flowjo應用常見問題及其解答

210722012-7-2513:27|個人分類:FlowJo|系統(tǒng)分類:周期青，F(xiàn)lowJo技術專1.點擊坐標軸旁邊的“T”按鈕，選擇“Changedisplayedparameter在彈出框中輸入坐標軸范2.直方圖中怎樣調整Y軸的范在圖形窗口中打開“opton”選項，在“YAxis”中選擇“Auto”或者“Manual”，自動，軟件能自動調整Y軸的范圍，將整個直方圖顯示出來Manual：手動需要在后面的“Max”選項中手動輸入Y軸標度的最大值，然后按“回車鍵”確認。比如，在此需要將“Max”值設為160博給我留發(fā)送消 FlowJoFlowJo 流式細胞技術相關資 ，流式細胞數(shù)據分析，流式技術支持及培博客首動博相好作者的其他博 全高端流式研討會，你會參一首非常好聽的歌，必flowjo中國流式小組第二次活動（流式細胞技術培訓課通知(第四屆東南亞國家流式熱門博文導 全減招會熔斷嗎向XU館長等求教：學術谷狗教育公平背后的5：什么是公平？說說高流式細胞儀(Flow文獻數(shù)據庫的標引質量問逃還是不逃，這是一個問科研人員在成果保護中存在該怎么回答孩子“是一案-娼問題是關鍵問備注：關于FlowJo調整坐標軸的詳細內容請參考博文：FlowJo如何調整在布局頁中右鍵單擊某個細胞群的圖，在彈出的下拉菜單中選擇 輸出圖形時怎樣自動對在布局頁中選中需要對齊的多個圖形，到布局頁的“排齊”菜單中選擇對齊的類型，常用的有：頂端對齊(Tops)、底部對(Bottoms)、左對齊(Lefts)、右對齊輸出的格式有哪幾種，哪種的分辨率最ungroup，進行單個編輯，不過插入PPT后，轉變?yōu)镻PT可識別的圖，將會降低分辨率。如果是用作文章的話，建議將保存為PDF格式，再在專業(yè)的編輯器如Photoshop或者Illustrtor里面進行編輯，再輸出為雜志要求的文件格式，一般為JPG,現(xiàn)在也有雜志傾向于接收PDF。FlowJo默認的圖形輸出格式為PNG格式，如果需要更改，到“編輯”菜單欄里選擇“偏好設置>文件格式”，在“布局編輯器的輸出格式類型中選擇是否可以調整偽中每個點所表示的細胞個數(shù)，即調整點的數(shù)目，使其分辨率更不可以調整。但是 Plot可以調整。(具體內容請參考博文：如何比較不同細胞數(shù)目的流式數(shù)據應用模板分析數(shù)據時，導入數(shù)據之后，布局編輯器里的圖形批處理結果顯示為 在這個例子中，在布局頁中選擇“Exp1”，然后點擊“Batch”按鈕，重新Mean,Median,Mode,Geom.Mean的區(qū)Mode mean：幾何平均數(shù)，是指n個觀察值連乘積的n次，計算公式為在標準的分布情況下，Median=mean=mode.通常在流式中因為總會有異常值（或者超低值）的存在，不是完美的分布，建議使用Median，降低異常值對數(shù)據的影響。不影響。同一組實驗中的不同樣本，目標細胞群的位置和分布范圍可能會有變化，在設門的時候，需要將目標細胞群都劃在門內；而在分析數(shù)據的時候，是以統(tǒng)計學方法分析整個細胞群的分布情況，得到百分比以及平均熒光強度等數(shù)據。因此不會影響可比性。沒有補償對照單染管（單染樣本或者單染Beads）是否可以用FlowJo調補不可以。不論是在儀器上調補償，還是在軟件比如FlowJo上調補償，都必需實際實驗的時候，單染管沒有明顯的雙峰分布，應該怎么調補如果沒有明顯的雙峰分布，在設門界定群和陽性群的時候：應使用區(qū)域門進行設門，群和陽性群之間的距離要盡量遠一些， 群不要包含極低值區(qū)域，陽性群不要包含極高值區(qū)域。如下圖所示：關于用FlowJo做軟件補償請參考博文：FlowJo軟件熒光補怎樣才能確定FlowJo依據單染對照進行判定。以一個兩色實驗為例（FL1::CD3-FITC和FL2::CD4-PE），在補償之后，如果單染對照（比如FITC單染）中FITC陽性群和FITC群的中位數(shù)（MedianofFL2::CD4-PE）一致，說明補償準確。詳細內容請參考博文：如何確定流式分析中熒光補償雙指數(shù)轉換中的3個參數(shù)分別表示什WidthBasis：寬度基底，為負值。在圖形顯示效果上反映了壓縮的程度。在Logile軸中，-10表示“-101~0段”以及“0~101段”以線性形式顯示，-100表示“-102~0段”以及“0~102段”以線性形式顯示，如下圖：左圖中WidthBass為-10，右圖中為-100Exranegatvedecades：附加負十進位，即在坐標軸中增加的負數(shù)段的數(shù)目?！?”表示增加1個負十進位段，如下圖：紅色方框中的部分為在坐標軸上增加1個負十進位段 decades：正十進位，表示正十進位的數(shù)目。左圖中Positivedecades為4，表示有4個正十進位段：101~102、102~103、103~104、104~105增大 Decades，能在二維圖中以更大的空間顯示低位段（0~101）的數(shù)CellRMSFlowJo沒有給出一個確定的RMS值范圍來判斷周期分析結果是否可用。RMS反映的是FlowJo擬合結果和實際數(shù)據的吻合程度，吻合得越好，RMS值越小。在進行周期分析的時候，如果數(shù)據比較好，F(xiàn)lowJo能自動擬合得到一個好的周期擬合結果，RMS值很小。如果數(shù)據不是很理想，需要不斷更改限制條件，使RMS值更小，模型擬合得更好。RMS是對同一個數(shù)據的不同擬合情況進行比較的，數(shù)值越小則擬合越好，不能用來比較不同數(shù)據間擬合的好壞。CVFlowJo擬合得到的CV值明顯高于CV為變異系數(shù)，反映的是峰的寬度。ModFit在呈現(xiàn)數(shù)據的時候，是將熒光強度的范圍歸并為256個Channel，因此在分析任何數(shù)據的時候，其坐標軸的范圍均為256。Flowo則是呈現(xiàn)實際的熒光強度，坐標軸的范圍依據具體數(shù)據的熒光強度來確定，大于256。因此FlowJo得到的CV值高于ModFit。下圖中為同一個數(shù)據分別用ModFit和FlowJo進行分析得到的結果，左邊為ModFit，右邊為FlowJoFlowJoFlowJo的周期模塊是專門用來分析細胞周期的，得到細胞周期各個時期的比例。分析細胞凋亡一般需要采用特定的方法，比如AnnexinV-FITC/PI雙標記法，用四分門設門方法來界定出凋亡細胞。具體內容請參考博文：FlowJoFlowJoFlowJo在分析細胞周期的時候，能夠得到某一個細胞周期各個時期的比例。如果樣本中包含有多個不同的倍體（比如同時含有二倍體以及異倍體），該樣本中含有多個細胞周期，則需要借助其他的分析工具來分析?！皠?chuàng)建門”創(chuàng)建門之前，計算細胞周期各個時期的比例是根據擬合方程計算出來的。左圖為創(chuàng)建門之前的周期圖，其中G1期與S期有相交部分，對于相交的部分，是根據方程計算出其屬于G1期的可能性有多少，屬于S期的可能性有多少，然后再計算出G1期細胞所占的總的比例。創(chuàng)建門之后，如右圖，G1期、S期、G2期之間沒有相交的部分，而是硬性地設了一個門，明確規(guī)定出G1期、S期和G2期的范圍。因此，創(chuàng)建門之后，細胞周期各個時期的百分比會發(fā)生變化。如果周期分析的目的只是為了計算出細胞周期各個時期的比例，則不需要“創(chuàng)建門”如果周期分析之后，需要界定出G1期、S期、G2期的細胞，并對某個時期比如G1期的細胞做進一步分析，則需要“門”界定出各個時期的細胞。關于周期分析的內容，請參考博文：FlowJo軟件分析細增殖分析章時采用哪個參增殖指數(shù)和指數(shù)的定義及其區(qū)別和關增殖指數(shù)（ProliferationIndex）：次數(shù)的總和除以發(fā)生過增殖的親代細胞數(shù)目指數(shù)（DivisionIndex）：次數(shù)的總和除以增殖發(fā)生前的細胞總數(shù)為什么默認的增殖峰的最大值為根據以往的研究結果，在CFSE法分析細胞增殖的實驗中，可分辨出的最多的增殖峰的數(shù)目為8本本 地址HYPE