PrimerPremier使用技巧學(xué)習(xí)課程

1、可通過(guò)兩個(gè)方法將序列輸入軟件中可通過(guò)兩個(gè)方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列在表中粘貼序列打開(kāi)原有的序列文件打開(kāi)原有的序列文件第1頁(yè)/共38頁(yè)第一頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。選擇序列文選擇序列文件所在位置件所在位置第2頁(yè)/共38頁(yè)第二頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。 在對(duì)話框中輸入待擴(kuò)增序列在對(duì)話框中輸入待擴(kuò)增序列 點(diǎn)擊左上角的點(diǎn)擊左上角的“Primer”按鈕按鈕第3頁(yè)/共38頁(yè)第三頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。Hairpin: 引物自身是否會(huì)形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)引物自身是否會(huì)形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)Dimer: 同一種引物是否會(huì)形成二聚體同一種引物是否會(huì)形成二聚體False primiring:

2、 引物在待擴(kuò)增序列中其他位置是否有配對(duì)引物在待擴(kuò)增序列中其他位置是否有配對(duì)Cross Dimer: 正向與反向引物間是否會(huì)形成二聚體正向與反向引物間是否會(huì)形成二聚體引物設(shè)計(jì)界面引物設(shè)計(jì)界面正向和正向和反向引反向引物的互物的互換換正向和反向正向和反向引物的評(píng)價(jià)引物的評(píng)價(jià)正向和反向正向和反向引物的信息引物的信息每點(diǎn)擊左每點(diǎn)擊左邊紅色的邊紅色的按鈕，就按鈕，就出現(xiàn)相應(yīng)出現(xiàn)相應(yīng)的內(nèi)容的內(nèi)容對(duì)正向和反向引物進(jìn)行編輯對(duì)正向和反向引物進(jìn)行編輯第4頁(yè)/共38頁(yè)第四頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。參數(shù)選擇參數(shù)選擇突變堿基突變堿基第5頁(yè)/共38頁(yè)第五頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第6頁(yè)/共38頁(yè)第六頁(yè)，

3、編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第7頁(yè)/共38頁(yè)第七頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。Premier的主要功能：第8頁(yè)/共38頁(yè)第八頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第9頁(yè)/共38頁(yè)第九頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第10頁(yè)/共38頁(yè)第十頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。引物搜索選項(xiàng)設(shè)定引物類(lèi)型搜索模式5引物位置范圍3引物位置范圍產(chǎn)物大小范圍引物長(zhǎng)度第11頁(yè)/共38頁(yè)第十一頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第12頁(yè)/共38頁(yè)第十二頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第13頁(yè)/共38頁(yè)第十三頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。搜索結(jié)果28對(duì)引物引物分值100分為滿分每對(duì)引物的信息雙

4、擊選中一對(duì)引物引物及產(chǎn)物信息第14頁(yè)/共38頁(yè)第十四頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。是否出現(xiàn)hairpin,dimer,false priming and cross dimer回到主窗口第15頁(yè)/共38頁(yè)第十五頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。引物編輯第16頁(yè)/共38頁(yè)第十六頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分?？蓪?duì)引物進(jìn)行增加或減少堿基可對(duì)引物進(jìn)行增加或減少堿基用鍵盤(pán)輸入了用鍵盤(pán)輸入了5 5個(gè)堿基個(gè)堿基第17頁(yè)/共38頁(yè)第十七頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。引物的信息引物的信息改動(dòng)后引物的信息改動(dòng)后引物的信息第18頁(yè)/共38頁(yè)第十八頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。重新回到雙引物

5、的界面重新回到雙引物的界面第19頁(yè)/共38頁(yè)第十九頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分?！癊dit”“Copy”“Sense Primer”5 CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA 3輸出引物序列輸出引物序列第20頁(yè)/共38頁(yè)第二十頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。引物編輯Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window第21頁(yè)/共38頁(yè)第二十一頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第22頁(yè)/共38頁(yè)第二十二頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第

6、23頁(yè)/共38頁(yè)第二十三頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第24頁(yè)/共38頁(yè)第二十四頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第25頁(yè)/共38頁(yè)第二十五頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。酶切位點(diǎn)分析第26頁(yè)/共38頁(yè)第二十六頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。Oligo 6.44 Oligo 6.44 使用說(shuō)明主要功能：專(zhuān)門(mén)的引物設(shè)計(jì)軟件Oligo 6.44 啟動(dòng)界面Open sequence file第27頁(yè)/共38頁(yè)第二十七頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。3個(gè)彈出窗口第28頁(yè)/共38頁(yè)第二十八頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。G Internal Stability第29頁(yè)/共38頁(yè)第

7、二十九頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。Frq為鄰近6至7 個(gè)堿基組成的亞單位在一個(gè)指定數(shù)據(jù)庫(kù)文件中的出現(xiàn)頻率。該頻率高則可增加錯(cuò)誤引發(fā)的可能性。第30頁(yè)/共38頁(yè)第三十頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。用Oligo 設(shè)計(jì)引物時(shí)的3個(gè)標(biāo)準(zhǔn) Tm 值曲線以選取5到3的下降形狀有利于引物引發(fā)聚合反應(yīng)。 Frq 曲線宜選用3端Frq 值相對(duì)較低的片段。 G 值在5端和中間值比較高，而在3端相對(duì)低第31頁(yè)/共38頁(yè)第三十一頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。第32頁(yè)/共38頁(yè)第三十二頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。選中引物上游引物下游引物只是示意圖第33頁(yè)/共38頁(yè)第三十三頁(yè)，編輯于星期六：十

8、六點(diǎn) 五十一分。引物分析 首先檢查引物二聚體尤其是3端二聚體形成的可能性。l二項(xiàng)檢查是發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin）；與二聚體相同，發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能值越低越好。l第三項(xiàng)檢查為GC 含量，以45-55為宜。l第四False priming 檢查第34頁(yè)/共38頁(yè)第三十四頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。引物分析Key information of primerHairpinDimer and cross DimerGC%Total PCR information第35頁(yè)/共38頁(yè)第三十五頁(yè)，編輯于星期六：十六點(diǎn) 五十一分。Final PCR information第36頁(yè)/共38頁(yè)第三十六頁(yè)，編輯于星期六