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計算凝聚態(tài)物理第1頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Molecularsystems:Inmostcasestheinteractionpartcanbeapproximatedbypairinteractions:OnefamousexampleistheLennard-Jonespotential第2頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Averyimportantquantityinstatisticalmechanicsisthepaircorrelationfunctiong(r,r0
),definedaswhereItmayalsobewrittenas第3頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Forahomogeneoussystemthepaircorrelationfunctiondependsonlyonthedistancebetweenrandr0
.Inthiscasewedenoteitasg(r).Theg(r,r0
)isproportionaltotheprobabilitythatgivenaparticleatpointrandfindanotherparticleatpointr0
.Atlargedistanceg(r)tendsto1,wemaydefinethetotalcorrelationfunctionTheFouriertransformoftheabovefunctiongivesthestaticstructurefunction(orstructurefactor)第4頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型ThestructurefunctionisdefinedasthecorrelationfunctionofFouriercomponentofdensityfluctuations[
Thedensityisdefinedas:,andthedensityfluctuationis:,anditsFouriercomponentis:
]第5頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型當體積趨于無限時,紅顏色的部分可以略去.第6頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Thestructurefactorcanbemeasureddirectlybyscatteringexperimentsandcanalsobecalculatedbysimulations.Manyphysicalquantitiescanbeexpressedintermsofthepaircorrelationfunctions,forexampletheenergyinNVTensembleisThepressureis第7頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型ThecompressibilityThisexpressioncanbederivedfromthefluctuationsofparticlenumbersSinceso第8頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Ontheotherhand,itcanbeprovedthatWehavethefinalresult.Thetimecorrelationfunctionisthecorrelationsoftwophysicalquantitiesatdifferenttimes,Forsystemsatequilibriumthetimecorrelationfunctionisafunctionofthetimedifferenceonlyandcanbewrittenas第9頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型ThevelocityautocorrelationfunctionoftheithparticleisThiscanbederivedfromthedefinitionrelation(wewillbacktothispoint)Whichisrelatedtothediffusionconstantoftheparticle.whichholdsforlarget.第10頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型Ingeneral,transportcoefficientisdefinedintermsoftheresponseofasystemtoaperturbation.whereisthetransportcoefficient,andAisaphysicalvariableappearingintheperturbationHamiltonian.ThereisalsoanEinsteinrelationassociatedwiththiskindofexpressionwhichholdsforlarget,(tà
,whereistherelaxationtimeof).第11頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子模型TheshearviscosityisgivenbyorHereThenegativeofPisoftencalledstresstensor.第12頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺MonteCarlo模擬MonteCarlosimulationofParticleSystems粒子系統(tǒng)的MonteCarlo模擬和自旋系統(tǒng)原則上是一樣的。Metropolis算法為:1,隨機或順序選取一個粒子,其位置矢量為,對此粒子做移動2,計算前后的能量差,決定是否接受移動。3,在達到平衡后,收集數(shù)據(jù),計算物理量。第13頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬MoleculardynamicssimulationsMDmethodisessentiallytheintegrationoftheequationofmotionoftheclassicalmany-particlesysteminaperiodoftime.Thetrajectoriesofthesysteminthephasespacearethusobtainedandaveragesofthetrajectoriesgivevariousphysicalproperties.SinceweworkonrealdynamicsinMDsimulationswecanalsostudythedynamicpropertiesofthesystemsuchasrelaxationtoequilibrium,transportetc.第14頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬ConsiderarectangularvolumeofL1£L2£L3,withNclassicalparticlesputin.Theparticlesareinteractwitheachother.Inprinciple,theinteractionincludepairinteractions,threebodyinteractionsaswellasmanybodyinteractions.Forsimplicitywewillconsiderhereonlypairinteractions.Inthiscaseeachparticlefeelaforcebyallotherparticlesandwefurtherassumetheforceisdependonlyondistancesfromotherparticlesandforeachpairtheforcedirectedalongthelinejointhepairofparticles.Sotheforceontheithparticleiswhereisanunitvectoralongrj-ri.第15頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Periodicboundarycondition(PBC)whereL
arevectorsalongtheedgesoftherectangularsystemvolumeandthesumoverniswithallintegersn.Usuallythissumisthemosttimeconsumingpartinasimulation.第16頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬GeneralprocedureofMD(NVEensemble)1.Initialize;2.Startsimulationandletthesystemreachequilibrium;3.Continuesimulationandstoreresults.第17頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Initialize:
1,Specifythenumberofparticlesandinteraction;2,Setupthesimulationbox;3,Specifythetotalenergyofthesystem;4,Assignpositionandmomentaofeachparticle.
a,InmanycasesweassignparticlesinaFCClattice,IfweusecubicunitcellandcubeBOXthenthenumberofparticlesperunitcellis4,andthetotalnumberofparticlesarea4M3,M=1,2,3,.ThatiswemaysimulationsystemswithtotalnumberofparticlesN=108,256,500,864,.b,ThevelocitiesofparticlesaredrawfromaMaxwelldistributionwiththespecifiedtemperature.ThisisaccomplishedbydrawingthethreecomponentsofthevelocityfromtheGaussiandistribution.第18頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Thedistributionofthex-componentofvelocityisDrawnumbersfromaGaussian:Consider:Thenwherev2=vx2+vy2and第19頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Sothedistributionofvxandvymaybeobtainedfromvand.Thedistributionofv:Thedistributionofisuniformintheinterval[0,2].第20頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬GeneraterandomnumbersforagivendistributionForagivendistributionP(y)weconsiderhowtogetarandomnumberydrawfromP(y)fromarandomnumberxdrawfromuniform[0,1],i.e.,wearegoingtofindafunctionf(x),fromwhichforaseriesofrandomnumbersxdistributeduniformlyintheinterval[0,1],y=f(x)willdistributedaccordingtoP(y).第21頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬thenSinceExponentialdistribution第22頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Thedistributionofv:第23頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Drawrandomnumbersuniformlydistributedintheinterval[0,2].AnothermethodofdrawrandomnumbersintheGaussiandistributionisthroughthefollowingempiricalmethods.Considerthedistribution第24頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Accordingtothecentrallimittheorem,ifwedrawuniformrandomnumbersriininterval[0,1],anddefineavariablewhenn!
1thedistributionofistheGaussiandistributionIfwetaken=12,weget第25頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Afterthegenerationofthevelocityofeachparticle,wemayshiftthevelocitysothatthetotalmomentumiszero.ThestandardVerletalgorithmisthefirstsuccessfulmethodinhistoryandstillwideusedtodayindifferentforms.ItisTostarttheintegrationweneedr(h),givenby第26頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬VariationsofthismethodareAndBothofthesevariationsaremathematicallyequivalenttotheoriginalonebutmorestableunderfiniteprecisionarithmetic.第27頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Thetemperatureofthesystemisgivenbytheequalpartitiontheorem,thatistheaverageofkineticenergyofeachdegreeoffreedomishalfkBT,TheN-1isduetotheconservationofthetotalmomentumwhichreducethedegreeoffreedomby3.Toreachthedesiredtemperaturewemayscalethevelocityateveryfewstepsofintegration第28頁,共32頁,2023年,2月20日,星期四2003-10-21上海交通大學理論物理研究所馬紅孺分子動力學模擬Afterthesystemreachtoequilibriumtheintegrationcontinueinthesamemethodasabovewithoutscalingofvelocity.Thedataarestoredoraccumulatedforthecalculatingphysicalproperties.ThestaticpropertiesofphysicalquantityAisgivenbytimeaverage第29頁,共32頁,2023
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