科研公開課文獻精讀（一）

科研公開課：文獻精讀（第一節(jié)）講者：魏曉為南京醫(yī)科大學附屬南京醫(yī)院（南京市第一醫(yī)院）課程的目的分享文獻閱讀經(jīng)驗培養(yǎng)文獻閱讀理解能力鍛煉科研思路-文獻閱讀-科研思路的學習模式文獻綜述的學習與撰寫文獻閱讀的意義文獻專業(yè)知識科研知識科學思維學術視野告訴我們大家都在研究什么告訴我們還能做什么告訴我們怎么做文獻閱讀的常見問題閱讀文獻的三大問題：坐不住，記不住，想不開（摘自唐凌峰博客）坐不?。哼^量閱讀、疲勞閱讀。。。記不?。好つ块喿x、無中心閱讀想不開：缺乏科學思維文獻閱讀的層次絡

摘閱讀層次泛讀閱讀文獻的標題、摘要、前言、結論，判斷文獻是否與研究課題相關精讀與研究課題相關的文獻要精讀，精讀時需要思考一下幾點：論文解決了什么問題、研究現(xiàn)狀是什么、現(xiàn)實意義有哪些、解決問題時采用了什么方法、本研究有什么不足等閱讀總結自己學到了什么 自網(wǎng)科研思路的培養(yǎng)-泛讀到精讀泛讀-精讀貫穿科研的整個過程，一定是發(fā)現(xiàn)問題、論證問題、提出新問題的循環(huán)過程泛讀問題精讀論證問題文獻精讀的意義文獻精讀是指針對在文獻泛讀的基礎上提煉出來領域針對性強、內(nèi)容可信度高、參考價值高的一系列文獻，深入閱讀理解此類文獻的研究思路、方法及結果，以獲得有效的信息訓練、拓展自身的科研思維，指導課題的設計及文章的書寫。廣義的精讀精準、高效的檢索精確的閱讀精髓的領悟文獻精讀的基礎具有一定的英文基礎具有一定的文獻檢索能力過程即是鍛煉具有一定的科研思維能力具有一定的文獻閱讀方法文獻精讀-首先學會檢索英文文獻的檢索獲取文獻的效率文獻質(zhì)量的鑒別文獻檢索SCI(科學引文索引

)：(Science

Citation

Index,

SCI)是由美國科學信息研究所(ISI)1961年創(chuàng)辦出版的引文數(shù)據(jù)庫，其覆蓋生命科學、臨床醫(yī)學、物理化學、農(nóng)業(yè)、生物、獸醫(yī)學、工程技術等方面的綜合性檢索刊物。EI(工程索引

)：(Engineering

Index，EI),

由美國工程信息公司出版，報道工程技術各學科的期刊、會議論文、科技報告等文獻。ISTP(科技會議錄索引

)：(Index

to

Scientific

&Technical

Proceedings，ISTP)，由ISI出版，報導世界上每年召開的科技會議的會議論文。常用SCI檢索網(wǎng)站優(yōu)點：中文界面、涵蓋中文文獻數(shù)據(jù)庫、操作簡便、功能便利小功能豐富、但文章頁面信息有限，無法直接獲取作者及摘要信息常用SCI檢索網(wǎng)站PubMed(http://www./pubmed)是由美國國立醫(yī)學圖書館（National

Library

of

Medicine，NLM)

的國家生物技術信息中心（NationalCenterfor

BiotechnologyInformation，

NCBI)開發(fā)的一個以網(wǎng)絡為基礎的醫(yī)學文獻檢索系統(tǒng)PUBMED-科研人員的檢索首選資料全面：收錄從1948年至今80多個國家和地區(qū)37種文字的5400多種生物醫(yī)學期刊上的文獻；實時跟新：每日更新（周二到周六），每天增加約3000條完整記錄；文獻信息完善：PUBMED引文90%為英文文獻，79%有英文摘要生物信息查詢：提供與綜合分子生物學數(shù)據(jù)庫的鏈接與接入服務PUBMED文獻數(shù)據(jù)庫MedlineIn

Process

CitationsPublisher-Supplied

CitationsOldMedlineMEDLINEMEDLINE是PubMed的主體，文獻記錄均使用美國國立醫(yī)學圖書館的《醫(yī)學主題詞表》（MeSH）進行主題標引；MEDLINE內(nèi)容涉及臨床醫(yī)學、護理學、牙科學、獸醫(yī)學、衛(wèi)生保健和基礎醫(yī)學，其內(nèi)容已覆蓋了美國及其它70多個國家和地區(qū)的4,500余種期刊。MEDLINE所提供的在線檢索內(nèi)容只起始于1976年，

而早于60年代中期（1966）的引文條目，則可在NLM所提供的OLDMEDLINE服務在線檢索。IN

PROCESS

CITATIONS為加快報道速度，

1996年8月開始，

PubMed將尚未標引MeSH主題詞、文獻類型的最新文獻記錄先

存入臨時庫中，該庫中的記錄只具有簡單的書目信息和文摘、記錄標記為[PubMed-inprocess]，In

Process

Citations中的數(shù)據(jù)經(jīng)標引部門標引主題詞、文獻類型、GenBank獲取號等標引數(shù)據(jù)后加入到Medline數(shù)據(jù)庫之中。PUBLISHER－SUPPLIED

CITATIONS由出版商直接提供的電子版文獻，數(shù)據(jù)記錄末尾標注為[PubMed-as

supplied

by

publisher]。有些出版商允許

在網(wǎng)絡上提供正式出版前的文獻，刊登此文獻的雜志標注為[Epub

ahead

of

print]。這樣標記的數(shù)據(jù)，大部分進入“in-process”，經(jīng)過MeSH標引后再轉(zhuǎn)入“indexedfor

MEDLINE”。此外，還有少部分出版商提供的文獻不進行標引，保持[PubMed-as

supplied

by

publisher]標識或[PubMed]標識。OLDMEDLINE

OldMedline:收錄部分1966年以前出版且未被Medline收錄的文獻記錄，標識為[PubMed-OldMedline]。PUBMED主要可檢索字段AD(Affiliation

):ALL(All

Fields):AU(Author):DP(Publication

Date):EDAT(Entrez

Date):1AU(First

Author

Name):FAU(Full

Author

Name):LASTAU(Last

Author)IP(Issue):IS(ISSN):LA(Language):第一作者所屬單位和地址全部字段作者姓名出版時間錄入時間第一作者姓名作者姓名全稱(02年以后）

最后一個作者（通訊作者）

期號、部分號、增刊號國際標準刊號原文語種Journal

[TA]：MeSH

Major

Topic

[MAJR]：MeSH

Subheadings

[SH]：MeSH

Terms

[MH]：Title/Abstract

[TIAB]：TA(Journal

Title

Abbreviation):TW(Text

Words):VI(Volume):UID（PMID）：期刊名稱（含全稱、縮寫、ISSN號）MeSH主要主題詞，用*表示MeSH副主題詞MeSH主題詞

題目/摘要刊名縮寫文本詞卷號PubMed文獻唯一識別主題詞搜索在檢索式提問框中輸入一個或更多的詞，PubMed就會利用`

自動詞語匹配'功能將重要的詞或詞組用`AND'組合在一起進行檢索。在多個檢索詞間可使用布爾邏輯運算符“AND”、“OR”、“NOT”

，需注意的是，邏輯運算符須用大寫字母，邏輯運算符的優(yōu)先順序為從左向右的順序，可通過加括號提高運算的優(yōu)先級。對于輸入檢索框中未加標識的檢索詞，PubMed依次在下列詞表中查找匹配的內(nèi)容：MeSH

translation

tableJournals

translation

table

3.Full

Author

translation

table

4.Author

index5.Full

Investigator

(Collaborator)

translation

table

6.Investigator

(Collaborator)

indexMESH

TRANSLATION

TABLEMeSH為Medical

Subject

Headings的縮寫，是美國國立醫(yī)學圖書館編寫的醫(yī)學主題詞表)，MeSH注釋表包括MeSH詞、副主題詞、MeSH詞相關參照(也稱款目詞)、物質(zhì)名稱、物質(zhì)名稱

同義詞等。如果輸入的檢索詞在注釋表中發(fā)現(xiàn)有匹配的詞，

則該詞將被作為MeSH詞和自由詞(即text

word)同時進行檢索。例如，如果我們輸入Cancer，PubMed會按：(“Neoplasms［MeSH］OR

cancer［tw］)，Neoplasms是cancer的MeSH詞。如何了解MESH詞組/JOURNALS

TRANSLATION

TABLE包括期刊名全稱、期刊名MEDLINE縮寫、ISSN號。例

如，如果你輸入“NewEnglandJournalofMedicine”，

PubMed將按“N

Engl

J

Med［ta］”查詢。如果期刊名稱正好是醫(yī)學主題詞表(MeSH)中的詞，

PubMed會將其當作MeSH詞進行檢索。因此，在此種情況下應使用期刊名稱檢索字段標識［ta］。推薦使用期刊名稱全稱或MEDLINE縮寫形式檢索期刊。FULL

AUTHOR

TRANSLATIONTABLE/AUTHOR

INDEX輸入作者姓名時應采用姓+名(名的首字母縮寫，不用標點符號)的格式，PubMed將自動地截取作者姓名中名的首字母以適應不同的名縮寫。盡可能輸入作者全名通過Advanced

Search頁面中的“Search

Builder

”下拉列表選擇“Author”字段，在字段后的檢索框中輸入作者姓名，姓名的輸入具有自動完成屬性。作者檢索截詞檢索利用通配符<*>進行檢索，在詞的末尾加*號，PubMed

就會檢索出以該詞為詞根的所有詞，但不包括*號后有一個空格的詞組，譬如，infection*包括infections，但不包括infection

control。此外，截詞檢索將關閉自動詞語匹配功能，也不能進行擴展檢索。如：gastric

cancer*不會匹配MeSH詞，也不會擴展檢索相應文獻。特定內(nèi)容的檢索特定文獻檢索：單一文獻匹配檢索器（Single Citation Matcher）：

通過特定的條件（如期刊名、文獻的卷號、發(fā)表日期、文獻首頁頁碼等）快速地找到所需文獻批量文獻匹配檢索器（Batch

Citation

Matcher）：可對同一批文獻進行檢索，如檢索Science期刊2002年第一期雜志。檢索忽略/禁用詞表PUBMED

ADVANCED

SEARCH

BUILDER通過高級檢索頁面的“

PubMed

Advanced

SearchBuilder

”可以進行特定字段的限定檢索。通過選擇要檢索的字段，然后在檢索框中輸入檢索詞，再選擇“AND”、“OR”、“NOT”三種邏輯關系之一，即可將輸入的檢索詞在所選字段中檢索的策略以相應的邏輯關系加入到檢索框中。ADVANCED

SEARCHPUBMED的Advanced

Search頁面整合了多種對檢索有用的輔助功能，可實現(xiàn)如下操作：Searching

by

a

specific

fieldBrowsing

theindexoftermsCombining

searches

using

historyPreviewingthe

number

ofsearch

resultsDisplaying

the

search

detailsSearching

by

aspecific

fieldSgBROWSING

THE

INDEX

OF

TERMS通過“Builder”檢索框后面的“Show

index

list”選項可查詢在所有字段或某一特定字段中的索引，可以從索引中選擇一個或幾個詞來完善檢索策略。Index-通過“Builder”檢索框后面的“Show

index

list”選項可查詢在所有字段或某一特定字段中的索引，可以從索引中選擇一個或幾個詞來完善檢索策略。COMBINING

SEARCHES

USING

HISTORY點擊檢索式序號將彈出一選項菜單，提供的選項包括布爾邏輯操作符AND,OR,NOT,點擊相應的操作符菜單，將把該條檢索策略加入到檢索框中，并與檢索框中現(xiàn)有的檢索式進行選中的邏輯組配。除邏輯操作符外，彈出的選項菜單還提供如下選項：Delete

from

history:從檢索史中刪除該條檢索式Show

search

results:查看該條檢索策略的檢索結果Show

search

details:顯示該條檢索策略的具體執(zhí)行情況Savein

My

NCBI：在My

NCBI中保存該條檢索策略。DISPLAYING

THE

SEARCH

DETAILSDetails用于查看PubMed的檢索策略。即，在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對檢索策略進行編輯，然后再一次檢索。在PubMed

Query框內(nèi)顯示的是PubMed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結果的記錄總數(shù)，點擊這個數(shù)字，可回到檢索結果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細情況；Data

base區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User

Query

區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。根據(jù)文獻類型檢索點擊customize，可以自由選擇所需檢索的文章類型臨床文獻檢索：CLINICAL

QUERIES

PubMed在其臨床查詢頁面為臨床醫(yī)生提供如下特殊的PubMed檢索服務:?

Search

by

Clinical

Study

Category?

Finding

Systematic

Reviews?

Medical

Genetics

SearchesPUBMED-生物學信息庫PubMed還提供引文與其它數(shù)據(jù)庫的接入服務，與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接，來自第三方的生物學數(shù)據(jù)，序列中心的數(shù)據(jù)，提供與綜合分子生物學數(shù)據(jù)庫的鏈接與接入服務，這個數(shù)據(jù)庫歸NCBI所有，其內(nèi)容包括：DNA與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)、3D蛋白構象，

人類孟德爾遺傳在線等。RESOURCES合理運用BEST

MATCH優(yōu)點：可直接顯示與主題詞搜索契合度、權重最高的文獻缺點：檢索面相對不足人性化頁面可獲得詳細作者信息、單位信息可直接閱讀摘要可直接查閱數(shù)據(jù)圖表文獻的辨識快速獲取文獻信息文獻質(zhì)量篩選目標化閱讀綜述性文獻是指就某一時間內(nèi)，作者針對某一專題，對大量原始研究論文中的數(shù)據(jù)、資料和主要觀點進行歸納整理、分析提煉而寫成的論文。專題性強，涉及范圍較小具有一定的深度和時間性能反映出相關專題的歷史背景、研究現(xiàn)狀和發(fā)展趨勢精讀綜述可以在短時間內(nèi)獲取大量情報綜述性文獻綜述性文獻是科研初始第一步需要閱讀的資料。充分了解我們研究對象的現(xiàn)狀

—

避免重復勞動、走回頭路指導科研方向綜述閱讀要素：1、時間（三年以內(nèi)）、2、雜