動(dòng)物遺傳分析

陸生動(dòng)物部加拿大食品檢測(cè)機(jī)構(gòu)TerrestrialAnimalHealthDivisionAnimalProductsDirectorateCanadianFoodInspectionAgency動(dòng)物遺傳資源進(jìn)口風(fēng)險(xiǎn)分析動(dòng)物遺傳資源進(jìn)口風(fēng)險(xiǎn)分析釋放和暴露評(píng)估

活動(dòng)物

精液

胚胎2釋放和暴露評(píng)估活動(dòng)物對(duì)進(jìn)口活動(dòng)物作為遺傳材料情形，分組或年度采用三個(gè)表達(dá)式，以便估計(jì)所有進(jìn)口動(dòng)物試驗(yàn)陰性，但至少有一個(gè)受感染的動(dòng)物的條件概率。通常由于疾病流行率很低，診斷試驗(yàn)不完善，以及要排除引進(jìn)外來(lái)疾病后果可能昂貴的代價(jià)，要反復(fù)進(jìn)行診斷試驗(yàn)（M=2，3，4次試驗(yàn)或更多）以便提高檢測(cè)到感染動(dòng)物的概率。這些可以是相同診斷試驗(yàn)的重復(fù)，也可以是不同試驗(yàn)的組合。3活動(dòng)物對(duì)于大多數(shù)傳染病，一旦進(jìn)口動(dòng)物完成檢疫，暴露的可能就被理解為100％，除非是病媒傳染疾病、或進(jìn)口的動(dòng)物永久隔離、立即宰殺或送到動(dòng)物園，則情況有所不同。成批進(jìn)口時(shí)，要考慮分組進(jìn)口符合進(jìn)口國(guó)的需求，否則要考慮每年有多少動(dòng)物要進(jìn)口。

釋放和暴露評(píng)估4活動(dòng)物三個(gè)表達(dá)式中的第一個(gè)用于:共進(jìn)口n個(gè)單個(gè)動(dòng)物,每個(gè)都進(jìn)行m次相同的診斷試驗(yàn),敏感性為s,特異性為t。我們假定每個(gè)單獨(dú)的動(dòng)物i可能來(lái)自不同的群體，它的具體流行率為pi.因此所有試驗(yàn)陰性中，至少有一個(gè)感染動(dòng)物的概率是： (1)其中qi=(1-pi).這個(gè)表達(dá)式需要估計(jì)出口國(guó)或區(qū)動(dòng)物流行率pi，及其診斷試驗(yàn)的敏感性s,特異性t。釋放和暴露評(píng)估5活動(dòng)物流行率輸入：pi

=(1-qi)=感染流行率(Gamma(2,0.0000063))駝科動(dòng)物的流行率等于出口國(guó)牛存欄中所估計(jì)的流行感染數(shù)。釋放和暴露評(píng)估6活動(dòng)物流行率輸入：釋放和暴露評(píng)估7活動(dòng)物敏感性輸入s=試驗(yàn)的敏感性(Beta(27,10)試驗(yàn)敏感性Beta分布參數(shù)基于對(duì)自然感染和人工感染的駝?lì)悜?yīng)用結(jié)核菌素試驗(yàn)進(jìn)行檢測(cè)時(shí),使用在腋窩下進(jìn)行皮試的方法。這三項(xiàng)研究的資料表明，35只羊駝中的26只腋窩下進(jìn)行皮試檢測(cè)陽(yáng)性。統(tǒng)計(jì)學(xué)上該計(jì)算敏感性估計(jì)值0.74,95%置信度的區(qū)間0.56到0.87。釋放和暴露評(píng)估8活動(dòng)物敏感性投入進(jìn)口荷蘭的羊駝診斷感染牛分枝桿菌后突然死亡。

同一地點(diǎn)的其他12只羊駝所到之處做的比較結(jié)核菌素皮膚試驗(yàn)為陰性(Dinklaetal.1991)。前腿后面重復(fù)的皮膚試驗(yàn)結(jié)果是10只動(dòng)物中有2只呈陽(yáng)性反應(yīng)。ELISA試驗(yàn)10只動(dòng)物有7只為陽(yáng)性。后來(lái)發(fā)現(xiàn)所有10只動(dòng)物組織培養(yǎng)都感染了牛分枝桿菌(Stevens1990)。釋放和暴露評(píng)估9活動(dòng)物敏感性輸入在阿根廷所作的項(xiàng)目中評(píng)價(jià)在美洲駝（llamas）中使用結(jié)核菌素試驗(yàn)（tuberculintest），24只駝吸入牛型結(jié)核菌感染，劑量通常感染牛所用的十分之一。其中4只死亡，有幾只用一種抗結(jié)核藥異煙肼（Isoniazid）進(jìn)行治療。評(píng)價(jià)試驗(yàn)是腋后、頸中部和耳皮層結(jié)核菌素試驗(yàn)，用USDA和PAHO結(jié)核菌素PPD。頸中部和耳皮層試驗(yàn)比腋后試驗(yàn)容易測(cè)量。所有美洲駝對(duì)不同皮層試驗(yàn)的反應(yīng)≥5mm。(VanTiemetal.1995).釋放和暴露評(píng)估10活動(dòng)物敏感性輸入Stevens等(1996)做了一次研究，用牛分支桿菌試驗(yàn)感染6只美洲駝，注射0.2ml牛結(jié)核菌素PPD后，腋下來(lái)測(cè)量皮層試驗(yàn)反應(yīng)。感染后(PI)80天，5只存活的中4只美洲駝對(duì)結(jié)核菌素試驗(yàn)有反應(yīng)(6只中有1只在感染后68天死亡)，在感染后（PI）142天，3只存活的中全部對(duì)結(jié)核菌素試驗(yàn)產(chǎn)生反應(yīng)(另2只在此次試驗(yàn)前死亡)。釋放和暴露評(píng)估11活動(dòng)物t=試驗(yàn)的特異性(最大值為1.0)m=試驗(yàn)次數(shù)=2n=動(dòng)物數(shù)量(50,100,200)如果3年大約有14次許可進(jìn)口駝科動(dòng)物297只，三年之內(nèi)進(jìn)口的駝科動(dòng)物分別為50，100和200。釋放和暴露評(píng)估12活動(dòng)物在許多情況下，動(dòng)物以群來(lái)進(jìn)口，每群在出口國(guó)來(lái)源于一個(gè)特定的畜群。這樣的話，上述的表達(dá)式需要被擴(kuò)展和改進(jìn)。假設(shè)動(dòng)物來(lái)源國(guó)或地區(qū)的畜群流行率為ph,動(dòng)物總數(shù)為n

，來(lái)自k

畜群:那么進(jìn)口的動(dòng)物是n=n1

+n2+...+nk

。

ni

是來(lái)自i畜群，其流行率為pa(i).

釋放和暴露評(píng)估13活動(dòng)物如果對(duì)所以動(dòng)物進(jìn)行同樣的試驗(yàn)m

次，所有的試驗(yàn)都是陰性的話，那么至少有一只動(dòng)物為感染的可能性:

(2)這里qh=1-ph,qa(i)=1-pa(i),s

和t

分別是診斷試驗(yàn)的敏感性和特異性。釋放和暴露評(píng)估14活動(dòng)物因此，表達(dá)式(2)要求評(píng)估出口國(guó)或區(qū)的畜群和畜群內(nèi)部流行率，診斷試驗(yàn)的敏感性和特異性,每群動(dòng)物的數(shù)量,選擇并被進(jìn)口的每年或動(dòng)物群的數(shù)量。釋放和暴露評(píng)估15活動(dòng)物更普遍的情況是，不是相同的試驗(yàn)進(jìn)行m

次,而是對(duì)每個(gè)動(dòng)物用不同的m次診斷試驗(yàn)。在這種情況下，假設(shè)第j次診斷試驗(yàn)，其敏感性和特異性分別為sj

和

tj,，如果其他量和表達(dá)式(2)中完全一致,

如果所以的檢測(cè)結(jié)果是陰性，那么至少有一只感染動(dòng)物的可能性是： (3)在此三個(gè)模式中,分析的單位是個(gè)體動(dòng)物。釋放和暴露評(píng)估16精液此模型表達(dá)采集自人工受精中心的公豬的豬精液的進(jìn)口，所關(guān)注的可能性是每年精液批中至少有一批感染。分析的單位是精液批為單位。釋放和暴露評(píng)估17精液 (4)在此ph=(1-qh)是人工受精中心的感染流行率,pa=(1-qa)是動(dòng)物感染流行率,k

代表每年精液的批數(shù),n代表每個(gè)受精中心供精動(dòng)物的數(shù)量,m代表每批精液供精的受精中心的數(shù)量，P(I≥1)是每年進(jìn)口至少一批感染精液的概率。釋放和暴露評(píng)估18釋放評(píng)估情景樹(shù)開(kāi)始于進(jìn)口潛伏感染古典豬瘟(CSF)病毒的公豬精液事件公式里：ph=(1-qh)=受精中心感染流行率pa=(1-qa)=動(dòng)物感染流行率k=每年精液進(jìn)口批次n=每個(gè)受精中心供精的動(dòng)物數(shù)量m=提供每批精液的受精中心的數(shù)量I=感染的精液批次數(shù)P(I

1)=每年至少進(jìn)口一批感染精液的概率

0=每年進(jìn)口的精液批數(shù)

(k)來(lái)源于

m

受精中心并由n

供體動(dòng)物提供

0

0=最初的頻率=支點(diǎn)f1-f2=模型輸入S1-S3=風(fēng)險(xiǎn)情景X=最終狀態(tài)(1-f1)f1感染受精中心或中心的流行率為phXS1(1-f2)f2感染供體動(dòng)物或供體動(dòng)物流行率paXS2XS3模型釋放和暴露評(píng)估19精液發(fā)病率（Incidence）-由Beta分布表示在CSF零爆發(fā)的27個(gè)批準(zhǔn)的精液中心的發(fā)病率。在沒(méi)有被檢測(cè)感染期間-從感染到被檢測(cè)到的天數(shù)的BetaPert分布。此分布參數(shù)最小值是7天，一般參數(shù)值是10天，最大值是21天。此參數(shù)值是通過(guò)該區(qū)域CSF監(jiān)測(cè)和保護(hù)區(qū)之外的地區(qū)暴發(fā)CSF的次數(shù)獲得。釋放和暴露評(píng)估20精液ph–所得到的畜群或精液中心CSF感染的流行率是精液中心CSF感染率和沒(méi)有被檢測(cè)期間的天數(shù)的乘積。結(jié)果的分布用0.0024上限去頂。這個(gè)值代表99.9%的似然函數(shù)的畜群流行率上限，是以27個(gè)無(wú)CSF的精液中心3年的觀測(cè)為基礎(chǔ)。ph

通過(guò)濾除計(jì)算模似并用0.0024值作為最大流行率去頂。pa–畜群之內(nèi)的流行率用BetaPert分布表示，參數(shù)值最小5%,一般是15%，最大值是40%.釋放和暴露評(píng)估21釋放和暴露評(píng)估精液22釋放和暴露評(píng)估精液23精液n–每個(gè)精液中心采集的公豬數(shù)量，以10為單位。m–每批精液中每個(gè)精液中心提供的數(shù)量，以1為單位。k–每年精液批數(shù)，以10為單位。釋放和暴露評(píng)估24胚胎進(jìn)口豬胚胎所用模型如下表示(表達(dá)式5)。情景樹(shù)代表從感染特定病原的畜群的豬精液的采集和進(jìn)口(f1),畜群沒(méi)有被檢測(cè)到感染(1-f2),胚胎供體豬感染(f3),胚胎供體豬沒(méi)有被檢測(cè)到感染

(1-f4),the供體胚胎透明帶（zonapellucida）完整(f5)或不完整(1-f5),在供體胚胎加工過(guò)程中沒(méi)有滅活病原(1-f6)和(1-f7).釋放和暴露評(píng)估25(1-f1)f1(1-f2)f2(1-f3)f3

0(1-f7)f7(1-f6)f6(1-f5)f5XS1XS2XS3XS4XS5XS6XS7XS8被感染的畜群或畜群流行率ph發(fā)現(xiàn)的畜群感染(1-f4)f4胚胎供體動(dòng)物被感染發(fā)現(xiàn)動(dòng)物被感染Zonapelucida完整CSF病毒被滅活

0=豬胚胎數(shù)量(m),

來(lái)源n

動(dòng)物數(shù)量來(lái)源于k

畜群

0=最初頻率=枝點(diǎn)f1-f7=模型輸入S1-S8=風(fēng)險(xiǎn)情景X=最終狀態(tài)釋放評(píng)估情景樹(shù)來(lái)源于進(jìn)口潛伏感染古典豬瘟(CSF)病毒事件-描述所關(guān)注的S5

和S7情景路徑釋放和暴露評(píng)估胚胎26胚胎 (5)這里k來(lái)源畜群的數(shù)量，n代表供胚胎的