蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)詳解

ThismodelpaperwasrevisedbyLINDAonDecember15,2012.ThismodelpaperwasrevisedbyLINDAonDecember15,2012.蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)詳解蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)分析目錄TOC\o"1-4"\h\z\u實(shí)驗(yàn)?zāi)康?2實(shí)驗(yàn)平臺(tái) 3實(shí)驗(yàn)過程 4一、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)修飾 41、“人類connexin43”蛋白質(zhì)序列下載 42、uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)查看蛋白磷酸化位點(diǎn) P53、在線軟件預(yù)測(cè)指定蛋白磷酸化位點(diǎn) 6（1）DISPHOS預(yù)測(cè)未知蛋白磷酸化位點(diǎn) 6（2）PhosphoSitePlus預(yù)測(cè)指定蛋白磷酸化位點(diǎn) 114、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸修飾結(jié)論 14二、“人類血紅蛋白”糖基化位點(diǎn)修飾 151、N型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè) 152、O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè) 18（1）哺乳動(dòng)物O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè) 18（2）真核生物O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè) 203、uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)查看蛋白質(zhì)糖基化修飾位點(diǎn) 224、“人類血紅蛋白”糖基化位點(diǎn)修飾結(jié)論 22實(shí)驗(yàn)結(jié)論 23（特別提示:ctrl+單擊目錄下的標(biāo)題鏈接，可以跟蹤標(biāo)題；ctrl+單擊標(biāo)題后的圖標(biāo)可以返回目錄）實(shí)驗(yàn)?zāi)康恼页觥叭祟恈onnexin43”找出“人類血紅蛋白”上面的糖基化位點(diǎn)，注釋結(jié)果實(shí)驗(yàn)平臺(tái)uniprot數(shù)據(jù)庫(kù):HYPERLINK(查看蛋白的修飾情況)預(yù)測(cè)未知蛋白磷酸化位點(diǎn)DISPHOS:HYPERLINKPhosphoSitePlus:HYPERLINK預(yù)測(cè)未知蛋白的糖基化修飾位點(diǎn) N型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)：HYPERLINKO型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)：HYPERLINK實(shí)驗(yàn)過程一、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)修飾1、“人類connexin43”蛋白質(zhì)序列下載蛋白序列：HYPERLINK2、uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)查看蛋白磷酸化位點(diǎn)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK3、在線軟件預(yù)測(cè)指定蛋白磷酸化位點(diǎn)（1）DISPHOS預(yù)測(cè)未知蛋白磷酸化位點(diǎn)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測(cè)結(jié)果DISPHOS由蛋白序列預(yù)測(cè)蛋白磷酸修飾位點(diǎn)，總共有37個(gè)絲氨酸修飾位點(diǎn)，13個(gè)蘇氨酸修飾位點(diǎn)，16個(gè)酪氨酸修飾位點(diǎn)。但是根據(jù)打分，只有8個(gè)絲氨酸修飾位點(diǎn)可能存在。（2）PhosphoSitePlus預(yù)測(cè)指定蛋白磷酸化位點(diǎn)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測(cè)結(jié)果篩選參考文獻(xiàn)來源多于5篇的磷酸化修飾位點(diǎn)，丙氨酸磷酸化修飾位點(diǎn)數(shù)目為1、絲氨酸為17、蘇氨酸數(shù)目為1、酪氨酸數(shù)目為7。4、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸修飾結(jié)論在線數(shù)據(jù)庫(kù)查詢和在線軟件預(yù)測(cè)結(jié)果基本一致，“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸位點(diǎn)數(shù)量相對(duì)一般蛋白質(zhì)較多，且絲氨酸磷酸修飾位點(diǎn)最多?！叭祟恈onnexin43”蛋白質(zhì)極有可能是一種活性較高的蛋白質(zhì)，與機(jī)體的生物活性顯著相關(guān)。通過各種文獻(xiàn)閱讀和網(wǎng)絡(luò)篩選發(fā)現(xiàn)connexin43蛋白質(zhì)是一種哺乳動(dòng)物連接蛋白，是主要的細(xì)胞縫隙連接蛋白，其表達(dá)的異常與多種疾病的發(fā)生有關(guān)。二、“人類血紅蛋白”糖基化位點(diǎn)修飾Ncbi下載人類血紅蛋白的蛋白序列保存為：HYPERLINK1、N型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測(cè)結(jié)果2、O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)（1）哺乳動(dòng)物O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測(cè)結(jié)果（2）真核生物O型糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測(cè)結(jié)果3、uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)查看蛋白質(zhì)糖基化修飾位點(diǎn)4、“人類血紅蛋白”糖基化位點(diǎn)修飾結(jié)論在線數(shù)據(jù)庫(kù)查詢和在線軟件預(yù)測(cè)結(jié)果基本一致，人類血紅蛋白基本沒有O型糖基化修飾位點(diǎn),但是存在N型糖基化修飾位點(diǎn)。血紅蛋白是高