TCROPSSC 010-2024 野生稻基因型（SNP）鑒定規(guī)范

本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導則第1部分：標準化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的1野生稻基因型（SNP）鑒定規(guī)范NY/T2594植物品種鑒定DNA分子標記法總則微效等位基因頻率minorallelefre2在DNA測序過程中為每個測序堿基分配的質(zhì)量分數(shù)。這個分數(shù)用于表示每個測序堿基的測序可靠4鑒定前準備4.1樣品制備），小約為22kb~23kb，以確認DNA降解水平較低，點樣孔4.2.2取均勻混合后的DNA樣品2μL，使用ThermoScientifi樣品純度，儀器應未提示有嚴重污染物，1.8＜A260/A280≤2.0，2.0＜4.2.3使用InvitrogenQubi4.3文庫構(gòu)建4.3.1將檢驗合格的DNA樣品通過超聲波破碎機進行片段化，采用TruSeqDNALibraryPr5基于高通量測序的基因型鑒定將構(gòu)建好的文庫提交第二代測序平臺（Illumine和BGI高通量測序平臺）進行雙端高通量測序。高通量測序得到的原始圖像數(shù)據(jù)文件，經(jīng)CASAVA堿基識別（BaseCalling）分析轉(zhuǎn)化為原始測序序列（SequencedReads），結(jié)果以FASTQ（fq）文件格式存儲，其中包含測序序列（reads）的序列信息以及其對應的測序質(zhì)量信息。每個樣本平均測序深度達到10×。3按下列條件對rawreads進行過濾和質(zhì)控，獲得高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)（cle——使用FastQCv0.12.1軟件——使用fastpv0.23.4對單端測序r——使用FastQCv0.12.1軟件，修剪末端polyG，并去除長度小于30nt的片段。6.2.1使用BWAv07.15軟件（參數(shù)：bwamem-T4-K32-M6.2.2使用samtoolsv16.2.3使用picardv2.18.7軟件markduplicat6.2.4使用GATKv4.5.0軟件中BaseR6.2.5使用GATKv4.5.0軟件中HaplotypeCalle6.2.6使用GATKv4.5.0軟件中CombineGVCFs和Genotyp——測序深度大于4；——缺失率小于0.2；Q=–10×log10(P)P——當該堿基未被錯誤識別時，在該位置上讀取到的堿基含量百分比。7.1利用CoreSNP軟件篩選出對野生稻品種鑒別力較高(特有)的核心SNP標記集，并將每個SNP位點基因型分別用0、1、2三個數(shù)字表征，該SNP位點與參考基因組堿基類型因組堿基類型不同記為1,雜合位點記為2。以具有30個核心SNP標記集的品種為例，該品種的指紋7.2按NY/T2594的要求，將每份資源每個位點的DNA指紋(基因型)進行編碼和可視化。結(jié)合品