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基因本體論(GeneOntology)概覽報(bào)告:孔垂亮導(dǎo)師:高琳日期:10/09/27DesignedbyMorrain1為什么要建立GeneOntology解決生物學(xué)定義混亂的現(xiàn)象,使各種數(shù)據(jù)庫中基因產(chǎn)物功能描述相一致使得在不同生物數(shù)據(jù)庫中的查詢具有極高的一致性允許在各種水平查詢基因產(chǎn)物的特性2GeneOntologywidelyadoptedAgBase3GO語義的分類分子功能(MolecularFunction)描述在個(gè)體分子生物學(xué)上的活性,如催化活性或結(jié)合活性。生物學(xué)過程(BiologicalProcess)由分子功能有序地組成的,具有多個(gè)步驟的一個(gè)過程。細(xì)胞組件(CellularComponent)指基因產(chǎn)物位于何種細(xì)胞器或基因產(chǎn)物組中(如糙面內(nèi)質(zhì)網(wǎng),核糖體,蛋白酶體等),即基因產(chǎn)物在什么地方起作用。56語義信息id:GO:0043473name:pigmentationnamespace:biological_processdef:"Thedepositionoraggregationofcoloringmatterinanorganism,tissueorcell."[GOC:krc]synonym:Noneis_a:GO:00081507語義之間的關(guān)系isa、partof(細(xì)胞質(zhì))(細(xì)胞器)(線粒體)(細(xì)胞器膜)9語義關(guān)系之間的推導(dǎo)isa·isa→isapartof·partof→partof10語義關(guān)系之間的推導(dǎo)partof·isa→partof與isa·partof→partof11AmiGO
131415171819212223GO的應(yīng)用GO的局限性GO不是基因序列或基因產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫,相反的,GO強(qiáng)調(diào)基因產(chǎn)物在細(xì)胞中的功能。GO不能反映此基因的表達(dá)情況用于基因組分析用于基因表達(dá)分析GO可能的應(yīng)用25GO可能的應(yīng)用整合來自于不同生物的蛋白組信息。判定蛋白結(jié)構(gòu)域的功能。找到在疾病/衰老中異常表達(dá)的基因的功能類似性。預(yù)測
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