雜質(zhì)蛋白鑒定與定量的完美結(jié)合Hi3分析方法

1、雜質(zhì)蛋白鑒定與定量的完美結(jié)合hi3分析方法液質(zhì)數(shù)據(jù)中，不但含有蛋白藥序列表達是否正確的肽圖信息，其它雜質(zhì)蛋白同樣可以被 挖掘出來。然而，單純的雜質(zhì)蛋白鑒定卻乂是不夠遠(yuǎn)遠(yuǎn)的，英確切的含量信息同樣至關(guān)重要。 沃特世plgs軟件可以在肽圖液質(zhì)數(shù)據(jù)屮，進一步鑒定其小的雜質(zhì)蛋口，并其相對含量信息 進行分析。一、“順便”完成的雜質(zhì)蛋白鑒定與相對定量使用相應(yīng)的開放數(shù)據(jù)庫，pegs軟件首先根據(jù)液質(zhì)數(shù)據(jù)中的離了碎片信息對多肽進行鑒 定，進而組裝出樣品中的所冇蛋白，完成蛋白鑒定步驟。在蛋白相對含雖測定中，plgs軟 件充分利用了 ms1：全信息串聯(lián)質(zhì)譜方法的數(shù)據(jù)優(yōu)點。較dda方法，ms'：數(shù)據(jù)的離子色譜峰

2、近乎 “完美”，更加符合實際多肽色譜峰型。通過全而研究發(fā)現(xiàn)，ms'：數(shù)據(jù)中的多肽色譜峰強度 信息，與蛋口濃度相關(guān)性非常好。使川每個蛋口鑒定多肽屮，強度前三的多肽峰強度加和值, 即表征英蛋白濃度。因此，使用plgs分析同一個肽圖液質(zhì)數(shù)據(jù)，便可“順便”完成雜質(zhì)蛋 白的鑒定少相對定量工作。二、蛋白絕對含量測定如果想得到樣品中準(zhǔn)確的蛋白絕對濃度信息，也非常簡單。只需在樣品中加入一個已知 的蛋口內(nèi)標(biāo)便可。這吋hi3分析方法會根據(jù)內(nèi)標(biāo)蛋口的濃度，按照以下公式，對樣甜中的絕 對濃度進行定量1,2。z peptide intensity a目標(biāo)蛋白濃度二x fmol/plj|s peptide inl

3、cnsilv bi«ia：目標(biāo)定u蛋白b：內(nèi)標(biāo)蛋白 x：內(nèi)標(biāo)蛋白濃度三、使用hi3方法分析殘留宿主細(xì)胞蛋白（hcp）融合抗體anti-phosphotyrosine igg 1 （ptg1 mab）使用中國倉鼠卵巢細(xì)胞系dg-44 ch0 在兩種培養(yǎng)條件下農(nóng)達，表達后的ptg1 mab再分別使用a、b兩種方法純化。經(jīng)過2d-uplc mse方法采集液質(zhì)數(shù)據(jù)后，使用plgs軟件分析3。在分析結(jié)果中，對以明確地給出鑒定到 樣品中含有的朵質(zhì)蛋白，以及給出這些雜質(zhì)蛋白的相對含量結(jié)果（圖1）。為了驗證hi3定 量方法的川靠性，使用mrm方法對以上實驗結(jié)果中clusterin、elongatio

4、n factor l-alpha、glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 三個蛋白進行了定量驗證。通過 hi3 與 mrm 兩種定量方法結(jié)果對比，可以發(fā)現(xiàn)兩者定量濃度非常接近（圖2）。在使用plgs進行樣殆 中的雜質(zhì)蛋白鑒定與定量分析中，檢索方法設(shè)置與肽圖分析幾乎一致，只增加將參考蛋白的 名稱與濃度列入分析參數(shù)一步。之后，所有的分析過程都將iiiplgs自行完成，并直接給出 蛋白鑒定身份與濃度的結(jié)果列表。實際上plgs不僅使用在生物藥雜質(zhì)蛋白分析中，在樣品 極為復(fù)雜的蛋口質(zhì)組學(xué)研究屮，iii3方法已經(jīng)被長期使用，并有眾多高水平論文發(fā)4, 5, 6。pr

5、oteinconcentration (ppm)28）82kucubn mv%ocfit01ut ajrjlui cold tn h«nru<f191ibis3034ikkz rgr譏g心2 lx*ocnsrru曲us145924門fmcioi mk/orrra ms rr«j、riz八30474517051354proc4.uqc<i c «ndop«*<sc ezixa 1 hus rrjsculus1655iz6t>aflm qbpuvmchewrehji 砂血,qo?nhasten90795661387?cluslo

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10、wjlulis3321531 hus rukuius313339d9%bc<k c71f«r<i 峋、nvu 加'122?l?skkkh5p y0卅 hjs muscjajsns3tuujhn ispiccrrc. hus nwu'siz2147wtaljhmhcpi5sj45719d1289?15302figi pur網(wǎng)96.0592.8187.w8430圖1.雜質(zhì)蛋白鑒定結(jié)果及莫含量。圖2. hi3與mrm定量結(jié)果對比。參考文獻(1) silva jc, gore nstcinmv, li gz, vissers jp, geroma nos sj.

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