基因組文庫(kù)和cDNA文庫(kù)的比較

1、基因組文庫(kù)和cDNA文庫(kù)的比較01基因組文庫(kù)02cDNA文庫(kù)03兩者比較基因組文庫(kù)基因組文庫(kù)u概念u文庫(kù)構(gòu)建（原核）u文庫(kù)構(gòu)建（真核） 01 概念基因組文庫(kù)：某種生物基因組的全部遺傳信息通過克隆載體貯存在一個(gè)受體菌的群體中，這個(gè)受體菌群體就是該種生物的基因組文庫(kù)。公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）,實(shí)際克隆子數(shù)應(yīng)為2N3N或更大。 01 文庫(kù)構(gòu)建（原核）物理學(xué)方法：機(jī)械類或超聲波等物理學(xué)方法：機(jī)械類或超聲波等生物化學(xué)方法：限制酶部分切割生物化學(xué)方法：限制酶部分切割制備基因組制備基因組DNA并片段化并片段化重組重組DNA導(dǎo)入受體菌細(xì)胞并擴(kuò)增導(dǎo)入受體菌細(xì)胞并擴(kuò)增DNA片段與載體重組連接片段與

2、載體重組連接篩選鑒定基因組文庫(kù)篩選鑒定基因組文庫(kù)原核生物基因組較小，一般采用質(zhì)粒載體原核生物基因組較小，一般采用質(zhì)粒載體或或載體。載體。 01 文庫(kù)構(gòu)建（真核）a.構(gòu)建 噬菌體型基因組文庫(kù)真核生物和原核生物基因組真核生物和原核生物基因組文庫(kù)構(gòu)建的原理和過程基本文庫(kù)構(gòu)建的原理和過程基本相似，方法有異（原核采用相似，方法有異（原核采用質(zhì)粒載體或質(zhì)粒載體或載體）。下面載體）。下面介紹三種方法：介紹三種方法： 01 文庫(kù)構(gòu)建（真核）b.構(gòu)建 Cosmid基因組文庫(kù)由于篩選困難、重組效率低、文由于篩選困難、重組效率低、文庫(kù)不易貯存，庫(kù)不易貯存，CosmidCosmid使用不如使用不如噬菌體載體普遍。噬菌

3、體載體普遍。 01 文庫(kù)構(gòu)建（真核）c.構(gòu)建酵母人工染色體型基因組文庫(kù)酵母人工染色體酵母人工染色體基因組文庫(kù)基因組文庫(kù)u概念u文庫(kù)制備 02 概念cDNA文庫(kù)：以mRNA為模板，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶催化，在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA，與適當(dāng)?shù)妮d體連接后轉(zhuǎn)化受體菌，則每個(gè)細(xì)菌含有一段cDNA，并能繁殖擴(kuò)增，這樣包含著細(xì)胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合稱為該組織細(xì)胞的cDNA文庫(kù)。公式:N=ln（1-P）/ln（1-f） 02 文庫(kù)構(gòu)建l細(xì)胞總RNA的制備及mRNA的分離 包括mRNA、tRNA、rRNAlcDNA第一條鏈的合成 oligo引導(dǎo)合成法、隨機(jī)引物引導(dǎo)合成法l雙鏈cDNA的合成 四種常用方法lcD

4、NA與載體的連接和噬菌體顆粒的包裝及轉(zhuǎn)染或質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化 02 文庫(kù)構(gòu)建引導(dǎo)合成第一鏈引導(dǎo)合成第一鏈oligo 02 文庫(kù)構(gòu)建雙鏈雙鏈 合成方法合成方法DNA 02 文庫(kù)構(gòu)建大腸桿菌大腸桿菌 酶降解取代法酶降解取代法RNaseH 02 文庫(kù)構(gòu)建寡聚引物引導(dǎo)法寡聚引物引導(dǎo)法Oligo 02 文庫(kù)構(gòu)建PCR法法比較比較u cDNA文庫(kù)優(yōu)點(diǎn)u 基因組文庫(kù)優(yōu)點(diǎn) 03 cDNA文庫(kù)優(yōu)點(diǎn)真核生物克隆序列直接應(yīng)用于基因工程，基因組文庫(kù)不能。以mRNA為原料，研究RNA病毒的基因組結(jié)構(gòu)和基因克隆分離。復(fù)雜性低、篩選簡(jiǎn)易。其克隆子數(shù)為基因組文庫(kù)的十分之一。假陽性概率低?；蚪M克隆子復(fù)雜，假陽性概率高。 03 基因組文庫(kù)優(yōu)點(diǎn)基因組文庫(kù)含有全部基因，cDNA文庫(kù)只含有全部蛋白質(zhì)編碼的結(jié)構(gòu)基因且受材料影響 cDNA文庫(kù)能反映mRNA信息，但不能直接獲得基因的內(nèi)含子序列和基因編碼區(qū)外大量的調(diào)控序列信息。需要基因組文庫(kù)。cDNA文庫(kù)中，高豐度mRN