生物信息學(xué)研究套路-第三章

CONTENTS課程文章精細(xì)化結(jié)構(gòu)分析文獻(xiàn)結(jié)果重新與實(shí)例操作01章02章研究套路與文章框架選題與寫作投稿要點(diǎn)03章04章REFERENCE文獻(xiàn)案例IF=2.662第三章

//

結(jié)果重現(xiàn)與實(shí)例操作CHAPTER

3

:

RESULTS

REPRODUCTION

AND

PRACTICE

OPERATION第12

節(jié)萬能組學(xué)分析第9

節(jié)全面數(shù)據(jù)來源第11節(jié)多樣分子網(wǎng)絡(luò)第10

節(jié)注釋工具第三章

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結(jié)果重現(xiàn)與實(shí)例操作CHAPTER

3

:

RESULTS

REPRODUCTION

AND

PRACTICE

OPERATION第12

節(jié)萬能組學(xué)分析第9

節(jié)全面數(shù)據(jù)來源第11節(jié)多樣分子網(wǎng)絡(luò)第10

節(jié)注釋工具DATA

SOURCES9

全面數(shù)據(jù)來源GEO-Gene

Expression

Omnibus是最大、最全面的公共表達(dá)數(shù)據(jù)資源隨著微陣列

技術(shù)尤其是

芯片的廣泛應(yīng)用，產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)，為研究提供大量高通量數(shù)據(jù)資料。迫切需要一個管理的公共數(shù)據(jù)庫。?表達(dá)數(shù)據(jù)庫

(Gene

ExpressionOmnibus,

GEO)隸屬于

國立衛(wèi)生 的

NCBI。GEO是

最大、最全面的公共

表達(dá)數(shù)據(jù)資源。：解|DATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9GEO

-

Gene

Expression

Omnibus解|DATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9GEO

-

Gene

Expression

OmnibusSubmitter提交者Sample樣本Series系列Platform平臺解|DATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9GEO

-

Gene

Expression

OmnibusFig.

1AMethods解|ResultsDATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9GEO2R

is

an

interactive

web

tool

thatallows

usersto

compare

two

or

moregroups

of

Samples

in

a

GEO

Series

inorder

to

identify

genes

that

aredifferentially

expressed

acrossexperimental

conditions.

Results

arepresented

as

a

table

of

genes

orderedbysignificance.解|DATA

SOURCES9

全面數(shù)據(jù)來源ine是目前世界上最大的癌

數(shù)據(jù)庫和整合數(shù)據(jù)挖掘

平臺，旨在挖掘

信息。

ine擁有最全的

突變譜、表達(dá)數(shù)據(jù)以及相關(guān)的臨床信息，可利于發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物或新的治療靶點(diǎn)。ine分析

表達(dá)差異沒有課題的時候解決選題來源有靶

的時候增加數(shù)據(jù)佐證分析臨床相關(guān)性針對

表達(dá)與預(yù)后進(jìn)行分析針對病理特征相關(guān)性進(jìn)行分析分析

共表達(dá)分子機(jī)制研究的時候探索方向共表達(dá)分子構(gòu)建信號通路網(wǎng)絡(luò)ine解|DATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9OncologyData-miningine+=ine解|DATA

SOURCES全面數(shù)據(jù)來源9Fig.5

ine

ysis

of

cancer

vs.

normal

tissue

of(A)TOP2A

and

(B)CDK1.Fig.6

Association

between

theexpression

of

TOP2A

andCDK1

and

tum rade,

in

the

Wurmbach

Liver

dataset.ine解|第三章

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結(jié)果重現(xiàn)與實(shí)例操作第10

節(jié)的注釋工具CHAPTER

3

:

RESULTS

REPRODUCTION

AND

PRACTICE

OPERATION第12

節(jié)萬能組學(xué)分析第9

節(jié)全面數(shù)據(jù)來源第11節(jié)多樣分子網(wǎng)絡(luò)ANNOTATION

TOOL的注釋工具10Table

1Table

2解|ANNOTATIONTOOL的注釋工具10MethodsResultsANNOTATION

TOOL的注釋工具10Numerous

public

sources

of

proteinand

gene

annotation

have

been

parsedand

integrated

into

DAVID

6.7.

DAVID6.7

contains

information

on

over

1.5million

genes

from

more

than

65,000species.

D an

be

displayed

in

chartor

table

format

ordownload.解|ANNOTATION

TOOL的注釋工具10IF=

10.03IF=

10.16解|ANNOTATION

TOOL的注釋工具10DAVID結(jié)果可視化ht

/ImageGP/解|第三章

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結(jié)果重現(xiàn)與實(shí)例操作第10

節(jié)的注釋工具CHAPTER

3

:

RESULTS

REPRODUCTION

AND

PRACTICE

OPERATION第12

節(jié)萬能組學(xué)分析第9

節(jié)全面數(shù)據(jù)來源第11節(jié)多樣分子網(wǎng)絡(luò)DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11STRING

–

Search

Tool

for

the

Retrieval

of

Interacting

Genes解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11Fig.

1B,C解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11它除了包含有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、從PubMed摘要中文本挖掘的結(jié)果和綜合其他數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)外，還有利用生物信息學(xué)的方法預(yù)測的結(jié)果。STRING數(shù)據(jù)庫是一個搜尋已知蛋白質(zhì)之間和蛋白質(zhì)之間相互作用的系統(tǒng)。所應(yīng)用的生物信息學(xué)的方法有：、融合、系統(tǒng)進(jìn)化譜和基于數(shù)據(jù)的共表達(dá)。解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11CytoscCytosc

是一個專注于開源網(wǎng)絡(luò)可視化和分析的

。其

是提供基礎(chǔ)的功能布局和查詢網(wǎng)絡(luò)，并依據(jù)基本的數(shù)據(jù)結(jié)

可視化網(wǎng)絡(luò)。支持插件擴(kuò)展，可以附加計(jì)算分析和其他功能。123IF=

11.92解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11首先要安裝Java程序，才能在系統(tǒng)上運(yùn)行CytoscCytosc解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11Fig.

1CResultsMethodsCytosc解|DIVERSE

NETWORK多樣分子網(wǎng)絡(luò)11名稱用途ClueGOCluePediaBiNGOGene

ontology

annotationcytoHubbaMCODESeek

hub

module/geneCytoKeggstringAPPReactomeFIImport

external

databases常用的Cytosc

插件解|第三章

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結(jié)果重現(xiàn)與實(shí)例操作第10

節(jié)的注釋工具CHAPTER

3

:

RESULTS

REPRODUCTION

AND

PRACTICE

OPERATION第12

節(jié)萬能組學(xué)分析第9

節(jié)全面數(shù)據(jù)來源第11節(jié)多樣分子網(wǎng)絡(luò)MULTI-OMICAS萬能組學(xué)分析1212341

3

Cytosc24cBioPortalUCSC

Cancer

Genomes

Browser解|MULTI-OMICAS萬能組學(xué)分析12cBioPortal為

組研究提供了一個網(wǎng)頁版面用來瀏覽、可視化和分析

度的

組數(shù)據(jù)，提供了多個平臺

水平的圖形化信息匯總、網(wǎng)絡(luò)分析、生存分析、單一病例檢索和

接口將

組織和 細(xì)胞的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為可讀的、易于理解的

學(xué)、流行病學(xué)、

表達(dá)和蛋白組學(xué)事件IF

=

20.01cBioPortal解|MULTI-OMICAS萬能組學(xué)分析12The

UCSC

Cancer

Browser

allows

researchersto

interactively

explore

cancer

genomics

dataand

its

associated

clinical

information.

D

anbe

viewed

in

a

variety

of

ways,

including

byvalue,

chromosome

location,

clinical

feature,biological

pathway

eneset

of

interest.

It

isalso

possible

to

quickly

perform

and

easily

viewstatistical

ysis

on

subsets

of

the

data.UCSC

Cancer

Genomes

Browser解|MULTI-OMICAS萬能組學(xué)分析12IF=

25.06IF=

10.16IF=

10.16Dif