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文檔簡介
ICS11.220
B41
備案號:62083-2019DB21
遼寧省地方標準
DB21/T3054—2018
犬巴貝斯蟲熒光定量PCR檢測方法
DetectionoffluorescentquantitationPCRforBabesiacanis
DB21/T3054—2018
前言
本標準按照GB/T1.1—2009給出的規(guī)則起草。
本標準由遼寧省畜牧獸醫(yī)局提出并歸口。
本標準起草單位:遼寧省動物疫病預防控制中心、遼寧省動物醫(yī)學研究院。
本標準主要起草人:高志峰、張才、楊國麗、鄧文超、張健、馬建山、高原、蘭德松。
II
DB21/T3054—2018
犬巴貝斯蟲熒光定量PCR檢測方法
1范圍
本標準規(guī)定了犬巴貝斯蟲的熒光定量PCR檢測方法的技術要求,包含規(guī)范性引用文件、縮略語、原
理、儀器和器材、試劑和引物、樣品的采集和前處理、操作步驟、檢測過程中防治交叉污染的措施、廢
棄物處理等。
本標準適用于在生物安全Ⅱ級(BSL-2)以上的實驗室進行全血液樣品中犬巴貝斯蟲核酸的檢測,
適用于犬巴貝斯蟲病的確診及流行病學調(diào)查。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對于本文件的應用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅所注日期的版本適用于本文
件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本文件。
GB19489實驗室生物安全通用要求
GB/T19495.2轉基因產(chǎn)品檢測實驗室技術要求
中華人民共和國農(nóng)業(yè)部公告2003年第302號《獸醫(yī)實驗室生物安全技術管理規(guī)范》
中華人民共和國農(nóng)業(yè)部公告2017年第25號《病死及病害動物無害化處理技術規(guī)范》
3縮略語
該部分對本技術規(guī)范中用到的縮略語進行了注解:
DNA:脫氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid)
bp:堿基對(basepair)
PCR:聚合酶鏈式反應(polymerasechainreaction)
dNTP:脫氧核糖核苷三磷酸(Deoxy-ribonucleosidetriphosphate)
Taq酶:ExTaqDNA聚合酶(TaqDNApolymerase)
TAE:三羥甲基氨基甲烷-乙酸電泳緩沖液(Trisacetate-EDTAbuffer)
4原理
巴貝斯蟲病是指由巴貝斯科的原蟲所引起的一種梨形蟲病,主要以侵害家畜的紅細胞為特征的血液
原蟲病。犬巴貝斯蟲病是一種經(jīng)硬蜱傳播的血液原蟲病,臨床上以嚴重貧血、高熱、黃疸、呼吸困難為
特征。根據(jù)犬巴貝斯蟲(Babesiacains,B.canis)裂殖子基因序列設計一對引物,在DNA聚合酶催化
下,以母鏈DNA為模板,以引物為延伸起點,通過變性、退火和延伸,體外復制出與母鏈模板DNA互補的
子鏈DNA。
5儀器和器材
1
DB21/T3054—2018
5.1低溫高速離心機(最大離心力12000rpm).
5.2冰箱:4℃±1℃冰箱,-20℃±1℃冰箱,-70℃±1℃冰箱。
5.3生物安全柜。
5.4熒光PCR擴增儀。
5.5分析天平。
5.6離心管:1.5ml離心管和0.2mlPCR專用離心管。
5.7微量可調(diào)移液器:1000μl,200μl,100μl,50μl,20μl,10μl,2μl。
6試劑和引物
注:本技術規(guī)范中使用的試劑,除另有說明外,所有實驗使用的試劑等級均為不含RNA或RNase的分
析純或生化試劑;所有試劑均用無菌的容器分裝。
6.15mMol/L的Tris/HCl(pH7.5~8.0)
6.2滅菌雙蒸水
6.370%乙醇
6.4犬巴貝斯蟲陽性對照組基因
6.5特異性引物:
正向引物:5’-TGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTG-3’
反向引物:5’-TCCATGCTGAAGTATTCAAGACACA-3’。
6.6基因組DNA純化試劑盒100次、購自TaKaRa公司,常溫保存
6.7熒光定量試劑盒FastStartUniversalSYBRGreenMaster(ROX)。產(chǎn)品在-15至-25℃條件下可穩(wěn)定
存放至標簽上的有效期之前。若存放于2~8℃條件,僅可短期儲存不超過1個月。
7樣品的采集和前處理
7.1于犬前肢臂頭靜脈取300μl抗凝血,4℃保存,4h內(nèi)使用全血基因組DNA提取試劑盒提取DNA。將
獲得的DNA放置﹣20℃保存。
7.2采樣時避免接觸血液,盡量使用一次性采血針及配套采血管(EDTA,2Na-EDTA,肝素均可)采血。
7.3采集或處理的樣品在2~8℃條件下保存應不超過24h;若需長期保存,應放置-70℃冰箱,但應避
免反復凍融(凍融不超過3次)。采集的樣品密封后,采用保溫壺或保溫桶加冰密封,在6~8h之內(nèi)運送
到實驗室。
7.4按照《獸醫(yī)實驗室生物安全技術管理規(guī)范》進行樣品的生物安全標識。
8操作步驟
8.1全血基因組的提取
8.1.1按處理血液樣品數(shù)準備1.5ml離心管,并各加入GenTLESolutionI500μl。
8.1.2把混合均勻的100μl血液,加入到分裝好的GenTLESolutionI的離心管中,立即振蕩數(shù)秒鐘。
不管處理多少樣品,血液加入到GenTLESolutionI中,要立即進行振蕩混合,否則有可能降低收取
的DNA量。
2
DB21/T3054—2018
8.1.3室溫放置10min以上,然后在室溫條件下12000rpm離心5min。離心時,請注意離心管在離心
機里的擺放方向要統(tǒng)一,離心管的小耳朵朝上。此時幾乎看不到DNA沉淀。若離心溫度低,會對收取的
DNA量和純度有影響,請于20℃以上離心。
8.1.4用移液器小心除去管中溶液,此時沉淀看不清,緊貼在離心管外側(帶小耳朵一側)的內(nèi)壁上,
除去溶液時,請一定注意微量移液器吸頭不要碰到離心管外側的內(nèi)壁,插到離心管內(nèi)側的底部,注意不
要吸走沉淀物。
8.1.5加入1ml的GenTLESolutionII。此時GenTLESolutionII應沿著離心管內(nèi)側的內(nèi)壁加入到
離心管中。特別注意操作步驟4(除去GenTlESolutionI和血液混合物)以及操作步驟10(除去GenTLE
SolutionIII和異丙醇混合物)的實驗操作特別重要,請嚴格按操作方法進行。
8.1.6輕柔地上下顛倒離心管數(shù)次,室溫12000rpm以上離心2min,用微量移液器小心地除去上清溶
液(方法參見實驗操作4)。劇烈振蕩將影響收量和純度。
8.1.7向離心管中加入GenTLESolutionIII500μl,輕微振蕩10s充分混合。
8.1.8室溫12000rpm離心5min,把上清溶液移至另一個新的離心管中。
8.1.9加入等體積(約500μl)的異丙醇,輕柔地上下顛倒數(shù)次,均勻混合。
8.1.104℃、12000rpm離心5min,小心除去上清溶液。GenTLESolutionIII中含有影響酶反應
的物質(zhì),所以一定要除凈上清溶液,但應注意不要吸走沉淀。
8.1.11加入1ml的70%乙醇清洗沉淀,4℃、12000rpm離心5min,小心地除去上清溶液(方法參見4)。
8.1.12干燥沉淀。因為該方法提取的DNA較大,完整性好,所以請一定不要干燥過度。Tube(離心管)
中看不到有明顯的液體或沒有乙醇氣味后,就可以加入TE進行溶解。如果沉淀已經(jīng)變白,說明干燥過度,
此時加入TE,可能沉淀不能完全溶解,DNA的收量可能會受到影響。
8.1.13根據(jù)下一步實驗需要,用10~50μl適當?shù)?mMol/L的Tris/HCl(pH7.5~8.0)溶解沉淀。
8.2熒光定量PCR的方法
8.2.1冰上操作。
8.2.2準備0.2mlTube若干(數(shù)目為樣品數(shù)目+2)。
8.2.3向每個管中加入
(1)2×SYBRMasterMix10.0μl;
(2)20μmol/l正反向引物各0.1μl;
(3)去離子水7.8μl;
(4)樣品2μl,其中2個管分別加入2μl滅菌雙蒸水和2μl陽性對照基因。
8.2.4震蕩混勻后使用離心機離心,此時拿出Tube時應小心不可以讓聚集在管底的液體彈起。
8.2.5放入熒光定量PCR儀,反應條件為:95℃3min,95℃15s,60℃60s,72℃30s,35個循環(huán)。
8.2.6熒光定量PCR反應結束后,從熒光定量PCR儀直接調(diào)取熒光定量PCR溶解曲線數(shù)據(jù),進行溶解曲線
分析。
8.3結果判定
當樣品的熒光定量PCR溶解曲線數(shù)據(jù)與陽性對照一致為有規(guī)律的擴增曲線,而空白組(即雙蒸水組)
無擴增曲線時,則樣品為檢測陽性樣品;若當樣品的熒光定量PCR溶解曲線數(shù)據(jù)與空白組(即雙蒸水組)
一致無擴增曲線,而陽性對照可見有規(guī)律的溶解曲線,則樣品為檢測陰性樣品。
9檢測過程中防止交叉污染的措施
按照GB/T19495.2的規(guī)定執(zhí)行。
3
DB21/T3054—2018
10廢棄物處理
按照GB19489的規(guī)定執(zhí)行。
_________________________________
4
DB21/T3054—2018
目次
前言..............................................................................II
1范圍................................................................................1
2規(guī)范性引用文件......................................................................1
3縮略語..............................................................................1
4原理................................................................................1
5儀器和器材..........................................................................1
6試劑和引物..........................................................................2
7樣品的采集和前處理..................................................................2
8操作步驟............................................................................2
9檢測過程中防止交叉污染的措施........................................................3
10廢棄物處理.........................................................................4
I
DB21/T3054—2018
目次
前言..............................................................................II
1范圍................................................................................1
2規(guī)范性引用文件...............................................................
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