PCR實(shí)用技巧.doc

PCR實(shí)用技巧增加PCR的特異性一、primers design（一）理想的，只同目的序列兩側(cè)的單一序列而非其他序列退火的引物要符合下面的一些條件1、足夠長(zhǎng)，18-24bp，以保證特異性.當(dāng)然不是說(shuō)越長(zhǎng)越好，太長(zhǎng)的引物同樣會(huì)降低特異性，并且降低產(chǎn)量。2、GC%： 40%60% 3、5端和中間序列要多GC，以增加穩(wěn)定性。4、避免3端GC rich，最后3個(gè)BASE不要有GC，或者最后5個(gè)有3個(gè)不要是GC 。5、避免3端的互補(bǔ)，否則容易造成DIMER。6、 避免3端的錯(cuò)配7、避免內(nèi)部形成二級(jí)結(jié)構(gòu)8、附加序列（RT site, Promoter sequence）加到5端，在算Tm值時(shí)不算，但在檢測(cè)互補(bǔ)和二級(jí)結(jié)構(gòu)是要加上它們9、使用兼并引物時(shí)，要參考密碼子使用表,注意生物的偏好性，不要在3端使用兼并引物，并使用較高的引物濃度(1uM-3uM) 10、最好學(xué)會(huì)使用一種design software：PP5、Oligo6、DNAstar、Vector NTI、Online desgin et al.。（二）引物的另一個(gè)重要參數(shù)是熔解溫度（Tm）Tm是當(dāng)50%的引物和互補(bǔ)序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時(shí)的溫度。Tm對(duì)于設(shè)定PCR退火溫度是必需的。在理想狀態(tài)下，退火溫度足夠低，以保證引物同目的序列有效退火， 同時(shí)還要足夠高，以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55到70。退火溫度一般設(shè)定比引物的Tm低5。設(shè)定Tm有幾種公式。有的是來(lái)源于高鹽溶液中的雜交，適用于小于18堿基的引物。有的是根據(jù)GC含量估算Tm。確定引物Tm最可信的方法是近鄰分析法。這種方法從序列一級(jí)結(jié)構(gòu)和相鄰堿基的特性預(yù)測(cè)引物的雜交穩(wěn)定性。大部分計(jì)算機(jī)程序使用近鄰分析法。根據(jù)所使用的公式及引物序列的不同，Tm會(huì)差異很大。因?yàn)榇蟛糠止教峁┮粋€(gè)估算的Tm值，所有退火溫度只是一個(gè)起始點(diǎn)?？梢酝ㄟ^(guò)分析幾個(gè)逐步提高退火溫度的反應(yīng)以提高特異性。開(kāi)始低于估算的Tm5，以2為增量，逐步提高退火溫度。較高的退火溫度會(huì)減少引物二聚體和非特異性產(chǎn)物的形成。為獲得最佳結(jié)果，兩個(gè)引物應(yīng)具有近似的Tm值。引物對(duì)的Tm差異如果超過(guò)5，就會(huì)引物在循環(huán)中使用較低的退火溫度而表現(xiàn)出明顯的錯(cuò)誤起始。如果兩個(gè)引物Tm不同，將退火溫度設(shè)定為比最低的Tm低5?；蛘邽榱颂岣咛禺愋裕梢栽诟鶕?jù)較高Tm設(shè)計(jì)的退火溫度先進(jìn)行5個(gè)循環(huán)，然后在根據(jù)較低Tm設(shè)計(jì)的退火溫度進(jìn)行剩余的循環(huán)。這使得在較為嚴(yán)緊的條件下可以獲得目的模板的部分拷貝。 二、stability of primers定制引物的標(biāo)準(zhǔn)純度對(duì)于大多數(shù)PCR應(yīng)用是足夠的。引物產(chǎn)量受合成化學(xué)的效率及純化方法的影響。定制引物以干粉形式運(yùn)輸。最好在TE重溶引物，使其最終濃度為100M。TE比去離子水好，因?yàn)樗膒H經(jīng)常偏酸，會(huì)引起寡核苷的水解。 引物的穩(wěn)定性依賴(lài)于儲(chǔ)存條件。應(yīng)將干粉和溶解的引物儲(chǔ)存在-20。以大于10M濃度溶于TE的引物在 -20可以穩(wěn)定保存6個(gè)月，但在室溫（15到30）僅能保存不到1周。干粉引物可以在-20保存至少1年，在室溫（15到30）最多可以保存2個(gè)月。 三、optimize reactants concentration （一）magnesiom ionsMg離子的作用主要是dNTP-Mg 與核酸骨架相互作用并能影響Polymerase的活性，一般的情況下Mg的濃度在0.5-5mM之間調(diào)整，同樣要記住的是在調(diào)整了dNTPs的濃度后要相應(yīng)的調(diào)整Mg離子的濃度，對(duì)實(shí)時(shí)定量PCR，使用3到5mM帶有熒光探針的鎂離子溶液。（二）其他的離子NH4+ K+都會(huì)影響PCR，增加K+的濃度后，會(huì)因?yàn)橹泻土撕怂峁羌苌狭姿峄鶊F(tuán)的負(fù)電荷而影響退火的溫度，從而降低了PCR的嚴(yán)謹(jǐn)性(stringency)，NH4+也有相同的作用。MBI公司的TAQ酶就提供了兩種BUFFER，一種是加Mg的一種是已經(jīng)混合了(NH4)2SO4的，當(dāng)然，過(guò)高的陽(yáng)離子濃度(KCL0.2M)時(shí)，DNA在94度根本不會(huì)發(fā)生變性，當(dāng)然也就無(wú)從談起PCR了，（三）polymerase不同公司的酶效有所不同,需要operator自己掌握適合的酶的濃度，一些高保真沒(méi)的效率要遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于Taq polymerase,所以可能需要的酶的量也要大一些。另外, 一般的情況下，變性的溫度可以使用9092度，變性的時(shí)間也可以縮短，從而保證polymerase的活性。 四、template50ul PCR SYSTEM human gDNA 0.1ug-1ugE.Coli 10ng-100ngLamadaDNA 0.5ng-5ngPlasmid DNA 0.1ng-10ng五、termperature（一）denaturation常規(guī)是94度5分鐘，GC Rich的摸板是95度5分鐘。除了GC Rich外，常規(guī)的APPLICATIONS可以將這部分時(shí)間縮短到1到2分鐘，或者在CYCLE 1時(shí)給予較長(zhǎng)的時(shí)間，而取消開(kāi)始的denaturation（二）annealing重點(diǎn)到了：一般情況下, 是從55度開(kāi)始.根據(jù)情況配合以Mg離子濃度進(jìn)行調(diào)整。有條件的可以做gradient pcr。退火的時(shí)間在30-60S，時(shí)間短一些可以得到更好的效果。因?yàn)閜olymerase 在 annealing temp 時(shí)也會(huì)有一些活性。所以在A.T.的時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，會(huì)極大的增加非特異性擴(kuò)增的風(fēng)險(xiǎn)，另外,在對(duì)于一些困難戶(hù)，比如從gDNA里擴(kuò)增大片段，還可使用two step PCR。六、touchdown PCR原理很簡(jiǎn)單，但的確是一個(gè)很有用的方法。舉個(gè)例子，ANNEALING TEMP. 55度94 5min 94 30s 60 30s 72 1min 2cycles 94 30s 59 30s72 1min 2cycles 94 30s 58 30s 72 1min 2cycles 94 30s51 30s 72 1min 2cycles 94 30s 50 30s72 1min 20cycles 72 5min七、hot start PCR熱啟動(dòng)PCR是除了好的引物設(shè)計(jì)之外，提高PCR特異性最重要的方法之一。盡管Taq DNA聚合酶的最佳延伸溫度在72，聚合酶在室溫仍然有活性。因此，在進(jìn)行PCR反應(yīng)配制過(guò)程中，以及在熱循環(huán)剛開(kāi)始，保溫溫度低于退火溫度時(shí)會(huì)產(chǎn)生非特異性的產(chǎn)物。這些非特異性產(chǎn)物一旦形成，就會(huì)被有效擴(kuò)增。在用于引物設(shè)計(jì)的位點(diǎn)因?yàn)檫z傳元件的定位而受限時(shí)，如site-directed突變、表達(dá)克隆或用于DNA工程的遺傳元件的構(gòu)建和操作，熱啟動(dòng)PCR尤為有效。限制Taq DNA聚合酶活性的常用方法是在冰上配制PCR反應(yīng)液，并將其置于預(yù)熱的PCR儀。這種方法 簡(jiǎn)單便宜，但并不能完成抑制酶的活性，因此并不能完全消除非特異性產(chǎn)物的擴(kuò)增。熱啟動(dòng)通過(guò)抑制一種基本成分延遲DNA合成，直到PCR儀達(dá)到變性溫度。包括延緩加入Taq DNA聚合 酶，在反應(yīng)體系達(dá)到90度時(shí)，PAUSE，將溫度保持在70度以上，手工加入polymerase，但這個(gè)方法 過(guò)于煩瑣， 尤其是對(duì)高通量應(yīng)用，并容易造成污染。其他的熱啟動(dòng)方法使用蠟防護(hù)層將一種基本 成分，入鎂離子或酶，包裹起來(lái)，或者將反應(yīng)成分，如模板和緩沖液，物理地隔離開(kāi)。在熱循環(huán)時(shí)， 因蠟熔化而把各種成分釋放出來(lái)并混合在一起。有很多公司提供這樣的酶。ampliwax PCR Gems (Perkin Elmer) Taq Bead Hot Start Polymerase (Promega) Magnesium wax beads (Stratagene)象手動(dòng)熱啟動(dòng)方法一樣，蠟防護(hù)層法比較煩瑣，易于污染，不適用于于高通量應(yīng)用。還有一種方法是使用inactive DNA Polymerase. polymerase被抗體抑制失活，當(dāng)變性溫度超過(guò)70度時(shí)，抗體也變性了，這樣polymerase又被激活了。 八、Booster PCR我們知道1ug human genomic DNA 大約在3X10 5冪個(gè)模板分子,這樣的模板分子數(shù)目可以是引物與模板很好的結(jié)合。當(dāng)模板的濃度過(guò)低,比如低于100個(gè)分子時(shí)，引物和模板之間就很難發(fā)生反應(yīng)。引物容易自身進(jìn)行反應(yīng)形成二聚體。這樣就有來(lái)了個(gè) booster PCR 我一直找不到合適的詞來(lái)翻譯這個(gè)booster。具體是這樣的.開(kāi)始幾個(gè)cycles保持primer的低濃度,保證primer:template的molar ratio在10 7 10 8. 以確保開(kāi)始擴(kuò)增的準(zhǔn)確性。然后booste Primer的濃度到正常的水平九、循環(huán)數(shù)和長(zhǎng)度確定循環(huán)數(shù)的基本原理是：產(chǎn)物能夠保證你進(jìn)一步分析操作的最小循環(huán)數(shù).因?yàn)檫^(guò)多的循環(huán)數(shù)容易造成ERRORS和非特異性產(chǎn)物的積累產(chǎn)物的量不夠，優(yōu)化的方法有：1、增加TEMPLATE2、增加循環(huán)數(shù)如何確定循環(huán)數(shù)，有一個(gè)方法。做一個(gè)PCR體系，40循環(huán)，50ul，分別在20、25、30、35循環(huán)時(shí)從體系中取5ul、一起跑電泳分析.從而確定最佳的循環(huán)數(shù)。另一個(gè)會(huì)影響PCR特異性的是PCR cycling時(shí)在兩個(gè)溫度間變化的速率（ramping rate）.當(dāng)然是越高越好。不過(guò)咱們大部分條件有限，就那么幾臺(tái)PCR儀，也沒(méi)有多少挑選的余地。十、thermal cyclerPCR儀的因素我們經(jīng)常容易忽視，長(zhǎng)時(shí)間的使用后需要調(diào)整PCR儀，以保證其能夠到達(dá)正確的溫度?，F(xiàn)在的PCR儀基本上都有自檢功能(self-diagnosis)。十一、PCR additives 附加物或者說(shuō)enhancer實(shí)在是多種多樣?；旧习◣最?lèi)，能夠增加反應(yīng)退火效率的化學(xué)因子，DNA結(jié)合蛋白和一些商業(yè)試劑。 基本的原理不外是增加引物退火特異性,減少錯(cuò)配，增加產(chǎn)物的長(zhǎng)度和產(chǎn)量。在GC Rich情況中， additive可以造成配對(duì)堿基間的的不穩(wěn)定，從而提高擴(kuò)增的效率。而在另一種情況下，additive由于造成錯(cuò)配的primer-template復(fù)合物的極大的不穩(wěn)定，而提高了擴(kuò)增的忠實(shí)性.要注意的是，沒(méi)有萬(wàn)能的enhancer全部通用，需要你根據(jù)自己的情況,最好結(jié)合gradient pcr選擇最優(yōu)條件.。dimethyl sulfoxide(DMSO) up to 10% formamide at 5%trimethylammonium chloride 10-100uMdetergents such as Tween 20 0.1-2.5%polyethylene glycol (PEG)6000 5-15% glycerol 10-15% single stranded DNA binding proteinsGene 32 protein 1nME.coli single-stranded DNA binding protein 5uM7 deaza-dGTP(for GC rich) 150uM with 50uM dGTP Taq Extender (stratagene) Perfect Match PCR Enhancer(stratagene) Q-solution(Qiagen) 要注意的是,DMSO,GLYCEROL等會(huì)抑制polymerase的活性,所以需要scouting出最適的濃度十二、Template DNA preparation提取DNA時(shí)的試劑會(huì)抑制PCR反應(yīng)的順利進(jìn)行。因此需要對(duì)TEMPLATE DNA進(jìn)行純化。特別是SDS(0.01%) 的情況下就能強(qiáng)烈抑制PCR的進(jìn)行?？梢约尤胍恍﹏onionic試劑，如Tween、Nonid、Trition之類(lèi)的反過(guò)來(lái)抑制SDS。還有proteinase K也要除干凈，不然會(huì)降解polymerase。十三、Nested PCR簡(jiǎn)單點(diǎn)說(shuō) 設(shè)計(jì)兩對(duì)引物，一對(duì)是長(zhǎng)的，一對(duì)是包含在長(zhǎng)引物內(nèi)的，用長(zhǎng)引物擴(kuò)增的產(chǎn)物作為第二次擴(kuò)增的模板，這樣可以增加產(chǎn)物的量。而且可以減少非特異性帶和錯(cuò)配的情況。增加PCR的保真性一、高保真酶高溫DNA POLYMERASE是以單鏈DNA或RNA為模板，在dNTP和一些陽(yáng)離子的存在情況下，在特定的引物指導(dǎo)下按3-5方向合成DNA。包括3種類(lèi)型1、5-3方向的DNA合成能力，沒(méi)有3-5方向的外切酶特性。如Taq及其突變體。這類(lèi)酶的合成能力強(qiáng)，因?yàn)樗患m正合成中出現(xiàn)的突變。2、與a類(lèi)似，有合成活性，沒(méi)有3-5的外切活性。但他們能以RNA為模板，合成DNA。如Tth DNA Polymerase。3、有DNA聚合活性，沒(méi)有逆轉(zhuǎn)錄