SNP與疾病風險度關(guān)聯(lián)之間的Meta分析 15-03-03

SNP與疾病風險度關(guān)聯(lián)之間的Meta分析SNP背景簡介SNP多態(tài)性與疾病風險度之間關(guān)聯(lián)的Meta分析的步驟文獻實例SNP(singlenucleotidepolymorphism)單核苷酸多態(tài)性：主要是指由于單個核苷酸的變異而引起基因組水平上的DNA序列多態(tài)性，形式包括單堿基的缺失、插入、轉(zhuǎn)換及顛換等。一般而言，上述形式中最少1種等位基因在群體中的頻率大于1％，但在某種特殊情況下(如cDNA中)也可以小于1％。SNPs是指在某一人群的正常個體基因組內(nèi)特定核苷酸位置存在的單個堿基不同，且頻率至少大于1%。繼以SSR、ISSR為代表的第二代分子標記技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的第三代分子標記技術(shù)。Part1-SNP背景簡介基本概念多態(tài)性是指這個差異占群體的1%以上，小于1%則是突變。SNPs是指在某一人群的正常個體基因組內(nèi)特定核苷酸位置存在的單個堿基不同，且頻率至少大于1%。SNP是多態(tài)性的一種，但只限定在單堿基。一般說來，SNP是全部體細胞一樣的基因型。突變一般不是一個個體全部細胞的變化。如果突變發(fā)生在生殖細胞，則可以遺傳。但只要突變?nèi)哼€沒有達到總?cè)后w的1%，就只能算是一個突變株/系，達到了1%就是多態(tài)性了。Part1-SNP背景簡介SNP與突變的區(qū)別DNA片段長度多態(tài)性（FLP）由于單個堿基的缺失、重復(fù)和插入所引起限制性內(nèi)切酶位點的變化，而導(dǎo)致DNA片段長度的變化DNA重復(fù)序列的多態(tài)性（RSP）特別是短串聯(lián)重復(fù)序列，如小衛(wèi)星DNA和微衛(wèi)星DNA，主要表現(xiàn)于重復(fù)序列拷貝數(shù)的變異。小衛(wèi)星（minisatellite）DNA由15~65bp的基本單位串聯(lián)而成，總長通常不超過20kb，重復(fù)次數(shù)在人群中是高度變異的。這種可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）決定了小衛(wèi)星DNA長度的多態(tài)性。微衛(wèi)星（microsatellite）DNA的基本序列只有1~8bp，而且通常只重復(fù)10~60次。單核苷酸多態(tài)性（SNP）單個堿基的置換，在CG序列上頻繁出現(xiàn)。Part1-SNP背景簡介SNP與DNA多態(tài)性的區(qū)別遺傳穩(wěn)定性高基于單核苷酸的突變，突變頻率較低位點豐富且分布廣泛廣泛分布于動植物基因組中。人類基因組的30億個堿基中，約每300-500個堿基就有一個SNPs發(fā)生，整個人類基因組大約有2000萬SNPs。它是基因組中的一種數(shù)量非常豐富的變異形式,占人類基因組中遺傳多態(tài)性的90％以上有代表性可能發(fā)生在編碼序列上，也可能發(fā)生在非編碼序列上。在編碼序列內(nèi)的SNP，包括同義突變（不改變氨基酸）及非同義突變（改變了氨基酸）。改變了氨基酸的非同義SNP就改變了生物性狀，這可能是生物體變異或者病變的直接原因，因此可為個體形狀遺傳機理研究提供一定參考依據(jù)。Part1-SNP背景簡介SNP特點二態(tài)性和等位基因性1個SNP在基因組某個位點上有單個核苷酸的變化，主要有兩種形式：單個堿基的轉(zhuǎn)換；顛換。原理上，突變處的堿基可為C、G、A、T，但SNP多發(fā)生在T和C間，原因為CG中C即胞嘧啶常為甲基化的、自發(fā)地脫氨后即成為胸腺嘧啶。SNP標記一般只有兩種等位型的堿基組成，具有二態(tài)性。由于具有等位基因性，因而在任何群體中其等位基因頻率可估計出來。檢測快速基于自身的雙等位標記特點，檢測時無需像檢測RFLP、SSR標記那樣測量片段的長度，而通過測序直接進行比對來發(fā)現(xiàn)差異。Part1-SNP背景簡介SNP特點一般的Meta分析步驟Part2-SNP與疾病關(guān)系的Meta分析步驟SNP的Meta分析步驟Part2-SNP與疾病關(guān)系的Meta分析步驟文獻檢索策略文獻納入排除標準數(shù)據(jù)提取及文獻質(zhì)量評估統(tǒng)計分析采用HWE方法檢驗對照中的基因型頻率的穩(wěn)定性分析比較各種基因型（5種，也可以是其中的幾種）模型下多態(tài)性與疾病易感性的關(guān)聯(lián)哈迪-溫伯格平衡定律（Hardy-Weinbergequilibrium,HWE）亦稱遺傳學平衡定律，用于估測樣本的群體代表性。是指在理想狀態(tài)下，各等位基因的頻率和等位基因的基因型頻率在遺傳中是穩(wěn)定不變的，即保持著基因平衡。HEW對于一個大且隨機交配的種群，基因頻率和基因型頻率在沒有遷移、突變和選擇的條件下會保持不變。檢驗方法常包括：針對大樣本的擬合優(yōu)度檢驗（Pearsonχ2檢驗和似然比檢驗）及針對小樣本的精確檢驗。A.采用HWE方法檢驗對照中的基因型頻率的穩(wěn)定性Last,sensitivityanalysiswasalsoperformed,excludingstudieswhoseallelefrequenciesincontrolsexhibitedasignificantdeviationfromtheHardy–Weinbergequilibrium(HWE),giventhatthedeviationmaydenotebias.DeviationofHWEmayreflectmethodologicalproblemssuchasgenotypingerrors,populationstratification,orselectionbias.HWEwascalculatedbyusingthegoodness-of-fittest(擬合優(yōu)度檢驗),anddeviationwasconsideredwhenP<0.05.A.采用HWE方法檢驗對照中的基因型頻率的穩(wěn)定性顯性模型dominantmodelLys/Gln+Gln/Glnvs.Lys/Lys(AC+CCvs.AA)隱性模型recessivemodelGln/Glnvs.Lys/Gln+Lys/Lys(CCvs.AC+AA)純合模型homozygousmodelGln/Glnvs.Lys/Lys(CCvs.AA)雜合模型heterozygousmodelLys/Glnvs.Lys/Lys(ACvs.AA加性模型additivemodel（等位基因模型）Glnvs.Lys(Cvs.