實用生物信息技術期中考試(二班)

1、實用生物信息技術期中考試（二班）北京大學生命科學學院 2007年5月8日姓名_座位號_ 學號 _1. 說明以下UNIX命令的作用：(20分)1) cd project/dotplot2) cp ppf1-alb3.needle ./keep/result/3) cat *.fas | grep “>HBA_” > hba.lis4) ls -1s | wc5) chmod go-w output/*.out6) head -30 insulin.lis | tail -207) cat seq1.lis | sort >seq2.lis8) mkdir p project/p

2、tf9) cat table.txt | cut f1,310）sed s/CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN/CEA/g cea5.fas2.寫出EMBOSS命令，用點陣圖方法顯示果蠅體節(jié)發(fā)育相關基因編碼蛋白(P24014)中四個富含亮氨酸重復區(qū)(LRR)和7個表皮生長因子(EGF)重復區(qū)，設置恰當?shù)幕瑒哟翱诖笮『陀嫹钟蛑祬?shù)，使上述重復區(qū)在點陣圖上顯示清晰。（5分）3用EMBOSS程序包和ExPASy服務器提供的軟件預測水稻組氨酸轉(zhuǎn)運蛋白（Q85V22）可能的跨膜螺旋，比較各種方法預測結(jié)果差異。（5分）4. 寫出EMBOSS命令，用-螺旋輪圖形顯示人癌胚抗原粘連蛋白（CEAM

3、5_HUMAN）C-末端跨膜區(qū)（678695），畫出所得結(jié)果-螺旋輪，并說明氨基酸分布特征，推斷其生物學功能。 （5分）5寫出EMBOSS命令，統(tǒng)計水稻基因組中一對基因（rice-pair1.fasta）GC含量平均值,并用圖形表示。 （5分）6從GenBank中下載河豚魚多藥耐藥基因序列(AF164138)，提取前兩個編碼區(qū)序列和所編碼蛋白質(zhì)序列（MDR2和MDR3），用全局比對方法分別分析這兩個基因核酸和蛋白質(zhì)水平序列相似性；用點陣圖找出MDR2中重復區(qū)（MDR2N和MDR2C），用局部比對方法分析這兩個船夫曲蛋白質(zhì)序列相似性。 (10分)LengthScoreIdentities(%)S

4、imilarities(%)Gaps(%)MDR2-MDR3 (CDS)MDR2-MDR3 (protein)MDR2N-MDR2C7以豆血紅蛋白（P02240）為檢測序列進行BLAST搜索，找出SwissProt數(shù)據(jù)庫中六個其他物種豆血紅蛋白，將搜索結(jié)果填入下表。分別用Phylip軟件包中鄰接法（Neighbor Joining）和最大簡約法（Maximum Parsimony）對7個物種豆血紅蛋白序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，畫出兩種樹的拓撲結(jié)構(gòu)。 (15分)NameLengthScoreE-ValueIdentity(%)Positive(%)Gap(%)LGB2_LUPLULGB2_SESRO

5、LGB2_SOYBNLGB2_MEDTR LGB2_VICFALGB2_PHAVULGB2_VIGUN8. 下載玉米EST數(shù)據(jù)，構(gòu)建本地BLAST數(shù)據(jù)庫。以擬南芥轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫中Squomosa啟動子結(jié)合蛋白SPL3或你熟悉的轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合區(qū)為種子序列，搜索玉米中可能和種子序列具有較高序列相似性的轉(zhuǎn)錄因子（E<0.001）。寫出操作步驟，并把結(jié)果填入下表。 (15分)Maize EST Database ID LengthScoreIdentities(%)Similarities(%)Gaps(%)9. 歸納總結(jié)SwissProt數(shù)據(jù)庫中人血紅蛋白序列注釋信息。 （15分）10簡述你正在研究或最感興趣的基因或蛋白并從NCBI,EBI和ExPASy中獲取相關信息(15分)名稱研究目的進展情況物種來源生物學