基因檢測服務詳細流程

因泰生命科技公司服務流程2018.1.1前言成都因泰生命科學技術有限公司（以下簡稱：因泰生命）依托四川大學華西醫(yī)院轉化神經科學中心神經疾病研究室、四川大學華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國家重點實驗室疾病基因組學研究室，致力于“打造基于基因技術的個體差異化精準醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)” ， 我們以基因檢測技術、 信息工程、 移動互聯(lián)網技術和傳統(tǒng)醫(yī)學的治未病為紐帶，秉承“差異化治療”的理念，形成涵蓋“測、防、治”三個方面的完整體系，全面介入服務大眾的大健康產業(yè)?？傮w來說， 基因檢測服務是從檢測前咨詢開始：首先要了解受檢者的預期，明確患者的檢測目的， 如用藥指導，耐藥后尋找新的方案， 是僅檢測一個基因或多個基因突變狀態(tài)等，幫助他們選擇合適的產品。-可編輯修改 -還有更重要的是及時發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史，保證家庭成員可以及早調整生活方式， 作體檢時就密切關注的相關問題。這些都是需要在這部分搞清楚。其次就是樣本的獲取與運輸、dna 制備與文庫構建、質控與上機測序。應該取多少組織樣本，應該采取哪些樣本，這根據 檢測目的不同而不同。血液樣本應該在醫(yī)療機構采集，而唾液、口腔上皮細胞則可以用我們提供的采集盒，按要求要家中自行完成。 然后，快遞到華西精準醫(yī)學中心。 由專家進行處理， 然后進行基因序列的檢測。得出數據后， 由相關的遺傳學家，分子生物學家進行專業(yè)的數據分析，要沒有分析這一步， 再多的數據也是沒有用的，我們?yōu)槭軝z者做的，就是從大量的數據中，找出有用的信息。最后就是解讀了，對 受檢者提出風險提示，為臨床醫(yī)生提供，對臨床實踐又何指導，這就 是做基因檢測的核心意義。一、基因檢測總體步驟我們目前的服務流程，主要由四個部分組成：檢測前咨詢；實驗室處理；信息分析；臨床解讀。有以下幾個步驟：1、受檢者通過醫(yī)院?？崎T診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測資質的機構提出檢測需求。 目前絕大多數受檢者都是通過醫(yī)院或醫(yī)生的建議送檢，也有少數自己送檢， 這主要是因為目前大眾對基因檢測的認識程度和檢測后續(xù)的指導治療和遺傳咨詢都離不開臨床醫(yī)生。2、醫(yī)生或檢測機構的專業(yè)人員根據受檢者的實際情況制定最優(yōu)的檢測方案，并將檢測的必要信息（包括服務內容、周期、價格、潛在的風險等）告知受檢者，做到知情同意；3、受檢者簽署知情同意書。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本，或利用檢測機構提 供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細胞采集棒等， 按照要求采集樣本并郵寄至檢測機構；5、華西精準醫(yī)學中心按照標準流程完成基因檢測；6、華西分子生物學和遺傳學家，對檢測結果進行專業(yè)的分析， 出具檢測報告。7、然后將檢測報告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者，并協(xié)助醫(yī) 生為愛檢者對報告進行解讀， 使受檢者能完整、準確地理解檢測結果。8、所需要進一步服務的，可以預約到華西醫(yī)院遺傳室進行進一步咨詢。二、操作規(guī)范1、檢測前咨詢部分1.1 患者預期 。主治醫(yī)生與患者需要充分溝通，明確該基因檢測的目的，知道檢測技術的局限性，做好患者的預期控制。1.2 產品選擇。 對于基因檢測產品來說，產品選擇幾乎等同于檢測基因的選擇。哪些基因需要強行檢測、哪些基因推薦檢測、哪些基因有一定的檢測價值，這些需要闡述清楚。實際操作過程中，不應以經濟利益為導向，而是根據患者的經濟情況與病情，綜合選擇。1.3 臨床信息 ?；颊叩呐R床信息對于基因檢測報告者有重要意義，信息掌握越全面報告越個性化，咨詢解讀也更有針對性。因此，需要提供完整詳實的臨床申請單。二、實驗部分2.1 樣本類型。 需要明確一點，能夠運用無創(chuàng)的盡量用無創(chuàng)（唾液與血液）。固體：手術樣本， 穿刺樣本， 石蠟包埋組織， 石蠟切片組織； 液體：全血，血清 +血細胞，胸水，腹水，唾液。1） 手術樣本：（腫瘤組織 50mg ，癌旁正常組織 25mg ，收到組織后立即用至少 5 倍體積的 10% 中性福爾馬林固定液固定），切片 25 張以上，厚度 5 m，腫瘤細胞占比50% ，壞死組織區(qū)域 10% ，4-8且 24h 內送達實驗室。2） 穿刺樣本：穿刺一針以上，腫瘤細胞占比 50% ，壞死組織區(qū)域10% ， 4-8且 24h 內送達實驗室。3） 石蠟包埋組織：常溫保存運輸即可，最好是1 年以內。 4） 石蠟切片組織：常溫保存運輸即可，最好是6 周以內。5） 全血： 6ml-10ml for ngs (streck管，含有保存液，負壓真空抽 滿)，輕輕垂直平面 90 旋轉10 次， 6-25 （常溫）運輸， 3（ 7）日內送達，可用干冰 /制熱劑制造維持環(huán)境溫度。6） 血漿+血細胞 （普通試管）：抽血后2h內將全血 4 1600g 離心 10min ，分別收集上清和沉淀至離心管中；上清再4c 16000g離心 10min ，收集上清血漿轉移至15ml離心管中。血漿 +血細胞樣品，均封口膜封口，干冰運輸。2.2 ：質量控制 。質控不合格，只有重新采樣。標準流程只需要0.1-1 g dna ，dna 的 od 260/280在 1.8-2.0 之間，rna 的 rin 值8.0 。實驗中發(fā)現(xiàn)，只要 rin 值大于 7，就可以獲得比較滿意的結果。（ rin： rna 完整值）?？偟膩碚f，質控兩個指標：足夠的 dna 量和完整的dna 基因組。這個步驟在構建文庫后上機測序前完成。2.3 ：文庫構建 。這步是為獲取足夠量的 /目的的/前期適合上機測序而標準處理的 dna 。其程序主要有：片段化，連接，擴增。2.4 ：上機測序。我們把采集到的樣品分離提純成需要的基因組dna ， 再把這些 dna 打成小片段，然后再在這些dna 小片段兩頭接上識別標記和測序接頭，最后再通過基因捕獲技術篩選出目的dna ，根據需求 pcr 擴增。然后，就可以上機測序了。上機測序的過程就是讀取這些 dna 小片段的序列，如atctggctt.(160bp)，這樣萬級、億級的 dna 片段個數 。三、信息分析部分3.1 ： 下機數據識別。每個患者都有數以億計的 dna 小片段， 10 到90g 的數據量， 每次又會同時做幾個到幾十個， 這時就必須將 不同患者的 dna 小片段進行分類。 在構建文庫的加接頭步驟時，都加上了barcode序列， 同一個患者使用同一個barcode ，不同的患者使用不同的 barcode ，那么計算機通過這個barcode就可以識別出不同受檢者的數據，然后分類。3.2 ： 圖像轉換。 下機的時候那些 dna 片段最初其實是圖像格式的， 例如紅色表示堿基 a，綠色表示堿基 t，借助計算機將 圖像轉換成基因序列。3.3 ：比對到基因圖上。 將這些上以億級的dna 小片段歸位，當然每個染色體上的每個位置下面一般不止一條dna 片段，這就是 測序深度，如果測序深度為10000 ，那么理論上該位置下面就應該有10000 條 dna 片段。這也是在上機之前構建文庫時，通過調節(jié)pcr 擴增來實現(xiàn)。這一步就是 將散亂的 dna 小片段比對到參考基因組上，從而實現(xiàn)它們的定位 。3.4 ：計算突變頻率。 假如 1 號染色體的 500 位到第 650 位有 10000個 dna 片段，那么測序深度就真的是10000 嗎？在這里需要做一個辨別，如果這 10000條 dna 片段有 9000 條是一模一樣的，那么我們認為這是一條dna 片段 pcr 擴增出來的，這 9000 條只能算作 1 條，這時候有效測序深度 為 1001 。在某個特定的位點，如果這1001 條 dna 片段有 100 條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們就認為該點的 突變頻率 為 10% 。這 10% 的突變頻率（血液腫瘤驅動基因突變?yōu)槔┮馕吨?：血液中的 cfdna有 10% 是 ctdna ，從而反應患者的腫瘤病灶有一部分癌細胞發(fā)生了該突變，若有針對該位點的靶向藥，那么可根據情況推薦使用。3.5 ： 1）原始數據過濾； 2）數據比對 bwa； 3）比對文件處理； 4） 去除 pcr 重復 dedup ； 5） mpileup文件生成 samtools ；6）體細胞snv 、indel 變異檢測； 7）體細胞 fusion 檢測； 8）體細胞 snv 、indel 變異注釋 annovar ； 9）突變質量檢測。四、臨