西北農(nóng)林科技大學經(jīng)濟管理學院

西北農(nóng)林科技大學農(nóng)學院教案2015——2016學年第1學期教 研室 遺傳學課程名稱 生物信息學授課對象種科系2013級本科生授課教師 童維職稱職務(wù) 講師教材名稱 《生物信息學》2015年6月17日《生物信息學》課程教案章節(jié)名稱：第八章基因組測序與分析第一節(jié)基因組測號課堂講授(1),實踐課(1)I教學時數(shù)11教學目標：.了解基因組測序的進展.理解新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)技術(shù)的原理.理解新一代測序與Megabace測序技術(shù)的差異.了解基因組拼接的常用軟件授課內(nèi)容要點：.介紹各基因組測序項目，特別是農(nóng)學院學生更關(guān)注的植物基因組測序項目；.傳統(tǒng)的Sanger測序法，及基于毛細管電泳的Megabace測序技術(shù)；.展示NCBI統(tǒng)計的基因組測序增長統(tǒng)計、及測序成本變化圖形；請同學們關(guān)注在2008年前后，測序數(shù)目的突然激增、及測序成本的顯著下降，提問“這時期發(fā)生了什么重大事件，導(dǎo)致基因組測序如此大的變化”？.引入新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)技術(shù)；以Solexa測序儀為例，講述新一代測序的基因組測序原理。.引導(dǎo)同學們展開討論，“相比Megabace測序技術(shù)，為什么將Solexa測序稱為新一代測序技術(shù)(NextGenerationSequencing,NGS)?NGS的優(yōu)勢體現(xiàn)在哪？"；進行解答：/反應(yīng)載體：96孔板-＞芯片；液相-＞固相/反應(yīng)控制方法：單個反應(yīng)控制-＞過程控制/測序通量：低-＞高/測序成本：昂貴-＞便宜.布置學生課后思考題(下節(jié)課解答)：新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)技術(shù)有哪些優(yōu)勢，又有哪些不足？教學重點：.基因組測序技術(shù)的總體分類；.新一代測序的基因組測序原理；.相比Megabace測序技術(shù)，NGS的優(yōu)勢。教學難點：1.以Solexa測序儀為例，講述新一代測序的基因組測序原理。教學方法：講授，多媒體+板書課堂討論題、思考題'作業(yè):.基于基因組測序增長統(tǒng)計圖、及測序成本變化圖；提問“2008年期間發(fā)生了什么重大事件，導(dǎo)致基因組測序如此劇烈的變化”？.“相比Megabace測序技術(shù)，為什么將Solexa測序稱為新一代測序技術(shù)(NextGenerationSequencing,NGS)?NGS的優(yōu)勢體現(xiàn)在哪？。展開討論。.課后作業(yè)思考題：新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)技術(shù)有哪些優(yōu)勢，又有哪些不足？參考資料(含參考書、文獻等)：《基礎(chǔ)生物信息學及應(yīng)用》，蔣彥等，清華大學出版社《生物信息學一基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南》，李衍達，清華大學出版社《生物信息學》，趙國屏，科學出版社《生物信息學手冊》，郝柏林，上?？茖W技術(shù)出版社備注：.讓學生了解當今基因組測序的進展；.讓同學們觀察基因組測序增長統(tǒng)計圖、及測序成本變化圖；請同學們關(guān)注在2008年前后，測序數(shù)目的突然激增、及測序成本的顯著下降，提問“這時期發(fā)生了什么重大事件，導(dǎo)致基因組測序如此大的變化”？。培養(yǎng)、訓(xùn)練學生的敏銳觀察能力、及提出科學問題的能力。.引導(dǎo)同學們展開討論，“相比Megabace測序技