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文檔簡介
1、GaussView界面教程1】界面介紹Gview是一個(gè)專門設(shè)計(jì)于高斯配套使用的軟件,其主要用途有兩個(gè):構(gòu)建高斯的輸入文件;以圖的形式顯示高斯計(jì)算的結(jié)果。除了可以自己構(gòu)建輸入文件外,Gview還可讀入Chem3DHyperChemf口晶體數(shù)據(jù)等諸多格式的文件。從而使其可以于諸多圖形軟件連用,大大拓寬了使用范圍。開啟GaussView會(huì)看到一大一小兩個(gè)窗口,后面灰色背景的窗口為選擇窗口,在里面選擇要輸入的分子或基團(tuán);前面紫色的窗口為繪圖窗口,使用鼠標(biāo)繪制想要繪制的圖形。菜單欄【File】主要功能是建立,打開,保存和打印當(dāng)前的文件【Edit】完成對(duì)分子的剪貼、拷貝、刪除、抓圖等【View】與顯示分子
2、相關(guān)的都在這個(gè)菜單下,如顯示氫原子、鍵、元素符號(hào)、坐標(biāo)等【Calculate】直接向Gaussian提交計(jì)算【Results】接收并顯示Gaussian計(jì)算后的結(jié)果【W(wǎng)indows!控制窗體,如關(guān)閉、恢復(fù)等Help幫助快速工具欄【左面第一個(gè)】選擇元素與價(jià)鍵,單擊打開會(huì)看到一個(gè)元素周期表,通過它可以選擇需要繪制的元素以及價(jià)態(tài)?!咀竺娴诙€(gè)】環(huán)工具,作用與上一個(gè)差不多,只是這里提供的都是環(huán)狀化合物殘基;【左面第三個(gè)】提供常用的R基團(tuán)模板,其中包括乙基、丙基、異丙基、異丁基【左面第四個(gè)】氨基酸殘基,使用它可以迅速繪制氨基酸【左面第五個(gè)】用戶自定義基團(tuán),您可以將常用的基團(tuán)存放到此處這條快速編輯欄中從左
3、到右依次是【鍵調(diào)整】|【鍵角調(diào)整】|【二面角調(diào)整】|【查詢已有結(jié)構(gòu)】|【增加化學(xué)鍵】|【刪除化學(xué)鍵】|【翻轉(zhuǎn)原子】|【單個(gè)選擇】|【框選】|【去除選擇】|【全選】這里面的所有選項(xiàng)都可以通過在繪圖窗口點(diǎn)擊右鍵得到。3、常用工具欄這兩條條工具欄是最常用的,幾乎所有軟件都有的新建打開等工具GaussView教程【2】構(gòu)建分子這里以構(gòu)建一個(gè)問氟苯乙烷分子并從GaussView里遞交計(jì)算為例來說明。1、開啟Gview2、雙擊色按鈕,選擇苯基(第一個(gè)),會(huì)看到主程序框體中出現(xiàn)苯環(huán)在工作窗口單擊,可以看到工作窗口也出現(xiàn)了一個(gè)苯環(huán)。單擊左鍵,可以將主程序框體中的分子或基團(tuán)加入到工作窗口;按上下左右鍵,或者左鍵
4、單擊不放移動(dòng)鼠標(biāo),可以調(diào)節(jié)分子的角度;滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪,可以放大縮小分子;按住shift鍵,左鍵單擊不放移動(dòng)鼠標(biāo),可以移動(dòng)分子;當(dāng)工作窗口內(nèi)有多個(gè)分子時(shí)(在構(gòu)建大的分子時(shí),這種情況很容易出現(xiàn))用Shift+Alt+鼠標(biāo)左鍵組合,移動(dòng)想要移動(dòng)的分子;用Ctrl+Alt+鼠標(biāo)左鍵組合調(diào)節(jié)其中一個(gè)分子的角度;雙擊也f圖標(biāo)(或者左鍵不放),在元素周期表中選擇【F】元素,回到工作窗口在苯的任意一個(gè)【H】上單擊,使之變成【F】雙擊*圖標(biāo),從鏈姓庫中選擇【乙基】(第一個(gè)),然后點(diǎn)擊間位上的H即可至此,分子式已經(jīng)構(gòu)建完成,Gview存儲(chǔ)個(gè)人常用分子的功能,雙擊view上的用圖標(biāo),在下面的對(duì)話框中鍵入相關(guān)項(xiàng)目,保存
5、即可。(注:我的程序此項(xiàng)功能不行,用戶自定義基團(tuán))查看分子坐標(biāo):單擊Gview界面的A圖標(biāo),查看分子的坐標(biāo)至此,我們保存一下我們構(gòu)建好的問氟苯乙烷分子,在繪圖界面右鍵單擊【File】【Save】然后選擇保存路徑即可。GaussView教程【3】向Gaussian提交計(jì)算上一講我們已經(jīng)構(gòu)建好了一個(gè)問氟苯乙烷分子,現(xiàn)在打開問氟苯乙烷分子。點(diǎn)擊Gview界面上的【CalculateGaussianCalculateSetup從對(duì)話框中我們可以選擇許多參數(shù),下面依次選擇一下【JobType工作類型:【Energy能量】|【Optimization優(yōu)化】|【Frequency頻率】|【Opt+Freq優(yōu)
6、化+頻率】|【Scan掃描】|Stability穩(wěn)定性】|【NMRg磁】,這里我們選擇【NMR核磁Method!方法:每種計(jì)算模式都提供了若干種方法,這里選擇默認(rèn)值即可Title】題目:這項(xiàng)可以根據(jù)自己的項(xiàng)目自行命名Link0給檢查點(diǎn)文件命名其它選擇默認(rèn)即可選好后點(diǎn)擊【Submit!提交至Gaussian,并保存。(最好存到安裝文件所在磁盤)系統(tǒng)會(huì)詢問是否提交至Gaussian,選擇【OH,Gaussian會(huì)自動(dòng)開啟并計(jì)算,計(jì)算時(shí)間因硬件配置而異計(jì)算完畢后系統(tǒng)會(huì)提示關(guān)閉Gaussian,點(diǎn)擊【是】計(jì)算完畢后會(huì)生成兩個(gè)文件,.log的是系統(tǒng)日志,便于查看計(jì)算結(jié)果。這里我們選擇.chk文件【Oki接下來我們又一次看到了剛才繪制的那個(gè)分子,表面上沒什么不同,但這次我們可以預(yù)言它的許多性質(zhì)了,在GView的主界面點(diǎn)擊【Results-【Summary可以看到剛才的計(jì)算總結(jié),點(diǎn)擊【ViewFile】可以看到日志文件。因?yàn)槲覀儎偛胚x擇計(jì)算模式是【NMR】核磁,所以我們點(diǎn)擊【Results】【NMR】,隨即我們看到了很熟悉的核磁圖譜,但似乎很亂,因?yàn)檫@是所有元素的核磁譜圖,在左下方【Element右方
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