計(jì)算表觀遺傳學(xué)的興起與發(fā)展

計(jì)算表觀遺傳學(xué)的興起與發(fā)展哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院系統(tǒng)生物學(xué)教研室2010/06---生物信息學(xué)與表觀遺傳學(xué)的整合張巖目前一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)經(jīng)典遺傳和表觀遺傳是一個(gè)事物（遺傳）的兩個(gè)方面，既相互區(qū)別又相互依存而構(gòu)成一個(gè)整體，這樣人類(lèi)基因組就含有兩類(lèi)信息。表觀遺傳學(xué)信息：何時(shí)、何地、以何種方式去應(yīng)用遺傳信息遺傳編碼信息：提供生命必需蛋白質(zhì)的模板應(yīng)用及開(kāi)發(fā)生物信息學(xué)方法（數(shù)據(jù)挖掘，統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)，模式識(shí)別等）解決生物醫(yī)學(xué)相關(guān)的表觀遺傳學(xué)問(wèn)題。生物信息學(xué)工具計(jì)算表觀遺傳學(xué)整合目前二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)一、計(jì)算表觀遺傳學(xué)概況二、計(jì)算表觀遺傳學(xué)研究現(xiàn)狀

1.DNA甲基化的預(yù)測(cè)

2.組蛋白修飾的高通量分析

3.核小體定位的研究

4.印記基因的預(yù)測(cè)三、計(jì)算表觀遺傳學(xué)展望內(nèi)容大綱目前三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)基因型(Genotype)->

表型(Phenotype)一一、計(jì)算表觀遺傳學(xué)概況目前四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)表觀遺傳(epigeneticinheritance)：

通過(guò)有絲分裂或減數(shù)分裂來(lái)傳遞非DNA序列信息的現(xiàn)象。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的。或者說(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。表觀遺傳學(xué)(epigenetics)：則是研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控的可遺傳變化的?；蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。(1)可遺傳；(2)可逆性；(3)DNA不變目前五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域全球論文發(fā)表目前六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)三大有影響雜志發(fā)表的表觀遺傳學(xué)相關(guān)論文目前七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)這一專(zhuān)題圍繞目前表觀遺傳學(xué)研究的熱點(diǎn)展開(kāi)了討論，為表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究拓寬了視野。目前表觀遺傳學(xué)的研究熱點(diǎn)是在發(fā)育和疾病發(fā)生過(guò)程中，基因表達(dá)相關(guān)的染色質(zhì)和染色體結(jié)構(gòu)對(duì)表觀遺傳學(xué)機(jī)制的影響，并且對(duì)表觀遺傳學(xué)進(jìn)行更深入的定義。

目前八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)表觀遺傳學(xué)信息：何時(shí)、何地、以何種方式去應(yīng)用遺傳信息(1)DNA的甲基化：CpG位點(diǎn)，>5,000萬(wàn)個(gè)(2)組蛋白修飾：組蛋白密碼(Histonecode)目前九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)TowardahumanepigenomeRomuloMBrena,TimH-MHuang&ChristophPlassNATUREGENETICS|VOLUME38|NUMBER12|DECEMBER2006個(gè)體間組織特異的DNA甲基化和表觀遺傳的不均一性目前十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)AdeleMurrell,VardhmanK.RakyanandStephanBeckFromgenometoepigenomeHumanMolecularGenetics,2005,Vol.14,ReviewIssue1生物信息學(xué)構(gòu)架了基因組學(xué)與表觀基因組學(xué)的橋梁目前十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)ComputationalEpigenetics目前十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)計(jì)算表觀遺傳學(xué)當(dāng)前及未來(lái)的朝向預(yù)測(cè)的角度研究表觀遺傳現(xiàn)象應(yīng)用生物信息學(xué)工具建立遺傳與表觀遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)表觀遺傳數(shù)據(jù)庫(kù)建立在表觀遺傳機(jī)制基礎(chǔ)的功能基因組及比較基因組研究目前十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)二、計(jì)算表觀遺傳學(xué)研究現(xiàn)狀

1.DNA甲基化的預(yù)測(cè)

2.組蛋白修飾的高通量分析

3.核小體定位的研究

4.印記基因的預(yù)測(cè)目前十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)1.DNA的甲基化的預(yù)測(cè)目前十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)DNA甲基化影響轉(zhuǎn)錄的機(jī)制目前十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)CpG島的定義在基因的末端通常存在一些富含雙核苷酸“CG”的區(qū)域，稱為“CpG島”，或HTF島（HpaIItinyfragments-islands）。該序列與基因轉(zhuǎn)錄活性有關(guān)。主要位于基因的啟動(dòng)子和第一外顯子區(qū)域。CpG島的預(yù)測(cè)

正常情況下，人類(lèi)基因組“垃圾”序列的CpG二核苷酸相對(duì)稀少，并且總是處于甲基化狀態(tài)，與之相反，人類(lèi)基因組中大小為100—1000bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG島則總是處于未甲基化狀態(tài)，并且與56％的人類(lèi)基因組編碼基因相關(guān)。人類(lèi)基因組序列草圖分析結(jié)果表明，人類(lèi)基因組CpG島約為28890個(gè)，大部分染色體每1Mb就有5—15個(gè)CpG島，平均值為每Mb含10．5個(gè)CpG島，CpG島的數(shù)目與基因密度有良好的對(duì)應(yīng)關(guān)系。目前十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)1987Gardiner-Gardenetal.Firstlarge-scalecomputationalanalysisofCGIsCGI:CGIlength>200bp%G+C>50%

(observed/expected)CpGratio>0.6ComputationalpredictionofCGIs目前十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2002TakaiandJonesCGI:CGIlength>500bp%G+C>55%CpGratio>0.65SuccessfullyexcludeAlurepeatsfromCGIsPNASMarch19,2002vol.99no.6DaiyaTakai*andPeterA.Jones目前二十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前二十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2002PongerandMouchiroud目前二十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前二十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2006HackenbergandJonesCGI:%G+C>55%CpGratio>0.65目前二十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2006HackenbergandJonesCGI:%G+C>55%CpGratio>0.65目前二十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)June2007|Volume3|Issue105562007ChristophBocket,al.目前二十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前二十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2008YeSujuanet,al.目前二十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前二十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前三十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)實(shí)驗(yàn)方法識(shí)別CpG島原理：基于CpG二核苷酸甲基化的缺失，利用Chip-seq試驗(yàn)測(cè)得低甲基化的區(qū)域。實(shí)驗(yàn)限制：CpG島具有組織特異性，細(xì)胞類(lèi)型的特異性，識(shí)別的CpG島數(shù)目少。目前三十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)基于互信息識(shí)別哺乳動(dòng)物的功能CpG島目前三十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)基于互信息研究CpG島和CpG聚類(lèi)中相鄰CpG的相互作用的程度的分布目前三十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)研究的CpG島和CpG聚類(lèi)中相鄰的CpG的累積互信息定量的區(qū)分CpG島和CpG聚類(lèi)目前三十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)CpG_MI具有最高的預(yù)測(cè)精度CpG_MI預(yù)測(cè)的人類(lèi)功能CpG島的基因組分布目前三十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白修飾和CpG島的關(guān)系發(fā)現(xiàn)了六種組蛋白甲基化修飾和十種組蛋白乙?；揎椩贑pG島顯著富集，兩種甲基化修飾在CpG島區(qū)域顯著缺失（H3K9me3和H3K9me2）目前三十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)識(shí)別哺乳動(dòng)物CpG島六種哺乳動(dòng)物中隨機(jī)片段中的相鄰CpG二核苷酸的累積互信息的分布，發(fā)現(xiàn)它們的分布滿足指數(shù)分布，并且分布具有一致性，由此把CpG_MI推廣到其它哺乳動(dòng)物上。目前三十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前三十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)DNA甲基化的檢測(cè)方法DanielZilberman1andStevenHenikoffDevelopment134,3959-3965(2007)Genome-wideanalysisofDNAmethylationpatterns目前三十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目標(biāo)：確定DNA甲基化位點(diǎn)在人類(lèi)基因組中的分布與頻率methylationvariablepositions(MVP)(1)不同組織、細(xì)胞(2)不同發(fā)育階段(3)正常細(xì)胞vs.癌癥、疾病細(xì)胞系統(tǒng)研究DNA甲基化在胚胎發(fā)育，基因印記，腫瘤發(fā)生中的作用目前四十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)此次結(jié)果主要來(lái)自43個(gè)樣品中，12個(gè)不同組織和細(xì)胞中的3條染色體，迄今為止該項(xiàng)計(jì)劃已經(jīng)研究了2500多個(gè)不同的基因組loci，發(fā)現(xiàn)其中21%的loci至少在一個(gè)組織中是不同甲基化的。

人類(lèi)表觀基因組計(jì)劃的第一個(gè)結(jié)果

目前四十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)DNA-methylationpatterninhumanEckhardtetal.

NatGen.(2007)43.7%22.5%14.3%13.3%3.6%目前四十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)差異甲基化目前四十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前四十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)Results-iPS與ES目前五十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)Results-數(shù)據(jù)證實(shí)我們通過(guò)兩種方法證實(shí)這些數(shù)據(jù)。第一：我們通過(guò)重亞硫酸鹽測(cè)定9個(gè)DMRs，每個(gè)DMR測(cè)定2-6個(gè)CpG位點(diǎn)，來(lái)驗(yàn)證通過(guò)CHARM測(cè)得的甲基化結(jié)果；結(jié)果證實(shí)了由CHARM得到的差異甲基化數(shù)據(jù)(圖)。第二：我們通過(guò)芯片來(lái)進(jìn)行全局的基因表達(dá)分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn):在TSS500bp范圍內(nèi)的R-DMRs的差異甲基化與其相應(yīng)基因的差異表達(dá)之間有很強(qiáng)的負(fù)相關(guān)：超高甲基化和超低甲基化的區(qū)域的p均<0.001.這種關(guān)系對(duì)TSS1kb范圍內(nèi)的R-DMRs仍存在，對(duì)超高甲基化和超低甲基化DMRs的p值分別為0.01和<0.001（圖）.同時(shí)，這種關(guān)系在處于CpG島邊緣的DMRs中得到增強(qiáng)。目前五十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)Results-R-DMRs區(qū)分成體組織與癌癥組織進(jìn)一步，我們通過(guò)R-DMRs做了一個(gè)非監(jiān)督聚類(lèi)分析，來(lái)研究這些區(qū)域中的甲基化在多大程度上區(qū)分正常的腦、肝和脾（圖）。值得注意的是：這三種組織被完全正確分類(lèi)，表明：在重編程發(fā)生甲基化改變的位點(diǎn)能夠正常的區(qū)分三類(lèi)不同的組織。不僅如此，R-DMRs能夠從結(jié)腸癌中區(qū)分大部分的正常結(jié)腸組織（圖）。作為一個(gè)重要的檢驗(yàn)，從CHARM芯片中隨機(jī)取4401個(gè)區(qū)域，這些區(qū)域與R-DMRs有相同的長(zhǎng)度和數(shù)量，重復(fù)1000次，都不能正確分類(lèi)三種組織。結(jié)腸癌與正常組織中也得到了相同的結(jié)果。目前五十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)全基因組范圍tDMRs的鑒別和分析的整合資源目前五十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)對(duì)人組織特異差異甲基化區(qū)域（tDMRs）做了基因組范圍的研究，本資源是迄今所有物種中DNA甲基化的數(shù)據(jù)集最大的。人類(lèi)13個(gè)正常體細(xì)胞組織，胎盤(pán)，精子及ENCODE使用的GM06990永生化細(xì)胞系。使用最新開(kāi)發(fā)的可視化工具，所有數(shù)據(jù)都可以整合入Ensembl基因組瀏覽器，也是第一個(gè)整合進(jìn)基因組瀏覽器的全基因組DNA甲基化數(shù)據(jù)。我們開(kāi)發(fā)的整合系統(tǒng)包括最新開(kāi)發(fā)的甲基化分析的貝葉斯工具（Batman），它能從MeDIP估計(jì)甲基化的絕對(duì)值。ABayesiandeconvolutionstrategyforimmunoprecipitation-basedDNAmethylomeanalysis.Nat.Biotechnol.2008.目前五十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前五十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)甲基化預(yù)測(cè)CpG島甲基化模式的預(yù)測(cè)CpG位點(diǎn)甲基化模式的預(yù)測(cè)目前五十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)ModelsforpredictingDNAmethylationofCGI目前五十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)使用特征選擇篩選乳腺癌超甲基化基因目前五十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2.組蛋白修飾的高通量分析目前五十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白的結(jié)構(gòu)組蛋白于1834年由德國(guó)科學(xué)家A.科塞爾發(fā)現(xiàn)。組蛋白是存在于染色體內(nèi)的與DNA結(jié)合的堿性蛋白質(zhì)，染色體中組蛋白以外的蛋白質(zhì)成分稱非組蛋白。

目前六十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白的共價(jià)修飾目前六十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)介紹ChIP-chip染色質(zhì)免疫共沉淀-芯片法（Chromatin

Immunoprecipitation-chip

ChIP-Seq染色質(zhì)免疫沉淀-測(cè)序目前六十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白修飾的研究基于ChIP-seq數(shù)據(jù)HMM方法識(shí)別全基因組的差異組蛋白修飾位點(diǎn)目前六十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目的：表觀遺傳修飾是調(diào)控基因表達(dá)和基因組功能的一個(gè)主要因素。在不同的表觀遺傳修飾中，差異組蛋白修飾位點(diǎn)（DHMSs）是不同細(xì)胞類(lèi)型、時(shí)期和環(huán)境影響時(shí)，表觀遺傳動(dòng)態(tài)性質(zhì)和基因表達(dá)調(diào)控的一個(gè)研究熱點(diǎn)。為了測(cè)定全基因組的組蛋白修飾，ChIP-seq技術(shù)是一種有效的方法。因此，通過(guò)比較兩個(gè)ChIP-seq文庫(kù)可以識(shí)別潛在的DHMSs。結(jié)果：我們的目的是識(shí)別DHMSs，提出一種稱為ChIPDiff的方法來(lái)通過(guò)ChIP-seq測(cè)定的數(shù)據(jù)全基因組比對(duì)組蛋白修飾位點(diǎn)?；谟^察的ChIP片段數(shù)，提出了一個(gè)隱馬模型的方法推斷每個(gè)基因組位置的組蛋白修飾變化狀態(tài)。我們通過(guò)比對(duì)小鼠ESC和NPC細(xì)胞的H3K27me3修飾位點(diǎn)來(lái)評(píng)估ChIPDiff的效果。我們證明了此方法確定H3K27me3的DHMSs具有高靈敏度，特異性和重復(fù)性。進(jìn)一步應(yīng)用ChIPDiff揭示不同細(xì)胞時(shí)期的差異H3K4me3和H3K36me3位點(diǎn)。我們研究中的比對(duì)有很多有趣的生物學(xué)發(fā)現(xiàn)。目前六十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)Fewcomputationalpredictivemodelsforhistonemodifications.–Yuanetal.(2006)establishedasimpleregressionmodeltoapproximatetheregulatoryeffectofhistoneacetylationManycorrelationanalysis–Therelationshipbetweenhistonemodificationsandgeneactivities–HowdifferenthistonemodificationscooperateingeneregulationComputationalstudiesofhistonemodification目前六十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白修飾與基因表達(dá)的關(guān)系利用貝葉斯網(wǎng)絡(luò)推測(cè)組蛋白各種不同修飾和基因表達(dá)之間的因果關(guān)系及組合關(guān)系。

組蛋白各種不同修飾和基因表達(dá)之間建立的貝葉斯網(wǎng)絡(luò)具有很好的交叉驗(yàn)證結(jié)果。它不僅吻合很多已知的組蛋白與基表達(dá)的關(guān)系（如H3K27me3抑制基因表達(dá)，H3K4me3促進(jìn)因表達(dá)，以及這兩種修飾的共同影響），而且發(fā)現(xiàn)了許多新的組蛋白修飾和基因表達(dá)之間的關(guān)系，以及組蛋白修飾相互之間形成的邏輯關(guān)系。

目前六十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前六十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2007全基因組20個(gè)組蛋白賴氨酸和精氨酸甲基化的高分辨率的圖譜

目前六十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)提供了關(guān)于組蛋白甲基化的功能和染色質(zhì)組織基因組功能的新的見(jiàn)解

提供了關(guān)于組蛋白甲基化的功能和染色質(zhì)組織基因組功能的新的見(jiàn)解

提供了關(guān)于組蛋白甲基化的功能和染色質(zhì)組織基因組功能的新的見(jiàn)解

提供了關(guān)于組蛋白甲基化的功能和染色質(zhì)組織基因組功能的新的見(jiàn)解

人類(lèi)全基因組組蛋白變體H2A.Z、RNA聚合酶II和隔離子結(jié)合蛋白CTCF。在啟動(dòng)子、隔離子、增強(qiáng)子和轉(zhuǎn)錄區(qū)域典型的組蛋白甲基化模式被識(shí)別出來(lái)。H3K27、H3K9、H4K20、H3K79和H2BK5的單甲基化都與基因活化相關(guān)，而H3K27、H3K9和H3K79三甲基化都與基因抑制相關(guān)。H2A.Z與功能調(diào)控元件相關(guān)，而CTCF標(biāo)記在組蛋白甲基化區(qū)域邊界。染色體帶型與獨(dú)特組蛋白修飾模式相關(guān)。

目前六十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)人類(lèi)CD4+T細(xì)胞中分析39種組蛋白修飾的模式

2008.目前七十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)2007組蛋白修飾交互調(diào)控

目前七十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)組蛋白不同的翻譯后修飾可以調(diào)控許多生理學(xué)過(guò)程。這些共價(jià)的修飾顯示出很多交互的調(diào)控，有豐富的調(diào)控潛能。

目前七十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)大量的模式與啟動(dòng)子和增強(qiáng)子相關(guān)

識(shí)別出一個(gè)修飾模塊，包含在3286個(gè)啟動(dòng)子中檢測(cè)到的17種修飾

在個(gè)體的核小體水平上，這些修飾共定位到基因組上并且彼此相關(guān)

與這些模塊結(jié)合的基因趨向于高表達(dá)，模塊中增加修飾可以進(jìn)一步增加表達(dá)量

組蛋白修飾可以共同作用調(diào)節(jié)染色質(zhì)轉(zhuǎn)錄激活

目前七十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)HHMD人類(lèi)組蛋白修飾數(shù)據(jù)庫(kù)目前七十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)HumanHistoneModificationDatabase目前七十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前七十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)3.核小體定位的研究目前七十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)人類(lèi)基因組內(nèi)核小體定位的動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)目前七十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)父源和母源基因組在功能上具有不等同性，由此提出在哺乳動(dòng)物基因組中存在印記現(xiàn)象印記基因?qū)τ谔喊l(fā)育，個(gè)體生長(zhǎng)與行為，特別是胎盤(pán)的發(fā)育都極為重要。4.印記基因的預(yù)測(cè)目前七十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)描述一種新算法直接從人類(lèi)基因組序列特征預(yù)測(cè)基因組印記情況。通過(guò)交叉驗(yàn)證和獨(dú)立檢測(cè)得知該預(yù)測(cè)方法比之前的預(yù)測(cè)更敏感。發(fā)現(xiàn)156個(gè)新的印記基因，其中

8號(hào)染色體上有2個(gè)印記基因，之前認(rèn)為8號(hào)染色體上不包含印記基因。一個(gè)基因KCNK9，在大腦中十分活躍，已知是引起癌癥，和雙相障礙（bipolar

disorder），癲癇的原因之一，而第二個(gè)基因DLGAP2是一個(gè)可能的膀胱癌腫瘤抑制因子。

目前八十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)創(chuàng)造了第一張人類(lèi)基因組印記基因（imprintedgenes）圖譜成功的關(guān)鍵在于一個(gè)稱為機(jī)器學(xué)習(xí)（machinelearning）的人工智能形式：modern-dayRosettastone。該項(xiàng)研究新發(fā)現(xiàn)了四倍于之前識(shí)別的印記基因。

GenomeResearch2007.17PhilippeP.Luedi,et,al.目前八十一頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)表觀遺傳意義重大目前八十二頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)表觀遺傳學(xué)相關(guān)的信息資源目前八十三頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十四頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十五頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十六頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十七頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十八頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)目前八十九頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)MicroRNA數(shù)據(jù)庫(kù)

1、miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)（miRBase）2、miRNA基因組注釋數(shù)據(jù)庫(kù)（miRGen）3、miRNA功能注釋系統(tǒng)（miRGator）4、miRNA靶向和表達(dá)的預(yù)測(cè)系統(tǒng)（microRNA.org）目前九十頁(yè)\總數(shù)一百零三頁(yè)\編于十八點(diǎn)其他表觀遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)

1、重復(fù)序列去除軟件（TheRepeatMaskerServer）2、開(kāi)放閱讀框?qū)ふ遥∣RFFinder）3、轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)（TranscriptionalRegulatoryElementDatabase）4、人類(lèi)DNA第一外顯子和啟動(dòng)子的預(yù)測(cè)服務(wù)（FirstEF）5、轉(zhuǎn)錄調(diào)