生物信息學(xué)生物信息學(xué)軟件

生物信息學(xué)生物信息學(xué)軟件第一頁，共三十五頁，2022年，8月28日生物信息學(xué)將傳統(tǒng)科學(xué)的“二元研究”分化為“三足鼎立”狀態(tài)。理論實驗理論傳統(tǒng)實驗計算機實驗生物信息學(xué)第二頁，共三十五頁，2022年，8月28日生物信息學(xué)的幾個層次方法學(xué)研究生物學(xué)，生物信息學(xué)，數(shù)學(xué)，物理學(xué)，化學(xué)，計算機科學(xué)專業(yè)軟件的應(yīng)用研究主要是生物信息學(xué)，生物學(xué)，化學(xué)，計算機科學(xué)實驗工作者的應(yīng)用主要是生物學(xué)，計算機科學(xué)，生物信息學(xué)的基本概念充分利用已有的生物信息學(xué)工具軟件第三頁，共三十五頁，2022年，8月28日生物信息學(xué)軟件核酸序列分析（序列同源性比較，分子進化樹構(gòu)建，結(jié)構(gòu)信息分析等）蛋白質(zhì)序列分析（序列同源性比較，結(jié)構(gòu)信息分析等）基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析分子進化及系統(tǒng)發(fā)育分析基因組多態(tài)性分析基因表達及蛋白質(zhì)調(diào)控分析文本信息挖掘分析引物或者探針設(shè)計分析文獻管理分析……第四頁，共三十五頁，2022年，8月28日一、核酸序列分析第五頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸序列分析

序列同源性比較:同源序列是指從某一共同祖先經(jīng)過趨異進化而形成的不同序列。相似性是指序列比對過程中檢測序列和目標(biāo)序列之間相同堿基或氨基酸殘基序列所占比例的大小。第六頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸序列分析分子進化樹構(gòu)建:以不同物種的分子數(shù)據(jù)(如DNA)為依據(jù)構(gòu)建的進化樹。第七頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸序列分析核苷酸含量及密碼子的運算密碼子是指三聯(lián)體核苷酸，代表一個氨基酸或者翻譯終止信號。MEGA對DNA序列4種核苷酸及密碼子統(tǒng)計結(jié)果第八頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸結(jié)構(gòu)信息分析啟動子查詢：啟動子是位于結(jié)構(gòu)基因5’端上游的一段DNA序列，能夠指導(dǎo)全酶(holoenzyme)同模板正確結(jié)合，活化RNA聚合酶，啟動基因轉(zhuǎn)錄。OMIGA線性查看功能區(qū)域第九頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸結(jié)構(gòu)信息分析結(jié)構(gòu)信息分析開放閱讀框（ORF）：開放讀碼框是從一個起始密碼子開始到一個終止密碼子結(jié)束的一段序列。CDS：外顯子：OMIGA環(huán)行查看ORFOMIGA線形查看ORF第十頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸結(jié)構(gòu)信息分析酶切點：DNA上一段堿基的特定序列，限制性內(nèi)切酶能夠識別出這個序列并在此將DNA酶切成兩段。OMIGA線形查看酶切位點第十一頁，共三十五頁，2022年，8月28日核酸結(jié)構(gòu)信息分析RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測：RNA二級結(jié)構(gòu)是指RNA分子中有以氫鍵聯(lián)接堿基（A對U；G對C）形成的二級結(jié)構(gòu)。熱力學(xué)曲線二級結(jié)構(gòu)圖RNAdraw進行RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測第十二頁，共三十五頁，2022年，8月28日二、蛋白質(zhì)序列分析第十三頁，共三十五頁，2022年，8月28日蛋白質(zhì)序列分析序列同源性比較CLUSTALX進行蛋白質(zhì)同源性比對第十四頁，共三十五頁，2022年，8月28日蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析二級結(jié)構(gòu)預(yù)測ANTHEPROT進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測H代表螺旋，圖中表示為藍色；E代表折疊，圖中表示為橙色；T代表轉(zhuǎn)角，圖中表示為綠色；C代表其它松散結(jié)構(gòu)，圖中表示為黑色。第十五頁，共三十五頁，2022年，8月28日蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析氨基酸殘基組成ANTHEPROT進行氨基酸殘基計算第十六頁，共三十五頁，2022年，8月28日蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析計算蛋白序列滴定曲線與等電點滴定曲線：表示滴定過程中溶液PH溶液隨標(biāo)準(zhǔn)溶液用量變化而變化的曲線。等電點：在某一pH的溶液中，氨基酸解離成陽離子和陰離子的趨勢及程度相等，所帶凈電荷為零，呈電中性，此時溶液的pH稱為該氨基酸的等電點。ANTHEPROT進行滴定曲線與等電點殘基計算第十七頁，共三十五頁，2022年，8月28日蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析進行潛在的信號肽與斷裂位點預(yù)測第十八頁，共三十五頁，2022年，8月28日三、基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析第十九頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析芯片探針設(shè)計（ArrayDesigner）芯片閱讀圖像分析軟件（ScanAlyze）基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件（基于R語言的Bioconductor)第二十頁，共三十五頁，2022年，8月28日表達芯片數(shù)據(jù)分析軟件包

BIOCONDUCTOR聚類分析第二十一頁，共三十五頁，2022年，8月28日四、分子進化及系統(tǒng)發(fā)育分析第二十二頁，共三十五頁，2022年，8月28日分子進化及系統(tǒng)發(fā)育分析CLUSTALX+PHYLIP+TreePreviewMEGA構(gòu)建進化樹CLUSTALX+MEGA序列對比的統(tǒng)計分析第二十三頁，共三十五頁，2022年，8月28日分子進化及系統(tǒng)發(fā)育分析CLUSTALX+PAUP+treeview+選擇類型分析（PAML）CLUSTALX+mrbayes+treeviewModeltest：模型檢驗第二十四頁，共三十五頁，2022年，8月28日五、基因組多態(tài)性分析第二十五頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因組多態(tài)性內(nèi)容基因組多態(tài)性：第二十六頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因組多態(tài)性分析haploview+PLINK+PHASE連鎖分析關(guān)聯(lián)分析單體型推斷第二十七頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因組多態(tài)性分析第二十八頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因組多態(tài)性分析PLINK+HAPLOVIEW第二十九頁，共三十五頁，2022年，8月28日六、基因表達及蛋白質(zhì)調(diào)控分析第三十頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因表達及蛋白質(zhì)調(diào)控分析DAVID網(wǎng)站中的KEGG庫果糖和甘露糖代謝通路第三十一頁，共三十五頁，2022年，8月28日基因表達及蛋白質(zhì)調(diào)控分析CYTOSCAPE：具有收集已經(jīng)確認的蛋白質(zhì)或者基因間的互作信息，可以構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖。第三十二頁，共三十五頁，2022年，8月28日七、文本信息挖掘分析第三十三頁，共三十五頁，2022年，8月28日文本信息挖掘分析第三十四頁，共三十五頁，2022年，8月28日

生物信息學(xué)軟件主要功能