生物信息學分析方法

常用的生物信息學分析方法第十組第1頁，共21頁。生物信息學是一門在生命科學的研究中，以計算機為工具對生物信息進行儲存、檢索和分析的科學。生物信息學Bioinformatics生物信息學基本上是分子生物學與信息技術(shù)的結(jié)合體。研究材料和結(jié)果是各種各樣的生物學數(shù)據(jù)研究工具是計算機研究方法包括對生物學數(shù)據(jù)的搜索（收集和篩選）、處理（編輯、整理、管理和顯示）及利用（計算、模擬）第2頁，共21頁。節(jié)律基因Timeless第3頁，共21頁。數(shù)據(jù)庫MGIhttp第4頁，共21頁。數(shù)據(jù)庫NCBI第5頁，共21頁。數(shù)據(jù)庫TAIR第6頁，共21頁。http多序列比對MEGA第7頁，共21頁。http系統(tǒng)發(fā)育樹MEGA第8頁，共21頁。http:///tools/meme保守基序分析MEME第9頁，共21頁。http基因結(jié)構(gòu)GSDS第10頁，共21頁。http啟動子分析PlantCARE基序名稱位置序列特征功能TATA-box254TATAAcorepromoterelementCAAT-box 260CCAATcommoncis-actingelementinpromoterandenhancerregions3-AF1bindingsite50AAGAGATATTTlightresponsiveelementCCAAT-box1051CAACGGMYBHv1bindingsiteCGTCA-motif1294CGTCAMeJA-responsivenessGA-motif 1252ATAGATAAlightresponsiveelementHSE 28AAAAAATTTCheatstressresponsivenessLTR414CCGAAAlow-temperatureresponsivenessMSA-like 568CCCAACGGTcellcycleregulationTGA-element 289AACGACauxin-responsiveelement第11頁，共21頁。http轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析JASPARMatrixIDNameScoreRelativescoreStartEndStrandPredictedsequenceMA0940.1AP112.570.9011628+acaaaaatgaaatMA0934.1AHL2512.51691328335+aattaattMA0951.1ATHB-1612.24230.964352359+taatgattMA0933.1AHL2012.0060.979328335+aattaattMA0943.1ARF511.84490.97410171024+GCCGACAGMA0947.1ARR1411.81320.965707714+AGATCCGCMA0934.1AHL2511.81260.984333340+atttaatt第12頁，共21頁?？梢暬蚪M學BAR第13頁，共21頁。亞細胞定位SUBAAGISUBAconPredictionsAT5G52910.1nucleusnucleus

cytosol

mitochondrion第14頁，共21頁。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/三級結(jié)構(gòu)預測Phyre16-464replication643-747proteinbinding第15頁，共21頁。http信號肽預測SignalPAT5G52910AT1G01070第16頁，共21頁。http跨膜結(jié)構(gòu)域預測TMHMM第17頁，共21頁。http蛋白互作網(wǎng)絡STRINGDNArepairpolymerasehelicase第18頁，共21頁。序列分析雙序列比對MEGA/Bioedit/bioedit/bioedit.htmlNCBI/GenBank/MEME/tools/meme多序列比對（系統(tǒng)進化樹、保守基序）基因分析ORF(Open

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Frame)分析NBCI/orffinder/基因結(jié)構(gòu)分析（外顯子、內(nèi)含子）GSDS/啟動子分析PlantCAREhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/PLACEhttps://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析TFSEARCHhttp://diyhpl.us/~bryan/irc/protocol-online/protocol-cache/TFSEARCH.htmlJASPAR/表達模式分析barhttp://bar.utoronto.ca/蛋白分析結(jié)構(gòu)分析二級PredictProtein

/PSIPREDhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred三級Phyrehttp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/SWISS-MODEL/亞細胞定位PSORTSUBAhttp://suba.live信號肽預測SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/跨膜結(jié)構(gòu)預測TMHMMhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/蛋白互作及功能分析STRINGhttp://string.embl.degenemania/BINDhttp://bind.ca/IntActhttp://www.ebi.ac.uk/intact/DIP/第19頁，共21頁。謝謝第20頁，共21頁。內(nèi)容梗概常用的生物信息學。研究方法包括對生物學數(shù)據(jù)的搜索（收集和篩選）、處理（編輯、整理、管理和顯示）及利用（計算、模擬）。/tools/moncis-actingelementinpromoterandenhancerregions。3-AF1bindingsite。cellcycleregulation。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/。16-464replication。643-7