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.,PCR污染的產(chǎn)生及防治,分子生物學(xué)技術(shù)平臺(tái)討論會(huì)PCR系列之一2008-2-28,.,PCR污染的監(jiān)測(cè),PCR強(qiáng)大擴(kuò)增能力+檢測(cè)的敏感性經(jīng)30個(gè)周期后,特定DNA片段的數(shù)量在理論上可增加109倍極微量的污染便可導(dǎo)致假陽(yáng)性,尤其對(duì)定量造成很大的問(wèn)題NTC(NoTemplateControl):必須設(shè)置一個(gè)不含模板DNA但含有PCR系統(tǒng)中所有其他成分的對(duì)照反應(yīng),這一對(duì)照管須在準(zhǔn)備好所有其他PCR以后才進(jìn)行吸加。,.,常見(jiàn)的PCRcontamination,常規(guī)PCR熒光定量PCR,NTC,4,3,2,1,7,6,5,9,8,NTC,.,引起PCR污染的原因,模板間交叉污染容器被污染模板放置時(shí),由于密封不嚴(yán)溢于容器外容器外粘有模板而造成相互間交叉污染模板吸取過(guò)程中,因氣溶膠(aerosol)或其他原因引起移液器污染,從而導(dǎo)致交叉污染,.,引起PCR污染的原因,PCR試劑污染PCR試劑配制過(guò)程中,移液器、容器、水等原因造成試劑被PCR核酸模板污染。,.,引起PCR污染的原因,PCR產(chǎn)物污染-最主要最常見(jiàn)PCR產(chǎn)物拷貝量大,極微量的PCR產(chǎn)物污染,就可形成假陽(yáng)性。移液器吸取PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測(cè),同一支移液器去準(zhǔn)備PCRmixPCR產(chǎn)物的氣溶膠污染:一個(gè)氣溶膠顆??赡芎瑤兹f(wàn)個(gè)拷貝,氣溶膠(aerosol):懸浮于氣體介質(zhì)中粒徑一般為0.001m1000m的固體、液體微小粒子形成的膠溶狀態(tài)散體系??諝馀c液體面摩擦?xí)r就可形成氣溶膠,在操作時(shí)比較劇烈地?fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開(kāi)蓋時(shí)、吸樣時(shí)及移液器的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠,.,引起PCR污染的原因,實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染克隆質(zhì)粒濃度高,另外在純化過(guò)程中需用較多的用具及試劑,其污染可能性也很大,.,防止PCR污染,首要原則永遠(yuǎn)要設(shè)置NTC對(duì)照如果不能在污染出現(xiàn)的第一時(shí)間發(fā)現(xiàn),會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的后果:一大段時(shí)間的數(shù)據(jù)不可信準(zhǔn)備PCR的移液器要專(zhuān)用千萬(wàn)不能用吸取PCR產(chǎn)物/克隆質(zhì)粒的移液器去準(zhǔn)備PCR體系,.,防止PCR污染,空間:合理分隔實(shí)驗(yàn)區(qū)域:將樣品的處理、配制PCR反應(yīng)液、PCR循環(huán)擴(kuò)增及PCR產(chǎn)物的鑒定等步驟分區(qū)進(jìn)行,特別注意樣本處理及PCR產(chǎn)物的鑒定應(yīng)與其它步驟嚴(yán)格分開(kāi)。理想狀態(tài):各個(gè)區(qū)域?qū)嶒?yàn)用品及移液器專(zhuān)用,實(shí)驗(yàn)前應(yīng)將該區(qū)域用紫外線(xiàn)消毒,破壞殘留的DNA或RNA。,.,防止PCR污染,操作一旦進(jìn)入吸加PCR試劑的專(zhuān)用場(chǎng)所并開(kāi)始工作,就應(yīng)戴上一副新手套,并應(yīng)勤于更換。準(zhǔn)備專(zhuān)供自己使用的PCR試劑,分裝為小份。不要與樣品存放在一起。選擇質(zhì)量好的Eppendorf管-密封性好且開(kāi)管不需要太大力氣打開(kāi)離心管前應(yīng)先離心,將管壁及管蓋上的液體甩至管底部。開(kāi)管動(dòng)作要輕,以防管內(nèi)液體濺出。實(shí)驗(yàn)結(jié)束后及時(shí)清理臺(tái)面,.,防止PCR污染,移液器操作由于操作時(shí)不慎將模板吸入槍內(nèi)或粘上槍頭是一個(gè)嚴(yán)重的污染源,因而加樣時(shí)要十分小心。1)準(zhǔn)備PCR的移液器專(zhuān)用2)吸樣要慢,吸樣時(shí)盡量一次性完成,忌多次抽吸,切勿形成噴霧,以免交叉污染或產(chǎn)生氣溶膠污染。3)最好在加完所有其他反應(yīng)成分后才吸加模板。4)推薦在準(zhǔn)備PCR過(guò)程中使用濾芯槍頭,.,選用含UNG(尿嘧啶DNA糖基酶Uracil-N-Glycosylase)的試劑,有助于防止PCR產(chǎn)物引起的污染。UNG:50攝氏度,2分鐘,作用于含有dU的DNA雙鏈或單鏈然后開(kāi)始PCR反應(yīng)的預(yù)變性步驟,同時(shí)UNG失活,防止PCR污染,對(duì)于不含dU的PCR產(chǎn)物無(wú)效,.,出現(xiàn)污染后解決辦法,更換試劑更換新的試劑和水,用確保無(wú)污染的移液器分裝備用清潔所有可能的污染源:實(shí)驗(yàn)臺(tái)面、小離心機(jī)、冰箱門(mén)把手等等1)實(shí)驗(yàn)臺(tái)面、超凈工作臺(tái)用現(xiàn)配的3%雙氧水或10%次氯酸鈉溶液擦拭清潔。2)或者用10%漂白粉溶液擦拭3)紫外光照射,照射距離應(yīng)不超過(guò)90cm,照射時(shí)間最好過(guò)夜。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中更加小心,采用前面提到的各種防止污染的辦法,.,參考文獻(xiàn),KwokS,HiguchiR.AvoidingfalsepositiveswithPCRJ.Nature,1989,339(6221):237-238.MifflinT.E.SettingUpaPCRLaborato
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