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文檔簡介
ASP上機 幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化(分子1.弛豫結(jié)21.H2OMedeA創(chuàng)建模型:打開昨天創(chuàng)建好的結(jié)File→Open→FilefromDisk→選擇保存結(jié) 31.H2O創(chuàng)建輸入文件:INCAR、POSCAR、KPOINTS、FileExport文件名:H2O保存類型:cif保41.H2O用UltraEdit打開H2O.cif文件→ 51.H2O切換至Xs界面,登陸,進入vasp文件夾將模板文件夾bak直接拷貝成H2O文件夾→cp-rbakH2O進入H2O文件夾cdH2O編輯POSCARviPOSCAR將其中模型坐標部分刪 dd/d]]進入插入模 i右鍵粘貼,將UltraEdit 坐標信息粘貼替換模板中的坐標部分
cdvasp保存
Esc:wq
61.H2O !各種原子的個數(shù)(一個O原子,兩個H原子71.H2O
catINCARSYSTEM=H2OISTART=0ICHARG=LREAL=.F.IBRION=2NSW=POTIM=EDIFFG=-
ENCUT=400eVNELM=60EDIFF=0.1E-04LCHARG=.F.LWAVE=.F.ISMEAR=0SIGMA=ALGO=
!不保留!不保留81.H2O
catKPOINTSmeshautoG 提示:對于10x10x10?大小的晶胞,使用Gamma點計算91.H2O切換至vasp2015cd..將O和H的贋勢文件連接成一個文件,命名為POTCARcatPAW/O/POTCAR進入H2Ocd
>qsubvasp.pbs1.H2O實時查看計算過程:OUTCAR、tail-f退出此模式:ctrl1.H2O計算結(jié)束后,查看主要輸出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOUTCAR到OUTCAR最末顯示右圖[[到最前1.H2O計算結(jié)束后,查看主要輸出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOUTCAR向上翻步離子弛豫過后子坐標及原子受。
1.H2O計算結(jié)束后,查看主要輸出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOSZICAR向后翻1.H2O計算結(jié)束后,查看主要輸出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviCONTCAR即子弛豫過后的體即同同POSCAR的格式完全一致如果在計算時,結(jié)構(gòu)沒有收斂或者結(jié)構(gòu)優(yōu)化之后要接著進行scf計算,則可業(yè)結(jié)束后生成的CONTCAR替代新作業(yè)中的POSCAR(cpCONTCARPOSCAR)。1.H2O計算結(jié)束后,查看主要輸出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viXDATCARvi弛豫過后的原子坐標時,取中間某一步結(jié)能量:建議采用本子記下來,注明體系及重要參數(shù)查看結(jié)構(gòu):采用MedeA直接打開CONTCAR文1.H2O
練習 O2分練習1O2MedeA中打開本地O2分子,并導出為cif文練習1O2創(chuàng)建O2文件夾準備四個輸入文件 H2O的輸出文件(cp–rH2OO2)修改POTCAR(cpPAW/O/POTCARO2,只含有O的贋勢修改POSCAR、INCAR、cdINCAR文件需要填加KPOINTS不需修改,晶胞尺寸相同,k點不投作業(yè)練習1O2ISPIN=!打開ISPIN=!打開自旋極ICHARG=VOSKOWNNELM=!計算磁性需LREAL=EDIFF=0.1E-IBRION=LCHARG=NSW=ISMEAR=POTIM=EDIFFG=-SIGMA=ALGO=練習1
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