實驗一 常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法課件

生物信息學(xué)實驗課件邢晉祎生命科學(xué)學(xué)院Copyright11實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗類型：基礎(chǔ)學(xué)時：321實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗課程須知1.實驗報告嚴(yán)禁抄襲或者copy，如果想copy，請盡量檢查清楚，不可以出現(xiàn)同姓名或同學(xué)號，或者5次報告同樣時間的愚蠢錯誤。2.盡量自己動手，將每次實驗認(rèn)真完成，當(dāng)然如果不做實驗，總是打游戲，聊qq，我也沒辦法，我只有一雙眼睛，你們有69人。3.請盡量利用實驗時間，盡量多學(xué)習(xí)，多鉆研，只要能夠點擊的地方都可以點擊，搞不明白的英語單詞，請使用有道詞典查詢。31實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗?zāi)康?.通過對生物信息學(xué)常用網(wǎng)站的瀏覽，熟悉生物信息學(xué)操作的基本內(nèi)容。2.了解生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫資源，掌握一級數(shù)據(jù)庫，二級數(shù)據(jù)庫，高級數(shù)據(jù)庫。3.熟悉Entrez－PubMed文獻(xiàn)檢索方法。41實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗材料計算機，網(wǎng)絡(luò)。51實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程一.常用網(wǎng)站1.NCBI：理解自然無聲但精妙的關(guān)于生命細(xì)胞的語言是現(xiàn)代分子生物學(xué)的要求。61實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法71實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程2.EBI：EMBL歐洲生物信息學(xué)研究所EBI分支，生物學(xué)數(shù)據(jù)庫和軟件資源。81實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法91實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法101實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程3.SCOP：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(SCOP)數(shù)據(jù)庫詳細(xì)描述了已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系。111實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法121實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法here131實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法141實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程4.PDB：蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。151實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法161實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程5.expasy：瑞士專家蛋白質(zhì)分析系統(tǒng)。由瑞士生物信息學(xué)研究所維護(hù)。提供序列、結(jié)構(gòu)和表達(dá)的鏈接，以及數(shù)據(jù)庫和軟件。171實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法181實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程二.數(shù)據(jù)庫1.一級數(shù)據(jù)庫（Primarydatabases）：Genbank數(shù)據(jù)庫、EMBL核酸庫和DDBJ數(shù)據(jù)庫；SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫、trEMBL數(shù)據(jù)庫、PDB數(shù)據(jù)庫等等。以文中粗體縮寫為關(guān)鍵詞在google搜索。191實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程2.二級數(shù)據(jù)庫（Secondarydatabases）：人類基因組圖譜庫GDB、真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫TRANSFAC、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)家族分類庫SCOP等等。以文中粗體縮寫為關(guān)鍵詞在google搜索。201實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程3.高級數(shù)據(jù)庫：PIR（ProteinInformation

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）以KEGG等。211實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程三.數(shù)據(jù)庫1.國際核酸序列數(shù)據(jù)庫GenBank(NCBI,美國國立生物技術(shù)信息中心)：EMBL(歐洲分子生物學(xué)實驗室的數(shù)據(jù)庫)：DDBJ(日本核苷酸數(shù)據(jù)庫)：221實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程2.DNA序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫BioSino(核酸序列公共數(shù)據(jù)庫)：TRANSFAC(真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫)：RepBase(真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫)：dbSTS(序列標(biāo)記位點數(shù)據(jù)庫)：dbEST(表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫)：dbGSS（基因組調(diào)查序列數(shù)據(jù)庫）231實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程3.基因組數(shù)據(jù)庫GDB(人類基因組數(shù)據(jù)庫)：euGenes(真核生物基因綜合知識庫)：241實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程4.蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT(無冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫)：PIR(蛋白質(zhì)信息資源庫)：OWL(復(fù)合蛋白序列數(shù)據(jù)庫)：251實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程5.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與分類數(shù)據(jù)庫PDB(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫)：PROSITE(Motif數(shù)據(jù)庫)：SCOP(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫)：CATH(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系分類數(shù)據(jù)庫)：261實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程6.疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫OMIM(人類孟德爾遺傳疾病數(shù)據(jù)庫)：GeneCards(人疾病相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫)：MTB(家鼠腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)庫)：271實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法實驗過程1.Entrez-pubmed檢索方法。NCBIPubMedLimitPreview/indexhistory281實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法291實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法301實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法311實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法321實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法331實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法2.中文、外文以及數(shù)字資源檢索途徑。數(shù)字圖書館外文生物期刊檢索中文生物期刊檢索實驗過程341實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法數(shù)字圖書館：超星數(shù)字圖書館：1993年北京世紀(jì)超星信息技術(shù)發(fā)展有限公司成立，致力于紙張圖文資料數(shù)字化技術(shù)及相關(guān)應(yīng)用與推廣。2000年1月超星數(shù)字圖書館在互聯(lián)網(wǎng)上正式開通；網(wǎng)址：PQDD(ProQuestDigitalDissertations)

是美國UMI公司出版的博碩士論文數(shù)據(jù)庫，收錄歐美1000余所大學(xué)的160多萬篇學(xué)位論文，是目前世界上最大和最廣泛使用的學(xué)位論文數(shù)據(jù)庫。PQDD具有以下特點：

1.收錄年代長，PQDD從1861年開始收錄，迄今已有130多年的數(shù)據(jù)積累。

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ElsevierSpringer-link361實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法中文生物期刊檢索cnki(中國學(xué)術(shù)期刊網(wǎng))-中國學(xué)術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫（CJD）VIP(重慶維普)-中文科技期刊全文數(shù)據(jù)庫(維普數(shù)據(jù))wanfang(萬方數(shù)據(jù))371實驗一常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫檢索方法思考題1.將你所瀏覽的網(wǎng)址匯總寫入實驗報告并將實驗報告打印，保存好。2.寫出pubmed所查詢的分子名稱以及查詢結(jié)果的中的一個文獻(xiàn)的abstract。要求題目中含有