分子對接與分子動力學模擬

1、分子對接與全局最優(yōu)化方法分子對接v配體受體的相互作用v結合自由能的理論計算v優(yōu)化方法配體與受體的相互作用v生理過程與其有關v生物大分子與大分子之間v小分子與生物大分子之間v蛋白質的生理和藥物作用體現(xiàn)在蛋白質與小分子之間結合自由能的理論計算v靜電相互作用v氫鍵相互作用v范德華相互作用v疏水作用結合自由能的理論計算v幾何形狀互補v靜電相互作用互補v氫鍵作用互補v疏水作用互補幾種計算方法v分子動力學v自由能微擾方法(FEP)v經(jīng)驗計算方法自由能的經(jīng)驗計算方法(Autodock)soltorconformelechbondvdwGGGGGGG自由能的經(jīng)驗計算方法(Autodock)jirijjisol

2、tortorjiijijjielecjiijijhbondjiijijvdwijeVSVSGNGrrqqGrDrCtEGrBrAGG,)2/(,1012,61222)()(網(wǎng)格能量(Grid Map)v近似計算v利用計算好的參數(shù)v三線性插值現(xiàn)在的問題和今后的方向v溶劑化效應、水分子、柔性問題v精確的計算和計算時間的問題v表面計算v數(shù)據(jù)庫Autodock的處理vPdb文件的準備/pdb/v小分子的準備分子處理v文件格式：pdb, mol2, mol, pdbqv優(yōu)缺點v各種軟件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperche

3、m等等babelv轉換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。v使用方法：babel ipdb 文件名 -h/-d -omol2 文件名vWendows界面babelwinChemofficev畫小分子的三維結構(由分子式轉化)v計算其最小能量構形v用PM3或者AM1計算原子電荷或者其他參數(shù)處理蛋白質程序weblab viewerv顯示格式v加氫減氫v氨基酸顯示v去水v除去小分子顯示格式加氫減氫v利用play scriptvSetProperty Atom element=Oxygen :select=onvSetProperty Atom element=Sulfur :select=on

4、vSetProperty Atom element=Nitrogen :select=onvHydrogens Add多種顯示模式vNew Hierarchy WindowvNew Data Window去水除去小分子全局優(yōu)化方法vSAvGA-NGAvTabu-SearchTabu-Search是否更新禁忌表是否禁忌鄰域選擇初始解及禁忌表新的發(fā)展vReactive Tabu SearchvEnhanced Continuous Tabu SearchvContinuous Reactive Tabu Search缺點v初始解具有較強的依賴性v單-單操作與NGA的結合v現(xiàn)在的做法：在NGA計算到

5、減少Scale的時候，把最好的值作Tabu Search，TS時sacle也是逐步減少，到一定步數(shù)時如果數(shù)值不見好的話，就跳回到最好的地方重新開始。v缺點計算結果計算次數(shù)NGANGA-TS計算結果所用時間(s)計算結果所用時間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.25153