演示文稿教你使用數(shù)據(jù)庫(kù)

演示文稿教你使用數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在是1頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五（優(yōu)選）教你使用數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在是2頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五生物信息學(xué)第三講：序列的采集、存儲(chǔ)和查詢

現(xiàn)在是3頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五本章內(nèi)容提要1.DNA測(cè)序2.序列數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)3.序列數(shù)據(jù)的文件格式4.序列數(shù)據(jù)的查詢現(xiàn)在是4頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五1.DNA測(cè)序1.

DNA一次測(cè)序的長(zhǎng)度為500bp。2.基因組的測(cè)序方案：將大的染色體打斷成100kbp的片斷，插入到BAC(BacterialArtificialChromosome)中。再隨機(jī)打斷，克隆，然后再組裝成長(zhǎng)的序列(contig)。3.EST(Expressedsequencetag)測(cè)序：細(xì)胞中mRNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA，方向不定，測(cè)序。4.UniGene:為每一個(gè)基因創(chuàng)造一個(gè)唯一的條目，收集這個(gè)基因所有的ESTs.5.GSS(基因組測(cè)序序列)：類似于ESTs，來(lái)源基因組。6.HTG(高通量基因組序列)：高通量、尚未完工的DNA序列?，F(xiàn)在是5頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五基因組測(cè)序：兩種方案1.DNA片段在染色體上的位置、方向已知。首先染色體被打斷成150kbp左右的片段，然后克隆到BACs中，再進(jìn)一步打碎，克隆，測(cè)序，組裝。2.“鳥槍法”，shotgun，隨機(jī)將DNA片段打碎，克隆，測(cè)序，組裝。DNA片段在染色體上的位置和方向未知?，F(xiàn)在是6頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是7頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五2.序列數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)1.核酸三大數(shù)據(jù)庫(kù)：GenBank,EBI,DDBJ.2.Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)：基因組注釋。3.ESTs數(shù)據(jù)庫(kù)；4.UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)5.Refseq數(shù)據(jù)庫(kù)；6.NCBI的Gene信息數(shù)據(jù)庫(kù);7.蛋白質(zhì)序列：Swissprot/TrEMBL/UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)。現(xiàn)在是8頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五三大數(shù)據(jù)庫(kù)之間的聯(lián)系現(xiàn)在是9頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五GenBank中測(cè)序最多的20個(gè)物種161.0版，2007.08現(xiàn)在是10頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五dbEST:表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)2007.08，總序列45,660,524條，最多的20個(gè)物種如下現(xiàn)在是11頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五UniGene:AnOrganizedViewoftheTranscriptom現(xiàn)在是12頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Refseq數(shù)據(jù)庫(kù)1.提供高質(zhì)量的，無(wú)冗余的，完整的序列信息；2.包括基因組的DNA,轉(zhuǎn)錄成的RNA以及蛋白質(zhì)序列信息。3.序列文件的標(biāo)識(shí)符：DNA/RNA序列，NM_XXXXXX；蛋白質(zhì)序列：NP_XXXXXX現(xiàn)在是13頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五現(xiàn)在是14頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五NCBIGene1.2.序列從Refseq數(shù)據(jù)庫(kù)中得到;3.詳盡的注釋信息，包括基因在基因組的定位，基因名稱、蛋白質(zhì)名稱，基因結(jié)構(gòu)，等等。現(xiàn)在是15頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五UniProt1.專家審核的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)與知識(shí)庫(kù)；2.UniProtKnowledgebase：Release12.1，2007.083.包括：Swiss-ProtRelease54.1of21-Aug-2007:277883entries;TrEMBLRelease37.1of21-Aug-2007:4754787entries現(xiàn)在是16頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Swiss-ProtRelease54.1現(xiàn)在是17頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五TrEMBLRelease37.1現(xiàn)在是18頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五3.序列數(shù)據(jù)的文件格式1.DNA/RNA/氨基酸代碼的標(biāo)識(shí)2.GenBank數(shù)據(jù)格式3.UniProt4.FASTA現(xiàn)在是19頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五GenBank數(shù)據(jù)格式Definition:標(biāo)題序列長(zhǎng)度數(shù)據(jù)類型Accessionnumber版本號(hào)GInumber現(xiàn)在是20頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五GenBank的數(shù)據(jù)類型現(xiàn)在是21頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五UniProt數(shù)據(jù)格式Accessionnumber現(xiàn)在是22頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五FASTA格式現(xiàn)在是23頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五4.序列數(shù)據(jù)的查詢某天，Prof.Gene發(fā)現(xiàn)人的Hela細(xì)胞中，有絲分裂期間有異常情況：細(xì)胞不再分裂，而是開始凋亡(表型，phenotype)，通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法(例如，酵母雙雜交)，發(fā)現(xiàn)了與有絲分裂期間某個(gè)蛋白可能相互作用的一個(gè)基因，測(cè)序結(jié)果如下(genotype)：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC現(xiàn)在是24頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五問(wèn)題：1.這是哪個(gè)基因？2.編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？3.有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域(domain)？4.它的功能是怎樣的？5.它在真核生物中保守嗎？6.有沒有三級(jí)結(jié)構(gòu)信息？現(xiàn)在是25頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五NCBI:BLAST現(xiàn)在是26頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五nucleotideblast現(xiàn)在是27頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Megablast:找基因序列輸入序列現(xiàn)在是28頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五提交序列現(xiàn)在是29頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五NM_001168.2：SurvivinUniGeneGeo:基因表達(dá)信息Geneinfo：基因信息現(xiàn)在是30頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Survivin現(xiàn)在是31頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Geneinfo:17號(hào)染色體現(xiàn)在是32頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五功能注釋：GeneOntology現(xiàn)在是33頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五結(jié)論11.該基因?yàn)槿说腟urvivin基因，染色體定位：17號(hào)染色體，73721872-73733311；基因標(biāo)識(shí)符：NM_001168.2;2.初步的功能分析：細(xì)胞周期，caspase酶的抑制因子，等等?，F(xiàn)在是34頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五NM_001168.2：Survivin現(xiàn)在是35頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五HumanSurvivin！現(xiàn)在是36頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五獲取蛋白質(zhì)的序列信息現(xiàn)在是37頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Survivin：142aa現(xiàn)在是38頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五結(jié)論2人的Survivin蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.2現(xiàn)在是39頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五獲取FASTA序列現(xiàn)在是40頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五FASTA格式的序列現(xiàn)在是41頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五PHI-BLAST:finddomain現(xiàn)在是42頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五填入蛋白質(zhì)的FASTA序列現(xiàn)在是43頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五BIRdomain現(xiàn)在是44頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五結(jié)論3Survivin具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIR現(xiàn)在是45頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五UniProt:蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在是46頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五在人中做BLAST搜索現(xiàn)在是47頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Survivin：O15392現(xiàn)在是48頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Survivin的蛋白質(zhì)信息現(xiàn)在是49頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五功能注釋現(xiàn)在是50頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五結(jié)論4：功能分析1.在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；2.阻礙G2/M期的細(xì)胞編程性凋亡；3.Chromosomalpassengercomplex(CPC)的成員之一?！?xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核?，F(xiàn)在是51頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五人的Survivin在酵母中有同源物嗎？現(xiàn)在是52頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五提交序列現(xiàn)在是53頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五在酵母中進(jìn)行序列比對(duì)現(xiàn)在是54頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五酵母BIR1:P47134現(xiàn)在是55頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五酵母BIR1的信息現(xiàn)在是56頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五結(jié)論5：人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1?，F(xiàn)在是57頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五PDB：三級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在是58頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Survivin的三級(jí)結(jié)構(gòu)信息現(xiàn)在是59頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五Raswin:三級(jí)結(jié)構(gòu)顯示現(xiàn)在是60頁(yè)\一共有61頁(yè)\編輯于星期五總結(jié)現(xiàn)在，Prof.Gene知道了：1.該基因?yàn)槿说腟urvivin基因，染色體定位：17號(hào)染色體，73721872-73733311；基因標(biāo)識(shí)符：NM_001168.2;2.人的Survivin蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.23.Survivin