廣西鴨圓環(huán)病毒遺傳變異分析及Cap蛋白的原核表達(dá)的開(kāi)題報(bào)告

廣西鴨圓環(huán)病毒遺傳變異分析及Cap蛋白的原核表達(dá)的開(kāi)題報(bào)告一、研究背景及意義廣西鴨圓環(huán)病毒是一種常見(jiàn)的家禽疫病，該病毒可引起鴨隨著季節(jié)的變化，安靜地發(fā)生和爆發(fā)。廣西鴨圓環(huán)病毒的流行嚴(yán)重威脅著我國(guó)廣西鴨類養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展，對(duì)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和社會(huì)經(jīng)濟(jì)產(chǎn)生了不利影響。因此，對(duì)廣西鴨圓環(huán)病毒的變異情況和Cap蛋白原核表達(dá)進(jìn)行深入研究，有助于我們深入了解該病毒的流行規(guī)律和危害特點(diǎn)，為實(shí)現(xiàn)病毒的有效防治提供了重要的理論和實(shí)踐基礎(chǔ)。二、研究目的及內(nèi)容本研究旨在從遺傳變異和分子生物學(xué)兩個(gè)角度入手，探討廣西鴨圓環(huán)病毒的遺傳變異情況及Cap蛋白的原核表達(dá)，并進(jìn)一步探討它們對(duì)病毒生物學(xué)特性的影響。具體內(nèi)容如下：（1）收集廣西鴨圓環(huán)病毒病例標(biāo)本，提取病毒RNA，構(gòu)建文庫(kù)，通過(guò)下一代測(cè)序技術(shù)，分析廣西鴨圓環(huán)病毒的遺傳變異情況。（2）挑選不同變異情況的廣西鴨圓環(huán)病毒Cap蛋白的開(kāi)放閱讀框序列，進(jìn)行分子克隆和原核表達(dá)，利用Westernblotting技術(shù)進(jìn)行鑒定。（3）通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬等手段，探討不同變異的Cap蛋白在構(gòu)象、空間結(jié)構(gòu)和親和性方面的差異。三、研究方法及步驟（1）標(biāo)本收集及RNA提取：收集廣西地區(qū)鴨圓環(huán)病毒感染的病死動(dòng)物組織標(biāo)本，提取其中的病毒RNA，并通過(guò)反轉(zhuǎn)錄技術(shù)制備cDNA。（2）文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序：將cDNA片段通過(guò)PCR擴(kuò)增，構(gòu)建成文庫(kù)，利用IlluminaHiSeq2500測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序。（3）數(shù)據(jù)分析：采用Trimmomatic軟件清理測(cè)序數(shù)據(jù)，利用SOAPdenovo2軟件拼接成完整的基因組序列，采用基因組注釋工具軟件對(duì)基因進(jìn)行注釋，進(jìn)一步分析鴨圓環(huán)病毒的遺傳變異情況。（4）Cap蛋白分子克隆及原核表達(dá)：從文庫(kù)中挑選Cap蛋白序列，進(jìn)行分子克隆及原核表達(dá)，利用Ni-NTA柱純化蛋白。（5）分子鑒定：利用Westernblotting技術(shù)鑒定蛋白表達(dá)情況。（6）計(jì)算機(jī)模擬：通過(guò)生物信息學(xué)、分子模擬等手段，分析不同變異的Cap蛋白在構(gòu)象、空間結(jié)構(gòu)和親和性方面的差異。四、預(yù)期研究成果（1）通過(guò)遺傳變異分析，得到廣西鴨圓環(huán)病毒的遺傳變異情況及分類特點(diǎn)。（2）成功分子克隆了廣西鴨圓環(huán)病毒的Cap蛋白，并進(jìn)行原核表達(dá)，證明其可表達(dá)。（3）利用Westernblotting技術(shù)能鑒定Cap蛋白表達(dá)情況，為后續(xù)實(shí)驗(yàn)提供保障。（4）通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬預(yù)測(cè)出不同變異的Cap蛋白在構(gòu)象、空間結(jié)構(gòu)和親和性方面的差異，為深入研究其生物學(xué)特性提供理論基礎(chǔ)。五、研究進(jìn)度計(jì)劃預(yù)計(jì)研究時(shí)間為兩年，貫穿2019年至2021年。其中，各階段的工作安排如下：（1）2019年6月至2019年12月：文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序，遺傳變異分析。（2）2020年1月至2020年6月：Cap蛋白分子克隆及原核表達(dá)。（3）2020