分子流行病學(xué)的研

概述定義分子流行病學(xué)研究進(jìn)展分子流行病學(xué)在醫(yī)院感染控制中的應(yīng)用2021/4/261分子流行病學(xué)定義分子流行病學(xué)是應(yīng)用先進(jìn)的實驗技術(shù)測量生物學(xué)標(biāo)志，結(jié)合流行病學(xué)現(xiàn)場研究方法，從分子水平闡明疾病的病因及其相關(guān)的致病過程。2021/4/262傳統(tǒng)流行病學(xué)應(yīng)用血清學(xué)方法對血清中各種成分（抗原、抗體、代謝產(chǎn)物、生化物質(zhì)等）的出現(xiàn)和分布進(jìn)行研究，闡明疾病及健康狀態(tài)在人群中的分布及其影響因素，并在采取預(yù)防控制措施后應(yīng)用血清學(xué)方法來考核其效果。2021/4/263傳統(tǒng)流行病學(xué)

暴露疾病

揭示“黑匣子”秘密分子流行病學(xué)2021/4/264傳染性疾病耐藥性質(zhì)粒、病原體變異、新傳染病慢性非傳染病–證實疾病的病因多病因、多階段、多基因、長潛隱期人群易感性--研究個體的發(fā)病差異生物個體間的遺傳和環(huán)境不同，易感性差異很大

，

傳統(tǒng)流行病學(xué)無法有效測量分子流行病學(xué)的產(chǎn)生2021/4/265分子生物學(xué)的快速發(fā)展理論突破斷裂基因，操縱子模型，限制性內(nèi)切酶，DNA聚合酶等技術(shù)創(chuàng)新

凝膠電泳技術(shù)、核酸體外擴增、DNA測序、蛋白質(zhì)測序、分子雜交等2021/4/266分子流行病學(xué)的發(fā)展軌跡1972年Kilbone博士美國傳染病學(xué)會第10次年會上首次提出1982年P(guān)erera提出“癌癥分子流行病學(xué)”1993年美國人Schulte出版了世界上第一本分子流行病學(xué)專著，即“分子流行病學(xué)”應(yīng)用分子標(biāo)志物或生物學(xué)測量研究致病因子與所致疾病之間的聯(lián)系。A研究方法拓展B研究范圍拓寬2021/4/267分子流行病學(xué)和傳統(tǒng)流行病學(xué)的關(guān)系區(qū)別點傳統(tǒng)流行病學(xué)分子流行病學(xué)暴露測量回憶偏倚往往難以避免；用傳統(tǒng)的問卷調(diào)查難于解決暴露隨時間變化，或多途徑暴露，符合暴露等。采用生物標(biāo)志物則可解決這些問題暴露測量精確研究對象選擇又選擇偏倚減少錯分集體損害在損害達(dá)到相當(dāng)程度時才能鑒別出采用生物標(biāo)志：可提前發(fā)現(xiàn)機體損害有利于研究低暴露的影響個體易感性不能測量能測量觀察的終點可將觀察的終點前移可增加隊列研究終點人數(shù)2021/4/268分子流行病學(xué)與醫(yī)院感染控制

-細(xì)菌同源性分析研究在感控中的應(yīng)用手術(shù)傷口感染！院內(nèi)感染？導(dǎo)管相關(guān)性血流感染！呼吸機相關(guān)性肺炎！2021/4/269醫(yī)院感染醫(yī)院感染是當(dāng)前醫(yī)療衛(wèi)生的重大問題之一，由于院內(nèi)感染密切關(guān)系到醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量，關(guān)系到病人的預(yù)后、病死率、住院時間、床位周轉(zhuǎn)率以及病人和國家的巨額經(jīng)濟損失等。因而，院內(nèi)感染的控制問題已列為國家乃至世界各國醫(yī)院管理的重要內(nèi)容。2021/4/26109、人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。2023/2/32023/2/3Friday,February3,202310、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。2023/2/32023/2/32023/2/32/3/20234:29:41PM11、人總是珍惜為得到。2023/2/32023/2/32023/2/3Feb-2303-Feb-2312、人亂于心，不寬余請。2023/2/32023/2/32023/2/3Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。2023/2/32023/2/32023/2/32023/2/32/3/202314、抱最大的希望，作最大的努力。03二月20232023/2/32023/2/32023/2/315、一個人炫耀什么，說明他內(nèi)心缺少什么。。二月232023/2/32023/2/32023/2/32/3/202316、業(yè)余生活要有意義，不要越軌。2023/2/32023/2/303February202317、一個人即使已登上頂峰，也仍要自強不息。2023/2/32023/2/32023/2/32023/2/3醫(yī)院感染的常規(guī)檢測項目醫(yī)院感染病例監(jiān)測醫(yī)院環(huán)境衛(wèi)生學(xué)監(jiān)測消毒滅菌效果監(jiān)測2021/4/2612醫(yī)院感染爆發(fā)定義指在醫(yī)療機構(gòu)或某科室的患者中短時間內(nèi)發(fā)生3例以上同種同源感染病例的現(xiàn)象同一種病原體，藥敏一致2021/4/2613院內(nèi)感染控制院內(nèi)感染的研究中，一個很重要的問題，就是如何確定感染源和傳播途徑，只有明確病原菌的感染方式，才能采取有效的預(yù)防和控制措施。2021/4/2614臨床微生物實驗室基礎(chǔ)微生物檢驗學(xué)分子流行病學(xué)方法

院內(nèi)感染控制目的臨床診斷基礎(chǔ)2021/4/261516分子分型（分子流行病學(xué)研究）從核酸分子水平上分析醫(yī)院感染的發(fā)生、發(fā)展規(guī)律及機理，更加準(zhǔn)確有效地進(jìn)行醫(yī)院感染管理控制，已成為當(dāng)前國際醫(yī)院感染管理研究中的重要方向。從患者分離株到病區(qū)周圍環(huán)境株的比較分析；從外源性感染到內(nèi)源性感染從某一醫(yī)院的醫(yī)院感染暴發(fā)到大范圍甚至世界范圍的感染菌株流行變遷；基因多態(tài)性分析技術(shù)已成為醫(yī)院感染監(jiān)測控制的高水平研究領(lǐng)域。2021/4/2616微生物室在醫(yī)院感染中的作用鑒定特殊耐藥菌的檢出流行病學(xué)分型PFGE脈沖場凝膠電泳RAPD隨機擴增DNA多態(tài)性

2021/4/261718消化、釋放出DNAPFGE原理2021/4/261819Enzyme酶切PFGE原理約5～20個、長度10～800kb的大片段DNA2021/4/261920脈沖場凝膠電泳(PFGE)制備瓊脂糖栓塊消化酶切脈沖電泳結(jié)果解釋2021/4/2620PFGE原理電場不斷在兩種方向（有一定夾角，而不是相反的兩個方向）變動。DNA分子帶有負(fù)電荷，會朝正極移動。相對較小的分子在電場轉(zhuǎn)換后可以較快轉(zhuǎn)變移動方向，而較大的分子在凝膠中轉(zhuǎn)向較為困難。因此小分子向前移動的速度比大分子快可以用來分離大小從10kb到10Mb的DNA分子2021/4/262122脈沖電泳PFGE原理2021/4/262223PFGE結(jié)果判讀目測法：按美國疾病控制和預(yù)防中心(CDC)Tenover等人推薦的方法判讀。圖譜完全相同的定為一個型，彼此之間相差一個帶的定為同一型的不同亞型，相差2－3個帶的認(rèn)為親緣關(guān)系密切，相差4－6個帶的認(rèn)為可能相關(guān)，條帶相差7個以上的認(rèn)為無親緣關(guān)系。并隨機地選擇不同的字母如A、B、C、D等的字母順序分型。聚類分析計算機輸入SPSS，做樹狀圖2021/4/2623案例一2006年7月，本市某醫(yī)院外科重癥監(jiān)護(hù)病房（ICU）8例患者下呼吸道感染多重耐藥鮑曼不動桿菌2021/4/2624目標(biāo)性檢測對該ICU的環(huán)境、醫(yī)療用品、醫(yī)務(wù)人員手及鼻咽拭子進(jìn)行細(xì)菌學(xué)監(jiān)測，共采樣107份，其中23份檢出鮑曼不動桿菌，陽性率21.3%。主要分布在醫(yī)務(wù)人員手、咽部及床頭柜、輸液泵、監(jiān)護(hù)儀、治療車、地面、病人用物等環(huán)境和醫(yī)療用品。2021/4/2625院感爆發(fā)流行的控制空氣消毒15%過氧乙酸銨2g/m3用量進(jìn)行蒸熏及臭氧消毒物表消毒地面、臺面0.5%過氧乙酸拖擦消毒醫(yī)療用品消毒高壓蒸汽滅菌0.5%過氧乙酸浸泡消毒感染患者隔離治療，分組護(hù)理醫(yī)務(wù)人員咽部帶菌者每日2-3次呋喃西林滴鼻，口泰嗽口2021/4/2626案例二2006年我市某院發(fā)現(xiàn)了一例攜帶耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（痰，血）的患者為了防止該耐藥菌在醫(yī)院內(nèi)的播散，對該病區(qū)進(jìn)行目標(biāo)性監(jiān)測2021/4/2627四株肺炎克雷伯菌的藥敏1 2 3 4亞胺培南 >16 >16 >16 >16厄他培南 >16 >16 >16 >16頭孢西丁 >=64 >=64 >=64 >=64頭孢匹汚 >=64 >=64 >=64 >=64頭孢曲松 >=4 >=4 >=4 >=4妥布霉素 4 4 4 4頭孢他啶 >=16 >=16 >=16 >=16氨曲南 >=64 >=64 >=64 >=64頭孢他啶 >=64 >=64 >=64 >=64環(huán)丙沙星 >=64 >=64 >=64 >=64哌拉西林他唑巴坦 >=128 >=128 >=128 >=128左氧氟沙星 >=64 >=64 >=64 >=64氨芐西林 >=32 >=32 >=32 >=32氨芐西林，舒巴坦 >=32 >=32 >=32 >=32 KB(mm）

2163 2193 2085 2011多粘菌素B 20 20 21 20美羅培南 15 15 15 15頭孢哌酮舒巴坦 6 6 6 62021/4/2628耐藥菌的基因型分析1.為陽性對照（KPC-2)2.肺克（患者痰）3.肺克（患者血）4.肺克（隔壁床患者痰）5.肺克（病房拖把）6.為陰性對照Mark2021/4/2629聚類分析2021/4/2630院感及時控制因素及時發(fā)現(xiàn)醫(yī)務(wù)人員的重視ICU環(huán)境因素(單房間,單獨護(hù)理)環(huán)境的消毒措施有效半年內(nèi)未出現(xiàn)耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌2021/4/2631KPC酶水解亞胺培南或美羅培南（是目前臨床上控制革蘭陰性菌感染的最有效的抗菌藥物）的一類β內(nèi)酰胺酶屬于功能分類法的2f組，A類，可被克拉維酸抑制，不被乙二胺四乙酸（EDTA）所抑制現(xiàn)已報道的KPC亞型共12種亞型在中國主要見于浙江2021/4/2632產(chǎn)KPC酶耐藥菌的傳播研究認(rèn)為，blaKPC位于一種新型的Tn3型的轉(zhuǎn)座子Tn4401上，其轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)是KPC基因轉(zhuǎn)移的原因這種新型的轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)可以使blaKPC從其原始位置轉(zhuǎn)移至各類不同的質(zhì)粒同時認(rèn)為轉(zhuǎn)座子Tn4401是一個復(fù)合轉(zhuǎn)座子，由2次序列插入形成2021/4/2633產(chǎn)KPC酶耐藥菌有限的DNA指紋和脈沖凝膠電泳資料顯示產(chǎn)KPC酶的腸桿菌科細(xì)菌易發(fā)生醫(yī)院感染的暴發(fā)流行最早在美國、特別在美國的東北部各州蔓延，并造成局部地區(qū)暴發(fā)流行以后幾年再世界各地都有報告2021/4/2634脈沖場凝膠電泳（PFGE)對基因組的DNA酶切片段多態(tài)性進(jìn)行同源性分析，是短期院內(nèi)感染爆發(fā)流行判斷的金標(biāo)準(zhǔn)是一種分離大分子DNA的方法2021/4/2635耐碳青酶烯腸桿菌科細(xì)菌2007年下半年零星出現(xiàn)(肺克)2010年1-8月收集到18株.包括肺克克雷伯菌（15）大腸埃希菌（1）陰溝腸桿菌（1）枸櫞酸桿菌（1）2021/4/2636產(chǎn)KPC-2肺克同源性分析(2010.1-8)2021/4/2637流行病學(xué)分析A型傳播源頭:患者來自上海某醫(yī)院，轉(zhuǎn)至我院重癥監(jiān)護(hù)室，入院次日做痰培養(yǎng)，檢出亞胺培南耐藥的肺克。后轉(zhuǎn)入康復(fù)科，耐藥菌一直被檢測到。A型患者分布于重癥監(jiān)護(hù)室，康復(fù)科，血液科。B型和C型的七名患者住我院某外科。B型的五名患者在分離出該耐藥菌前未使用過碳青霉烯類抗生素，推測是院內(nèi)環(huán)境感染所致C型的兩名患者，源頭的患者住院時間長達(dá)121天，在分離出該菌之前，美羅培南使用時間近二十天，推測C型可能是抗生素篩選的結(jié)果。2021/4/2638PFGE的局限性無法判斷2006年產(chǎn)KPC酶肺克的小范圍流行與2010年出現(xiàn)的15株產(chǎn)KPC酶的肺克A,B,C,三個克隆間有無同源性不同實驗室間的分型結(jié)果不能進(jìn)行比較2021/4/2639多位點序列分型

(Multilocussequencetyping,MLST一種基于核酸序列測定的細(xì)菌分型方法通過PCR擴增管家基因內(nèi)部片段測定其序列，分析菌株的變異2021/4/2640MLST的原理一般測定6~10個管家基因內(nèi)部400~600bp的核苷酸序列，每個位點的序列根據(jù)其發(fā)現(xiàn)的時間順序賦予一個等位基因編號，每一株菌的等位基因編號按照指定的順序排列就是它的等位基因譜，也即是這株菌的序列型（sequencetype,ST）。這樣得到的每個ST均代表一組單獨的核苷酸序列信息。2021/4/2641序列型（ST)序列型（Sequence-typying,STs）等同于MLEE得出的電泳型(Electrophoretictype,ET）通過比較ST可以發(fā)現(xiàn)菌株的相關(guān)性,即密切相關(guān)菌株具有相同的ST或僅有極個別基因位點不同的ST,而不相關(guān)菌株的ST至少有3個或3個以上基因位點不同2021/4/2642MLST的分析方法MLST技術(shù)針對看家基因設(shè)計引物對其進(jìn)行PCR擴增和測序,得出每個菌株各個位點的等位基因數(shù)值然后進(jìn)行等位基因圖譜(allelicprofile)或序列類型(sequencetypes,STs)鑒定再根據(jù)等位基因圖譜使用配對差異矩陣(matrixpair-wisedifferences)等方法構(gòu)建系統(tǒng)樹圖進(jìn)行聚類分析2021/4/2643謝謝

qadchhyahoo2021/4/26449、人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。03-2月-2303-2月-23Friday,February3,202310、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。***2/3/20234:29:41PM11、人總是珍惜為得到。03-2月-23**Feb-2303-Feb-2312、人亂于心，不寬余請。***Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。03-2月-2303-2月-23**03February202314、抱最大的希望，作最大的努力。03二月2023**