蛋白質(zhì)分析相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)站

1、表1蛋白質(zhì)相互作用分析相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)站網(wǎng)站資源類型網(wǎng)址DIP蛋白質(zhì)相互作用INTERACT蛋白質(zhì)相互作用http:/bioi nf.ma n.ac.uk/i nteractpr.htmProNet蛋白質(zhì)相互作用MIPS蛋白質(zhì)相互作用http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/tables/i nteractoi n/in dex.htmProteome蛋白質(zhì)相互作用Bi nd蛋白質(zhì)相互作用Stri ng基因共定位http:/www.bork.embl-heidelbe

2、rg.de/stri ng/CoGs種系發(fā)生譜http:/www. ncbi. nlm. /CoG/蛋白質(zhì)序列分析和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)【實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹?、掌握蛋白質(zhì)序列檢索的操作方法；2、熟悉蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析；3、 熟悉基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)，了解基于motif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、 結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)；4、了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。【實(shí)驗(yàn)內(nèi)容】1、 使用Entrez或SRS信息查詢系統(tǒng)檢索人脂聯(lián)素(adiponectin)蛋白質(zhì)序 列；2、使用BioEdit軟件對(duì)上述蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分子質(zhì)量、氨基酸組成、和疏 水性等基本性質(zhì)分析；3、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行基于 NCBI/Blas

3、t軟件的蛋白質(zhì)同源性分析；4、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行motif結(jié)構(gòu)分析；5、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)?！緦?shí)驗(yàn)方法】1、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的檢索：( 1 ) 調(diào) 用 Internet 瀏 覽 器 并 在 其 地 址 欄 輸 入 Entrez 網(wǎng) 址 ( /Entrez)；(2) 在Search后的選擇欄中選擇protein；( 3)在輸入欄輸入 homo sapiens adiponectin；( 4)點(diǎn)擊 go 后顯示序列接受號(hào)及序列名稱；( 5)點(diǎn)擊序列接受號(hào) NP_004788 ( adiponectin prec

4、ursor； adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens) 后顯示序列詳細(xì)信息；( 6)將序列轉(zhuǎn)為 FASTA 格式保存(參考上述步驟使用 SRS 信息查詢系統(tǒng)檢索 人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列) ；2、使用 BioEdit 軟件對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分子質(zhì)量、氨基酸組成和疏水 性等基本性質(zhì)分析：打開BioEdit軟件一將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列輸入分析框點(diǎn)擊左側(cè)序列說(shuō)明框中的序列說(shuō)明 點(diǎn)擊sequenee欄選擇protein點(diǎn)擊 Ami no Acid Composition *看該蛋白質(zhì)分子質(zhì)量和氨基酸組成；或者選擇pro

5、tein 后，點(diǎn)擊 Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile 查看該蛋白質(zhì)分 子疏水性水平；3、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的蛋白質(zhì)同源性分析：( 1)進(jìn)入 NCBI/Blast 網(wǎng)頁(yè)；(2) 選擇 Protein-protein BLAST (blastp)；(3) 將FASTA格式序列貼入輸入欄；(4) 點(diǎn)擊 BLAST；(5) 查看與之同源的蛋白質(zhì)；4、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的 motif 結(jié)構(gòu)分析：( 1)進(jìn)入 http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN 網(wǎng)頁(yè)；(2)將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；(

6、3)點(diǎn)擊 Scan；(4)查看分析結(jié)果(注意 Prosite Profile 中的 motif in formation )；5、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：( 1 ) 進(jìn) 入 下 列 蛋 白 結(jié) 構(gòu) 預(yù) 測(cè) 服 務(wù) 器 網(wǎng) 址http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.htmlThe PredictProtein Server）；(2) 在 You can欄點(diǎn)擊 default;( 3)填寫 email 地址和序列名稱；( 4)將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的 FASTA 格式序列貼入輸入欄點(diǎn)擊 Submit；( 5)從

7、email 信箱查看分析結(jié)果；6、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：( 1)進(jìn)入 /swissmod/SWISS-MODEL.html ( SwissModelFirst Approach Mode)網(wǎng)頁(yè)；( 2)填寫 email 地址、姓名和序列名稱；(3) 將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；( 4)點(diǎn)擊 Send Reques；t(5)從email信箱查看分析結(jié)果(注：需下載軟件入rasmol查看三維圖象)。【作業(yè)】1、提交使用上述軟件對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行基本性質(zhì)分析、同源性分析、motif結(jié)構(gòu)分析以及二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的結(jié)

8、果；2、相互對(duì)比結(jié)果，說(shuō)明產(chǎn)生不同結(jié)果的原因，總結(jié)進(jìn)行上述分析所需注意 的關(guān)鍵事項(xiàng)。蛋白質(zhì)序列分析pfam http:/pfam.sa nger.ac.ul蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)smart http:/smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)BLOCKS / 蛋白質(zhì)家族的序列保守區(qū)域CluSTr http:/www.ebi.ac.uk/clustr/ 將 SWISS-PROT+TrEMBL 蛋白自動(dòng)歸類InterPro http:/www.ebi.ac.ul/interpro/ 蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和位點(diǎn)的集成信息資源 PIR-A

9、LN /pirwww/dbinfo/piraln.html 蛋白質(zhì)序列 聯(lián)配PRINTS http:/www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 分層的基因家族指紋PROSITE http:/www.expasy.ch/prosite/ 具有生物學(xué)意義的蛋白模式和輪廓ProtoMap / 對(duì) SWISS-PROT蛋白質(zhì)進(jìn)行自動(dòng)分類SBASE http:/hydra.icgeb.trieste.it/kristian/SBASE/ 注釋了的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域序

10、列SYSTERS http:/systers.molgen.mpg.de/基于多種資源對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分類Emotif /emotif 蛋白質(zhì)序列模體查詢Iproclass /iproclass/ 注釋了的蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)PFSCAN www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html 蛋白質(zhì)序列的 （profile） 分析Compute pI/Mw- http:/www.expasy.ch/ch2d/pi_tool.html 蛋白質(zhì)序列的理論等電點(diǎn)、 分子

11、量的計(jì)算CATH- http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath 通過(guò)自動(dòng)、手動(dòng)方式進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相關(guān)性的系統(tǒng)分類，CATH 是以下四個(gè)單詞的第一個(gè)字母的組合Class（類）-源于二級(jí)結(jié)構(gòu)的最高級(jí)別的分類Architecture（構(gòu)造）-獨(dú)立于拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的二級(jí)結(jié)構(gòu)排列描述。Topology（拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)）-參照已知的折疊及觀測(cè)的結(jié)構(gòu)進(jìn)行拓?fù)浞治鯤omology（同源）-結(jié)構(gòu)間相同的拓?fù)洳季帧⒉煌亩?jí)結(jié)構(gòu)（與功能相似性相關(guān)） 描述CRASP http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/CRASP/default.htm 蛋白質(zhì)序列的 相關(guān)分析F

12、PAT /fpat/-an 檢索分子序列數(shù)據(jù)庫(kù)模式的簡(jiǎn)易方法 HydropathyPlot（GIFimage）/nix on /webtools/hydro/default.htm 繪制親疏水圖MOTIF http:/www.genome.ad.jp/SIT/MOTIF.html- 蛋白質(zhì)序列模式檢索Ra ndSeq http:/www.expasy.ch/sprot/ra ndseq.html隨機(jī)的蛋白質(zhì)序列生長(zhǎng)子REPRO- http:/www.embl-heidelberg.de/repro/repr

13、o_info.htmlA 蛋白質(zhì)重復(fù)片斷識(shí) 別服務(wù)器paralign / 蛋白質(zhì)、核酸序列相似性檢索SignalP http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 在不同的物種中預(yù)測(cè)信號(hào)肽及酶 切位點(diǎn)SIM- http:/expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html 由用戶定義的最佳兩序列對(duì)比TMpred http:/ulrec3.unil.ch/software/TMPRED_form.html - 蛋白質(zhì)跨模區(qū)預(yù)測(cè)、 定 位，該方法基于統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果，通過(guò)權(quán)重矩陣打分進(jìn)行預(yù)測(cè)分析Coils ht

14、tp:/ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.html 對(duì)比分析具有雙股卷曲結(jié)構(gòu) 的序列同源性打分，進(jìn)而計(jì)算適于采用該結(jié)構(gòu)的序列的幾率GuessProt http:/www.expasy.ch/www/guess-prot.html 選擇 SwissProt 蛋白的等電 點(diǎn)、分子量MassSearch http:/cbrg.inf.ethz.ch/subsection3_1_3.html- 蛋白質(zhì)消化后的聚集檢 索Phospepsort http:/ge no me.eerie.fr/gcg/phospepsort-query.htm 磷酸化位點(diǎn)分類SAPS h

15、ttp:/ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html- 蛋白質(zhì)序列統(tǒng)計(jì)分析Sleuth du/pub/sleuth/data- 氨基酸構(gòu)象及可及 性分析PEDANT-http:/pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman/pedant.html 蛋白質(zhì)提煉 PROVE http:/www.ucmb.ulb.ac.be/%7Ejoan/survol/form.html 蛋白質(zhì)原子體積計(jì) 算Naccess(ASAforproteins)http:/www.ls.manchester.ac.uk/research/themes/bioinformatics利J用 Lee &Richards方法描述分子表面性質(zhì)的計(jì)算程