分子對接與分子動力學模擬教材課件

分子對接與全局最優(yōu)化方法分子對接與全局最優(yōu)化方法分子對接配體－受體的相互作用結合自由能的理論計算優(yōu)化方法分子對接配體－受體的相互作用配體與受體的相互作用生理過程與其有關生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質的生理和藥物作用體現在蛋白質與小分子之間配體與受體的相互作用生理過程與其有關結合自由能的理論計算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用結合自由能的理論計算靜電相互作用結合自由能的理論計算幾何形狀互補靜電相互作用互補氫鍵作用互補疏水作用互補結合自由能的理論計算幾何形狀互補幾種計算方法分子動力學自由能微擾方法(FEP)經驗計算方法幾種計算方法分子動力學自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)網格能量(GridMap)近似計算利用計算好的參數三線性插值網格能量(GridMap)近似計算現在的問題和今后的方向溶劑化效應、水分子、柔性問題精確的計算和計算時間的問題表面計算數據庫現在的問題和今后的方向溶劑化效應、水分子、柔性問題Autodock的處理Pdb文件的準備

/pdb/小分子的準備Autodock的處理Pdb文件的準備

http://www分子處理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbq優(yōu)缺點各種軟件的使用

babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等分子處理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqbabel轉換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwinbabel轉換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。Chemoffice畫小分子的三維結構(由分子式轉化)計算其最小能量構形用PM3或者AM1計算原子電荷或者其他參數Chemoffice畫小分子的三維結構(由分子式轉化)處理蛋白質程序weblabviewer顯示格式加氫減氫氨基酸顯示去水除去小分子處理蛋白質程序weblabviewer顯示格式顯示格式顯示格式加氫減氫利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd加氫減氫利用playscript多種顯示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow多種顯示模式NewHierarchyWindow去水去水除去小分子除去小分子全局優(yōu)化方法SAGA-NGATabu-Search全局優(yōu)化方法SATabu-SearchTabu-Search新的發(fā)展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch新的發(fā)展ReactiveTabuSearch缺點初始解具有較強的依賴性單-單操作缺點初始解具有較強的依賴性與NGA的結合現在的做法：

在NGA計算到減少Scale的時候，把最好的值作TabuSearch，TS時sacle也是逐步減少，到一定步數時如果數值不見好的話，就跳回到最好的地方重新開始。缺點與NGA的結合現在的做法：

在NGA計算到減少Scale的時計算結果計算次數NGANGA-TS計算結果所用時間(s)計算結果所用時間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963計算結果計算次數NGANGA-TS計算結果所用時間(s)計算分子對接與分子動力學模擬教材課件討論重點討論重點分子對接與全局最優(yōu)化方法分子對接與全局最優(yōu)化方法分子對接配體－受體的相互作用結合自由能的理論計算優(yōu)化方法分子對接配體－受體的相互作用配體與受體的相互作用生理過程與其有關生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質的生理和藥物作用體現在蛋白質與小分子之間配體與受體的相互作用生理過程與其有關結合自由能的理論計算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用結合自由能的理論計算靜電相互作用結合自由能的理論計算幾何形狀互補靜電相互作用互補氫鍵作用互補疏水作用互補結合自由能的理論計算幾何形狀互補幾種計算方法分子動力學自由能微擾方法(FEP)經驗計算方法幾種計算方法分子動力學自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)自由能的經驗計算方法(Autodock)網格能量(GridMap)近似計算利用計算好的參數三線性插值網格能量(GridMap)近似計算現在的問題和今后的方向溶劑化效應、水分子、柔性問題精確的計算和計算時間的問題表面計算數據庫現在的問題和今后的方向溶劑化效應、水分子、柔性問題Autodock的處理Pdb文件的準備

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在NGA計算到減少Scale的時候，把最好的值作TabuSearch，TS時sacle也是逐步減少，到一定步數時如果數值不見好的話，就跳回到最好的地方重新開始。缺點與NGA的結合現在的做法：

在NGA計算到減少Scale的時計算結果計算次數NGANGA-TS計算結果所用時間(s)計算結果所用時間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950