蛋白組學13前人是對蛋白質特別其結構功能的大規(guī)模研究包括在空間和時

蛋白質定義質譜結構組成（電離len（匯聚離子束（去除中性粒子，八極桿（離子傳輸，質量分析器（分析離子質量。特點能同時分析成千上萬種蛋白質（高通量基本原理X軸：m/zY（12C，13C（14N，15N分子的平均質量和同位素峰（以第一個峰的豐度為100%，1.1%是13C在自然界中出現(xiàn)的概率，而在分子中有4個C，所以13C在該分子中出現(xiàn)的概率為4.4%，以此類推，2H在該分子中出現(xiàn)的概率為0.16%，所13C2H4.4%+0.16%=4.56%；質譜為什么要抽真空防止空氣中氧氣對儀器（運作時溫度非常高）電離方法（MALDI質量分析器m/z為這個特定值；變化只能拋出一種m/z的離子，若檢測器檢測到離子，則此時的電場信息轉換為m/z（與上面的原理相似）它是線性的，空間更大，可分析的離子。Orbitrap：不能碎裂離子（2-4都有碎裂離子的功能m/z的離（PPT中沒講，僅做補充知識）蛋白質組分析工作流程：樣品準備->質譜分析->數(shù)據(jù)庫搜索->蛋白質質譜儀有限的質量范圍，用消化得到的多肽片段識別蛋白）->反向HPLC-SCXHPLC（質譜儀不能耐受鹽和其他的污染物。 Cleavage V8- Arg- Asp- 200HPLC質譜分ShotgunProteomics①PMF：未知的蛋白被消化為多肽，用MALDI-TOF類質譜儀得到精確質量；Fragmentation-ShotgunProteomics：HPLC數(shù)據(jù)庫搜索：三種搜索策略，應用多肽數(shù)據(jù)（轉錄后修飾，單一氨基酸的置換都會導致序列不匹配MS/MSBLASTEntrez⑵應用多肽序列識別蛋白的網(wǎng)絡工具：Mascot、PROWL、蛋白質組定2Dimensionalelectrophoresis(2DE)Massspectrometry(MS)basedtechnologyIsotope-labeledIsotope-codedaffinitytagsIsobarictagforrelativeandabsolutetationEnzymaticlabeling–18O-waterfortrypsinMetaboliclabeling–stableisotopelabelingofaminoacidscellcultureMultiple-reactionmonitoringLabel-MSpeakintensityorpeakSpectral—Multiple-reactionmonitoring—⑵Metaboliclabeling：13C6-lysineand/or13C6-arginine6—8>90%MS其適用于檢測不同實驗條件下樣品蛋白小的改變或翻譯后修飾⑶Enzymaticlabeling：18O16O，MS18O16O，⑷Isotope-codedaffinitytags(ICAT)：Affinity—isotopicallycodedlinker——Thiol-specificreactive——Protein-reactivegroup——ProteinlossReporterBalance（Mass=114thru117）——PRG（Mass=31thru28）PeptideReactiveGroup⑹MRM-MS，MS-MS，MRM易檢測且避免干擾；需要的蛋白豐度低(1ng/mL)；重現(xiàn)性好；不需要免疫分級蛋白質組定量可以分為兩類：discoveryandtargeted⑴Discovery(iTRAQ,SILAC)：有限的樣品數(shù)，小于20；不能重復分析；長的Discovery、targeted——SWATH（SequentialWindowofallTheoreticalfragmentations，expansionofMS/MS⑶OptimizedIon-Current-Basedfication優(yōu)點：利用高分辨率質譜，ICanMethodsforcharacterizationofproteinsandposttranslational⑴MassesofPosttranslationalModificationsMassChange Mono- ⑵檢測蛋白磷酸化的方法：Metaboliclabelingofphosphorylatedproteinswith[32P]phosphate研究蛋白結構和蛋白之間相互作用的方⑴ProteinComplexAffinity-Flag-,His-,GST-,ProteinA-ChemicalTagging-via-specificaminoacidTagging-via-substrate⑵TandemAffinityPurificationTAP-TaggingProtA——TEV——CBD——Proteinof①PurifythroughProteinAtagonIgG-②E