有關(guān)微生物菌種名稱方面值得注意的幾個問題

1、第八屆全國分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會-會議特邀報告有關(guān)微生物菌種名稱方面值得注意的幾個問題方呈祥陶夭申#第八屆全國分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會-會議特邀報告#第八屆全國分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會-會議特邀報告（武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，武漢，430072 ）一、新分類單元的命名UN無論是系統(tǒng)微生物學(xué)的研究，還是微生物的開發(fā)應(yīng)用，都希望能獲得具有學(xué)術(shù)價值 或應(yīng)用潛力的優(yōu)良菌種，其中有些屬于新的分類階元（單元），包括新科、新屬、新種 或新亞種。早期的微生物分類主要在形態(tài)特征、生理生化特性確定菌株的分類地位，現(xiàn) 在已發(fā)展為多層次的綜合分析，即多相分類。它包括形態(tài)特征與生理生化特性；細胞壁、 細胞脂肪酸、釀類、枝菌酸與

2、磷酸類脂的測定；酶譜與蛋白質(zhì)的分析；DNAG+Cmol%、 DNA指紋圖譜、16S rRNA （18S rRNA）測序、DNA分子雜交等，根據(jù)所有的分析結(jié) 果最后確定其分類地位。根據(jù)現(xiàn)在有效的國際細菌命名法規(guī)的規(guī)定，新分類單元的命名 應(yīng)遵循幾個原則：1. 分類單元的科學(xué)名稱必須作拉丁文處理，種以上分類單元的名稱是單個拉丁詞；2. 屬以上分類單元的名稱是名詞、拉丁詞源與希臘詞源作名詞的形容詞或拉丁化的 詞，為陰性、復(fù)數(shù)，且首位字母大寫；3. 屬或亞屬的名稱是一個名詞或用作名詞的形容詞、單數(shù)、且首位字母大寫； 但要注意:1）該名稱可取自任何來源，甚至可以任意方式進行組合;2）如果為記念人，屬和亞屬

3、名稱均為陰性形式，無論是紀(jì)念男性或女性者;3)避免植物或動物名稱列入細菌屬名;4)種的加詞可以取自任何來源，甚至可以任意組成。3第八屆全國分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會-會議特邀報告#第八屆全國分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會-會議特邀報告也要注意：a. 作為形容詞必須與屬名的性別一致:b. 作為名詞則要與主格同格：c. 所有格用作名詞。作為種的加詞還須注意:a.種的加詞要提示種的性質(zhì)或來源；b. 避免選用表達一個屬中全部種或幾乎全部種共同性狀的加詞;c. 加詞取自人名要注意尾詞的變化；d. 在同一屬中要避免非常相像的加詞。細菌命名規(guī)則比較復(fù)雜，只有極少數(shù)對這種規(guī)則有所了解。法國微生物學(xué)教授 Euzeby已將發(fā)

4、表的命名不合乎法規(guī)要求的原核生物名稱在其網(wǎng)站上列出，數(shù)量很 多，約500個原核生物名稱。因此，在發(fā)表新分類單元之前要先閱讀相關(guān)的命名法則， 力求使新的微生物名稱命名準(zhǔn)確。二、模式的指定發(fā)表一個新的分類單元需指定模式(type)。一個新的種要指定模式菌株(type strain)、一個新的屬要指定個模式種(type species), 一個新的科要指定一個模式屬(type genus)。模式有主模式與單模式、后選模式與新模式之分。主模式(holotype) 是作者在發(fā)表一個種或亞種名稱的原始論文中明確指定的模式菌株，而單模式 (monotype)是在一個新的分類單元中只有作者描述的一個菌株，且作

5、者未指定該菌株 為主模式，該菌株為單模式。若分類單元中無主模式，后被原作者或他人指定為模式菌 株，該菌株為后選模式(lectotype)；如果原指定的模式由于性狀改變或已喪失或因其 它原因不宜作為模式，應(yīng)將此情況提交給裁決委員會審核后進行更替，這種后來指定的 模式為新模式(neotype)0三、模式菌種的保藏% m3一個新分類單元的模式十分重要，它將在今后幾十年，甚至幾百年都具有重要作用。 新分離物要與已有模式菌種作比較才能確定其分類地位。以前IJSB明確規(guī)定，發(fā)表在 IJSB刊物上的模式菌種須保藏在公眾可以隨時獲得的永久性菌種保藏機構(gòu)；近幾年，國 際原核生物系統(tǒng)委員會又作了修改，規(guī)定自200

6、2年8月開始指定的模式菌種至少保藏 在兩個不同的國家、且被公認的菌種保藏中心，論文正式發(fā)表前須將該菌種的保藏證明 提交給編委審核，否則該論文不予發(fā)表。據(jù)說我國微生物學(xué)報曾也有相應(yīng)的規(guī)定，要求 發(fā)表新分類單元名稱要將其菌種予以保藏。但是后來自行取銷了這種要求。實際上，這種將模式菌種存放在為公眾服務(wù)的菌種保藏機構(gòu)是應(yīng)當(dāng)?shù)?、合理的，我國?yīng)恢復(fù)這種做 法。新名稱的合格化一旦新名稱在IJEMS (以前為IJSB)之外的學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表，尚需在IJEMS進行合格化，否則，這個新名稱不被國際認可。合格化的具體要求:7第八屆全國分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會會議特遨報告1.向IJEMS編輯部提出合格化的要求:3.2提定

7、模式；將在其它刊物上發(fā)表新名稱的原始論文或其復(fù)印件提交給IJEMS編輯;4IJEMS將委托相關(guān)專家進行審核，如果發(fā)現(xiàn)有些研究內(nèi)容、數(shù)據(jù)不充分或沒有,則需予以補充，直至達到相關(guān)微生物的最低描述標(biāo)準(zhǔn)為止;5.新名稱在IJEMS合格化專欄中公布。五、菌種名稱的信息跟蹤從事微生物學(xué)研究與應(yīng)用都要了解微生物名稱的信息。由于分子生物學(xué)、化學(xué)分析 以及計算機等學(xué)科的快速發(fā)展，傳統(tǒng)的微生物分類學(xué)隨之發(fā)生了很大的變化；研究內(nèi)容、 方法與技術(shù)有了很大的拓展，微生物菌種鑒定的時間也縮短了許多。而且原命名的微生 物名稱有可能成新組合。一旦該菌株的分類地位發(fā)生變化，雖然研究的菌種編號不會改 變、菌種的主要特性沒有改變，

8、但該菌種在系統(tǒng)發(fā)育樹的位置卻出現(xiàn)了變化，它與其他 生物的親緣關(guān)系隨之改變，這將對我們選用該菌種的研究思路產(chǎn)生影響，有時影響重大。 因此，作為微生物學(xué)者要經(jīng)常跟蹤菌種名稱信息。當(dāng)然，查閱微生物名稱信息可從相關(guān)著作或論文中獲取。現(xiàn)在可充分利用網(wǎng)絡(luò)工具在短時間內(nèi)獲取大量的信息，包括很早前的信息和新的信息。這方面的網(wǎng)站很多，這里 主要介紹兩個網(wǎng)站。1)法國Euzeby網(wǎng)站Euzeby所收集了大量的微生物方面的信息，特別是原核生物名稱，凡得到國際認可 的細菌名稱及其相關(guān)信息均可查到(阻“ bacterio. cict. fr, list of prokaryotic names with standin

9、g in Nomenclature, LPSN),按名稱的字母排列歸類，而且也記載 著1980年1月1日至今每年各種原核生物分類單元的統(tǒng)計數(shù)，每個原核生物名稱命名 的文獻源、名稱的變化歷史。同時也將1980年1月1日以前的細菌名稱確認名錄進行 歸類統(tǒng)計。為了方便用戶，Euzeby還將與細菌命名的相關(guān)法規(guī)及其詳細要求放在網(wǎng)站上, 很多問題在此便可以解決。該網(wǎng)站信息更新快，統(tǒng)計數(shù)據(jù)較多，是一個很有用的微生物 學(xué)網(wǎng)站。2)NCBI數(shù)據(jù)庫10第八屆全國分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會會議特遨報告#第八屆全國分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會會議特遨報告該網(wǎng)站的特點是收集的信息廣、范圍寬，只要在相關(guān)刊物上發(fā)表的微生物名稱均被收集#鋸八屆全國分析微生場學(xué)學(xué)術(shù)研討會-僉議特邁報告其中，并且進行歸類與統(tǒng)計，發(fā)布在網(wǎng)站上。該網(wǎng)站將微生物名稱按系統(tǒng)微生物學(xué)層次 進行歸類，查閱者可按Woese界定的三域方便查取相關(guān)信息。同時對21個屬的生物有 關(guān)分子生物學(xué)信息也收集其中。因此，它所公布的微生物名稱繁多、相關(guān)信息豐富、覆 蓋面寬，是微生物學(xué)者應(yīng)經(jīng)常