利用SeqMan進(jìn)行序列拼接

1、利用SeqMan進(jìn)行序列拼接簡介 DNAStar是分子生物實(shí)驗(yàn)室常用的序列分析軟件。 該軟件由EditSeq， MegAlign，GeneQuest， MapDraw， PrimerSelect， Protean， SeqMan七個模塊組成，功能主要有：序列的格式轉(zhuǎn)換，序列拼接和重疊克隆群的處理；基因?qū)ふ?；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的查找；多重序列的比較和兩兩序列比較；寡核苷酸設(shè)計(jì)（PCR引物，測序引物，探針）。SeqMan SeqMan主要用于多序列的拼接，可以將成千上萬的序列（最多可以支持64000多序列）裝配成contigs，同時在拼接前，可以修整質(zhì)量差的序列以及清除自動測序的序列結(jié)果中的污染序列或載

2、體序列。seqman還提供完善的編輯和輸出功能。點(diǎn)擊Add sequences查找并選中要拼接的序列點(diǎn)擊Add按鈕填加填加完后點(diǎn)擊done注：最好用測序的圖譜（*.abi)盡量不要直接用測序得到的序列(.seq)點(diǎn)擊Assemble按鈕12點(diǎn)擊拼接好的contig1Alignment of contig1 窗口中點(diǎn)擊 左三角顯示序列的測序圖譜 峰形規(guī)則，一般在序列的中部，如下圖所示 峰形較亂，很難判斷是哪個堿基，一般位于序列兩端， 如下圖所示 點(diǎn)擊菜單contig-strategy view可以觀察序列拼接的宏觀圖1勾勾選選Conflicts，可以看見測序序列中有沖突的地方，可以看見測序序列中

3、有沖突的地方 標(biāo)尺下面的條帶，顯示了序列的數(shù)量和覆蓋程度。條帶的顏色和厚度代表覆蓋序列的數(shù)量。中間的藍(lán)線表示只有一條鏈被測序的區(qū)域。出現(xiàn)于contig 兩邊的細(xì)紅線表示這個區(qū)域只測過一次序。 點(diǎn)擊菜單Edit -find conflict或Find Next查找接接中 出現(xiàn)的錯誤 還可用左下角的快捷按鈕查找錯誤的拼接1. 兩條序列的測序結(jié)果不一致并明顯一條測序質(zhì)量好而另一條質(zhì)量差 處理：直接將該處修改為正確的堿基錯誤拼接的類型錯誤拼接的類型2. 兩條序列的測序結(jié)果不一致并兩條測序質(zhì)量都比較差 處理：重新測序或用新的合適引物重新測定錯誤拼接的類型錯誤拼接的類型3. 兩條序列的測序結(jié)果不一致并明顯

4、兩條測序質(zhì)量都好 處理：測序過程出現(xiàn)問題，重新測定錯誤拼接的類型錯誤拼接的類型類型類型3 3 可選擇合適的格式，導(dǎo)出拼接好的序列123 通過以上幾步我們就能很快將幾個測序片段進(jìn)行拼接，大家可以拿著自己的序列試試! 當(dāng)然如果兩個測序片段的拼接片段太短可能利用默認(rèn)的參數(shù)不能完成拼接，大家可以試 著修改一下拼接參數(shù)試試! 如降低Match size 及Minimum Match Percentage的值! 手工及自動去除末端 消除載體或污染的序列 網(wǎng)絡(luò)比對下載同源相似序列 SeqMan根據(jù)trace數(shù)據(jù)的質(zhì)量和載體序列在裝配之前可以自動地進(jìn)行末端修整。然而有時候修改的程度難以掌握，下面我們將用手工的

5、方法找回修整過的末端。 為了區(qū)分修整過和沒有修整過的數(shù)據(jù)，我們給修整過的數(shù)據(jù)加一個有顏色的背景。選擇菜單ProjectParametersEditing Color打開下面的對話框。確定use consensus match color和use other color已被選中。 修整完畢后 Alignment View 中在序列的左邊會有一個黑色的垂直棒，右邊有一個小的黑三角形。 要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的兩端拖動即可，以前修整去掉的序列有明亮的黃色背景。 在拼接前面，可以將所要拼接的片段中清除載體和污染序列，優(yōu)化裝配順序，設(shè)定片段末端和標(biāo)記重復(fù)序列去除載體序列去除載體序列

6、 seqman在拼接前，有-點(diǎn)擊Unassembled Sequences窗口的右上角的“options“按鈕選擇相應(yīng)功能。默認(rèn)設(shè)定Trim sequence ends，scan for vector，optimize sequence assembly order.。去除載體序列 單擊 Scan All按鈕，將出現(xiàn)一個report窗口。 現(xiàn)在載體欄顯示：載體名字前都有一個檢測通過的標(biāo)志，說明Janus 載體在全部14 序列中都已經(jīng)檢測到了。 單擊assemble按鈕，進(jìn)行序列拼接。查看末端修整和載體序列去除細(xì)節(jié)報(bào)告 選擇Project 菜單的Trim Report打開Trim report窗口。查看修整序列前后的跟蹤數(shù)據(jù) 右鍵選擇6 號樣本，然后Show Original Trace Data,打開Trace：Sample 6.abi 窗口 從 5末端起變淡的部分是載體序列，將不會用于序列裝配，故被清除。 垂直的黑棒出現(xiàn)于修整和未修整的序列之間，根據(jù)需要拖動垂直黑棒，可以調(diào)整用于裝配的序列末端。自定義載體序列點(diǎn)擊Vector Catalog選項(xiàng)自定義實(shí)驗(yàn)室常用的載體序列1、掃描載體插入位