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認(rèn)證信息

認(rèn)證類型：個(gè)人認(rèn)證

認(rèn)證主體：王**（實(shí)名認(rèn)證）

IP屬地：廣東

IP屬地：廣東 上傳時(shí)間：2023-05-28 格式：PPT 頁(yè)數(shù)：24 大?。?5.31MB 積分：15 舉報(bào) 版權(quán)申訴

引物設(shè)計(jì)以基因?yàn)槔斀庋菔疚母瀹?dāng)前第1頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)優(yōu)選引物設(shè)計(jì)以基因?yàn)槔?dāng)前第2頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)引物的設(shè)計(jì)原則設(shè)計(jì)的目的是在兩個(gè)目標(biāo)間取得平衡：擴(kuò)增特異性和擴(kuò)增效率PARTONE當(dāng)前第3頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)12引物長(zhǎng)度一般引物長(zhǎng)度為18~30堿基。決定引物熔解溫度（Tm值）最重要的因素就是引物的長(zhǎng)度。長(zhǎng)度越長(zhǎng)，Tm值越大。長(zhǎng)度過(guò)長(zhǎng)，退火溫度和延長(zhǎng)溫度相差太小，不利于延伸反應(yīng)。長(zhǎng)度過(guò)短，特異性低GC含量一般為40%~60%，一對(duì)引物的GC含量和Tm值應(yīng)該協(xié)調(diào)。若是引物存在嚴(yán)重的GC傾向或AT傾向則可以在引物5’端加適量的A、T或G、C尾巴引物設(shè)計(jì)原則當(dāng)前第4頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)3引物自身和引物之間引物自身不應(yīng)形成二級(jí)結(jié)構(gòu)（如發(fā)夾結(jié)構(gòu)）引物設(shè)計(jì)原則引物之間不能形成二聚體（包括同種引物之間或上游引物與下游引物之間）且引物不能與DNA其他區(qū)域錯(cuò)配當(dāng)前第5頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)引物設(shè)計(jì)原則4引物末端引物3′端：由于延伸從3′端開(kāi)始，因而不能進(jìn)行任何修飾；同時(shí)不應(yīng)選擇A，因?yàn)锳-A、A-G錯(cuò)配。3’端不應(yīng)超過(guò)3個(gè)連續(xù)的G或C，因這樣會(huì)使引物在G+C富集序列區(qū)錯(cuò)誤引發(fā)引物5′端：主要限定引物長(zhǎng)度，對(duì)擴(kuò)增特異性影響不大；可以修飾，如添加限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)，將PCR產(chǎn)物亞克隆當(dāng)前第6頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)引物設(shè)計(jì)原則引物5′端修飾技術(shù)附加核酸序列用途

限制酶位點(diǎn)克?。ㄈ缍ㄏ蚩寺。┦删w啟動(dòng)子合成RNA探針、測(cè)序蛋白質(zhì)結(jié)合序列產(chǎn)物純化、檢測(cè)核糖體結(jié)合序列高效表達(dá)加錯(cuò)配堿基造成突變定點(diǎn)誘變5避開(kāi)靶基因的二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)當(dāng)前第7頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)PARTTWO獲取目的基因利用Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋DNA、mRNA或者蛋白質(zhì)序列來(lái)設(shè)計(jì)引物當(dāng)前第8頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)獲取目的基因當(dāng)前第9頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第10頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)mRNA對(duì)應(yīng)DNA序列蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)編碼區(qū)當(dāng)前第11頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)外顯子對(duì)應(yīng)的DNA序列、基因、編號(hào)當(dāng)前第12頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)單擊CDS后當(dāng)前第13頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)PARTTHREE引物設(shè)計(jì)利用生物軟件和網(wǎng)頁(yè)進(jìn)行引物的設(shè)計(jì)和評(píng)價(jià)當(dāng)前第14頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)引物設(shè)計(jì)Primerpremier5最常用的引物設(shè)計(jì)軟件Oligo7常和PP5聯(lián)用評(píng)估引物NCBIPrimer-blast近幾年NCBI推出的網(wǎng)站當(dāng)前第15頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第16頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)此區(qū)域輸入待測(cè)DNA序列當(dāng)前第17頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第18頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第19頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第20頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)當(dāng)前第21頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)上游引物下游引物引物設(shè)計(jì)結(jié)果（一例）引物與DNA結(jié)合情況當(dāng)前第22頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)RT-PCR由于后面要應(yīng)用于RT-PCR，復(fù)制的是cDNA，而cDNA中沒(méi)有內(nèi)含子，所以在設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)該用編碼區(qū)結(jié)果：當(dāng)前第23頁(yè)\共有24頁(yè)\編于星期三\23點(diǎn)簡(jiǎn)并引物是指代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基可能性的不同序列的混合物。簡(jiǎn)并引物M--ACS--GCW--ATR--GAY--TCK--GTB--GTCD--GATH