第9章文獻(xiàn)信息管理與分析

1、第九章文獻(xiàn)信息的管理與分析中國(guó)高等教育學(xué)會(huì)醫(yī)學(xué)教育專業(yè)委員會(huì)規(guī)劃教材中國(guó)高等教育學(xué)會(huì)醫(yī)學(xué)教育專業(yè)委員會(huì)規(guī)劃教材醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索本章內(nèi)容本章內(nèi)容第一節(jié) 文獻(xiàn)信息的管理第二節(jié) 文獻(xiàn)信息的分析第三節(jié) 文獻(xiàn)信息的利用第一節(jié)第一節(jié) 文獻(xiàn)信息的管理文獻(xiàn)信息的管理一、 文獻(xiàn)信息管理概述二、 NoteExpress三、 EndNote 一、文獻(xiàn)信息管理概述一、文獻(xiàn)信息管理概述 “參考文獻(xiàn)管理軟件是學(xué)者或作者用于記錄、組織、調(diào)閱引用文獻(xiàn)的計(jì)算機(jī)程序。一旦引用文獻(xiàn)被記錄，就可以重復(fù)、多次地生成文獻(xiàn)引用目錄?！逼浠镜墓δ馨? 文獻(xiàn)信息的收集；文獻(xiàn)信息的整理和組織；論文中對(duì)文獻(xiàn)引用的插入和參考書目的生成。二、二、No

2、teExpressNoteExpress (一)NoteExpress簡(jiǎn)介 NoteExpress（為便于表達(dá)，后面將其縮寫為NE）是北京愛琴海軟件公司開發(fā)的一款專業(yè)級(jí)別的中文文獻(xiàn)檢索與管理系統(tǒng)。 (二) 安裝 用戶可以從http:/www.RefL/網(wǎng)站上下載NoteExpress的安裝程序，個(gè)人用戶請(qǐng)下載標(biāo)準(zhǔn)版，集團(tuán)用戶請(qǐng)下載相應(yīng)的集團(tuán)版。(三)題錄和全文管理1.建立數(shù)據(jù)庫(kù)2.數(shù)據(jù)導(dǎo)入 NE提供了四種導(dǎo)入題錄的方式：利用菜單欄的在線檢索導(dǎo)入、內(nèi)嵌瀏覽器檢索導(dǎo)入、過濾器導(dǎo)入（網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索導(dǎo)入）和手工錄入。3.題錄管理 可以對(duì)題錄進(jìn)行增、刪、改、查重。（舉例）4.附件和筆記的管理

3、 在NE中，可以為文獻(xiàn)題錄添加附件、筆記，可以關(guān)聯(lián)題錄和文件夾。（舉例）5.數(shù)據(jù)庫(kù)的備份 如果要備份題錄和筆記，在菜單【文件】下，有【備份數(shù)據(jù)庫(kù)】選項(xiàng)。(四)題錄統(tǒng)計(jì)與分析 首先選中需要進(jìn)行統(tǒng)計(jì)的文件夾，然后點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇菜單【文件夾信息統(tǒng)計(jì)】，或點(diǎn)擊【文件】的下拉菜單中的【文件夾信息統(tǒng)計(jì)】。(五)自動(dòng)編排論文或書籍的參考文獻(xiàn)（舉例）三、三、EndNoteEndNote (一)EndNote簡(jiǎn)介 EndNote由Thomson Corporation下屬的Thomson ResearchSoft開發(fā)，專門用于管理參考文獻(xiàn)，是世界上最有名、歷史最久的文獻(xiàn)管理軟件之一。 1.建立數(shù)據(jù)庫(kù) 和NE

4、一樣，用使用時(shí)需建立自己的新的數(shù)據(jù)庫(kù)。在EndNote主程序的【File】下拉菜單中點(diǎn)擊【new】，然后選擇保存位置即可。 2.數(shù)據(jù)導(dǎo)入 戶需要將文獻(xiàn)題錄添加到數(shù)據(jù)庫(kù)中。EndNote提供了四種導(dǎo)入題錄方式：利用菜單欄的在線檢索導(dǎo)入、過濾器導(dǎo)入（網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索導(dǎo)入）、手工錄入和pdf全文導(dǎo)入（X5以上版本）。 3.題錄管理 題錄的管理包括了增、刪、改、查以及排序和去重等。這些操作既可以通過菜單欄【reference】操作，也可以通過在題錄上用鼠標(biāo)右鍵操作。 4.附件管理 在題錄上點(diǎn)擊右鍵選擇【File Attachments】為每一條文獻(xiàn)信息添加附件，方便在需要的時(shí)候快速打開全文。 5.數(shù)據(jù)庫(kù)

5、的備份 選擇菜單【File】然后選擇【Export】。還可以通過【Compressed library】將題錄導(dǎo)出為壓縮庫(kù)。 6.同步功能 EndNote是一個(gè)單機(jī)版軟件，與它對(duì)應(yīng)的還有EndNote web版。web版需要在 web版并且安裝。 7.統(tǒng)計(jì)分析 同NE軟件相同，EndNote也提供了簡(jiǎn)單的文獻(xiàn)統(tǒng)計(jì)功能，在tool菜單中有一個(gè)subject bibliography選項(xiàng)，選擇后就可以根據(jù)作者、期刊、年代等字段進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。 8.使用論文模板 EndNote中內(nèi)置了近200種英文期刊論文模板，在tool菜單欄有manuscript templates選項(xiàng)，選擇需要的期刊模板就可以開

6、始撰寫論文。 9.過濾器和樣式的導(dǎo)入 樣式的獲取方式有兩種：一種是在網(wǎng)上下載，另一種方式是在edit菜單欄新建樣式。（舉例）( (二二) )編排論文或書籍的參考文獻(xiàn)編排論文或書籍的參考文獻(xiàn) 安裝完EndNote后，在word字處理軟件中就會(huì)多出一個(gè)EndNote菜單項(xiàng)。Insert Citation表示插入在EndNote中選中的引文；EN go to EndNote表示EndNote和word之間的切換；Edit&Manage citation(s)表示編輯word文件中的參考文獻(xiàn)；Edit Library Reference(s)表示編輯EndNote庫(kù)中的引文。Style是一個(gè)選擇項(xiàng)，可

7、以選擇EndNote提供的各種英文期刊論文格式，選擇好對(duì)應(yīng)的格式后點(diǎn)擊Update Citations and Bibliography，就會(huì)將論文格式化為指定期刊的要求。Convert Citations AND Bibliography 和NE中的去除格式化作用相同，是去除參考文獻(xiàn)帶有的域代碼，使之成為普通文本。切記在轉(zhuǎn)換之前保留原來帶有域代碼的副本。( (三三) )常見問題常見問題問題1 已有文獻(xiàn)如何批量導(dǎo)入EndNote ？1.手動(dòng)輸入，既可以打開EndNote新建文獻(xiàn)，逐條輸入信息，也可以把信息直接錄成規(guī)范的txt文件，自制filter導(dǎo)入；2.通過EndNote的在線檢索功能，輸入

8、關(guān)鍵詞重新檢索，將檢索結(jié)果導(dǎo)入EndNote。問題2 如何改變期刊的輸出格式，使得文獻(xiàn)頁碼只保留起始頁？更改期刊的output styles，在Page numbers選擇show only the first page number。問題3 學(xué)位論文庫(kù)數(shù)據(jù)如何導(dǎo)入EndNote？1.西文學(xué)位論文數(shù)據(jù)庫(kù)常用的是ProQuest，但是一定要選擇文摘數(shù)據(jù)庫(kù)，選中文獻(xiàn)后點(diǎn)擊Export可以直接把文獻(xiàn)導(dǎo)出到EndNote中。2.中文學(xué)位論文庫(kù)常用CNKI，需注意通過網(wǎng)址進(jìn)入；保存EndNote形式文本，選擇EndNote import過濾器；選擇UTF-8文字編碼格式。問題4 圖書信息怎樣錄入EndN

9、ote？:手工錄入；通過查找導(dǎo)入；通過Google Scholar查找導(dǎo)入。問題5 全文怎樣和EndNote關(guān)聯(lián)？ 1.選中記錄右鍵添加附件；2.通過找全文的功能添加附件（注意不要過量下載）。問題6 腳注文字如何插入，如何編輯？在word中插入腳注，在EndNote中編輯output styles的footnotes部分，可以選擇類似引用格式、參考文獻(xiàn)格式或者自編格式。問題7 期刊的全簡(jiǎn)稱怎樣互換？1.如果文獻(xiàn)記錄中已有期刊的簡(jiǎn)稱，直接編輯output styles的journal names選擇一種簡(jiǎn)寫形式，通常是abbreviation ；2.如果文獻(xiàn)記錄中

10、沒有期刊簡(jiǎn)稱，可以通過term list的功能直接導(dǎo)入EndNote自帶的期刊全簡(jiǎn)稱。具體操作是：toolsopen term listjournal term listlists，然后選擇import lists ,到安裝目錄下的term list文件夾中選中本學(xué)科領(lǐng)域的文件導(dǎo)入。然后更改output style的journal names為abbreviation 1。問題8 用latex寫文章如何使用調(diào)用EndNote的文獻(xiàn)庫(kù)？使用latex系統(tǒng)寫文章調(diào)用EndNote文獻(xiàn)庫(kù)時(shí)，文獻(xiàn)庫(kù)的文件為*.bib文件，先將EndNote的library以O(shè)utput styles：Bib Tex

11、Export的形式輸出，另存為bib文件。問題9 如何編制個(gè)性化的output style？編輯期刊的output style，包括：style介紹，匿名作者寫法；期刊的書寫形式，頁碼形式，引用格式，參考文獻(xiàn)格式，腳注格式，圖表格式。其中引用格式citation、參考文獻(xiàn)格式bibliography和腳注格式footnotes的核心都是templates的編輯?？梢缘狡诳W(wǎng)站上下載期刊的參考文獻(xiàn)投稿要求，對(duì)照要求編寫template，可以選擇一個(gè)類似的期刊output style格式加以修改。問題10 邊寫作邊引用中出現(xiàn)的格式問題，文中和文后參考文獻(xiàn)的編輯？參考文獻(xiàn)格式更改可以通過修改outp

12、ut style實(shí)現(xiàn)，引用過程中citation修改通過edit citation實(shí)現(xiàn)，切忌直接刪除，很容易由于刪除不完全導(dǎo)致參考文獻(xiàn)字體、懸掛縮進(jìn)等通過formatlayout來修改。文獻(xiàn)引用完成要投稿時(shí)需去掉域代碼，這個(gè)過程不可逆，切記要保存一個(gè)留有域代碼的版本，以便日后改投其他刊物時(shí)再修改。問題11 與NoteExpress及其他文獻(xiàn)管理軟件之間的數(shù)據(jù)互相導(dǎo)入？NoteExpress的文獻(xiàn)可以通過EndNote格式的Export /Import實(shí)現(xiàn)，如果其他文獻(xiàn)只要是RIS格式都是可以直接互導(dǎo)。問題12 Endnote 與EndNote Web如何共享文件？可以在EndNote 左邊導(dǎo)航

13、欄EndNote web configuration 中構(gòu)造EndNote web 的賬戶名和密碼，構(gòu)造好后EndNote 就可以EndNote web互相共享數(shù)據(jù)。問題13 Endote下載安裝過程出現(xiàn)的問題，比如word中沒有出現(xiàn)EndNote工具條怎么辦？1，選擇菜單視圖工具欄看是否EndNote工具被選中。2.選擇工具模板和加載項(xiàng)看EndNote文件（EndNote Cwyw.dot）是否被正確加載。如果沒有加載，選擇路徑C:Documents and SettingsUSER NAMEApplication DataEndnote加載文件。3.選擇工具選項(xiàng)文件位置啟動(dòng)看文件是否被安裝

14、在路徑下C:Documents and SettingsUSER NAMEApplication DataMicrosoftWordStartup；如果沒有正確安裝，關(guān)閉word，打開EndNote安裝程序，拷貝兩個(gè)文件N10CWYW.dot;EN10Cwyw.WordXP.wll至路徑下。第二節(jié)第二節(jié) 文獻(xiàn)信息的分析文獻(xiàn)信息的分析 一、為什么要進(jìn)行文獻(xiàn)信息分析 二、文獻(xiàn)信息分析的工具 三、RefViz 四、Hiscite一、為什么要進(jìn)行文獻(xiàn)信息分析一、為什么要進(jìn)行文獻(xiàn)信息分析 對(duì)于用戶來說，除了掌握快速的收集信息和有效管理信息的能力之外，還需要有一定的信息分析能力。 通過文獻(xiàn)信息分析可以幫助

15、用戶： 1.更快找到自己需要的東西； 2.處理大量信息； 3.從不同角度發(fā)現(xiàn)新的信息。二、文獻(xiàn)信息分析的工具二、文獻(xiàn)信息分析的工具 文獻(xiàn)分析有很多方法，如引文分析、聚類分析、引文耦合等。這些方法使用比較復(fù)雜，但可喜的是已有成熟的軟件實(shí)現(xiàn)了這些方法，用戶直接使用這些軟件就可以進(jìn)行文獻(xiàn)分析。 比如有RefViz、Hiscite、TDA、Citesapce、OmniViz、Biblioscape等，這些軟件有的是基于內(nèi)容分析，有的是是基于引文分析。三、三、RefVizRefViz(一)RefViz介紹 RefViz 可以幫助用戶分析、組織和管理大量的文獻(xiàn)。它通過采取與用戶閱讀文獻(xiàn)類似的方式，即通讀所

16、有文獻(xiàn)、找出關(guān)鍵信息，然后進(jìn)行歸類，并以可視化的圖形方式將歸類的結(jié)果展示出來，可以幫助用戶發(fā)現(xiàn)研究熱點(diǎn)，找出文獻(xiàn)間的相互關(guān)系，快速了解某一領(lǐng)域的整體情況等。因此，該軟件可以幫助用戶確定研究方向，開拓研究思路，尋找新的解決方案和突破口等。(二)RefViz工作原理 RefViz 處理文獻(xiàn)的方式與用戶平時(shí)閱讀文獻(xiàn)的過程類似：把一類文獻(xiàn)全部找來，逐一閱讀文章標(biāo)題以及摘要，然后根據(jù)主題內(nèi)容的不同分成若干類。(三)基本功能1.數(shù)據(jù)來源 可供RefViz 進(jìn)行分析的文獻(xiàn)信息有三條來源途徑：一是通過RefViz 直接聯(lián)網(wǎng)檢索；二是對(duì)文獻(xiàn)管理軟件已經(jīng)建立的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析；三是通過一些預(yù)存的文本文獻(xiàn)信息或通過格

17、式轉(zhuǎn)換過來的文獻(xiàn)信息。RefViz 分析的結(jié)果有兩種展示方式， Galaxy 視圖和Matrix 視圖。2.界面介紹 主頁面有四個(gè)窗口：視圖窗口( Galaxy/Matrix )、主題/ 檢索窗口( T opics/ Search )、參考文獻(xiàn)瀏覽窗口( Reference Viewer)和顧問窗口( Advisor)3.軟件操作 選擇 File-new view，在create new view 子窗口選擇 searching database(s) using reference retriever。4. Galaxy 視圖 Galaxy 顯示的是所有文獻(xiàn)分類的結(jié)果，表示的是一組文獻(xiàn)，單個(gè)

18、的小點(diǎn)表示的是具體某一篇文獻(xiàn)。圖標(biāo)的大小表示文獻(xiàn)數(shù)目的多少，圖標(biāo)間相對(duì)位置表示了每組文獻(xiàn)間的關(guān)系。5. Matrix視圖 Matrix 顯示的是group 和major topic 之間的關(guān)系，或者顯示major topic 相互間的關(guān)系。每行顯示的是每組中三個(gè)major topic，每列顯示的是用于區(qū)別每組文獻(xiàn)的major topic。方格中的顏色代表了major topic 與group 的 相關(guān)性。紅色表示正相關(guān)，藍(lán)色表示兩者沒有相關(guān)性。6.創(chuàng)建子視圖 通過RefViz 對(duì)一批文獻(xiàn)進(jìn)行分析，可能發(fā)現(xiàn)其中只有一部分與特定目標(biāo)相關(guān)，對(duì)這部分文獻(xiàn)再進(jìn)行分析，有助于深入理解特定主題的相關(guān)信息。首

19、先選擇感興趣的文獻(xiàn)，依次點(diǎn)擊File - Create Subset View，RefViz 可以對(duì)這部分文獻(xiàn)進(jìn)行分析?？稍趶棾龅拇翱谥袑?duì)新的視圖進(jìn)行命名。（四）應(yīng)用案例（四）應(yīng)用案例利用關(guān)鍵詞Notch Signaling Pathway在PubMed 檢索，共檢索到739篇文獻(xiàn)，利用RefViz進(jìn)行分析。案例2：對(duì)案例1檢索結(jié)果以matrix視圖的形式顯示：橫坐標(biāo)代表主題詞，縱坐標(biāo)代表不同的組?？v橫坐標(biāo)的交叉點(diǎn)表示了主題詞和該組的關(guān)系強(qiáng)弱，關(guān)系的強(qiáng)弱用顏色表示，紅色表示關(guān)系最強(qiáng)。在瀏覽完Galaxy 視圖后，再分析它的matrix視圖，就能很快了解該組文獻(xiàn)最重要的主題概念。圖中組1和主題詞

20、leukemia、ligand、mutation和inhibit等交叉點(diǎn)為紅色，說明關(guān)系最緊密。案例3：檢索Nature 雜志2010年論文，共查到2640篇文獻(xiàn)。分析Galaxy 視圖。四、四、hiscitehiscite（一）Hiscite介紹 Histcitehistory of cite，意味引文歷史，或者叫引文圖譜分析軟件。該軟件系SCI的發(fā)明人加菲爾德開發(fā)，其作用在于通過圖示的方式展示某一領(lǐng)域不同文獻(xiàn)之間的關(guān)系，從而為廣大的科研人員、各研究所和大學(xué)的科研管理部門和圖書館人員提供一種便捷的工具, 指導(dǎo)他們?nèi)绾螐谋姸嗟目茖W(xué)文獻(xiàn)資料中找出各個(gè)學(xué)科本身, 以及之間的研究歷史軌跡、發(fā)展規(guī)律和

21、未來趨勢(shì)。Hiscite的主要作用是對(duì)文獻(xiàn)搜索的結(jié)果進(jìn)行分析和組織，從而了解各個(gè)學(xué)科發(fā)展的峰谷趨勢(shì)，歷史重大事件，以及各大學(xué)、研究所及作者的科研文章的產(chǎn)出數(shù)量等，并根據(jù)結(jié)果進(jìn)一步做出其所需拓?fù)鋱D表。 （二）功能特色 1.可根據(jù)搜索結(jié)果中的關(guān)鍵文獻(xiàn)條目的頻率分布，獲知某個(gè)作者、單位或期刊在搜索結(jié)果中出現(xiàn)的頻次。 2.可根據(jù)搜索結(jié)果勾畫出眾多文章出版的時(shí)間圖，獲知某個(gè)學(xué)科領(lǐng)域的峰谷時(shí)期。 3.可根據(jù)搜索采用的單詞在文章題目中出現(xiàn)的頻次， 獲知某個(gè)國(guó)家或研究單位的文章產(chǎn)出量以及許多其他的趨勢(shì)分析。 4.可根據(jù)搜索去研究文章之間的引用關(guān)系，易于用戶確定引用最多的文章、作者、單位及全球分布規(guī)律，從而得知

22、誰是該領(lǐng)域的引領(lǐng)人物，是什么研究結(jié)果影響著這個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展走向。 5.可根據(jù)自動(dòng)生成的某次搜索結(jié)果做出文章之間的引用關(guān)系圖表。（三）Hiscite操作和相關(guān)概念 1.基本操作 （1）軟件下載與安裝 從Histcite網(wǎng)站下載軟件，安裝之后，點(diǎn)擊Histcite圖標(biāo)即可開啟軟件。軟件打開后的窗口類似IE的界面。 （2）數(shù)據(jù)的獲取 Histcite目前用于分析的文獻(xiàn)信息只能來源于Web of Science數(shù)據(jù)庫(kù)。 （3）數(shù)據(jù)分析 數(shù)據(jù)導(dǎo)入后，軟件會(huì)自動(dòng)進(jìn)行分析。初學(xué)者可以不去追究各種按鈕的含義。 （4）讀圖 做出圖之后，理解圖譜才是關(guān)鍵。一般默認(rèn)會(huì)畫出30篇文獻(xiàn)之間的關(guān)聯(lián)。2.相關(guān)概念GCS是global citation score，即引用次數(shù)，也就是用戶在Web of Science網(wǎng)站上看到的引用次數(shù)。如果點(diǎn)擊gcs，軟件會(huì)按照GCS進(jìn)行排序。此時(shí)的結(jié)果與用戶在Web of Science網(wǎng)站按被引頻次排序的結(jié)果是一樣的。CR是cited references，即文章引用的參考文獻(xiàn)數(shù)量。如果某篇文獻(xiàn)引用了50篇參考文獻(xiàn)，則CR為50。這個(gè)數(shù)據(jù)通常能幫初步判斷一下某篇文獻(xiàn)是一般論文還是綜述。LCS是local citation score的簡(jiǎn)寫，即本地引用次數(shù)。與gcs相對(duì)應(yīng)，gcs是總被引次數(shù)。