biāo)記,并不是是有功能的基因，只是標(biāo)識(shí)個(gè)體在兩條染色體上的差異的一個(gè)marker.Hardy-Weinberg平衡定律的意義時(shí)間:2012-11-0812:08來(lái)源:互聯(lián)網(wǎng)作者:張醫(yī)師1.反映基因頻率和基因型頻率的關(guān)系按照Hardy-Weinberg平衡定律，在達(dá)到遺傳平衡的群體,基因頻率和基因型頻率之間的關(guān)系可以用二項(xiàng)式展開(kāi)的公式表示。設(shè)某基因座有A1、A2、A3、......An個(gè)等位基因，基因頻率分別為pl、P2、p3、"""pn。貝V：評(píng)■(PlAl十皿兀中內(nèi);M *Pn/Vj—訂療凡兒—一喩氏a2丄厲民A：H…?+卅他A?|j2pjP2AjA>I即】+即］p?凡 pflAn］九上述等式的左側(cè)稱配子組數(shù)；等式的右側(cè)稱合子組數(shù)。從二項(xiàng)式展開(kāi)的公式，歸納出基因頻率與基因型頻率的數(shù)量關(guān)系為：純合子基因型頻率等于該基因頻率的平方。雜合子基因型頻率等于該兩基因頻率乘積的二倍。這種基因頻率和基因型頻率間的數(shù)量關(guān)系對(duì)物證鑒定結(jié)論的量化有重要作用。2．群體樣本的檢驗(yàn)Hardy-Weinberg定律的另一個(gè)意義在于對(duì)抽樣調(diào)查的結(jié)果進(jìn)行檢驗(yàn)，評(píng)估所調(diào)查的對(duì)象群體是否符合Hardy-Weinberg平衡定律，評(píng)估群體調(diào)查資料的可靠性。由于在實(shí)際中“理想群體”是不存在的，所以在應(yīng)用群體調(diào)查資料計(jì)算法醫(yī)物證學(xué)鑒定參數(shù)之前，需要先檢驗(yàn)對(duì)象群體是否是統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的Hardy-Weinberg平衡群體。群體的Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)方法有吻合度檢驗(yàn)法、純合度檢驗(yàn)法、似然比檢驗(yàn)法以及確切概率分析法等等。其中吻合度檢驗(yàn)法最為常用，而純合度檢驗(yàn)法、似然比檢驗(yàn)法和確切概率分析法由于計(jì)算較復(fù)雜而使用較少。吻合度檢驗(yàn)是運(yùn)用X2檢驗(yàn)來(lái)衡量基因型數(shù)目的觀察值與該位點(diǎn)上全部基因型頻率分布在符合Hardy-Weinberg平衡時(shí)的期望值之間的吻合程度。首先計(jì)算出比較每個(gè)基因型的觀察值與期望值之間吻合程度的X2值，再將所有基因型的Xz值求和獲得總的X2值，查表求得p值，一般以P>0.05作為無(wú)顯著性差異的界限。計(jì)算公式如下：“P(觀察值一期望值護(hù)若一乙期望值其中X2檢驗(yàn)的自由度為：df-觀察到的基因型數(shù)一等位基因數(shù)基因型的期望值按照Hardy-Weinberg公式計(jì)算：純合子基因型數(shù)的期望值=(基因頻率)2x樣本含量雜合子基因型數(shù)的期望值=2x(基因頻率1)x(基因頻率2)x樣本含量吻合度檢驗(yàn)法是一經(jīng)典的方法，優(yōu)點(diǎn)在于計(jì)算方法簡(jiǎn)便。P>0.05說(shuō)明所調(diào)查的群體達(dá)到了遺傳平衡，也說(shuō)明本次群體調(diào)查的數(shù)據(jù)可信。如果檢驗(yàn)的結(jié)果PvO.05，有三個(gè)問(wèn)題要考慮：①被調(diào)查的群體不是處于遺傳平衡狀態(tài)；②遺傳標(biāo)記分型的技術(shù)或標(biāo)準(zhǔn)出現(xiàn)誤差；③沒(méi)有達(dá)到隨機(jī)抽樣的要求。在X2檢驗(yàn)時(shí)，要求列聯(lián)表中每一格子中基因型的數(shù)目均大于5,而現(xiàn)在法醫(yī)物證分析中最為常用的高多態(tài)性DNA位點(diǎn)，如VNTR或STR,每個(gè)位點(diǎn)有許多等位基因，群體調(diào)查的樣本量不夠大時(shí)，調(diào)查資料中常會(huì)出現(xiàn)一些基因型數(shù)目小于5，甚至有些基因型未觀察到的情況。這不適合于檢驗(yàn)該群體調(diào)查資料是否與Hardy-Weinberg平衡吻合。可以用調(diào)整數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的方法解決這個(gè)問(wèn)題。常用的方法是并組法，可以忽略基因頻率很小的等位基因?qū)θ后w結(jié)構(gòu)影響。以STR基因座D18S51基因座為例：表2-5列出了128名漢族無(wú)關(guān)個(gè)體D18S51基因型分布原始數(shù)據(jù)，即基因型的觀察值。例如基因型12-12的觀察值為0，基因型12-13的觀察值為2，基因型12-14的觀察值為2。等位基因頻率按照前述直接計(jì)數(shù)法的公式算出，即：等位基因12的基因頻率一(0+2+2+2+0+1+2+1+1+0+0+0+0)／2x128=(2+2+2+1+2+1+1)／2x128=0.043所有等位基因頻率的計(jì)算結(jié)果見(jiàn)表2-5。表2-5成都地區(qū)漢族群體D18S51基因型分布及等位基因頻率(n=128)121314151?181920基肉頻率1221U21111§&51m；M341030.S33?卩12$310.2?133]a05B.L915￡4p.u55:2013221L2123g1a.0352221ii.OI?331GQQ4剋10.004純合子基因型12-12的期望值=（基因頻率）2x樣本含量=0.0432x128=0.2367雜合子基因型12-13的期望值=2x（基因12頻率）x（基因13頻率）x樣本含量=2x0.043x0.140x128=1.5411其余純合子或雜合子基因型的期望值同樣用上述公式計(jì)算，并與基因型觀察值一起代入吻合度檢驗(yàn)公式進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡吻合度檢驗(yàn)，即：“Ec觀察蠶嚴(yán)匚碣叱df=基因型數(shù)目一等位基因數(shù)目=42-13=29查表得P<O.01，結(jié)果顯示群體不處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。但是由于D18S51基因座實(shí)際觀察到的基因型數(shù)為42，明顯少于根據(jù)等位基因數(shù)推算出的預(yù)期基因型數(shù)91。在列聯(lián)表中大部分的格子數(shù)值小于5,影響了X2檢驗(yàn)對(duì)群體的估計(jì)能力。此時(shí)的X2檢驗(yàn)不能說(shuō)明群體是否處于Hardy-Weinberg平衡，需要用并組法對(duì)群體調(diào)查資料的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整，即將基因頻率等于和小于0.058的等位基因并組為C,得到表2-6數(shù)據(jù)。按前述步驟計(jì)算結(jié)構(gòu)調(diào)整后的數(shù)據(jù)，求得基因型觀察值，基因頻率和基因型期望值，將基因型觀察值和期望值代人吻合度檢驗(yàn)公式進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡吻合度檢驗(yàn)，得：X2=16.588df=基因型數(shù)目一等位基因數(shù)目=15-5=10查表得P>O.05，結(jié)果顯示群體處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。DNA測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn)某位點(diǎn)突變，而此位點(diǎn)恰好是多態(tài)性位點(diǎn)，怎樣判斷這個(gè)結(jié)果是突變還是基因多態(tài)性？單個(gè)堿基突變可以做SNP檢測(cè)首先應(yīng)該重復(fù)測(cè)序，因?yàn)閮纱螠y(cè)序相差一個(gè)堿基也很有可能。類似這種情況，有專家建議測(cè)序至少要做3次，而且要仔細(xì)核對(duì)圖譜和堿基序列。對(duì)于單核苷酸多態(tài)性（SNP），通常只有兩種等位基因。既然知道此位點(diǎn)是多態(tài)性位點(diǎn)，那么可以杳閱文獻(xiàn)，看該多態(tài)性位點(diǎn)是哪兩種核苷酸（比如說(shuō)是C/A）,如果你的序列中該位點(diǎn)不是其中的一種（比如說(shuō)是T或G）,則我認(rèn)為可以判斷結(jié)果為突變；如果你的序列中該位點(diǎn)是其中的一種（是C或A）,則判斷結(jié)果為基因多態(tài)性。另外，關(guān)于為什么SNP只有兩種等位基因？4種寡核苷酸的任何一種都可以位于基因組的任意位置，因此可以設(shè)想每種單核苷酸多態(tài)性應(yīng)該有四種等位基因。這在理論上是可能的，但實(shí)際上大多數(shù)的SNP只能以兩種突變體的形式存在。這是由產(chǎn)生SNP的方式和其在種群中的分布決定的。當(dāng)基因組中發(fā)生點(diǎn)突變時(shí)就產(chǎn)生SNP，使一個(gè)核苷酸轉(zhuǎn)變成另一個(gè)。如果該突變是發(fā)生在一個(gè)個(gè)體的生殖細(xì)胞中，那么一個(gè)或多個(gè)后代就可能遺傳了這個(gè)突變，經(jīng)過(guò)多代之后，這個(gè)SNP可能在種群中建立，但是僅有兩個(gè)等位基因一一原始序列和突變序列。如果要產(chǎn)生新的突變，必須在另一個(gè)個(gè)體的基因組的同一位置產(chǎn)生一個(gè)新的突變，該個(gè)體和其后代必須繁殖以產(chǎn)生新的等位基因。這種情況不是不可能的，但是不太可能發(fā)生；因此絕大多數(shù)SNP都是雙等位的。哦，我明白了。多謝了！突變和多態(tài)是兩個(gè)經(jīng)常被混淆的概念。嚴(yán)格來(lái)說(shuō)多態(tài)是指基因在人群中在某個(gè)位點(diǎn)或者某段序列上存在差異，這種差異往往并不能導(dǎo)致基因功能的變化。而突變則指那些存在于基因調(diào)控區(qū)，編碼區(qū)或者雖然存在于非編碼區(qū)但能影響基因剪切的多態(tài)位點(diǎn)，這些位點(diǎn)能造成基因所編碼的蛋白的功能變化或者是基因的表達(dá)量發(fā)生變化。這就是突變和多態(tài)的區(qū)別。突變和多態(tài)是兩個(gè)經(jīng)常被混淆的概念。嚴(yán)格來(lái)說(shuō)多態(tài)是指基因在人群中在某個(gè)位點(diǎn)或者某段序列上存在差異，這種差異往往并不能導(dǎo)致基因功能的變化。而突變則指那些存在于基因調(diào)控區(qū)，編碼區(qū)或者雖然存在于非編碼區(qū)但能影響基因剪切的多態(tài)位點(diǎn)，這些位點(diǎn)能造成基因所編碼的蛋白的功能變化或者是基因的表達(dá)量發(fā)生變化。這就是突變和多態(tài)的區(qū)別。

不同意不同意首先應(yīng)該重復(fù)測(cè)序，因?yàn)閮纱螠y(cè)序相差個(gè)堿基也很有可能。類似這種情況，有專家建議測(cè)序至少要做3次，而且要仔細(xì)核對(duì)圖譜和堿基序列。對(duì)于單核苷酸多態(tài)性（SNP），通常只有兩種等位基因。既然知道此位點(diǎn)是多態(tài)性位點(diǎn)，那么可以查閱文獻(xiàn)，看該多態(tài)性位點(diǎn)是哪兩種核苷酸（比如說(shuō)是C/A）,如果你的序列中該位點(diǎn)不是其中的一種（比如說(shuō)是T或G）,則我認(rèn)為可以判斷結(jié)果為突變；如果你的序列中該位點(diǎn)是其中的一種（是C或A）,則判斷結(jié)果為基因多態(tài)性。首先應(yīng)該重復(fù)測(cè)序，因?yàn)閮纱螠y(cè)序相差補(bǔ)充：一般認(rèn)為DNA序列中某特定位點(diǎn)的突變頻率低于1%為突變，高于1%則為分子多態(tài)。目前研究較深入的分子多態(tài)是微衛(wèi)星DNA多態(tài)，單核昔酸多態(tài)和AluI序列多態(tài)。DNA多態(tài)性是指染色體DNA等位基因中核昔酸排列的差異性?DNA區(qū)域中等位基因（或片段）存在兩種或兩種以