生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫-遵義醫(yī)學(xué)院珠海校區(qū)

生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫序列數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的種類圖譜數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)庫文獻數(shù)據(jù)庫

專業(yè)雜志生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的查找方法專門數(shù)據(jù)庫目錄的網(wǎng)站

著名的生物信息學(xué)中心參見教材p227--p242NCBI數(shù)據(jù)庫組織一、NCBI中的生物信息數(shù)據(jù)庫

1）、PubMed：生物醫(yī)學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫2）、Nucleotide：核酸序列數(shù)據(jù)庫3）、Proteinsequencedatabase：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫4）、Senome：大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫5）、Genome：完整的基因組數(shù)據(jù)6）、PopSet：人口研究數(shù)據(jù)集7）、OMIM：人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫8）、Taxonomy：

Genbank中的物種分類學(xué)數(shù)據(jù)庫9）、Structure：分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫10）、SNP：單核苷酸多肽性數(shù)據(jù)庫11）、Books：在線生物醫(yī)學(xué)圖書所有數(shù)據(jù)庫例：在Nucleotide核酸數(shù)據(jù)庫中檢索牛冠狀病毒的序列信息。牛冠狀病毒bovinecoronavirusNucleotide核苷酸數(shù)據(jù)庫bovinecoronavirus本庫利用本庫工具其它資源核苷酸數(shù)據(jù)庫序列來源于GenBank中的RefSeq，TPA和PDB?；蚪M，基因和轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù)為生物醫(yī)學(xué)研究和發(fā)現(xiàn)的基礎(chǔ)。牛冠狀病毒全基因組結(jié)果分類按數(shù)量多少列出的生物類別序列存儲號存儲號、定義、入口、版本、來源等詳細描述不同庫的顯示格式FASTA格式顯示全序列Graphics格式DisplaySetting

顯示格式Sendto保存格式二、序列相似性搜索工具是用來查找序列之間的同源序列的工具，可以明確序列之間相似性的大小。BLAST：美國NCBI（國家生物技術(shù)信息中心）支持。

FASTA：是英國EBI（生物信息研究所）負責(zé)維護。BLAST：堿基局部對準檢索工具

BasicLoculAlignmentSearchTool

可進行核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列方面的同源性分析，能在8秒內(nèi)在整個DNA數(shù)據(jù)庫中進行序列比較。入口不同項目的檢索最近檢索結(jié)果檢索策略保存幫助檢索物種分類在核苷酸數(shù)據(jù)庫中檢索核苷序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中檢索蛋白質(zhì)序列用翻譯的核苷酸序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中檢索用蛋白質(zhì)序列在翻譯的核苷酸數(shù)據(jù)庫中檢索用翻譯過來的核苷在核苷翻譯庫中檢索用法學(xué)習(xí)檢索方法例：對“人胰島素cDNA序列”進行相似性分析步驟：先檢索出cDNA核苷酸序列用FASTA格式顯示將FASTA格式全選后粘貼于BLAST檢索框中選擇分析用的數(shù)據(jù)庫點擊BLAST進行比較序列存貯號描述說明序列檢索框：用來粘貼FASTA格式可限定對比起始位置，長度人類基因庫老鼠基因庫其他數(shù)據(jù)庫粘貼FASTA格式比較結(jié)果頁面彩色積分圖序列相似描述存貯號檢索范圍積分描述E值統(tǒng)計鏈接序列對準描述相似率為100%三、基因組數(shù)據(jù)庫1、Genome：可獲得800多種生物體的基因組數(shù)據(jù)，部分已完成測序。2、人類基因組資源： humangenomeresources

整合了多種相關(guān)的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫和公共分析軟件，為科研人員提供了自動化的實驗數(shù)據(jù)獲得、加工和整理途徑，為基因區(qū)域的預(yù)測和基因功能預(yù)測提供了一系列便捷的方法。入口1入口2檢索框空白使用幫助擴展資源本庫工具其他資源常用資源注釋和分析四、OMIM孟德爾人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫OMIM：OnlineMendelianInheritanceinMan此庫是關(guān)于人類基因和遺傳性疾病的數(shù)據(jù)庫，適合關(guān)注遺傳疾病的醫(yī)生和科研人員檢索框空白，不填入任何內(nèi)容diabetes順序號中第1位數(shù)字表示所涉及基因的遺傳類型：1：常染色體顯性（1994.5.15前創(chuàng)建）2：常染色體隱性（1994.5.15前創(chuàng)建）3：X連鎖基因座或表現(xiàn)型4：Y連鎖基因座或表現(xiàn)型5：線粒體基因座或表現(xiàn)型6：常染色體基因座或表現(xiàn)型（1994.5.15后創(chuàng)建的條目）題名順序號等位基因的變化原文參考文獻臨床癥狀基因圖異常投稿者順序號前綴的含義結(jié)果記錄只包含條目創(chuàng)建時間條目最后修正時間此頁為早期頁面，但較好地解釋了各種前綴的含義等結(jié)果原文基因圖位置五、Taxonomy---分類學(xué)即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學(xué)門類進行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。

Taxonomy入庫二Taxonomy入口一本庫工具其他資源使用幫助檢索方法1、分類瀏覽

Taxonomybrowser最高級類目名稱Browser瀏覽常用分子生物研究檢索區(qū)分類古生物細菌真核生物類病毒病毒未分類物種其他系統(tǒng)默認3級分類級別點擊進入顯示該物種在這些數(shù)據(jù)庫中的文獻量存儲序號類別基因碼同義詞類別在Taxonomy數(shù)據(jù)庫中的文獻作者鏈接，點擊進入pubmed檢索方法2、關(guān)鍵詞查詢輸入生物體名稱或生物門類，如hepatitisbvirus或proifera完整名稱通配符模糊檢索口語中的名稱分類序號檢索方法3、直接用生物體名稱列表查詢點擊下列名稱，直接檢索具體生物體的樹狀結(jié)構(gòu)六、Structure

也稱大分子三維數(shù)據(jù)庫(MMDB)，包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB(ProteinDataBank)獲得。對結(jié)構(gòu)的闡述較PDB詳細，更多的是比較結(jié)構(gòu)的相似性及親緣關(guān)系。Structure本庫工具其他資源使用幫助等Cn3d閱讀器Install安裝方法一Windows安裝方法二Tutorial學(xué)習(xí)指南DownloadCn3d方法三下半頁點擊下載、安裝檢索方法1、關(guān)鍵詞檢索直接輸入檢索的蛋白質(zhì)名稱，然后GO2、登記號檢索前提是已經(jīng)知道PDB或MMDB的登記號例:檢索PTEN的結(jié)構(gòu)圖名稱3D結(jié)構(gòu)圖，點擊直接下載在MMDB、PDB中的登記號PDB:Prot