真核生物基因表達調控

1、第九章 真核生物基因的表達及其調控 真核生物基因的表達調控系統(tǒng)遠比原核生物復雜。原核生物真核生物操縱元調控。多樣化調控，更為復雜。 基因組小，大腸桿菌：總長4.6106bp, 編碼4288個基因, 每個基因約1100bp。 基因組大，人類基因組全長3109 bp，編碼10萬個基因，其余為重復序列。基因分布在同一染色體上，操縱元控制。 DNA與組蛋白結合成染色質，染色質的變化調控基因表達；基因分布在不同的染色體上，存在不同染色體間基因的調控問題。 適應外界環(huán)境，操縱元調控表達。 基因差別表達是細胞分化和功能的核心。轉錄和翻譯同時進行，大部分為轉錄水平調控。 轉錄和翻譯在時間和空間上均不同，從DN

2、A到蛋白質的各層次上都有調控，但多數(shù)為轉錄水平調控真核生物與原核生物的調控差異真核生物與原核生物的調控差異 一、真核基因組的復雜性 與原核生物比較，真核生物的基因組更為復雜，可列舉如下:v真核基因組比原核基因組大得多，大腸桿菌基因組約4106bp，哺乳類基因組在109bp數(shù)量級，比細菌大千倍；大腸桿菌約有4000個基因，人則約有10萬個基因。 v真核生物主要的遺傳物質與組蛋白等構成染色質，被包裹在核膜內，核外還有遺傳成分(如線粒體DNA等)，這就增加了基因表達調控的層次和復雜性。 v原核生物的基因組基本上是單倍體，而真核基因組是二倍體 ;v細菌多數(shù)基因按功能相關成串排列，組成操縱元的基因表達調

3、控的單元，共同開啟或關閉，轉錄出多順反子(polycistron)的mRNA；真核生物則是一個結構基因轉錄生成一條mRNA，即mRNA是單順反子(monocistron)，基本上沒有操縱元的結構，而真核細胞的許多活性蛋白是由相同和不同的多肽形成的亞基構成的，這就涉及到多個基因協(xié)調表達的問題，真核生物基因協(xié)調表達要比原核生物復雜得多。 v原核基因組的大部分序列都為基因編碼，而核酸雜交等實驗表明：哺乳類基因組中僅約10%的序列為蛋白質、rRNA、tRNA等編碼，其余約90%的序列功能至今還不清楚。v原核生物的基因為蛋白質編碼的序列絕大多數(shù)是連續(xù)的，而真核生物為蛋白質編碼的基因絕大多數(shù)是不連續(xù)的，即

4、有外顯子(exon)和內含子(intron)，轉錄后需經(jīng)剪接(splicing)去除內含子，才能翻譯獲得完整的蛋白質，這就增加了基因表達調控的環(huán)節(jié)。 v原核基因組中除rRNA、tRNA基因有多個拷貝外，重復序列不多。哺乳動物基因組中則存在大量重復序列(repetitive sequences)。 從上述可見：真核基因組比原核基因組復雜得多，至今人類對真核基因組的認識還很有限，現(xiàn)在國際上制訂的人基因組研究計劃(human gene project)完成，繪出人全部基因的染色體定位圖，測出人基因組109bp全部DNA序列后，要搞清楚人全部基因的功能及其相互關系，特別是要明了基因表達調控的全部規(guī)律，

5、還需要經(jīng)歷很長期艱巨的研究過程。 二、真核基因表達調控的特點 v與原核生物比較它具有一些明顯的特點： v(一)真核基因表達調控的環(huán)節(jié)更多 基因表達是基因經(jīng)過轉錄、翻譯、產(chǎn)生有生物活性的蛋白質的整個過程。同原核生物一樣，轉錄依然是真核生物基因表達調控的主要環(huán)節(jié)。但真核基因轉錄發(fā)生在細胞核(線粒體基因的轉錄在線粒體內)，翻譯則多在胞漿，兩個過程是分開的，因此其調控增加了更多的環(huán)節(jié)和復雜性，轉錄后的調控占有了更多的分量。 (二)真核基因的轉錄與染色質的結構變化相關 。v真核基因組DNA絕大部分都在細胞核內與組蛋白等結合成染色質，染色質的結構、染色質中DNA和組蛋白的結構狀態(tài)都影響轉錄，至少有以下現(xiàn)象

6、：v 1.染色質結構影響基因轉錄 v 2.組蛋白的作用：組蛋白與DNA結合阻止DNA上基因的轉錄，去除組蛋白基因又能夠轉錄。組蛋白是堿性蛋白質，帶正電荷，可與DNA鏈上帶負電荷的磷酸基相結合，從而遮蔽了DNA分子，妨礙了轉錄，可能扮演了非特異性阻遏蛋白的作用；染色質中的非組蛋白成分具有組織細胞特異性，可能消除組蛋白的阻遏，起到特異性的去阻遏促轉錄作用。 v3.轉錄活躍的區(qū)域也常缺乏核小體的結構。這些都表明核小體結構影響基因轉錄。v4.轉錄活躍區(qū)域對核酸酶作用敏感度增加?；钴S進行轉錄的染色質區(qū)域受DNase 消化常出現(xiàn)100200bp的DNA片段，且長短不均一，說明其DNA受組蛋白掩蓋的結構有變

7、化，出現(xiàn)了對DNase 高敏感點(hypersensitive site)。這種高敏感點常出現(xiàn)在轉錄基因的5側區(qū)(5 flanking region)、3末端或在基因上，多在調控蛋白結合位點的附近，分析該區(qū)域核小體的結構發(fā)生變化，可能有利于調控蛋白 結合而促進轉錄。 5. DNA堿基修飾變化：真核DNA中的胞嘧啶約有5%被甲基化為5-甲基胞嘧啶(5methylcytidine,m5C)，而活躍轉錄的DNA段落中胞嘧啶甲基化程度常較低。這種甲基化最常發(fā)生在某些基因5側區(qū)的CG序列中，實驗表明這段序列甲基化可使其后的基因不能轉錄，甲基化可能阻礙轉錄因子與DNA特定部位的結合從而影響轉錄。如果用基因

8、打靶的方法除去主要的DNA甲基化酶，小鼠的胚胎就不能正常發(fā)育而死亡，可見DNA的甲基化對基因表達調控是重要的。 由此可見，染色質中的基因轉錄前先要有一個被激活的過程，但目前對激活機制還缺乏認識。 v(三)真核基因表達以正性調控為主：真核RNA聚合酶對啟動子的親和力很低，基本上不依靠自身來起始轉錄，需要依賴多種激活蛋白的協(xié)同作用。真核基因調控中雖然也發(fā)現(xiàn)有負性調控元件，但其存在并不普遍；真核基因轉錄表達的調控蛋白也有起阻遏和激活作用或兼有兩種作用者，但總的是以激活蛋白的作用為主。即多數(shù)真核基因在沒有調控蛋白作用時是不轉錄的，需要表達時就要有激活的蛋白質來促進轉錄。換言之：真核基因表達以正性調控為

9、主導。 三、真核基因轉錄水平的調控 真核細胞的三種RNA聚合酶(、和)中，只有RNA聚合酶能轉錄生成mRNA，以下主要討論RNA聚合酶的轉錄調控。v(一)順式作用元件(cisacting elements) 真核基因的順式調控元件是基因周圍能與特異轉錄因子結合而影響轉錄的DNA序列。其中主要是起正性調控作用的順式作用元件，包括啟動子(promoter)、增強子(enhancer)；近年又發(fā)現(xiàn)起負性調控作用的元件靜止子(silencer) 1.啟動子 與原核啟動子的含義相同，是指RNA聚合酶結合并啟動轉錄的DNA序列。但真核啟動子間不像原核那樣有明顯共同一致的序列，而且單靠RNA聚合酶難以結合D

10、NA而起動轉錄，而是需要多種蛋白質因子的相互協(xié)調作用，不同蛋白質因子又能與不同DNA序列相互作用，不同基因轉錄起始及其調控所需的蛋白因子也不完全相同，因而不同啟動子序列也很不相同，要比原核更復雜、序列也更長。真核啟動子一般包括轉錄起始點及其上游約100200bp序列，包含有若干具有獨立功能的DNA序列元件，每個元件約長730bp。最常見的哺乳類RNA聚合酶啟動子中的元件序列見表1。 元件名稱共同序列結合的蛋白因子 名稱分子量結合DNA長度TATAboxTATAAAATBP30,00010bpGC boxGGGCGGSP-1105,00020bpCAAT boxGGCCAATCTCTF/NF16

11、0,00022bpOctamerATTTGCATOct-176,00010bpOct-253,00020bpkBGGGACTTTCCNFkB44,00010bpATFGTGACGTAFT?20bp哺乳類RNA聚合酶啟動子中的元件序列 啟動子中的元件可以分為兩種：v核心啟動子元件(core promoter element)指RNA聚合酶起始轉錄所必需的最小的DNA序列，包括轉錄起始點及其上游25/30bp處的TATA盒。核心元件單獨起作用時只能確定轉錄起始位點和產(chǎn)生基礎水平的轉錄。v上游啟動子元件(upstream promoter element)包括通常位于70bp附近的CAAT盒和GC盒

12、、以及距轉錄起始點更遠的上游元件。這些元件與相應的蛋白因子結合能提高或改變轉錄效率。不同基因具有不同的上游啟動子元件，其位置也不相同，這使得不同的基因表達分別有不同的調控。 2.增強子 是一種能夠提高轉錄效率的順式調控元件，最早是在SV40病毒中發(fā)現(xiàn)的長約200bp的一段DNA，可使旁側的基因轉錄提高100倍，其后在多種真核生物，甚至在原核生物中都發(fā)現(xiàn)了增強子。增強子通常占100200bp長度，也和啟動子一樣由若干組件構成，基本核心組件常為812bp，可以單拷貝或多拷貝串連形式存在。增強子的作用有以下特點： v增強子提高同一條DNA鏈上基因轉錄效率，可以遠距離作用，通?？删嚯x14kb、個別情況

13、下離開所調控的基因30kb仍能發(fā)揮作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 v增強子作用與其序列的正反方向無關，將增強子方向倒置依然能起作用。而將啟動子倒就不能起作用，可見增強子與啟動子是很不相同的。 增強子要有啟動子才能發(fā)揮作用，沒有啟動子存在，增強子不能表現(xiàn)活性。但增強子對啟動子沒有嚴格的專一性，同一增強子可以影響不同類型啟動子的轉錄。例如當含有增強子的病毒基因組整合入宿主細胞基因組時，能夠增強整合區(qū)附近宿主某些基因的轉錄；當增強子隨某些染色體段落移位時，也能提高移到的新位置周圍基因的轉錄。使某些癌基因轉錄表達增強，可能是腫瘤發(fā)生的因素之一。 v增強子的作用機理雖然還不明確，但與其他順式調

14、控元件一樣，必須與特定的蛋白質因結合后才能發(fā)揮增強轉錄的作用。增強子一般具有組織或細胞特異性，許多增強子只在某些細胞或組織中表現(xiàn)活性，是由這些細胞或組織中具有的特異性蛋白質因子所決定的。 3.靜止子 最早在酵母中發(fā)現(xiàn)，以后在T淋巴細胞的T抗原受體基因的轉錄和重排中證實這種負調控順式元件的存在。目前對這種在基因轉錄降低或關閉中起作用的序列研究還不多，但從已有的例子看到：靜止子的作用可不受序列方向的影響，也能遠距離發(fā)揮作用，并可對異源基因的表達起作用。 (二)反式作用因子(transacting factors)v 由不同染色體上基因座位編碼的、能直接或間接地識別或結合在各順式作用元件8一12bP

15、核心序列上并參與調控靶基因轉錄效率的這些結合蛋白稱作反式作用因子(transacting factor)。它們在轉錄調節(jié)中具有特殊的重要性。這類DNA結合蛋白有多種能特異性識別這類蛋白的序列也有多種正是不同的DNA結合蛋白與不同識別序列之間在空間結構上的相互作用，以及蛋白質與蛋白質之間的相互作用，構成了復雜的基因轉錄調控機制的基礎。 研究得較多的反式作用因子有Spl、CTF、Apt、 Ap2、 oct1、oct2等。 四、激素的調控作用：激素的調控作用： 激素誘導模式：真核生物內的調控信號來自體內激素，這些可擴散的物質稱反式作用因子。 五、五、基因轉錄后水平的調控基因轉錄后水平的調控（一）不同

16、剪接方式可產(chǎn)生不同的mRNA： 組成型剪接、交替剪接、組成型剪接：大多數(shù)前體mRNA都含有多個內含子，他們常被有序的逐一切除，形成一個由各外顯子連接而成的成熟mRNA，這種剪接方式稱。 交替剪接（alternative splicing)：來自同一個基因的前體mRNA中某個內含子5端供點又可在特定條件下與另一個內含子的3端受點進行剪接，從而刪除這兩個內含子及其中間的全部外顯子和內含子。這樣，一個前體mRNA就可因剪接方式不同產(chǎn)生多種mRNA，轉譯出多個不同蛋白質，這樣的剪接方式稱為交替剪接. 剪接方式有3類（P291） 類型1：不同5末端 交替剪接 類型2：不同3末端 類型3：不同剪接方式（二

17、）RNA編輯： 定義：轉錄后的RNA在編碼區(qū)發(fā)生堿基插入， 缺失或轉換的現(xiàn)象。 意義：糾正某些移碼突變；構建或刪除起始密碼子、終止密碼子；增減核苷酸擴充遺傳信息。 六、基因翻譯水平的調控v1. 翻譯多肽過程的調控： 真核生物的許多組織或細胞中，經(jīng)轉錄mRNA受抑制不能翻譯成多肽，以失活的狀態(tài)貯存。如植物種子在發(fā)芽的早期階段，雖沒有mRNA 的合成，但有蛋白質的合成。海膽卵內mRNA在受精前不能進行翻譯，受精后的蛋白質合成速率猛增。 調節(jié)機制：調節(jié)機制：. mRNA加尾過程：卵細胞中mRNA僅具有20個核苷酸的多聚(polyA) 尾端序列，在生物發(fā)育適宜時期，尾端序列加長至幾百個核苷酸序列，并翻

18、譯成蛋白質。 . 阻遏蛋白特異結合：如鐵蛋白的翻譯調控：鐵蛋白的功能是貯存鐵。鐵蛋白的mRNA翻譯取決于鐵的供應。當細胞沒有鐵時，阻遏蛋白與鐵蛋白mRNA啟動子區(qū)域鐵反應元（iron response element，IRE）結合，阻止翻譯進行；當有鐵存在時，阻遏物不再與IRE結合，翻譯順利進行。 2. 蛋白質加工過程的調控：蛋白質加工過程的調控：v. 蛋白質的折疊：蛋白質在一定的條件下（如伴蛋白chaperones 存在時)，才能折疊成一定的空間構型并具有生物學功能。v. 蛋白酶的切割： . 末端切割：有些分泌蛋白對細胞有毒害作用，常以無活性的前體蛋白形式貯存在于細胞內，需要這種蛋白時，由蛋白酶切割加工成有功能的蛋白。如，蜜蜂在叮咬動物時注入蜜毒素，引起細胞溶解，蜜毒素也能使蜜蜂自身的細胞溶解。翻譯后以前體形式儲存于細胞內，能被細胞間隙的一種蛋白酶識別和切割，釋放出有