基因檢測(cè)服務(wù)詳細(xì)流程

因泰生命科技公司服務(wù)流程2018.1.1前言成都因泰生命科學(xué)技術(shù)有限公司（以下簡(jiǎn)稱：因泰生命）依托四川大學(xué)華西醫(yī)院轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)中心神經(jīng)疾病研究室、四川大學(xué)華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室疾病基因組學(xué)研究室，致力于“打造基于基因技術(shù)的個(gè)體差異化精準(zhǔn)醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)” ， 我們以基因檢測(cè)技術(shù)、 信息工程、 移動(dòng)互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)和傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的治未病為紐帶，秉承“差異化治療”的理念，形成涵蓋“測(cè)、防、治”三個(gè)方面的完整體系，全面介入服務(wù)大眾的大健康產(chǎn)業(yè)。總體來說， 基因檢測(cè)服務(wù)是從檢測(cè)前咨詢開始：首先要了解受檢者的預(yù)期，明確患者的檢測(cè)目的， 如用藥指導(dǎo)，耐藥后尋找新的方案， 是僅檢測(cè)一個(gè)基因或多個(gè)基因突變狀態(tài)等，幫助他們選擇合適的產(chǎn)品。-可編輯修改 -還有更重要的是及時(shí)發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史，保證家庭成員可以及早調(diào)整生活方式， 作體檢時(shí)就密切關(guān)注的相關(guān)問題。這些都是需要在這部分搞清楚。其次就是樣本的獲取與運(yùn)輸、dna 制備與文庫構(gòu)建、質(zhì)控與上機(jī)測(cè)序。應(yīng)該取多少組織樣本，應(yīng)該采取哪些樣本，這根據(jù) 檢測(cè)目的不同而不同。血液樣本應(yīng)該在醫(yī)療機(jī)構(gòu)采集，而唾液、口腔上皮細(xì)胞則可以用我們提供的采集盒，按要求要家中自行完成。 然后，快遞到華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心。 由專家進(jìn)行處理， 然后進(jìn)行基因序列的檢測(cè)。得出數(shù)據(jù)后， 由相關(guān)的遺傳學(xué)家，分子生物學(xué)家進(jìn)行專業(yè)的數(shù)據(jù)分析，要沒有分析這一步， 再多的數(shù)據(jù)也是沒有用的，我們?yōu)槭軝z者做的，就是從大量的數(shù)據(jù)中，找出有用的信息。最后就是解讀了，對(duì) 受檢者提出風(fēng)險(xiǎn)提示，為臨床醫(yī)生提供，對(duì)臨床實(shí)踐又何指導(dǎo)，這就 是做基因檢測(cè)的核心意義。一、基因檢測(cè)總體步驟我們目前的服務(wù)流程，主要由四個(gè)部分組成：檢測(cè)前咨詢；實(shí)驗(yàn)室處理；信息分析；臨床解讀。有以下幾個(gè)步驟：1、受檢者通過醫(yī)院?？崎T診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測(cè)資質(zhì)的機(jī)構(gòu)提出檢測(cè)需求。 目前絕大多數(shù)受檢者都是通過醫(yī)院或醫(yī)生的建議送檢，也有少數(shù)自己送檢， 這主要是因?yàn)槟壳按蟊妼?duì)基因檢測(cè)的認(rèn)識(shí)程度和檢測(cè)后續(xù)的指導(dǎo)治療和遺傳咨詢都離不開臨床醫(yī)生。2、醫(yī)生或檢測(cè)機(jī)構(gòu)的專業(yè)人員根據(jù)受檢者的實(shí)際情況制定最優(yōu)的檢測(cè)方案，并將檢測(cè)的必要信息（包括服務(wù)內(nèi)容、周期、價(jià)格、潛在的風(fēng)險(xiǎn)等）告知受檢者，做到知情同意；3、受檢者簽署知情同意書。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本，或利用檢測(cè)機(jī)構(gòu)提 供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細(xì)胞采集棒等， 按照要求采集樣本并郵寄至檢測(cè)機(jī)構(gòu)；5、華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心按照標(biāo)準(zhǔn)流程完成基因檢測(cè)；6、華西分子生物學(xué)和遺傳學(xué)家，對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行專業(yè)的分析， 出具檢測(cè)報(bào)告。7、然后將檢測(cè)報(bào)告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者，并協(xié)助醫(yī) 生為愛檢者對(duì)報(bào)告進(jìn)行解讀， 使受檢者能完整、準(zhǔn)確地理解檢測(cè)結(jié)果。8、所需要進(jìn)一步服務(wù)的，可以預(yù)約到華西醫(yī)院遺傳室進(jìn)行進(jìn)一步咨詢。二、操作規(guī)范1、檢測(cè)前咨詢部分1.1 患者預(yù)期 。主治醫(yī)生與患者需要充分溝通，明確該基因檢測(cè)的目的，知道檢測(cè)技術(shù)的局限性，做好患者的預(yù)期控制。1.2 產(chǎn)品選擇。 對(duì)于基因檢測(cè)產(chǎn)品來說，產(chǎn)品選擇幾乎等同于檢測(cè)基因的選擇。哪些基因需要強(qiáng)行檢測(cè)、哪些基因推薦檢測(cè)、哪些基因有一定的檢測(cè)價(jià)值，這些需要闡述清楚。實(shí)際操作過程中，不應(yīng)以經(jīng)濟(jì)利益為導(dǎo)向，而是根據(jù)患者的經(jīng)濟(jì)情況與病情，綜合選擇。1.3 臨床信息 ?；颊叩呐R床信息對(duì)于基因檢測(cè)報(bào)告者有重要意義，信息掌握越全面報(bào)告越個(gè)性化，咨詢解讀也更有針對(duì)性。因此，需要提供完整詳實(shí)的臨床申請(qǐng)單。二、實(shí)驗(yàn)部分2.1 樣本類型。 需要明確一點(diǎn)，能夠運(yùn)用無創(chuàng)的盡量用無創(chuàng)（唾液與血液）。固體：手術(shù)樣本， 穿刺樣本， 石蠟包埋組織， 石蠟切片組織； 液體：全血，血清 +血細(xì)胞，胸水，腹水，唾液。1） 手術(shù)樣本：（腫瘤組織 50mg ，癌旁正常組織 25mg ，收到組織后立即用至少 5 倍體積的 10% 中性福爾馬林固定液固定），切片 25 張以上，厚度 5 m，腫瘤細(xì)胞占比50% ，壞死組織區(qū)域 10% ，4-8且 24h 內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室。2） 穿刺樣本：穿刺一針以上，腫瘤細(xì)胞占比 50% ，壞死組織區(qū)域10% ， 4-8且 24h 內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室。3） 石蠟包埋組織：常溫保存運(yùn)輸即可，最好是1 年以內(nèi)。 4） 石蠟切片組織：常溫保存運(yùn)輸即可，最好是6 周以內(nèi)。5） 全血： 6ml-10ml for ngs (streck管，含有保存液，負(fù)壓真空抽 滿)，輕輕垂直平面 90 旋轉(zhuǎn)10 次， 6-25 （常溫）運(yùn)輸， 3（ 7）日內(nèi)送達(dá)，可用干冰 /制熱劑制造維持環(huán)境溫度。6） 血漿+血細(xì)胞 （普通試管）：抽血后2h內(nèi)將全血 4 1600g 離心 10min ，分別收集上清和沉淀至離心管中；上清再4c 16000g離心 10min ，收集上清血漿轉(zhuǎn)移至15ml離心管中。血漿 +血細(xì)胞樣品，均封口膜封口，干冰運(yùn)輸。2.2 ：質(zhì)量控制 。質(zhì)控不合格，只有重新采樣。標(biāo)準(zhǔn)流程只需要0.1-1 g dna ，dna 的 od 260/280在 1.8-2.0 之間，rna 的 rin 值8.0 。實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，只要 rin 值大于 7，就可以獲得比較滿意的結(jié)果。（ rin： rna 完整值）?？偟膩碚f，質(zhì)控兩個(gè)指標(biāo)：足夠的 dna 量和完整的dna 基因組。這個(gè)步驟在構(gòu)建文庫后上機(jī)測(cè)序前完成。2.3 ：文庫構(gòu)建 。這步是為獲取足夠量的 /目的的/前期適合上機(jī)測(cè)序而標(biāo)準(zhǔn)處理的 dna 。其程序主要有：片段化，連接，擴(kuò)增。2.4 ：上機(jī)測(cè)序。我們把采集到的樣品分離提純成需要的基因組dna ， 再把這些 dna 打成小片段，然后再在這些dna 小片段兩頭接上識(shí)別標(biāo)記和測(cè)序接頭，最后再通過基因捕獲技術(shù)篩選出目的dna ，根據(jù)需求 pcr 擴(kuò)增。然后，就可以上機(jī)測(cè)序了。上機(jī)測(cè)序的過程就是讀取這些 dna 小片段的序列，如atctggctt.(160bp)，這樣萬級(jí)、億級(jí)的 dna 片段個(gè)數(shù) 。三、信息分析部分3.1 ： 下機(jī)數(shù)據(jù)識(shí)別。每個(gè)患者都有數(shù)以億計(jì)的 dna 小片段， 10 到90g 的數(shù)據(jù)量， 每次又會(huì)同時(shí)做幾個(gè)到幾十個(gè)， 這時(shí)就必須將 不同患者的 dna 小片段進(jìn)行分類。 在構(gòu)建文庫的加接頭步驟時(shí)，都加上了barcode序列， 同一個(gè)患者使用同一個(gè)barcode ，不同的患者使用不同的 barcode ，那么計(jì)算機(jī)通過這個(gè)barcode就可以識(shí)別出不同受檢者的數(shù)據(jù)，然后分類。3.2 ： 圖像轉(zhuǎn)換。 下機(jī)的時(shí)候那些 dna 片段最初其實(shí)是圖像格式的， 例如紅色表示堿基 a，綠色表示堿基 t，借助計(jì)算機(jī)將 圖像轉(zhuǎn)換成基因序列。3.3 ：比對(duì)到基因圖上。 將這些上以億級(jí)的dna 小片段歸位，當(dāng)然每個(gè)染色體上的每個(gè)位置下面一般不止一條dna 片段，這就是 測(cè)序深度，如果測(cè)序深度為10000 ，那么理論上該位置下面就應(yīng)該有10000 條 dna 片段。這也是在上機(jī)之前構(gòu)建文庫時(shí)，通過調(diào)節(jié)pcr 擴(kuò)增來實(shí)現(xiàn)。這一步就是 將散亂的 dna 小片段比對(duì)到參考基因組上，從而實(shí)現(xiàn)它們的定位 。3.4 ：計(jì)算突變頻率。 假如 1 號(hào)染色體的 500 位到第 650 位有 10000個(gè) dna 片段，那么測(cè)序深度就真的是10000 嗎？在這里需要做一個(gè)辨別，如果這 10000條 dna 片段有 9000 條是一模一樣的，那么我們認(rèn)為這是一條dna 片段 pcr 擴(kuò)增出來的，這 9000 條只能算作 1 條，這時(shí)候有效測(cè)序深度 為 1001 。在某個(gè)特定的位點(diǎn)，如果這1001 條 dna 片段有 100 條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們就認(rèn)為該點(diǎn)的 突變頻率 為 10% 。這 10% 的突變頻率（血液腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變?yōu)槔┮馕吨?：血液中的 cfdna有 10% 是 ctdna ，從而反應(yīng)患者的腫瘤病灶有一部分癌細(xì)胞發(fā)生了該突變，若有針對(duì)該位點(diǎn)的靶向藥，那么可根據(jù)情況推薦使用。3.5 ： 1）原始數(shù)據(jù)過濾； 2）數(shù)據(jù)比對(duì) bwa； 3）比對(duì)文件處理； 4） 去除 pcr 重復(fù) dedup ； 5） mpileup文件生成 samtools ；6）體細(xì)胞snv 、indel 變異檢測(cè)； 7）體細(xì)胞 fusion 檢測(cè)； 8）體細(xì)胞 snv 、indel 變異注釋 annovar ； 9）突變質(zhì)量檢測(cè)。四、臨