關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索市公開課一等獎省賽課獲獎課件

第三章

關(guān)鍵詞為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫檢索

本章主要內(nèi)容：基本概念Entrez檢索方法SRS檢索方法DBGET檢索方法本章重點難點：以關(guān)鍵詞為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)檢索基本方法、原理(重點掌握Entrez檢索方法)關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第1頁檢索數(shù)據(jù)庫方法用關(guān)鍵詞或詞組進行數(shù)據(jù)庫檢索

(Text-baseddatabasesearching)用核苷酸或蛋白質(zhì)序列進行數(shù)據(jù)庫檢索

(Sequence-baseddatabasesearching)

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第2頁關(guān)鍵詞

名詞、描述性詞、詞組序列注冊號(Accessionnumber)

檢索體系

EntrezSequenceRetrievalSystem(序列檢索系統(tǒng)，SRS)Integrateddatabaseretrievalsystem(DBGET)關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第3頁檢索須知（1）

連接詞AND,OR,NOT riceANDenzyme riceANDenzymeNOTkinase retrotransposonORretroelement

用引號將兩個單詞組成一個詞組“diseaseresistance”diseaseresistance=diseaseANDresistance

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第4頁檢索須知（2）

wildcard“*”放在單詞后使檢索范圍擴大，但專一性降低Wan*=全部以Wan開頭單詞enzyme*=enzyme+enzymes

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第5頁1.Entrez/Entrez/NCBI檢索體系優(yōu)點：三種檢索體系中最輕易操作體系

缺點：檢索范圍有限

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第6頁8大類44個與Entreze體系相連數(shù)據(jù)庫

“NucleotideSequences”databases(15)“ProteinSequences”databses(4)“Structures”databases(5)“Genes”databases(4)“GeneExpression”databases(4)“Taxonomy”databases(2)“Genomes”databases(6)“Literature”databases(4)關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第7頁Entrez主頁/Entrez/Entrez系統(tǒng)中部分數(shù)據(jù)庫之間連接

檢索方法（1）：數(shù)據(jù)庫之間檢索

NCBI主頁或Entrez主頁輸入關(guān)鍵詞各個數(shù)據(jù)庫中檢索到信息數(shù)量

點擊對應數(shù)據(jù)庫查看信息目錄，每一條信息與其它數(shù)據(jù)庫相關(guān)信息鏈接關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第8頁檢索方法（2）：選擇數(shù)據(jù)庫檢索

NCBI主頁選擇數(shù)據(jù)庫，輸入關(guān)鍵詞檢索到信息目錄，每一條信息與其它數(shù)據(jù)庫相關(guān)信息鏈接查看信息內(nèi)容

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第9頁選擇數(shù)據(jù)庫后，可選擇在這一數(shù)據(jù)庫中檢索內(nèi)容、時間范圍、分子類型、基因位點等

檢索到信息目錄

點擊“Limits”修改檢索時間范圍點擊“Search”檢索選擇時間范圍內(nèi)數(shù)據(jù)關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第10頁分子量檢索

檢索一個分子量為蛋白質(zhì)，輸入“[MOLWT]”，結(jié)果目錄，詳細內(nèi)容

與其它檢索詞相結(jié)合，如檢索人類分子量為蛋白質(zhì)，輸入“[MOLWT]AND“human”[ORGN]”其它專一檢索

關(guān)鍵詞[欄目縮寫或全名]，如“[MOLWT]或[molecularweight]檢索在“Keywords”欄目中出現(xiàn)“kinase”蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)，輸入“kinase[Keyword]”，結(jié)果目錄

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第11頁范圍檢索

檢索分子量在－之間蛋白質(zhì)，輸入“:[MolecularWeight]”，結(jié)果詳細內(nèi)容

檢索核苷酸長短在3000－4000之間DNA，輸入“3000:4000[SLEN]”，結(jié)果目錄

檢索注冊號在AF123456－AF123478之間核苷酸數(shù)據(jù)，輸入AF123456:AF123478[Accessionnumber]，結(jié)果目錄

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第12頁怎樣獲取外文文件全文不論是本科生畢業(yè)、碩士開題、還是工作中搜集最新一手資料，都需要查看文件，當然也少不了外文文件。怎樣獲取外文文件全文呢？Entrez檢索體系(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)Google學術(shù)搜索其它數(shù)據(jù)庫檢索（SCI、SpringerLINK、WileyInterScienceetc.）關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第13頁2.SRS(SequenceReterievalSystem)SRS（http://srs.ebi.ac.uk/）是一個開放數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)，不一樣SRS系統(tǒng)（版本）能夠依據(jù)需要安裝不一樣數(shù)據(jù)庫EuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)檢索體系

優(yōu)點：檢索面寬缺點：操作復雜關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第14頁16大類274個數(shù)據(jù)庫與SRS體系相連Literature,BibliographyandReferencedatabases(9)GeneDictionariesandOntologies(7)Nucleotidesequencedatabase(32)Nucleotiderelateddatabases(8)UniprotUniversalProteinResource(7)Otherproteinsequencedatabases(14)Proteinfunctiondatabases(14)Proteinstructuredatabases(6)Proteininteractiondatabase(3)關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第15頁Enzymes,reactionsandmetabolicpathwaydatabases(7)MutationandSNPdatabases(1)Otherdatabases(7)Userowneddatabases(2)Applicationresultdatabases(18)EMBOSSresultdatabases(135)EMBLGDSGroupedBy(4)

16大類274個數(shù)據(jù)庫與SRS體系相連（續(xù)）關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第16頁SRS基本檢索規(guī)則與慣用檢索規(guī)則不一樣檢索規(guī)則用“|”代表“OR”，用“&”代表“AND”，用“!”代表“NOT”數(shù)字和日期檢索片段長度檢索時用“:”代表或，用“!”代表≠；如“12:”表示12，“:12”表示12，“!12:”表示>12，“:!12”表示<12，12:15表示12而15能夠識別兩種日期格式：YYYYMMDD或DD-MMM-YYYY；如0619或19-Jun-關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第17頁索引檢索（indexsearch）（不是全部SRS檢索系統(tǒng)都能夠進行索引檢索）由數(shù)據(jù)庫名、域名和檢索詞三部分組成，數(shù)據(jù)庫和域名之間用“-”連接，域名與檢索詞之間用“:”（字符串檢索）或“#”（范圍檢索）分開，如：[pir-des:elastase]表示在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PIRdes（description）域搜索關(guān)鍵詞“elastase”[swissprot-date#20010415:200220414]表示在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT中檢索從4月15日到204月14日全部統(tǒng)計[{swissprotswissnewsptrembl}-des:kinase]表示在SWISS-PROT、SWISSNEW和SPtrEMBL三個數(shù)據(jù)庫中des域搜索關(guān)鍵詞“kinase”關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第18頁檢索方法（1）：快速檢索

操作簡單，檢索數(shù)據(jù)庫有限適合用于目標明確檢索在SRS主頁(http://srs.ebi.ac.uk/)選擇數(shù)據(jù)庫種類，輸入關(guān)鍵詞檢索到信息目錄，每一條信息與其它數(shù)據(jù)庫相關(guān)信息鏈接查看信息內(nèi)容

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第19頁檢索方法（2）：深入檢索

操作稍微復雜，能夠檢索全部數(shù)據(jù)庫適合用于范圍廣泛檢索在SRS主頁點擊“LibraryPage”在“LibraryPage”網(wǎng)頁選擇數(shù)據(jù)庫，然后點擊“QueryForm”在“QueryForm”網(wǎng)頁輸入關(guān)鍵詞檢索檢索到信息目錄，每一條信息與其它數(shù)據(jù)庫相關(guān)信息鏈接關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第20頁3.DBGET(Integrateddatabaseretrievalsystem)http://www.genome.ad.jp/dbget/日本檢索體系優(yōu)點：與KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)database相連 操作簡單缺點：檢索面較SRS和Entrez窄DBGET與41個數(shù)據(jù)庫相連

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第21頁檢索方法（1）

在DBGET主頁（默認選擇全部數(shù)據(jù)庫）或選擇數(shù)據(jù)庫后輸入關(guān)鍵詞查看檢索到信息目錄

查看信息詳細內(nèi)容

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第22頁檢索方法（2）

在DBGET主頁選擇并點擊一個數(shù)據(jù)庫在選擇數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁輸入關(guān)鍵詞檢索查看檢索到信息目錄

查看信息詳細內(nèi)容

關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第23頁不能總是得到你所需要信息

關(guān)鍵詞使用 retrotransposon retro-transposon數(shù)據(jù)庫所包含數(shù)據(jù)多少和范圍 不一樣數(shù)據(jù)庫包含內(nèi)容有限關(guān)鍵詞拼寫錯誤關(guān)鍵詞和詞組為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索第24頁4、上機操作

1.熟練掌握E