測序技術能替代微生物檢驗技術

1、NGS能取代微生物學傳統(tǒng)技術無錫市第二人民醫(yī)院檢驗科 第1頁傳統(tǒng)微生物檢測技術病原檢出陽性率低，培養(yǎng)時間長病原顆?？乖?抗體代謝產物涂片培養(yǎng)免疫學質譜生化第2頁第3頁第4頁判定疑難感染病原-經典案例14歲聯合免疫缺點綜合征男孩8個月旅行后腦膜炎住院6周內-38項感染病原檢測5種抗生素經驗治療48小時腦脊液高通量測序鉤端螺旋體475條序列，更換青霉素32天痊愈出院第5頁判定疑難感染病原-經典案例第6頁判定疑難感染病原-經典案例-中國上海華山醫(yī)院感染科“戰(zhàn)狼3”輸入性非洲錐蟲?。褐袊腥九c疾控團體72小時救援第7頁判定疑難感染病原-經典案例-中國上海華山醫(yī)院判定新發(fā)病原體豬皰疹病毒跨物種傳輸年6月

2、，江西女性患者，重復發(fā)燒，頭痛兩周，視力下降。病情惡化,轉診到上海華山醫(yī)院，全方面檢驗均未明確病原體。手術眼玻璃體液送至宏基因組測序平臺，36小時傳來匯報:測出4832條豬皰疹病毒序列，確診病原體。由抗生素轉為抗病毒治療，一周后患者體溫正常，視力穩(wěn)定，出院后定時隨訪,最終治愈。經過調查，該患者來自江西某養(yǎng)殖場，曾被污水潑濺入雙眼。上海教授遠赴江西采取樣本檢測，明確了病毒跨種傳輸路徑。該研究發(fā)表于美國疾控中心主辦權威雜志。該案例引發(fā)中國國家疾控系統(tǒng)高層重視,推進了新發(fā)感染精準診治政策落地。第8頁判定疑難感染病原-經典案例-中國北京協(xié)和醫(yī)院判定新發(fā)病原體豬皰疹病毒跨物種傳輸第9頁判定疑難感染病原-

3、經典案例-中國上海中山醫(yī)院“中山探索系列”第10頁快速判定新發(fā)病原體 重大傳染病第11頁傳染病暴發(fā)溯源 重大傳染病西非肆掠埃博拉病毒遺傳多樣性和傳輸路徑分析Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the outbreak. 2月從幾內亞開始，3月到利比里亞，5月塞拉利昂，7月末到尼日利亞病例指數增加New genomic technologies can provide near-real-time insights into the pathogens origin,transmis

4、sion dynamics,and evolution.怎樣進入并在人群中傳輸，變異情況，是否有來自自然宿主新毒株？第12頁來自血流、肺部、CNS、膿腫等不一樣感染部位和不一樣標本類型第13頁來自血流、肺部、CNS、膿腫等不一樣感染部位和不一樣標本類型mNGS用于ICU膿毒癥患者病原學診療(血液)mNGS用于肺部感染患者病原學診療(肺組織)mNGS用于中樞神經系統(tǒng)感染患者病原學診療(腦脊液)mNGS在檢測不一樣起源膿腫標本方面技術優(yōu)勢(膿腫標本)mNGS用于骨關節(jié)感染患者病原學診療(骨關節(jié)液)第14頁檢測出細菌、病毒、真菌、寄生蟲等不一樣病原體第15頁檢測出細菌、病毒、真菌、寄生蟲等不一樣病原

5、體mNGS用于診療罕見肺外肝結核(結核桿菌)mNGS用于診療新發(fā)傳染病(豬皰疹病毒)mNGS用于診療真菌感染(耶氏肺孢子菌)mNGS用于診療實質外腦囊蟲病(腦囊蟲)第16頁受惠于兒童、青年、老人、免疫缺點等不一樣人群第17頁受惠于兒童、青年、老人、免疫缺點等不一樣人群mNGS用于兒童肺炎病原學探查罕見肺外肝結核(兒童)mNGS用于檢出罕見鼻病毒和博卡病毒混合感染(青年女性)mNGS用于免疫缺點人群病原學診療隊列研究(免疫缺點患者)mNGS用于老年人關節(jié)感染病原診療(老年人)第18頁Nature、NEJM、Cell、CID、JCM等超高水平文章層出不窮第19頁Nature、NEJM、Cell、CID、JCM等超高水平文章層出不窮mNGS測序將變革臨床病原檢測中國科學家Cell主要評述文章: mNGS成為病毒分類新方法技術變革帶來急性和慢性肺部感染管理新機遇新診療工具mNGS用于臨床機遇及挑戰(zhàn)mNGS臨床應用離現實更近一步第20頁第21頁測序技術NGS（next generation sequencing），又稱高通量測序技術，一次并行能對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行