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文檔簡介

實驗五 進化樹分析,實驗目的 1.理解系統(tǒng)發(fā)育分析的基本原理 2.學會使用MEGA5.1軟件包構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。,實驗原理,系統(tǒng)發(fā)生樹（英文：Phylogenetic tree）又稱為演化樹（evolutionary tree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關系的樹。是一種親緣分支分類方法。（cladogram）。在樹中，每個節(jié)點代表其各分支的最近共同祖先，而節(jié)點間的線段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。,MEGA5可以識別fasta格式文件 將 17-RNASE1.fasta.txt 重命名為 17-RNASE1.fasta,選擇打開方式為MEGA5，打開17-RNASE1.fasta，自動跳出序列窗口 用ClustalW做多序列聯(lián)配,ClustalW參數(shù)設置,多序列聯(lián)配后結(jié)果,以.meg格式保存結(jié)果,回到MEGA主窗口 打開所保存的文件（.meg）,點擊按鈕打開文件窗口,顯示保守位點 顯示變異位點,回到MEGA主窗口構(gòu)建進化樹,當前打開的文件,選擇鄰接法建樹,選擇Bootstrap檢驗,作業(yè) 1.使用MEGA5.05軟件包構(gòu)建蛋白質(zhì)進化樹的具體使用順序，并寫出具體步驟。 2.以下面的序列為材料構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，并將進化樹抓圖。 附序列：花生SAM

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