《宏基因組高通量測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測(cè)中國(guó)專家共識(shí)》(2021)要點(diǎn)匯總

1、本 word 文檔 可編輯 可修改84.宏基因組高通量測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測(cè)中國(guó)專家共識(shí) （ 2021 ）要點(diǎn)感染性疾病一直備受臨床關(guān)注。 新型冠狀病毒肺炎全球大流行， 給世界經(jīng)濟(jì)和人類健康帶來(lái)嚴(yán)峻挑戰(zhàn)， 更讓病原的精準(zhǔn)快速檢測(cè)成為關(guān)注的熱點(diǎn)。近年來(lái)，因物價(jià)、政策等方面的靈活性，獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室已廣泛開(kāi)展基于高通量測(cè)序（也稱新一代測(cè)序技術(shù)，NG0的病原學(xué)中測(cè)實(shí)驗(yàn)。NGS技術(shù)應(yīng)用的成功案例，對(duì)部分感染性疾病的病原學(xué)診斷起到?jīng)Q定性作用。然而目前，臨床對(duì)NGS 應(yīng)用的適應(yīng)證認(rèn)識(shí)不足，送檢存在較大的盲目性和隨意性；操作過(guò)程復(fù)雜，缺乏規(guī)范； 提供檢驗(yàn)的主體多元而檢測(cè)質(zhì)量良莠不齊； 結(jié)果解釋缺乏可信的

2、標(biāo)準(zhǔn)， 誤導(dǎo)臨床的案例屢見(jiàn)不鮮， 限制了該技術(shù)的臨床應(yīng)用和普及。一、共識(shí)制定過(guò)程二、分類和術(shù)語(yǔ)（一）分類宏基因組高通量測(cè)序技術(shù)（mNGS）通過(guò)對(duì)臨床樣本的DNA或RNA進(jìn)行鳥(niǎo)槍法測(cè)序，可以無(wú)偏倚地檢測(cè)多種病原微生物（包括病毒、細(xì)菌、真菌和寄生蟲(chóng)） 。二代和三代測(cè)序平臺(tái)均可用于該項(xiàng)技術(shù)。按從臨床樣本中提取的核酸類型可以分為宏基因組測(cè)序和宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。按照測(cè)序模式可以分為單端測(cè)序和雙端測(cè)序。（二）術(shù)語(yǔ)和定義NGS：也稱高通量測(cè)序，是一種可以同時(shí)對(duì)數(shù)十萬(wàn)到數(shù)百萬(wàn)條DNA 分子序列進(jìn)行讀取的測(cè)序技術(shù)。mNGS： m 指宏基因組，也稱元基因組，是標(biāo)本中全部生物（人、微生物）基因組的總稱。診斷宏基因組學(xué)：

3、指用于臨床診斷目的的宏基因組學(xué)。臨床宏基因組學(xué)：含義與診斷宏基因組學(xué)類似，但應(yīng)用場(chǎng)景更為廣泛。微生物組：指某一個(gè)系統(tǒng)、生態(tài)環(huán)境或特定區(qū)域中全部微生物的總和。試劑盒基因組：游離脫氧核糖核酸（cfDNA） ：讀長(zhǎng)：文庫(kù)：比對(duì)：深度：覆蓋率：相對(duì)豐度：Q 值：標(biāo)定對(duì)照：無(wú)模板對(duì)照：檢出限（LOD） ：正常無(wú)菌部位： 三、mNGS技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病的適應(yīng)證（一）臨床適應(yīng)證共識(shí) 1 對(duì)常規(guī)微生物學(xué)檢查容易明確病原體的感染， 如尿路感染通過(guò)尿培養(yǎng)手段，不建議mNGS。共識(shí) 2 患者表現(xiàn)為發(fā)熱或發(fā)熱癥候群， 病因未明確 （符合不明原因發(fā)熱定義） ，考慮感染或不除外感染，但規(guī)范性經(jīng)驗(yàn)抗感染治療無(wú)效，考慮應(yīng)用

4、常規(guī)技術(shù)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 3 各種原因?qū)е禄颊呒蔽Ｖ匕Y表現(xiàn)， 不除外感染所致， 或考慮繼發(fā)或并發(fā)危及生命的嚴(yán)重感染， 建議常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)， 或在常規(guī)檢測(cè)基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 4 免疫受損患者疑似繼發(fā)感染， 常規(guī)病原學(xué)檢查未能明確致病原或/和規(guī)范性經(jīng)驗(yàn)抗感染治療無(wú)效，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 5 疑似局部感染， 病原學(xué)診斷未明確、 不及時(shí)處理則后果嚴(yán)重 （危及生命或會(huì)導(dǎo)致局部功能不可逆性喪失）時(shí)，考慮常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。 如眼部 （角膜炎 / 潰瘍、 眼內(nèi)炎、 急性視網(wǎng)膜壞死等） 、 鼻部、耳部

5、、喉部感染、糖尿病足、外傷累及深部組織等情況。共識(shí) 6 高度疑似感染性疾病， 但病原學(xué)診斷未明確且常規(guī)抗感染治療無(wú)效，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測(cè)、處理原發(fā)感染灶（如拔去導(dǎo)管、外科引流或拔去引流管、玻璃體切除） 、調(diào)整經(jīng)驗(yàn)抗微生物治療方案的同時(shí)開(kāi)展mNGS。共識(shí) 7 慢性感染， 或慢性疾病不除外感染， 尤其是二者臨床表現(xiàn)相似、難以鑒別時(shí)， 病情嚴(yán)重或抗感染治療療效不佳需要明確病因， 建議在完善常規(guī)檢測(cè)、調(diào)整經(jīng)驗(yàn)治療的同時(shí)開(kāi)展mNGS。共識(shí)8除以上共識(shí)27之外的患者人群，不建議無(wú)條件普遍進(jìn)行 mNGS檢測(cè)；進(jìn)行mNGS檢測(cè)前請(qǐng)感染病學(xué)和/或臨床微生物學(xué)專家 會(huì)診。共識(shí)9不建議應(yīng)用mNGS技術(shù)評(píng)估抗感染治療效果。（二）微生物學(xué)適應(yīng)證共識(shí) 10 針對(duì)微生物，考慮出現(xiàn)疑似新發(fā)病原體，或某特殊病原體，缺乏傳統(tǒng)技術(shù)或傳統(tǒng)技術(shù)手段不能確定種屬時(shí)， 建議常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 11 臨床表現(xiàn)高度懷疑感染性疾病而多種傳統(tǒng)技術(shù)反復(fù)檢測(cè)不能明確致病微生物， 但仍高度懷疑微生物所致， 建議繼續(xù)完善更多檢測(cè)技術(shù)的同時(shí)或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 12傳統(tǒng)病原學(xué)檢測(cè)的結(jié)果不能解釋臨床表現(xiàn)的全貌或 / 和抗感染治療的反應(yīng)， 懷疑同時(shí)存在其他病原感染時(shí)， 建議進(jìn)一步完善更多檢測(cè)技術(shù)的同時(shí)或在其基礎(chǔ)上，開(kāi)展mNGS。共識(shí) 13 感染性疾病的病原